genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76566622--76566694	31	2.4	30	79	4	83	35	9	12	42	1.75
76566644--76566702	31	1.9	31	85	0	82	35	8	11	44	1.72
76566835--76566913	29	2.6	30	88	6	106	41	15	10	32	1.80
76566933--76566985	22	2.5	20	80	19	63	60	0	0	39	0.97
76569000--76569058	29	2.0	29	86	0	82	44	11	15	28	1.82
76569721--76569749	13	2.2	13	100	0	58	68	6	0	24	1.13
76571935--76571983	25	2.0	25	84	15	66	32	12	12	42	1.79
76575666--76575805	75	1.9	75	80	5	167	29	15	37	17	1.91
76579790--76579972	90	2.0	92	94	4	327	23	19	13	43	1.87
76586022--76586071	20	2.5	20	90	3	82	52	12	10	26	1.70
76587613--76587638	3	8.7	3	100	0	52	0	69	30	0	0.89
76590046--76590190	73	2.0	73	98	0	281	44	11	11	33	1.75
76594942--76594993	26	2.0	26	84	0	68	75	1	9	13	1.14
76600363--76600388	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
76606837--76606892	5	10.4	5	90	5	76	75	3	0	21	0.96
76606848--76606899	11	4.8	11	83	9	54	71	7	0	21	1.11
76609257--76609333	29	2.6	29	85	8	93	28	12	11	46	1.77
76614484--76614526	19	2.3	19	100	0	86	16	34	0	48	1.46
76617639--76617673	16	2.2	16	100	0	70	45	14	5	34	1.68
76618211--76618470	129	2.0	129	90	0	412	38	17	6	36	1.76
76619059--76619119	28	2.2	28	82	5	70	70	4	3	21	1.21
76619330--76619391	32	1.9	33	86	3	90	56	11	6	25	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76619924--76619972	25	2.0	25	83	0	62	34	14	6	44	1.70
76627776--76627814	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
76628054--76628187	39	3.4	39	73	6	101	24	20	26	28	1.99
76634293--76634345	10	5.1	10	77	6	52	64	3	1	30	1.22
76646596--76646647	18	2.9	17	72	11	50	21	15	7	55	1.64
76647230--76647341	57	2.0	57	87	0	161	19	22	22	35	1.96
76657372--76657423	26	2.0	27	84	3	70	69	1	0	28	0.99
76657688--76657769	27	3.1	25	75	15	67	36	3	1	58	1.24
76664539--76664588	20	2.4	21	80	12	59	30	10	8	52	1.64
76664994--76665043	17	2.7	18	78	12	57	46	2	0	52	1.12
76666187--76666243	19	2.9	18	75	15	51	40	1	3	54	1.28
76666207--76666250	23	1.9	23	86	9	63	38	0	4	56	1.20
76666284--76666328	15	2.9	17	78	21	55	42	0	0	57	0.98
76682228--76682327	44	2.2	45	83	3	121	30	24	13	33	1.93
76682244--76682332	46	2.0	44	88	4	133	28	26	13	31	1.94
76685073--76685109	19	2.1	19	90	10	60	35	0	5	59	1.20
76687952--76688035	26	3.2	26	93	0	132	35	23	4	35	1.76
76704728--76704754	14	1.9	14	100	0	54	0	11	0	88	0.50
76715609--76715968	46	7.8	46	92	0	497	40	14	23	21	1.90
76719441--76719531	25	3.6	25	75	0	83	32	15	30	20	1.94
76721133--76721185	18	2.8	19	86	8	65	58	3	3	33	1.34
76721404--76721444	20	2.0	22	90	9	68	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76721395--76721444	23	2.2	22	83	16	59	36	0	0	64	0.94
76722336--76722394	28	2.0	28	90	6	91	35	8	3	52	1.49
76723499--76723531	12	2.8	12	86	4	50	33	0	0	66	0.92
76723655--76723716	30	2.1	30	96	0	115	58	11	3	27	1.48
76723746--76723787	22	1.9	22	85	0	57	54	9	14	21	1.68
76727391--76727430	21	1.9	21	85	10	55	45	2	7	45	1.45
76736581--76736612	3	11.3	3	93	6	50	0	28	0	71	0.86
76747292--76747332	9	4.8	9	79	8	50	12	7	2	78	1.06
76747349--76747421	36	2.0	35	85	15	96	23	5	2	68	1.24
76747375--76747422	18	2.7	17	81	9	60	29	4	0	66	1.10
76747411--76747504	21	4.1	24	70	19	67	40	0	2	57	1.11
76747520--76747590	37	1.9	36	83	8	90	43	1	4	50	1.30
76748012--76748055	22	2.0	23	82	8	56	45	0	2	52	1.13
76747984--76748051	36	1.9	36	84	3	93	39	1	2	55	1.24
76748259--76748347	10	9.4	9	72	11	63	52	2	1	43	1.20
76748259--76748363	19	5.4	19	70	15	72	53	1	1	42	1.23
76748250--76748361	29	3.8	29	74	9	102	53	1	1	42	1.21
76748317--76748406	35	2.7	34	78	14	98	53	1	1	44	1.15
76751853--76751945	30	3.1	30	88	0	132	26	26	21	24	1.99
76757054--76757111	5	10.8	5	80	12	62	44	0	1	53	1.10
76758426--76758464	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
76758704--76758838	39	3.4	39	73	6	103	24	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76758961--76759001	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
76760530--76760595	26	2.4	27	78	14	73	42	1	4	51	1.31
76760745--76760785	21	1.9	22	90	5	66	53	0	0	46	1.00
76761076--76761156	22	3.6	23	77	8	78	55	2	0	41	1.13
76761088--76761171	23	3.8	22	74	13	75	55	1	0	42	1.07
76761359--76761383	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
76768644--76768727	38	2.2	38	89	0	123	21	22	26	29	1.99
76768720--76768874	43	3.6	43	94	0	274	10	23	34	31	1.89
76768864--76769773	443	2.1	443	96	0	1696	32	12	23	32	1.91
76769647--76769758	45	2.5	45	83	8	124	26	22	25	25	2.00
76771199--76771237	18	2.2	18	85	0	51	58	5	0	35	1.20
76778666--76778724	28	2.1	27	82	14	68	52	5	5	37	1.46
76779257--76779328	29	2.5	29	72	20	69	51	13	1	33	1.50
76779634--76779725	47	1.9	47	84	2	121	45	13	11	29	1.79
76789488--76789547	5	12.8	5	98	1	92	65	13	0	21	1.27
76805822--76805884	30	2.1	30	93	0	108	38	20	15	25	1.92
76808091--76808123	9	3.8	9	88	8	50	33	0	0	66	0.92
76808556--76808818	89	3.0	88	92	1	431	38	19	16	26	1.92
76810895--76811029	59	2.3	59	83	7	161	30	6	12	50	1.66
76812659--76812834	46	3.8	46	78	12	198	21	21	28	28	1.98
76812656--76812827	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
76819308--76819347	6	6.7	6	91	0	53	10	0	35	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76821194--76821230	18	2.2	17	86	13	51	43	0	5	51	1.24
76821328--76821364	19	1.9	19	94	0	65	70	0	29	0	0.88
76822381--76822490	51	2.1	54	84	5	145	19	20	20	40	1.92
76822615--76822786	54	3.2	54	90	1	265	40	11	12	35	1.80
76822615--76822786	18	9.6	18	79	0	173	40	11	12	35	1.80
76823104--76823169	33	2.0	33	100	0	132	33	0	15	51	1.43
76825803--76825864	32	1.9	32	96	0	115	32	14	14	38	1.86
76828851--76829031	46	3.9	46	97	0	326	38	12	25	23	1.90
76828851--76829070	46	4.8	46	92	1	316	40	13	24	22	1.89
76829891--76830023	49	2.6	51	83	2	171	28	27	20	23	1.99
76832315--76832360	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
76832322--76832366	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
76835749--76835835	40	2.2	39	81	10	95	43	19	17	19	1.88
76838458--76838514	22	2.6	21	78	8	60	28	0	28	43	1.55
76838589--76838629	22	1.9	21	95	5	73	26	0	29	43	1.55
76838729--76838767	14	2.8	14	88	0	60	25	0	25	48	1.51
76838877--76838947	32	2.2	32	95	2	126	33	2	18	45	1.64
76841124--76842401	643	2.0	643	97	0	2430	30	15	19	35	1.92
76843588--76843658	5	14.6	5	74	21	62	38	1	4	56	1.28
76843616--76843658	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
76843668--76843701	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
76843668--76843701	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76844632--76844717	46	1.9	44	90	4	136	32	13	23	30	1.93
76844625--76844758	46	3.0	45	78	4	126	35	13	23	28	1.92
76847160--76847217	30	1.9	30	89	3	89	56	6	20	15	1.62
76851149--76851206	30	1.9	30	89	3	89	56	6	20	15	1.62
76856232--76856339	50	2.2	50	98	0	207	37	14	21	25	1.92
76856367--76856462	31	3.1	31	90	0	156	26	20	27	26	1.99
76856486--76856650	47	3.6	47	84	7	173	28	15	26	29	1.96
76856538--76856737	42	4.7	43	85	8	230	30	14	26	29	1.94
76868652--76868712	21	2.8	22	87	9	90	34	27	24	13	1.93
76868642--76868724	21	3.8	23	81	9	84	37	25	22	14	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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