genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59219011--59219064	22	2.5	22	93	6	92	20	0	27	51	1.47
59218957--59219116	76	2.1	77	94	2	279	25	1	26	46	1.60
59221659--59221701	20	2.2	20	83	8	52	20	0	4	74	1.00
59230299--59230351	21	2.6	21	93	3	90	28	15	0	56	1.39
59231045--59231090	18	2.6	18	80	10	58	54	2	0	43	1.12
59231037--59231101	19	3.3	19	80	8	60	56	3	0	40	1.15
59231046--59231106	19	3.4	18	80	10	63	52	3	0	44	1.17
59231069--59231163	26	3.4	28	72	16	81	57	3	2	36	1.26
59240932--59241375	220	2.0	220	100	0	888	24	15	37	23	1.93
59241514--59241555	22	1.9	22	90	0	66	11	16	0	71	1.14
59241514--59241554	12	3.6	12	80	12	50	12	17	0	70	1.16
59244866--59244905	20	2.0	20	85	5	53	55	2	12	30	1.50
59244971--59245022	27	1.9	27	84	0	68	61	0	13	25	1.32
59244896--59245032	26	5.3	26	67	16	81	60	1	13	24	1.41
59244896--59245144	76	3.4	73	78	8	222	59	1	14	25	1.44
59245258--59245302	5	8.6	5	80	9	54	62	0	17	20	1.33
59245218--59245265	21	2.4	21	93	6	82	66	0	6	27	1.15
59245258--59245302	16	2.9	15	80	9	54	62	0	17	20	1.33
59245258--59245302	11	4.3	10	81	10	54	62	0	17	20	1.33
59245614--59245728	14	8.3	14	68	28	61	67	0	7	24	1.16
59245615--59245756	19	7.3	19	70	18	80	69	0	6	23	1.11
59245617--59245740	57	2.2	57	88	5	182	67	0	7	25	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59245642--59245736	14	6.6	14	75	17	63	67	0	8	24	1.18
59245634--59245754	5	23.8	5	70	15	61	69	0	6	23	1.12
59246138--59246433	107	2.7	111	87	3	429	30	21	16	31	1.96
59246138--59246433	55	5.4	55	72	19	240	30	21	16	31	1.96
59246138--59246430	57	5.3	56	71	18	229	29	22	16	31	1.96
59252146--59252241	50	1.9	50	89	4	149	35	18	10	35	1.85
59253123--59253811	128	5.2	132	76	9	482	29	15	13	41	1.85
59272527--59272610	27	3.2	26	91	5	132	34	22	25	17	1.96
59282354--59282404	16	2.9	17	83	16	61	5	17	5	70	1.28
59282334--59282404	33	2.1	35	86	5	101	4	18	4	73	1.16
59285656--59285690	17	1.9	19	88	11	56	62	8	8	20	1.49
59288545--59288631	44	2.0	44	93	0	147	44	12	14	27	1.82
59291663--59291948	132	2.2	133	84	5	364	36	18	18	26	1.95
59301502--59301531	15	2.0	15	93	0	51	76	10	6	6	1.15
59307720--59307768	25	2.0	25	95	0	89	30	10	26	32	1.89
59308742--59309122	25	15.6	24	66	15	122	59	4	6	29	1.45
59308821--59308902	26	3.2	26	85	1	103	60	3	7	28	1.40
59308982--59309075	27	3.6	26	71	16	79	62	7	4	25	1.40
59309002--59309121	48	2.4	48	80	6	116	60	5	5	29	1.42
59309384--59309426	11	3.9	11	84	0	59	23	16	4	55	1.59
59309385--59309432	11	4.4	11	81	0	51	22	12	6	58	1.57
59311298--59311694	44	8.7	44	70	12	244	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59311379--59311693	89	3.5	87	75	8	279	28	23	18	29	1.98
59311302--59311737	184	2.4	183	85	1	586	27	22	20	29	1.98
59311997--59312541	44	12.4	44	66	7	266	28	20	22	28	1.99
59311952--59312541	88	6.7	88	90	0	853	28	20	22	28	1.98
59312547--59313356	130	6.2	130	91	0	1125	26	21	20	31	1.98
59319008--59319101	26	3.5	27	80	11	70	60	3	8	27	1.41
59318955--59319112	73	2.2	73	80	7	169	58	3	8	29	1.44
59319031--59319273	26	9.8	25	68	19	109	60	4	5	29	1.39
59319159--59319321	50	3.3	48	75	13	127	63	4	3	28	1.32
59319316--59319341	12	2.2	12	100	0	52	76	7	7	7	1.15
59321495--59321563	35	2.0	35	88	5	104	39	13	10	37	1.78
59323084--59323144	29	2.2	28	85	5	79	21	6	8	63	1.44
59324176--59324216	17	2.2	19	87	12	59	34	9	4	51	1.56
59324811--59324901	28	3.2	28	89	6	139	34	27	4	34	1.77
59328208--59328249	6	7.0	6	94	0	75	66	2	0	30	1.04
59330454--59330503	25	2.0	25	84	11	66	26	26	2	46	1.64
59331581--59331625	21	2.1	22	88	12	67	0	28	0	71	0.87
59331590--59331631	20	2.0	21	86	4	59	4	26	0	69	1.08
59331640--59331670	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
59335530--59335593	13	4.9	13	73	7	58	35	1	20	42	1.62
59353633--59353679	19	2.5	19	83	16	62	6	4	14	74	1.17
59353927--59353957	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59354577--59354674	18	5.3	18	69	13	56	57	4	4	34	1.37
59357633--59357688	19	2.9	19	78	5	60	30	10	1	57	1.43
59361921--59361969	16	2.8	18	75	12	57	0	40	0	59	0.98
59362478--59362509	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
59362563--59362604	22	2.0	22	86	9	61	30	7	7	54	1.54
59365011--59365060	24	2.1	24	85	7	66	22	22	14	42	1.88
59372082--59372115	17	1.9	18	88	5	52	44	29	20	5	1.75
59372434--59372703	61	3.9	68	77	13	268	28	17	24	29	1.97
59372618--59372790	90	1.9	88	85	6	233	27	18	20	33	1.96
59372707--59373142	74	5.8	74	84	4	538	31	16	19	32	1.94
59372707--59373137	149	2.9	149	87	4	609	31	16	19	32	1.94
59374945--59374976	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
59376984--59377077	31	3.1	30	74	7	84	31	8	11	47	1.70
59377274--59377336	31	2.1	30	82	5	74	49	12	7	30	1.69
59377778--59377842	22	2.8	23	76	6	69	16	7	10	64	1.47
59379061--59379473	207	2.0	207	95	0	736	19	20	14	46	1.84
59379502--59379528	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
59380659--59380695	18	2.1	18	100	0	74	35	21	5	37	1.77
59382728--59382866	27	5.1	27	75	11	142	35	20	23	20	1.96
59382728--59382866	54	2.6	54	86	4	201	35	20	23	20	1.96
59382974--59383047	26	2.8	26	85	4	85	31	10	22	35	1.89
59383286--59383315	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59384490--59384597	26	4.2	26	86	2	155	37	22	6	34	1.80
59384490--59384597	52	2.1	52	91	0	171	37	22	6	34	1.80
59389788--59389945	27	5.9	26	78	7	156	34	20	24	20	1.97
59389806--59389945	54	2.6	54	87	2	201	34	22	23	20	1.97
59390050--59390125	26	2.8	27	84	7	84	31	11	21	35	1.89
59391569--59391676	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
59394864--59394931	22	3.0	22	79	10	75	42	19	20	17	1.89
59395742--59395824	26	3.2	26	94	1	141	33	4	24	37	1.77
59406480--59406558	29	2.6	30	86	9	99	48	6	3	41	1.47
59409436--59409479	22	1.9	22	86	9	61	70	0	9	20	1.14
59409433--59409492	24	2.5	24	72	8	59	75	0	8	16	1.04
59409550--59409606	28	2.0	28	83	13	71	64	8	3	22	1.37
59410246--59410275	14	2.1	14	93	0	51	56	0	10	33	1.32
59413044--59413549	176	2.9	176	85	1	683	28	24	16	30	1.97
59420176--59420279	48	2.1	49	81	10	133	30	33	14	21	1.93
59422179--59422263	44	1.9	44	83	4	109	28	28	12	30	1.93
59422178--59422272	44	2.2	43	79	9	102	31	25	14	28	1.95
59422033--59422542	176	2.9	176	86	2	711	27	25	17	30	1.97
59434770--59434813	22	1.9	22	86	9	61	70	0	9	20	1.14
59434767--59434821	24	2.3	24	75	6	58	74	0	9	16	1.06
59434815--59434877	19	3.5	19	72	25	64	73	6	6	14	1.24
59437934--59437993	30	2.0	30	96	0	111	55	16	16	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59440318--59440427	26	4.2	26	95	2	177	34	5	23	36	1.78
59442212--59442497	136	2.1	137	96	0	520	24	18	25	31	1.97
59446887--59447172	136	2.1	137	96	0	520	24	18	25	32	1.97
59450054--59450096	23	1.9	22	90	4	68	72	0	23	4	1.04
59453036--59453084	23	2.1	24	81	11	57	42	8	4	44	1.53
59453763--59453798	5	7.0	5	87	6	54	25	0	0	75	0.81
59453760--59453790	16	1.9	16	100	0	62	25	0	0	74	0.82
59459488--59459526	18	2.2	18	85	0	51	20	10	17	51	1.74
59463342--59463392	25	2.0	25	92	0	84	35	11	23	29	1.90
59464279--59464519	3	80.7	3	72	16	137	63	2	4	29	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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