genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59960262--59960369	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
59963069--59963110	22	1.9	22	90	0	66	64	2	7	26	1.32
59963730--59963776	21	2.3	21	89	7	71	82	0	14	2	0.75
59964009--59964089	38	2.2	35	91	6	126	24	12	46	16	1.81
59964125--59964149	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
59965420--59965491	20	3.5	20	74	14	67	31	1	4	62	1.23
59966082--59966123	15	2.8	15	85	0	57	33	0	19	47	1.49
59968298--59968328	9	3.3	9	91	8	53	19	3	0	77	0.90
59969024--59969124	30	3.4	30	94	0	175	27	49	3	18	1.65
59969024--59969170	30	4.9	29	84	5	170	27	47	4	21	1.68
59969622--59969749	23	5.5	23	71	14	77	36	3	2	57	1.30
59969689--59969737	21	2.3	22	78	3	55	40	4	2	53	1.32
59969696--59969756	25	2.4	26	78	8	72	39	1	1	57	1.18
59969774--59969832	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
59969790--59969838	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
59969974--59970021	16	3.1	15	93	6	78	31	0	2	66	1.03
59969974--59970025	8	6.5	8	84	8	70	30	0	1	67	1.02
59969970--59970025	24	2.3	24	84	6	78	30	0	1	67	1.01
59987119--59987367	70	3.5	70	88	4	340	29	16	21	32	1.95
59987119--59987399	71	4.0	70	86	4	368	28	17	21	32	1.96
59987421--59987639	73	3.0	72	89	3	321	27	16	22	33	1.96
59987623--59987652	14	2.1	14	100	0	60	13	13	6	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59987549--59987736	94	2.1	89	84	9	238	27	15	19	38	1.91
59987494--59987804	167	1.9	164	90	3	498	27	16	21	34	1.95
59987662--59987881	71	3.0	71	88	3	314	27	17	21	34	1.95
59987190--59988127	238	4.0	238	93	3	1556	27	17	21	33	1.95
59987863--59987890	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
59987735--59988038	163	1.9	163	88	2	468	28	16	21	33	1.95
59987896--59988078	73	2.5	74	91	1	298	31	15	22	30	1.95
59988894--59989008	30	3.8	30	84	2	126	28	46	4	20	1.70
59989562--59989634	27	2.7	27	81	8	69	38	8	1	52	1.40
59989577--59989665	25	3.5	25	80	8	90	35	5	2	56	1.35
59989562--59989661	29	3.6	29	77	10	84	36	8	3	53	1.46
59989601--59989683	25	3.1	26	76	15	80	32	4	6	56	1.45
59989620--59989710	24	3.9	22	76	12	76	31	5	5	57	1.45
59989861--59989894	15	2.3	15	89	0	50	32	2	2	61	1.26
59991392--59991443	20	2.9	18	78	16	54	53	0	1	44	1.11
59991390--59991469	31	2.6	31	82	3	83	53	0	3	42	1.18
59991409--59991469	31	2.0	31	86	0	86	54	0	3	42	1.17
59993106--59993160	24	2.3	24	81	6	58	21	32	20	25	1.97
59993268--59993379	24	4.6	24	82	8	111	16	28	24	30	1.97
59993266--59993457	25	7.8	24	77	11	120	18	26	23	31	1.97
59994851--59994986	28	4.9	28	75	8	125	27	16	30	25	1.97
59994851--59994986	56	2.4	56	86	7	195	27	16	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59994852--59995012	56	2.9	56	81	10	186	27	16	29	25	1.97
59995055--59995128	32	2.3	32	90	0	112	35	9	27	28	1.88
59995070--59995153	32	2.6	32	88	0	114	38	10	21	29	1.87
59998508--59998577	23	3.0	23	89	0	95	42	18	18	20	1.89
59998761--59998788	13	2.2	13	100	0	56	64	7	14	14	1.48
60010750--60010782	7	4.9	7	96	3	59	30	27	27	15	1.96
60011571--60011622	14	3.7	14	73	0	59	34	5	0	59	1.21
60012203--60012228	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
60016810--60016862	7	7.3	7	77	8	52	35	0	1	62	1.06
60016816--60016858	22	2.0	22	86	9	61	37	0	2	60	1.10
60019799--60019831	16	2.1	16	100	0	66	18	18	36	27	1.94
60021863--60021925	23	2.7	24	78	7	85	12	6	34	46	1.68
60022512--60022549	20	1.9	20	89	10	60	42	0	2	55	1.14
60023109--60023196	42	2.1	42	95	0	158	36	4	19	39	1.72
60023535--60023576	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
60023765--60023802	20	1.9	20	89	10	60	55	2	0	42	1.14
60029960--60030507	271	2.0	271	98	0	1051	27	21	13	38	1.91
60032161--60032199	20	2.0	20	90	10	62	41	0	2	56	1.13
60032210--60032246	18	1.9	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
60032387--60032415	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
60032758--60032837	40	2.0	40	87	0	115	33	1	17	47	1.56
60034216--60034255	16	2.5	16	88	8	55	37	0	7	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60051862--60052135	46	6.0	46	88	0	370	40	14	24	20	1.89
60055951--60056075	40	3.3	39	73	15	125	36	20	16	26	1.94
60055971--60056142	75	2.3	75	90	4	267	32	21	18	27	1.96
60055980--60056094	35	3.1	36	74	20	121	32	21	17	28	1.96
60060259--60060354	32	3.0	32	96	0	174	38	19	17	23	1.93
60061215--60061256	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
60061219--60061255	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
60061288--60061344	15	3.5	15	71	17	51	47	3	1	47	1.29
60063240--60063315	38	2.0	38	97	0	143	46	18	5	30	1.71
60069097--60069134	20	2.0	20	89	5	60	44	0	2	52	1.14
60072379--60072617	126	1.9	127	96	0	444	38	16	15	29	1.90
60072721--60072772	13	4.0	13	82	7	61	69	0	1	28	0.99
60073087--60073206	62	2.0	63	83	8	158	63	6	5	25	1.39
60073486--60073521	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
60073504--60073566	29	2.2	29	91	0	99	15	0	50	33	1.45
60082306--60082351	23	2.0	23	100	0	92	47	4	13	34	1.62
60082755--60082789	10	3.5	10	88	0	52	88	0	8	2	0.61
60091111--60091162	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
60091156--60091194	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
60094912--60094963	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
60094957--60094995	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
60097331--60097359	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60111143--60111185	9	5.2	8	78	15	52	37	0	0	62	0.95
60117004--60117125	14	7.6	14	66	29	59	2	32	19	45	1.64
60117051--60117109	19	3.4	19	70	29	67	3	33	20	42	1.69
60117002--60117123	33	3.7	33	97	0	226	2	32	20	44	1.65
60119409--60119452	21	2.1	21	100	0	88	22	18	20	38	1.93
60121355--60121895	48	11.9	48	84	10	742	35	7	26	30	1.84
60121438--60121507	34	2.1	34	100	0	140	32	8	28	30	1.87
60121355--60121934	130	4.3	130	87	7	829	35	7	26	30	1.84
60121568--60121637	34	2.1	34	100	0	140	32	8	28	30	1.87
60121848--60121928	37	2.2	37	91	4	128	33	8	28	29	1.87
60123414--60123612	40	5.0	40	84	0	254	21	20	30	27	1.98
60127445--60127816	48	8.0	48	88	8	574	34	6	27	30	1.83
60127535--60127604	34	2.1	34	97	0	131	31	8	28	31	1.87
60129439--60129475	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
60130023--60130062	21	1.9	21	85	10	55	60	2	2	35	1.24
60131637--60131945	46	6.7	46	89	0	386	39	15	24	20	1.91
60135841--60135988	31	4.8	32	88	7	218	26	27	19	26	1.99
60135964--60136092	50	2.5	51	93	2	224	24	24	17	34	1.96
60142470--60142519	23	2.2	23	100	0	100	12	34	8	46	1.70
60143609--60143634	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
60149422--60149460	20	2.0	20	85	10	53	25	0	12	61	1.31
60155343--60155401	25	2.4	25	97	0	109	35	20	6	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60158893--60158925	16	2.1	16	100	0	66	36	0	33	30	1.58
60181900--60181940	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
60190185--60190209	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
60190976--60191031	23	2.4	23	79	5	60	16	21	25	37	1.93
60191556--60191787	117	2.0	117	94	0	410	27	9	22	40	1.85
60195457--60195502	21	2.2	21	84	0	56	39	6	21	32	1.79
60196974--60197036	31	2.0	31	84	6	83	41	3	25	30	1.71
60197460--60197485	12	2.2	12	100	0	52	84	7	7	0	0.77
60198180--60198226	24	2.0	24	82	0	58	57	4	6	31	1.43
60201397--60201572	46	3.8	45	76	12	178	29	27	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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