genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61243438--61243468	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
61244510--61244600	46	1.9	47	82	4	112	28	12	27	31	1.92
61262720--61263113	207	1.9	203	90	5	632	25	20	20	33	1.97
61272299--61272333	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
61275218--61276203	409	2.4	409	90	0	1553	36	13	15	34	1.87
61277543--61277637	47	2.0	47	100	0	190	36	16	23	23	1.94
61285883--61285921	16	2.4	16	88	12	62	53	0	12	33	1.39
61287008--61287101	33	2.8	33	85	3	107	38	9	22	29	1.86
61287096--61287210	33	3.5	31	78	10	95	31	13	24	31	1.93
61287115--61287210	33	2.9	33	81	3	104	32	14	23	29	1.94
61288492--61288521	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
61293505--61293559	5	11.2	5	96	3	103	40	0	0	60	0.97
61293581--61293641	11	6.0	10	72	14	54	72	4	22	0	1.04
61299142--61299178	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
61305400--61305438	20	2.0	20	89	0	60	41	0	28	30	1.57
61314451--61314518	30	2.3	30	82	5	75	27	20	4	47	1.69
61320775--61320807	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
61321088--61321312	46	4.9	46	89	0	324	22	22	13	41	1.89
61323359--61323480	60	2.0	61	98	1	237	27	19	16	36	1.93
61327103--61327136	17	2.0	17	88	0	50	67	5	8	17	1.37
61331904--61331944	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
61336028--61336147	35	3.4	35	89	0	177	32	12	25	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61336784--61336839	18	3.1	17	79	5	58	41	14	5	39	1.68
61336846--61336918	18	3.9	19	75	5	69	46	16	6	30	1.73
61337240--61337284	23	2.0	23	100	0	90	31	0	17	51	1.46
61337296--61337351	21	2.5	22	78	16	71	39	8	0	51	1.33
61345902--61346161	38	7.1	38	82	10	299	22	22	24	30	1.99
61345999--61346051	27	2.0	27	96	0	97	18	18	30	32	1.96
61345960--61346161	65	2.9	68	83	8	239	21	21	25	32	1.98
61345923--61346127	103	2.0	103	93	0	347	21	21	25	31	1.98
61346166--61346288	45	2.9	43	83	8	144	24	21	29	24	1.99
61348315--61348492	97	1.8	97	85	2	250	42	9	21	26	1.83
61349204--61349253	20	2.4	21	90	10	84	18	12	30	40	1.86
61352848--61352873	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
61363458--61363512	9	6.2	9	79	14	53	47	0	1	50	1.11
61364272--61364318	15	3.1	15	70	11	51	55	8	0	36	1.31
61373499--61373556	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
61373768--61373799	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
61373894--61374135	50	4.7	50	84	4	288	26	24	28	19	1.99
61373894--61374143	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	20	1.99
61377341--61377367	6	4.5	6	100	0	54	37	33	29	0	1.58
61379973--61380105	46	2.9	46	87	3	178	33	25	21	19	1.97
61379973--61380150	47	3.8	47	81	5	182	33	25	20	21	1.97
61383191--61383235	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61383199--61383253	29	2.0	27	85	7	74	30	1	0	67	1.01
61391509--61391633	62	2.0	62	95	3	225	43	6	12	37	1.69
61397364--61397423	31	1.9	31	83	6	77	43	13	10	33	1.77
61400149--61400242	42	2.2	42	88	0	134	18	26	13	41	1.88
61400176--61400305	63	2.1	63	94	0	224	18	26	11	43	1.84
61401768--61401805	19	2.0	19	89	0	58	34	13	18	34	1.89
61404536--61404647	57	1.9	59	87	3	165	27	28	19	24	1.99
61406398--61406601	38	5.3	38	84	2	219	33	26	21	19	1.97
61409826--61411786	984	2.0	984	95	0	3494	35	16	22	25	1.95
61420011--61420059	24	2.0	24	92	7	82	67	0	4	28	1.09
61421459--61421513	26	2.1	26	83	6	67	67	7	0	25	1.16
61421449--61421506	17	3.5	17	75	11	66	63	5	0	31	1.16
61421449--61421514	17	3.9	16	73	13	53	63	6	0	30	1.18
61421589--61421633	19	2.3	19	84	3	54	53	11	0	35	1.37
61425375--61425449	29	2.6	27	82	12	87	58	5	5	30	1.43
61431467--61431560	47	2.0	46	91	2	152	41	21	19	18	1.90
61436624--61436674	20	2.5	20	84	12	61	56	7	0	35	1.28
61436644--61436681	19	2.1	18	85	14	51	55	5	0	39	1.23
61437081--61437896	131	6.2	131	83	3	957	29	18	12	39	1.88
61437089--61437891	393	2.0	392	89	0	1212	29	17	12	39	1.87
61438298--61438441	72	2.0	72	100	0	288	27	11	15	45	1.80
61439349--61439406	29	2.0	29	93	0	98	43	29	0	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61439355--61439402	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
61441006--61441045	20	2.0	21	85	5	55	47	5	22	25	1.71
61445647--61445895	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
61445646--61445895	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
61445990--61446021	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
61446233--61446290	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
61448358--61448967	302	2.0	302	91	1	992	27	22	19	30	1.98
61453633--61453705	38	1.9	38	86	5	103	24	6	16	52	1.68
61454399--61454436	18	2.1	18	90	0	58	28	18	18	34	1.95
61454661--61454717	28	2.0	28	100	0	114	33	17	17	31	1.93
61456141--61456196	9	5.8	9	75	21	51	64	1	1	32	1.14
61456142--61456200	30	2.0	29	86	3	82	64	1	1	32	1.13
61457788--61458289	3	168.3	3	69	11	169	60	2	7	29	1.37
61458072--61458185	34	3.2	36	72	17	105	68	0	6	24	1.18
61458125--61458173	25	2.0	25	84	8	64	69	2	6	22	1.21
61458921--61458974	5	10.8	5	83	15	67	79	3	1	14	0.95
61459577--61459757	85	2.1	84	81	7	213	27	19	20	33	1.96
61459870--61460274	68	6.0	68	87	1	571	27	22	24	25	2.00
61459873--61460278	137	3.0	137	87	2	606	28	22	24	25	2.00
61460286--61460897	87	7.0	87	88	1	804	22	24	20	32	1.98
61460268--61460897	261	2.4	261	87	2	890	23	24	20	32	1.98
61460965--61461153	66	2.9	66	96	1	346	34	13	20	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61466206--61466396	3	63.7	3	73	10	104	60	0	8	30	1.31
61466207--61466353	39	3.6	39	73	12	116	59	0	8	31	1.31
61466360--61466414	21	2.4	22	82	11	58	56	1	12	29	1.47
61466604--61467114	3	169.3	3	68	11	177	60	2	8	27	1.40
61466772--61466845	23	3.3	22	78	14	80	64	1	6	27	1.26
61466765--61466884	58	2.1	58	83	9	147	60	1	8	29	1.35
61466899--61467004	34	3.2	31	79	20	110	66	0	6	25	1.21
61467333--61467377	23	2.0	23	86	0	63	71	4	0	24	1.05
61469147--61469213	34	2.0	34	93	0	116	22	7	19	50	1.72
61471540--61471575	13	2.7	13	86	4	54	25	2	0	72	0.98
61471671--61471720	19	2.7	18	81	9	55	30	0	4	66	1.10
61471899--61471954	17	3.3	17	80	12	53	48	3	1	46	1.30
61471906--61471956	17	3.1	16	86	11	59	50	3	1	43	1.31
61472180--61472214	17	2.1	17	94	0	61	42	2	0	54	1.15
61472180--61472232	24	2.2	25	86	10	74	37	3	1	56	1.28
61471948--61472456	248	2.0	248	82	7	622	38	8	7	45	1.62
61472398--61472450	16	3.2	16	79	10	52	41	1	9	47	1.47
61472815--61472867	20	2.5	20	87	6	70	60	0	1	37	1.08
61473357--61473420	19	3.5	19	76	4	69	31	1	1	65	1.11
61479973--61480057	39	2.2	40	85	6	111	30	22	17	29	1.97
61488132--61488186	23	2.4	24	87	6	78	9	14	12	63	1.51
61492742--61492791	16	3.0	16	80	16	57	76	0	2	22	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61496599--61496861	132	2.0	132	87	3	386	29	20	18	31	1.96
61496599--61496928	132	2.5	131	82	5	335	28	20	19	31	1.97
61500594--61500750	42	3.7	42	79	9	158	25	18	25	30	1.98
61500586--61500750	43	3.9	42	78	9	172	25	18	25	30	1.98
61512599--61512637	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
61512618--61512663	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
61513039--61513065	13	2.1	13	100	0	54	25	22	22	29	1.99
61522296--61522366	16	4.4	16	83	3	90	38	4	26	30	1.76
61522299--61522366	32	2.1	32	89	5	102	39	2	26	30	1.71
61522348--61522436	44	2.0	44	84	4	115	32	5	24	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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