genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16999489--16999644	26	5.9	27	81	4	176	22	12	20	44	1.85
16999489--16999597	53	2.1	52	91	1	173	23	10	22	44	1.83
16999514--16999643	53	2.5	53	82	2	145	22	14	20	43	1.88
17006431--17006650	40	5.6	40	80	5	214	26	25	22	25	2.00
17010500--17010669	40	4.3	39	85	3	207	26	27	20	25	1.99
17018762--17018933	40	4.3	40	92	2	267	25	28	21	24	1.99
17018762--17018979	80	2.7	81	83	6	277	25	27	21	25	1.99
17018764--17018979	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	25	2.00
17029773--17029831	30	2.0	28	83	6	73	40	5	23	30	1.76
17030158--17030343	48	3.9	48	76	5	162	26	20	25	27	1.99
17031496--17031541	20	2.3	20	92	3	76	21	32	32	13	1.92
17047774--17047819	20	2.3	20	96	3	85	10	21	45	21	1.82
17049702--17049733	6	5.2	6	92	7	55	81	0	0	18	0.70
17049702--17049752	12	4.2	12	75	5	50	74	1	3	19	1.07
17055623--17055698	25	3.0	25	100	0	152	43	7	23	25	1.80
17061636--17061680	9	4.9	9	89	5	63	51	0	20	28	1.48
17066828--17066895	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17066717--17067045	175	1.9	174	93	0	568	30	24	14	30	1.95
17067004--17067076	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
17072293--17072334	9	4.9	9	85	2	52	45	2	21	30	1.65
17076274--17076346	36	2.1	35	84	2	92	24	4	0	71	1.04
17076274--17076346	12	6.2	12	73	10	62	24	4	0	71	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17087591--17087647	23	2.5	23	85	0	87	10	28	36	24	1.88
17090217--17090255	7	5.6	7	100	0	78	0	28	0	71	0.86
17092866--17093090	40	5.7	40	84	6	253	26	27	21	24	1.99
17092868--17093090	119	1.9	120	81	6	274	26	27	21	24	2.00
17100930--17101088	40	4.0	39	87	4	203	27	28	20	24	1.99
17100947--17101088	40	3.6	40	90	2	216	27	28	18	25	1.98
17107090--17107247	79	2.0	79	98	0	307	24	15	21	38	1.92
17110698--17110742	19	2.3	20	85	11	67	24	11	17	46	1.81
17124996--17125163	46	3.6	47	77	7	146	29	18	27	23	1.98
17139133--17139511	48	7.9	47	81	5	332	26	19	28	25	1.98
17139143--17139511	144	2.6	143	81	6	388	26	19	28	24	1.99
17139146--17139511	96	3.8	96	81	5	409	26	19	28	24	1.99
17154525--17154562	20	1.9	20	84	10	51	42	7	2	47	1.46
17154564--17154726	69	2.4	68	87	4	227	47	2	9	40	1.48
17155060--17155127	29	2.3	30	80	14	72	26	4	8	60	1.46
17156314--17156374	31	2.0	31	90	3	97	29	3	9	57	1.47
17173625--17173770	41	3.6	40	77	6	141	27	22	25	24	2.00
17179547--17179727	40	4.6	40	78	4	170	25	23	25	24	2.00
17188555--17188725	46	3.7	46	83	10	174	23	29	18	28	1.98
17194000--17194147	47	3.1	47	90	0	233	33	11	29	26	1.91
17194028--17194103	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
17194117--17194303	48	3.8	48	86	8	286	35	6	26	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17194118--17194303	100	1.9	96	90	6	293	36	6	26	31	1.82
17194449--17194593	37	3.9	37	94	0	245	24	19	30	25	1.98
17195864--17196213	40	8.8	40	92	1	569	24	21	28	25	1.99
17200183--17200330	47	3.1	47	86	0	206	34	12	27	25	1.92
17200301--17200484	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
17200300--17200484	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
17200630--17200774	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
17208601--17208661	31	2.0	31	90	3	97	57	9	3	29	1.47
17210247--17210410	70	2.4	70	89	1	240	40	9	2	48	1.48
17241241--17241463	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
17241239--17241463	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
17249249--17249417	39	4.3	40	88	3	227	27	27	19	25	1.99
17249249--17249417	79	2.1	79	85	4	225	27	27	19	25	1.99
17249269--17249470	79	2.6	79	81	7	214	25	28	20	25	1.99
17255432--17255589	79	2.0	79	98	0	307	24	15	21	38	1.92
17258380--17258651	147	1.9	147	81	4	334	29	29	12	28	1.93
17259040--17259085	19	2.3	20	88	7	76	23	10	17	47	1.79
17262293--17262459	46	3.6	45	76	7	174	28	29	20	22	1.98
17262292--17262463	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	22	1.98
17263783--17263862	39	2.0	40	85	7	110	33	20	12	33	1.90
17282550--17282585	18	2.1	18	89	5	56	25	8	16	50	1.73
17293141--17293314	46	3.8	46	75	13	185	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17293148--17293319	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	21	1.98
17293145--17293334	46	4.1	45	70	14	129	28	28	20	22	1.98
17300400--17300442	19	2.3	19	92	4	70	44	23	4	27	1.73
17302252--17302371	43	2.9	41	72	13	100	25	20	25	28	1.99
17302804--17302833	13	2.3	13	94	0	51	23	3	13	60	1.48
17308498--17308664	46	3.6	46	73	13	135	32	29	19	19	1.96
17310939--17311007	30	2.3	30	82	7	88	59	15	14	10	1.61
17310939--17311007	15	4.7	15	77	8	70	59	15	14	10	1.61
17313963--17314185	47	4.8	47	72	15	176	28	27	20	24	1.99
17313917--17314185	94	2.9	93	88	1	403	28	28	20	22	1.99
17321983--17322020	20	1.9	19	89	5	58	15	7	2	73	1.17
17322014--17322065	24	2.2	25	82	6	63	28	5	1	63	1.28
17331371--17331425	25	2.2	25	100	0	110	36	12	20	30	1.90
17333954--17336048	699	3.0	697	97	0	3915	29	21	15	34	1.93
17336737--17336956	40	5.6	40	82	4	250	25	26	22	24	2.00
17341328--17341454	46	2.8	46	95	0	218	29	29	20	20	1.98
17343732--17343787	15	3.7	16	88	7	82	60	10	16	12	1.58
17346692--17346820	46	2.8	46	91	0	204	28	27	21	22	1.99
17350974--17351079	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
17352941--17353117	43	4.1	43	92	0	291	12	22	32	32	1.92
17353297--17353379	28	2.9	28	75	7	96	24	20	30	25	1.99
17353303--17353399	28	3.4	27	73	7	77	22	18	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17355835--17355908	29	2.6	29	82	0	94	25	14	29	29	1.95
17355866--17356193	174	1.9	174	98	0	629	29	14	25	30	1.95
17370615--17370767	27	5.8	27	81	6	143	20	14	20	43	1.87
17372322--17372399	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
17372352--17372678	173	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
17380457--17380533	29	2.6	29	85	2	100	24	15	31	28	1.96
17380486--17380813	174	1.9	174	98	0	629	29	14	25	30	1.95
17384736--17384839	48	2.2	48	92	0	172	33	5	27	32	1.81
17384975--17385046	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
17387807--17388014	53	3.9	54	84	4	249	23	25	16	35	1.95
17387818--17388014	55	3.6	54	84	4	245	22	24	16	35	1.95
17387994--17388201	47	4.5	47	74	10	169	23	22	17	36	1.95
17394345--17394399	25	2.2	25	81	12	60	49	5	3	41	1.43
17394371--17394446	37	2.1	36	83	11	93	56	3	1	38	1.26
17394463--17394504	21	2.0	21	100	0	84	33	14	9	42	1.78
17399736--17399843	44	2.4	44	85	3	135	30	23	13	32	1.93
17401173--17401261	27	3.3	27	87	1	117	19	28	19	33	1.96
17405703--17406158	228	2.0	228	99	0	894	27	13	16	42	1.86
17425461--17425529	22	3.1	22	87	4	95	11	24	27	36	1.90
17425662--17425714	27	2.0	27	85	7	72	16	28	26	28	1.97
17428299--17428403	53	2.0	53	82	0	129	20	27	18	34	1.95
17452518--17452741	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17452518--17452741	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
17452518--17452774	79	3.3	79	82	9	224	25	22	27	24	2.00
17475493--17475523	6	5.3	6	92	7	55	83	0	16	0	0.64
17492842--17492998	43	3.7	43	77	10	162	24	17	27	29	1.98
17497722--17497915	47	4.1	47	89	0	280	34	10	28	26	1.90
17498125--17498230	37	2.9	37	92	0	167	25	17	30	26	1.98
17499518--17499632	41	2.8	41	80	3	117	32	26	15	26	1.96
17499561--17499664	41	2.5	41	85	3	129	30	25	16	26	1.97
17501884--17501914	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
17501881--17501920	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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