genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  258  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81128098--81128231	56	2.4	56	94	2	232	26	14	29	29	1.95
81128124--81128212	28	3.2	28	73	17	103	24	15	32	26	1.96
81136297--81136326	14	2.1	14	93	0	51	13	3	20	63	1.43
81139765--81139797	15	2.2	15	100	0	66	27	0	27	45	1.54
81146793--81146849	28	2.1	28	93	3	98	14	8	15	61	1.56
81147161--81147316	80	2.0	80	94	0	276	35	9	7	46	1.65
81147784--81147847	16	4.0	16	71	15	51	32	1	7	57	1.37
81148573--81148619	21	2.3	20	85	10	60	74	4	2	19	1.09
81148529--81148612	11	7.7	11	70	12	50	65	7	5	21	1.39
81154909--81154977	30	2.3	31	87	2	104	40	4	10	44	1.58
81155424--81155464	21	1.9	22	85	14	59	34	2	2	60	1.23
81156213--81156253	22	1.9	21	85	14	57	26	0	4	68	1.10
81156419--81156568	9	15.6	9	68	13	52	60	1	5	32	1.27
81156415--81156484	18	3.5	20	75	11	65	64	1	7	27	1.28
81156413--81156559	20	7.4	20	70	12	90	59	1	5	33	1.28
81162289--81162341	22	2.4	22	90	6	81	33	7	15	43	1.74
81166123--81166154	14	2.3	14	94	0	55	40	0	6	53	1.26
81170629--81170697	29	2.3	30	82	10	86	34	0	10	55	1.34
81179279--81179312	17	2.0	17	94	0	59	29	14	11	44	1.81
81179699--81179774	31	2.5	31	85	8	93	50	5	3	40	1.44
81180726--81180764	20	2.0	20	89	0	60	35	0	7	56	1.28
81182258--81182297	14	2.9	14	88	3	55	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81183016--81183041	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
81183110--81183476	114	3.2	114	88	1	533	25	22	26	25	2.00
81183408--81183517	41	2.7	40	88	5	150	20	22	30	27	1.98
81183294--81183593	155	1.9	155	88	4	453	24	22	26	27	2.00
81183837--81183877	15	2.9	14	85	7	55	24	0	39	36	1.56
81184160--81184208	7	6.9	7	76	4	53	20	0	46	32	1.51
81184156--81184223	15	4.7	15	80	10	63	22	0	44	33	1.53
81184136--81184221	36	2.4	36	80	3	93	23	0	40	36	1.55
81184712--81185310	146	4.1	146	94	2	1026	44	14	16	24	1.85
81185205--81185416	106	2.0	106	94	0	372	34	17	23	25	1.96
81184766--81185845	539	2.0	540	92	4	1793	42	14	17	25	1.88
81185310--81185872	145	3.9	145	92	4	917	42	14	16	26	1.86
81185310--81185871	292	1.9	289	94	1	1000	42	14	16	26	1.86
81187942--81187990	25	1.9	26	84	12	66	26	2	6	65	1.27
81189650--81189874	43	5.2	43	89	1	281	24	16	25	32	1.96
81195919--81196240	129	2.5	130	88	4	481	36	9	17	36	1.83
81196173--81196336	85	1.9	85	83	4	215	38	10	18	32	1.85
81196044--81196465	214	2.0	214	86	3	591	36	9	17	36	1.82
81196256--81196635	129	2.9	129	82	4	480	35	8	17	38	1.80
81195919--81196583	343	1.9	343	83	6	848	35	9	17	37	1.82
81201751--81201790	20	2.0	20	100	0	80	20	10	0	70	1.16
81213710--81213750	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81238230--81238309	31	2.6	30	81	14	85	38	10	11	40	1.75
81238703--81238754	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
81246503--81246536	17	2.0	17	100	0	68	23	23	11	41	1.87
81249453--81249781	186	1.8	178	82	7	419	34	17	16	31	1.93
81254215--81254284	29	2.4	29	85	4	88	50	2	0	47	1.16
81258242--81258324	16	5.3	15	73	17	53	36	4	9	49	1.57
81261031--81261074	22	2.0	22	86	8	63	56	4	9	29	1.50
81265953--81266045	18	5.2	18	88	0	141	27	23	16	32	1.96
81277393--81277452	30	2.0	30	93	0	102	35	6	16	41	1.75
81284139--81284178	18	2.3	18	87	8	57	57	2	0	40	1.12
81287363--81287476	51	2.2	51	93	0	192	33	14	23	28	1.94
81291623--81291838	110	2.0	111	86	4	303	32	14	9	43	1.78
81299730--81299772	18	2.4	18	92	3	70	27	0	0	72	0.85
81303137--81303161	13	1.9	13	100	0	50	8	12	0	80	0.92
81312074--81312107	2	17.0	2	93	0	59	0	2	50	47	1.16
81314042--81314070	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
81328592--81328657	29	2.3	29	94	0	114	30	12	13	43	1.80
81332970--81333051	34	2.4	35	81	4	87	60	2	2	34	1.23
81338852--81338965	33	3.7	32	72	13	94	16	9	56	17	1.66
81338945--81338970	12	2.2	12	100	0	52	7	0	65	26	1.20
81344373--81344427	27	2.0	27	82	10	67	69	3	3	23	1.21
81345056--81345088	16	2.1	16	100	0	66	45	24	6	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81351716--81351760	6	7.5	6	100	0	90	33	0	15	51	1.44
81354135--81354186	26	2.0	26	84	0	68	53	1	0	44	1.11
81356066--81356101	6	5.7	6	87	12	54	30	0	0	69	0.89
81356066--81356101	14	2.8	13	91	8	56	30	0	0	69	0.89
81356066--81356114	26	1.9	25	87	4	71	26	0	2	71	0.97
81357013--81357057	23	2.0	23	82	8	56	22	22	8	46	1.79
81377463--81377511	2	24.5	2	100	0	98	51	48	0	0	1.00
81378092--81378130	7	5.3	7	85	11	51	35	0	0	64	0.94
81378092--81378132	16	2.7	15	88	7	57	36	0	0	63	0.95
81386006--81386087	23	3.6	23	73	6	78	23	8	1	67	1.26
81385997--81386087	45	2.0	46	89	6	141	27	8	2	61	1.37
81388656--81388707	6	8.0	6	80	16	50	38	3	11	46	1.59
81399624--81399660	18	2.1	18	89	0	56	48	21	13	16	1.80
81406909--81406990	30	2.7	30	77	11	85	40	9	4	45	1.59
81409404--81409747	172	2.0	172	98	0	670	27	8	23	41	1.82
81420345--81420396	25	2.1	25	100	0	104	38	11	11	38	1.78
81421905--81421940	18	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
81425300--81425343	15	2.9	15	86	10	54	65	2	2	29	1.16
81425300--81425354	14	3.7	15	83	11	60	67	1	1	29	1.11
81425772--81425841	27	2.5	29	71	15	67	35	0	1	62	1.04
81427922--81427960	18	2.1	19	85	4	53	66	2	0	30	1.05
81431605--81431778	86	2.0	86	100	0	348	25	6	13	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81431623--81431802	86	2.1	86	89	4	247	26	8	12	52	1.68
81433049--81433088	17	2.3	17	86	4	53	52	12	12	22	1.72
81439313--81439367	27	2.0	27	100	0	110	38	10	18	32	1.85
81443364--81443402	18	2.0	20	85	9	55	33	5	7	53	1.51
81443636--81443673	20	1.9	20	94	0	67	28	0	13	57	1.36
81443727--81443766	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
81443839--81443889	24	2.1	25	85	3	68	35	0	7	56	1.28
81444975--81445003	8	3.8	8	95	4	51	24	13	10	51	1.72
81447521--81447563	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
81449769--81449955	93	2.0	93	98	0	365	33	25	25	15	1.95
81459993--81460019	14	1.9	14	100	0	54	55	7	14	22	1.64
81470762--81470806	19	2.4	18	85	7	63	68	0	2	28	1.01
81470995--81471043	20	2.4	21	83	12	59	16	6	6	71	1.27
81472406--81472466	31	2.0	31	96	0	113	45	4	6	42	1.51
81478565--81478602	17	2.2	18	86	13	53	60	5	0	34	1.19
81507327--81507596	87	3.0	87	89	6	423	32	6	13	47	1.69
81507327--81507615	93	3.2	91	91	5	444	33	6	13	47	1.68
81512278--81512385	54	2.0	54	100	0	216	29	18	22	29	1.97
81515972--81516299	110	3.0	110	86	1	442	29	12	17	39	1.87
81518891--81518947	26	2.2	26	81	9	64	61	0	0	38	0.96
81522847--81522907	31	2.0	31	87	6	88	52	4	6	36	1.49
81527059--81527145	30	2.9	30	91	0	138	44	24	26	4	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81528177--81528217	6	6.3	6	84	15	55	78	0	2	19	0.87
81528177--81528226	21	2.4	22	83	6	68	76	0	2	22	0.89
81528186--81528227	15	2.8	15	75	13	50	73	0	2	23	0.94
81530728--81530799	29	2.4	29	81	2	81	34	9	16	38	1.82
81534797--81534847	4	12.8	4	95	0	93	50	25	0	23	1.49
81553570--81553619	18	2.8	17	87	9	64	50	0	0	50	1.00
81553897--81553935	20	2.0	20	94	0	69	17	20	10	51	1.74
81554112--81554155	21	2.2	20	87	4	61	40	2	2	54	1.25
81554137--81554184	26	1.9	26	83	8	64	45	6	0	47	1.27
81567360--81567389	6	5.0	6	95	0	51	36	33	16	13	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259