genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263419--2263673	55	4.8	54	80	9	269	36	18	24	21	1.95
2263426--2263626	108	1.8	110	89	4	318	34	18	24	22	1.96
2274020--2274073	22	2.3	24	78	18	60	72	22	0	5	1.05
2274027--2274073	22	2.1	23	84	11	62	72	21	0	6	1.07
2276497--2276719	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	25	2.00
2276495--2276719	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
2284366--2284588	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
2284364--2284588	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
2287646--2287890	126	1.9	127	84	2	323	28	20	17	33	1.96
2287786--2288299	131	3.9	128	73	10	351	28	19	17	34	1.95
2302452--2302673	40	5.6	40	84	4	227	26	27	20	24	1.99
2302605--2302682	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2310347--2310569	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
2310501--2310578	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2314672--2314864	95	2.0	95	95	0	350	47	9	20	22	1.79
2315320--2315350	16	1.9	16	93	0	53	16	9	3	70	1.26
2316955--2317066	37	3.0	36	76	15	113	41	2	2	52	1.29
2316971--2317168	62	3.0	67	71	20	189	40	4	5	50	1.43
2318898--2318961	25	2.5	25	82	2	83	35	26	21	15	1.94
2318898--2318971	25	2.9	25	76	9	78	36	28	20	14	1.92
2333021--2333054	17	1.9	18	88	5	52	73	0	11	14	1.10
2333069--2333116	22	2.2	22	81	7	53	43	22	6	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2333133--2333201	27	2.6	25	73	15	66	69	2	4	23	1.20
2333563--2333593	16	1.9	16	93	0	53	54	6	0	38	1.26
2333731--2333766	19	1.9	19	88	5	56	38	0	2	58	1.13
2333731--2333783	18	2.8	19	80	11	65	41	0	3	54	1.18
2352577--2352606	15	2.0	15	93	0	51	23	26	13	36	1.92
2353340--2353380	21	2.0	21	90	0	64	51	9	12	26	1.70
2354556--2354616	30	2.0	30	100	0	122	45	31	13	9	1.75
2354975--2355002	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2357121--2357376	104	2.4	105	94	1	444	29	29	21	19	1.97
2357719--2357779	30	2.0	30	83	0	77	31	24	8	36	1.85
2367011--2367067	17	3.4	17	75	4	53	35	31	14	19	1.91
2381269--2381299	16	2.0	16	93	6	55	45	12	6	35	1.68
2386817--2386881	27	2.4	27	80	10	78	20	27	18	33	1.96
2386832--2386905	27	2.7	28	83	4	89	18	25	21	33	1.96
2386863--2386919	27	2.1	27	83	6	71	22	21	19	36	1.95
2389822--2389849	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
2389808--2389849	18	2.3	18	84	12	50	14	14	0	71	1.15
2389759--2389912	69	2.3	67	89	3	229	24	13	5	57	1.57
2389761--2389943	69	2.8	67	81	14	195	26	13	6	53	1.64
2400309--2400360	16	2.9	17	83	13	61	38	11	11	38	1.78
2400649--2400683	17	2.1	17	89	10	54	34	0	0	65	0.93
2406281--2406306	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406967--2407015	18	2.7	18	93	0	80	36	0	8	55	1.30
2406969--2407016	3	16.0	3	82	0	60	35	0	6	58	1.23
2406969--2407016	12	4.0	12	91	0	69	35	0	6	58	1.23
2407156--2407226	24	2.9	24	78	14	65	43	0	22	33	1.54
2413956--2413981	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
2414644--2414691	3	16.0	3	86	0	69	35	0	4	60	1.16
2415047--2415142	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
2420697--2420731	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
2421014--2421085	19	3.9	19	85	10	114	37	15	9	37	1.80
2421017--2421093	19	4.3	19	82	12	83	38	12	11	36	1.80
2421865--2422017	82	1.9	82	94	2	272	32	17	15	34	1.91
2424846--2424871	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2427010--2427341	130	2.6	128	85	7	415	33	16	19	30	1.94
2427010--2427416	130	3.2	130	81	6	395	32	17	20	29	1.95
2430441--2430511	33	2.2	32	85	11	94	40	1	1	56	1.17
2438639--2438672	9	3.8	9	92	0	59	58	2	0	38	1.13
2439123--2439177	20	2.8	19	81	13	67	40	3	5	50	1.43
2439099--2439233	68	2.0	69	88	1	200	40	3	5	50	1.42
2439365--2439416	26	2.0	26	96	0	95	42	9	3	44	1.55
2441953--2442005	27	2.0	27	82	10	65	47	1	3	47	1.31
2442868--2442937	32	2.2	32	86	0	104	18	5	25	50	1.69
2459667--2459768	50	2.0	50	100	0	204	28	9	13	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460618--2460685	24	2.8	25	86	6	95	36	5	38	19	1.76
2462127--2462214	27	3.1	27	79	10	97	17	19	25	38	1.92
2465068--2465109	18	2.3	18	100	0	84	28	9	26	35	1.88
2469100--2469173	24	3.1	24	88	0	103	33	5	39	21	1.76
2470606--2470695	27	3.2	27	80	10	101	16	20	24	38	1.92
2473550--2473591	18	2.3	18	100	0	84	28	9	26	35	1.88
2477582--2477655	24	3.1	24	88	0	103	33	5	39	21	1.76
2479089--2479202	27	4.1	27	77	11	106	17	21	22	38	1.93
2483386--2483427	19	2.3	19	95	4	77	21	19	7	52	1.69
2483866--2483976	38	2.9	38	86	2	152	33	9	18	38	1.83
2485337--2485461	38	3.3	38	82	2	153	36	12	12	38	1.81
2485584--2485754	89	1.9	89	80	2	200	22	16	22	38	1.93
2485658--2485754	45	2.2	45	88	1	142	21	20	25	31	1.98
2487654--2487679	11	2.4	11	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2491260--2491285	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2497357--2497381	7	3.6	7	100	0	50	16	56	0	28	1.41
2504997--2505050	27	2.0	27	92	0	90	35	5	35	24	1.79
2505798--2506029	117	2.0	117	96	0	428	40	9	21	28	1.84
2507250--2507291	19	2.2	19	95	0	75	11	23	4	59	1.51
2508052--2508091	20	2.0	22	85	14	59	32	5	15	47	1.66
2509004--2509097	24	3.8	25	71	9	68	36	23	23	17	1.95
2518414--2518459	17	2.8	16	84	15	67	56	4	2	36	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522483--2522517	18	1.9	18	88	0	52	14	31	34	20	1.92
2522540--2522578	19	2.1	19	95	0	69	28	43	17	10	1.82
2524590--2524646	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
2524892--2524926	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2524779--2525091	153	2.0	156	95	2	560	45	3	5	46	1.41
2525025--2525066	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2525034--2525075	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2525028--2525250	120	1.9	120	96	1	412	49	6	2	41	1.40
2525144--2525195	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2525121--2525211	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
2525063--2525246	59	3.1	59	65	21	148	49	7	2	41	1.42
2525240--2525286	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
2525259--2525292	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
2525325--2525519	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
2527926--2527951	12	2.2	12	100	0	52	34	23	26	15	1.94
2533652--2533684	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
2534933--2535035	35	2.9	35	77	5	109	19	17	32	31	1.95
2537701--2537825	19	6.9	18	78	17	100	36	11	15	36	1.83
2537708--2537825	35	3.3	35	95	3	200	37	11	14	36	1.83
2540074--2540124	25	2.0	25	100	0	102	27	23	13	35	1.93
2543041--2543105	1	65.0	1	75	0	58	87	0	12	0	0.54
2543041--2543099	21	2.7	23	87	12	90	88	0	11	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2543045--2543105	29	2.2	27	88	5	86	86	0	13	0	0.56
2544096--2544250	79	1.9	81	90	3	251	29	24	23	23	1.99
2544329--2545115	206	3.8	206	94	0	1333	30	18	22	28	1.98
2545514--2545639	19	6.9	19	86	10	192	37	11	14	37	1.81
2545522--2545639	17	6.6	17	87	7	155	37	11	13	37	1.82
2545522--2545639	35	3.3	35	95	3	200	37	11	13	37	1.82
2560095--2560196	29	3.4	30	70	16	77	24	17	20	37	1.94
2560081--2560199	60	2.0	59	86	4	168	23	18	21	36	1.95
2560119--2560210	29	3.1	28	75	9	85	25	14	20	40	1.90
2560622--2560656	6	5.8	6	100	0	70	34	0	14	51	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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