genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67500111--67500177	25	2.7	25	77	17	77	31	2	7	58	1.41
67501687--67501873	99	1.9	99	93	0	320	21	20	14	42	1.88
67502341--67502401	30	2.0	30	100	0	122	32	16	13	37	1.87
67504310--67504340	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
67507139--67507179	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
67509102--67509132	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
67511939--67512203	46	5.7	46	90	0	352	40	14	23	21	1.90
67518270--67518325	22	2.5	22	75	11	69	53	0	10	35	1.36
67518956--67519044	21	4.1	21	73	17	65	70	6	0	22	1.10
67519091--67519123	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
67520972--67521222	131	1.9	132	96	0	468	34	18	20	26	1.96
67532093--67532243	42	3.5	44	79	9	159	25	18	26	29	1.98
67540973--67541028	17	3.3	17	70	9	51	44	10	3	41	1.56
67541382--67541447	20	3.3	20	83	8	82	59	3	1	36	1.22
67558387--67558516	25	5.2	25	84	2	140	20	26	20	31	1.98
67559448--67559474	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
67562468--67562520	20	2.8	17	80	11	52	37	3	1	56	1.28
67563029--67563058	15	2.0	15	100	0	60	33	13	0	53	1.40
67563387--67563438	21	2.3	22	80	12	61	34	1	7	55	1.39
67563396--67563440	21	2.2	20	88	4	63	35	2	8	53	1.45
67563474--67563512	16	2.5	15	84	8	51	41	2	5	51	1.38
67563479--67563524	16	3.0	16	84	9	60	41	0	4	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67563638--67563672	18	1.9	18	100	0	70	37	0	0	62	0.95
67563730--67563760	9	3.6	9	95	4	55	45	0	0	54	0.99
67563730--67563763	13	2.9	11	84	16	50	44	0	0	55	0.99
67565448--67565541	3	32.0	3	77	10	79	67	1	6	25	1.21
67565433--67565482	25	2.0	25	84	4	64	70	0	8	22	1.13
67565448--67565510	28	2.3	28	88	2	92	68	0	4	26	1.10
67565448--67565536	31	2.9	30	81	11	99	68	1	5	24	1.18
67565844--67565902	5	11.0	5	80	12	64	42	0	1	55	1.09
67565841--67565903	8	7.3	9	75	21	64	44	0	1	53	1.10
67567216--67567254	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
67567494--67567628	39	3.4	39	72	6	103	23	19	28	28	1.98
67567751--67567791	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
67568501--67568596	12	7.9	12	81	2	111	60	0	9	30	1.28
67568527--67568623	49	2.0	48	84	8	124	62	0	6	30	1.19
67568503--67568596	3	31.0	3	78	2	98	60	0	8	30	1.26
67568588--67568640	25	2.1	25	83	13	65	64	1	1	32	1.15
67569299--67569333	12	3.0	12	87	4	54	2	17	0	80	0.84
67569300--67569337	12	3.2	12	81	7	51	2	18	0	78	0.86
67571419--67571450	13	2.5	13	94	0	55	43	6	0	50	1.27
67580939--67580971	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
67586690--67586717	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
67588111--67588151	21	1.9	22	90	5	66	65	2	7	24	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67593854--67593908	16	3.4	17	74	20	55	58	1	3	36	1.26
67593915--67593970	6	8.4	7	83	13	50	51	3	0	44	1.18
67593918--67593960	13	3.3	13	82	17	54	51	4	0	44	1.22
67593939--67593970	6	5.3	6	100	0	64	50	0	0	50	1.00
67593997--67594097	3	34.3	3	69	21	63	63	1	4	29	1.26
67595136--67595190	23	2.4	24	90	9	96	20	16	50	12	1.77
67595881--67595924	16	2.6	17	82	13	56	75	0	0	25	0.81
67595923--67595965	22	1.9	22	85	4	59	25	2	0	72	0.97
67595919--67595977	23	2.6	23	72	8	57	32	1	0	66	1.02
67598215--67598249	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
67598393--67598435	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
67598565--67598607	23	2.0	21	86	9	59	51	4	13	30	1.62
67598571--67598620	23	2.2	23	82	13	59	54	8	12	26	1.64
67599179--67599203	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
67599180--67599226	14	3.4	13	81	18	51	76	0	8	14	1.01
67599440--67599486	21	2.2	21	80	0	58	2	2	38	57	1.23
67599455--67599522	27	2.6	27	92	2	111	4	2	38	54	1.36
67600377--67601370	364	2.7	364	96	1	1820	31	21	16	30	1.96
67600382--67601357	72	13.5	72	89	2	1451	30	22	16	30	1.96
67611173--67611207	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
67611350--67611392	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
67611522--67611564	23	2.0	23	86	9	63	51	6	13	27	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67612136--67612160	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
67612137--67612183	14	3.4	13	81	18	51	76	0	8	14	1.01
67612400--67612477	25	3.2	24	87	5	113	3	3	29	62	1.30
67614512--67614606	45	2.1	45	96	1	174	52	4	10	32	1.55
67634682--67634732	23	2.2	23	85	3	66	31	0	1	66	1.03
67635692--67635748	22	2.7	21	82	15	57	47	1	1	49	1.22
67635973--67636014	21	2.0	22	85	4	59	38	0	4	57	1.20
67640182--67640227	24	1.9	24	86	8	67	39	21	23	15	1.92
67646870--67646908	19	1.9	19	90	10	60	56	0	0	43	0.99
67646868--67646920	27	2.0	27	85	7	72	56	0	0	43	0.99
67646869--67646922	21	2.6	21	80	17	67	55	0	0	44	0.99
67650358--67650431	12	5.8	12	71	14	58	32	8	4	55	1.48
67650317--67650411	3	31.7	3	74	4	84	29	6	5	58	1.44
67651380--67651508	24	5.4	24	74	17	99	58	4	5	31	1.41
67651421--67651559	44	3.0	46	77	7	129	59	5	5	28	1.44
67651589--67651633	24	1.9	23	81	4	54	62	2	2	33	1.20
67651931--67651983	4	13.2	4	87	0	61	66	0	7	26	1.18
67653686--67653732	23	2.1	22	88	4	67	14	8	2	74	1.15
67654058--67654156	46	2.1	47	94	3	173	48	9	7	35	1.62
67655375--67655449	38	2.0	38	86	5	107	32	2	2	62	1.23
67655556--67655799	84	2.8	83	79	8	229	39	6	15	37	1.75
67659678--67659741	20	3.2	20	77	4	65	48	9	12	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67659690--67659729	21	1.9	21	89	0	62	45	5	15	35	1.68
67661007--67661049	20	2.1	21	83	12	54	44	2	2	51	1.27
67673261--67673302	21	2.1	19	86	8	57	33	4	11	50	1.60
67673261--67673302	20	2.1	21	86	8	61	33	4	11	50	1.60
67683157--67683199	22	2.0	22	85	0	59	11	13	4	69	1.33
67684465--67684526	30	2.1	30	93	0	106	29	3	11	56	1.50
67684864--67684924	29	2.1	30	93	3	106	24	3	13	59	1.49
67685008--67685047	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
67690842--67690890	24	2.0	24	100	0	98	36	8	0	55	1.30
67693489--67693561	36	2.0	36	100	0	146	21	13	23	41	1.89
67697620--67697660	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
67707673--67707697	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
67709089--67709211	54	2.3	54	82	2	149	22	37	18	21	1.94
67710167--67710200	18	2.0	17	88	11	52	47	2	11	38	1.55
67713524--67713561	17	2.2	18	81	13	53	50	10	5	34	1.59
67714431--67714473	22	2.0	22	85	0	59	55	9	11	23	1.64
67715120--67715179	26	2.3	26	85	5	77	36	3	1	58	1.25
67715681--67715723	22	2.0	22	90	9	70	60	0	0	39	0.97
67717291--67717339	21	2.3	20	79	6	53	48	2	2	46	1.25
67724492--67724559	16	4.2	16	90	0	100	27	0	36	35	1.58
67724775--67724816	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
67724784--67724932	15	9.9	15	65	23	55	49	2	1	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67724773--67724983	107	2.0	108	95	0	379	49	4	1	44	1.32
67724865--67724923	16	3.8	16	72	14	52	52	1	1	44	1.21
67724776--67725039	107	2.5	107	86	6	335	50	4	1	43	1.30
67730279--67730321	21	2.0	23	86	9	63	60	2	0	37	1.10
67734250--67734309	29	2.1	29	84	6	77	36	21	6	35	1.80
67738011--67738049	20	2.0	20	84	0	51	38	7	7	46	1.61
67752746--67752793	21	2.3	22	78	10	55	39	18	14	27	1.90
67766091--67766119	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
67766142--67766192	5	10.4	5	95	4	95	41	0	0	58	0.98
67767456--67767512	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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