genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5452749--5452870	40	3.1	40	81	5	124	36	21	20	22	1.96
5452766--5452870	40	2.7	39	85	2	149	39	21	18	20	1.93
5452935--5453136	41	5.0	41	91	0	325	18	23	30	27	1.98
5453573--5453605	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
5454348--5454374	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
5458256--5458346	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
5458619--5458865	42	5.8	43	84	6	308	21	17	32	27	1.96
5458619--5458865	127	1.9	127	83	8	322	21	17	32	27	1.96
5458913--5458957	22	2.1	21	87	4	63	42	26	17	13	1.86
5458981--5459040	24	2.4	25	81	13	61	56	6	8	28	1.54
5464776--5465189	215	1.9	212	95	1	747	33	19	12	34	1.89
5465526--5465606	33	2.5	33	95	0	144	27	25	20	25	1.99
5469778--5469827	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
5470995--5471028	13	2.8	12	86	8	50	50	8	11	29	1.69
5471695--5471823	42	3.0	42	77	2	150	31	26	13	28	1.94
5473497--5473561	29	2.2	29	78	5	69	73	1	7	16	1.13
5475273--5475315	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
5475296--5475328	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
5475307--5475401	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
5475563--5475597	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
5475521--5475593	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
5475699--5475740	17	2.5	17	85	14	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5475706--5475740	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
5475482--5475752	143	1.9	147	93	4	478	46	3	2	46	1.34
5475905--5475956	17	3.2	17	78	15	56	51	1	5	40	1.37
5475989--5476182	92	2.1	92	88	5	286	46	4	4	44	1.41
5477208--5477259	23	2.3	23	100	0	104	48	23	11	17	1.79
5480764--5481920	144	8.0	144	93	0	1794	31	16	24	28	1.96
5484864--5484919	14	4.1	13	75	24	53	60	1	1	35	1.17
5484854--5484912	14	3.9	15	80	12	75	61	1	3	33	1.23
5484830--5484923	34	2.9	33	80	10	106	61	2	3	32	1.23
5484876--5484919	12	3.4	12	82	14	52	61	0	2	36	1.09
5484831--5484917	17	5.3	16	70	21	56	60	2	2	34	1.22
5485018--5485058	21	2.0	21	85	9	57	60	0	2	36	1.10
5485018--5485246	15	15.4	15	68	22	101	62	2	3	31	1.26
5485019--5485207	50	3.7	53	70	20	134	60	2	3	32	1.28
5485126--5485284	19	7.8	21	70	17	90	65	1	3	30	1.16
5485126--5485273	41	3.6	41	73	20	114	65	1	3	29	1.17
5485133--5485238	55	1.9	56	84	9	146	65	1	2	30	1.18
5485132--5485260	12	10.8	12	68	17	63	65	1	3	29	1.16
5485225--5485261	11	3.2	11	85	14	56	67	0	2	29	1.04
5485110--5485258	31	4.8	31	69	20	89	65	1	4	29	1.19
5487382--5487429	14	3.4	14	82	0	51	45	6	29	18	1.74
5493930--5493958	12	2.4	12	100	0	58	17	6	6	68	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5494344--5494383	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
5494341--5494388	14	3.4	14	85	0	51	45	6	31	16	1.72
5507957--5508220	144	1.8	144	95	0	474	31	15	25	27	1.96
5510553--5510619	34	1.9	35	84	3	91	32	10	13	43	1.78
5510568--5510606	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
5515430--5515478	22	2.2	23	82	10	57	55	4	6	34	1.44
5519073--5519644	27	21.2	27	84	3	704	27	21	9	41	1.84
5519073--5519644	108	5.3	108	89	2	835	27	21	9	41	1.84
5519649--5519826	27	6.6	27	80	5	189	37	19	17	25	1.94
5519649--5519828	54	3.3	54	84	3	227	36	18	17	26	1.94
5519657--5519826	81	2.1	81	87	2	243	37	19	18	25	1.94
5520043--5520128	27	3.2	26	86	4	109	17	22	24	36	1.95
5520247--5520387	6	23.2	6	75	18	132	19	17	14	48	1.81
5520247--5520387	43	3.2	42	80	16	151	19	17	14	48	1.81
5522326--5522923	27	22.2	27	84	3	740	27	22	9	40	1.84
5522928--5523123	54	3.6	54	84	4	243	35	17	19	27	1.94
5522928--5523106	27	6.6	27	81	2	207	35	18	18	27	1.94
5522928--5523105	81	2.2	82	84	2	243	35	18	18	26	1.94
5523322--5523408	27	3.3	26	87	4	111	17	21	25	35	1.95
5523535--5523605	19	3.5	19	73	17	70	18	21	15	45	1.86
5523551--5523672	6	20.2	6	77	17	119	20	16	14	48	1.81
5523529--5523672	18	7.5	19	75	17	113	20	17	15	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5523526--5523671	43	3.4	43	82	8	165	20	17	15	47	1.83
5525610--5526203	27	22.2	27	83	4	729	28	22	9	39	1.85
5525628--5526186	160	3.5	161	87	4	799	28	22	9	39	1.85
5526208--5526402	27	7.2	27	83	3	223	35	16	18	28	1.93
5526602--5526688	27	3.3	26	87	4	111	17	21	25	35	1.95
5526806--5526934	6	21.2	6	73	17	106	20	17	13	48	1.81
5526806--5526873	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
5526831--5526908	30	2.5	31	91	6	124	20	17	12	48	1.80
5528836--5528936	53	2.0	52	84	5	134	27	21	9	40	1.85
5528843--5528936	26	3.6	26	86	2	143	28	21	9	40	1.84
5529061--5529104	1	44.0	1	100	0	88	0	0	0	100	0.00
5529112--5529271	26	6.1	27	78	7	150	28	21	8	41	1.83
5529119--5529283	53	3.2	52	80	8	192	29	20	9	40	1.84
5529102--5529266	53	3.2	52	79	9	192	28	22	8	40	1.83
5529276--5529467	27	7.2	27	79	5	196	36	17	19	27	1.94
5529276--5529468	53	3.6	54	82	7	218	36	17	19	26	1.94
5529276--5529451	80	2.2	80	83	4	230	36	18	18	26	1.94
5529668--5529745	27	3.0	25	85	5	93	17	21	24	35	1.95
5529676--5529745	27	2.7	26	86	4	95	18	22	22	35	1.95
5529861--5529943	24	3.8	24	73	23	83	18	20	13	48	1.81
5529885--5530010	6	21.2	6	77	16	120	20	16	13	49	1.79
5531938--5532527	27	22.2	27	83	6	740	27	22	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5531941--5532522	53	10.9	53	86	6	761	27	22	9	40	1.85
5532532--5532708	27	6.6	28	79	10	156	36	18	18	27	1.94
5532532--5532726	54	3.6	54	84	4	243	35	17	18	27	1.94
5532540--5532698	81	2.0	80	86	3	221	36	17	18	27	1.94
5532923--5533009	27	3.3	26	87	4	111	17	21	25	35	1.95
5533127--5533249	6	20.2	6	73	18	103	20	17	14	47	1.83
5533127--5533194	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
5533152--5533230	30	2.6	31	92	6	126	20	17	13	48	1.81
5535183--5535764	53	11.0	52	83	7	665	28	22	9	39	1.85
5535181--5535769	27	22.2	27	83	5	736	28	22	9	39	1.85
5535181--5535769	133	4.4	133	83	7	716	28	22	9	39	1.85
5535184--5535769	106	5.5	108	87	5	845	27	22	9	40	1.85
5535774--5535968	27	7.2	27	83	3	223	35	16	18	28	1.93
5536167--5536253	27	3.3	26	87	4	111	17	21	25	35	1.95
5536371--5536499	6	21.2	6	74	17	115	20	17	14	47	1.83
5536371--5536438	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
5538436--5539029	27	22.2	27	84	4	756	27	22	9	39	1.85
5538439--5539024	107	5.5	107	88	3	867	27	22	9	39	1.85
5539034--5539228	27	7.2	27	83	3	223	35	16	18	28	1.93
5539427--5539513	27	3.3	26	87	4	111	17	21	25	35	1.95
5539631--5539758	6	21.2	6	73	19	106	20	17	14	47	1.82
5539631--5539698	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5539656--5539733	30	2.5	31	91	6	124	20	17	12	48	1.80
5541693--5542237	27	20.2	27	84	3	668	27	22	9	40	1.84
5541696--5542232	108	5.0	108	88	2	742	27	22	8	40	1.84
5542242--5542419	27	6.6	27	80	2	196	36	18	17	26	1.94
5542242--5542437	54	3.6	53	82	6	225	36	17	18	27	1.94
5542242--5542419	81	2.2	81	83	2	232	36	18	17	26	1.94
5542636--5542722	27	3.3	26	87	4	111	17	21	25	35	1.95
5542865--5542992	6	21.2	6	75	16	113	21	16	13	48	1.80
5542840--5542991	43	3.4	43	76	14	139	22	17	13	47	1.81
5542843--5542919	19	3.8	19	69	15	64	22	20	12	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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