genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18526271--18526438	47	3.6	47	79	8	189	24	27	19	27	1.99
18536048--18536093	23	2.0	23	100	0	92	34	13	8	43	1.74
18537987--18538126	70	2.0	70	94	0	244	34	13	4	47	1.62
18543196--18543236	19	2.2	19	90	0	64	36	24	21	17	1.94
18548323--18548545	40	5.6	40	92	1	324	23	21	27	27	1.99
18548323--18548578	40	6.4	40	89	2	315	24	21	27	26	1.99
18551232--18551265	15	2.3	15	89	0	50	58	17	11	11	1.62
18557131--18557182	28	1.9	26	84	7	68	46	0	7	46	1.31
18559694--18559817	55	2.3	55	82	0	140	23	36	17	22	1.95
18573806--18573967	86	1.9	87	85	13	228	31	26	17	24	1.97
18575692--18575734	20	2.2	20	100	0	86	34	23	20	20	1.96
18586310--18586547	49	4.8	49	85	2	296	26	17	26	29	1.98
18586303--18586547	99	2.5	100	86	2	341	25	17	27	28	1.98
18589544--18589598	15	3.7	15	78	11	69	10	14	12	61	1.56
18591731--18591967	49	4.8	49	86	3	298	25	18	27	29	1.98
18591731--18591967	99	2.4	99	87	4	327	25	18	27	29	1.98
18600241--18600347	55	1.9	55	84	3	144	24	16	23	35	1.95
18600333--18600359	12	2.2	12	100	0	54	37	22	14	25	1.93
18600278--18600415	68	2.0	67	90	4	215	29	16	21	31	1.96
18600345--18600630	56	5.1	56	87	0	403	29	15	22	33	1.94
18600345--18600630	111	2.6	112	88	3	416	29	15	22	33	1.94
18600345--18600653	167	1.9	167	84	0	420	29	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18601135--18601175	20	2.0	20	86	9	57	58	7	0	34	1.26
18618293--18618406	28	4.0	28	80	4	122	27	15	28	28	1.96
18622515--18622635	56	2.2	56	96	0	224	27	14	23	34	1.93
18622531--18622664	56	2.4	56	87	5	173	25	12	26	35	1.92
18624673--18625023	27	13.1	27	80	8	344	40	19	9	30	1.83
18625502--18625573	32	2.2	32	82	0	90	18	16	27	37	1.92
18627538--18627614	27	2.9	27	84	0	91	37	16	15	29	1.90
18629051--18629172	43	2.8	43	86	4	149	30	26	19	23	1.98
18639858--18639920	27	2.3	28	80	2	74	19	20	15	44	1.87
18639906--18639977	33	2.2	33	92	0	117	18	18	12	51	1.76
18654973--18655147	46	3.8	45	76	7	181	29	29	20	21	1.98
18654981--18655151	93	1.8	93	93	0	297	28	29	20	21	1.98
18655979--18656103	45	2.9	42	82	12	146	24	23	32	20	1.98
18659455--18659517	30	2.1	31	87	3	92	25	26	20	26	1.99
18673467--18673634	40	4.2	40	80	6	198	23	20	26	29	1.98
18673480--18673630	80	1.9	80	88	2	232	21	19	27	31	1.97
18673871--18673914	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
18682390--18682464	23	3.2	23	62	23	57	32	5	32	30	1.80
18682374--18682893	47	11.1	47	92	2	776	32	9	30	28	1.88
18683012--18683090	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18685791--18685953	40	4.1	40	84	3	222	22	20	28	28	1.98
18686190--18686233	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18690263--18690407	40	3.6	40	77	8	132	28	23	22	24	1.99
18692508--18692558	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
18699812--18699896	42	2.0	42	95	0	152	29	17	22	30	1.97
18700109--18700139	10	3.0	10	95	4	53	38	19	32	9	1.84
18700718--18700769	27	2.0	26	84	3	68	17	26	19	36	1.94
18711927--18712045	46	2.6	46	81	9	143	28	16	29	25	1.97
18712073--18712202	47	2.8	47	83	8	167	30	18	28	23	1.98
18723269--18723443	23	7.6	22	80	7	181	23	20	25	30	1.99
18723269--18723443	46	3.8	46	84	7	212	23	20	25	30	1.99
18723277--18723433	69	2.3	69	85	8	214	22	21	26	30	1.98
18725490--18725620	27	4.8	28	85	1	171	26	19	10	42	1.84
18725598--18725954	27	13.2	27	77	8	262	39	20	9	29	1.85
18725517--18725645	54	2.4	54	84	2	161	30	19	10	40	1.84
18725611--18725845	53	4.4	52	83	5	263	41	21	8	28	1.82
18725611--18725845	80	2.9	80	89	0	344	41	21	8	28	1.82
18725978--18726073	27	3.5	26	87	8	122	34	22	21	20	1.97
18729524--18729580	30	1.9	30	85	0	78	28	22	7	42	1.80
18730637--18730770	42	3.2	42	91	0	205	30	17	20	32	1.95
18730794--18730870	31	2.5	31	83	8	111	32	18	22	27	1.97
18733754--18733862	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
18733968--18734180	98	2.2	95	80	5	232	28	28	9	33	1.88
18734008--18734192	48	3.8	48	87	4	264	31	27	7	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18734008--18734191	98	1.9	97	87	4	273	30	27	7	34	1.83
18742185--18742368	40	4.6	40	82	2	181	24	22	26	26	2.00
18742185--18742404	80	2.8	79	82	4	239	24	21	26	27	1.99
18747505--18747573	34	2.0	34	97	0	129	26	31	18	23	1.97
18752859--18752899	21	1.9	22	85	5	57	46	21	4	26	1.72
18768799--18769045	55	4.6	55	80	7	237	22	25	16	35	1.95
18771193--18771239	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
18771283--18771321	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
18771372--18771587	24	9.0	24	94	1	362	29	21	22	27	1.99
18774452--18774838	48	8.1	48	95	2	701	32	8	29	29	1.86
18774569--18774646	25	3.2	25	62	17	65	33	3	29	33	1.76
18774452--18774889	143	3.1	143	93	1	736	32	8	30	28	1.87
18774452--18774889	96	4.6	94	92	2	705	32	8	30	28	1.87
18775008--18775086	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
18776942--18777087	43	3.4	43	97	0	265	22	15	34	27	1.94
18777069--18777142	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
18777437--18777527	40	2.3	40	80	3	103	28	20	28	21	1.99
18777533--18777633	40	2.5	40	80	0	103	24	17	31	25	1.97
18778599--18778726	46	2.8	46	92	0	211	21	21	28	29	1.98
18785160--18785375	55	4.0	54	76	8	215	23	25	17	33	1.96
18789471--18789504	16	2.1	16	100	0	68	11	11	23	52	1.70
18789580--18789731	27	5.7	27	86	3	182	25	15	20	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18789580--18789736	53	2.9	53	83	2	199	25	15	21	38	1.92
18789580--18789736	80	2.0	80	94	0	278	25	15	21	38	1.92
18789803--18789850	24	2.0	24	100	0	96	33	12	16	37	1.86
18799019--18799080	32	1.9	32	96	0	115	30	0	25	43	1.55
18802282--18802321	21	1.9	21	89	0	62	45	0	22	32	1.53
18802741--18802791	24	2.1	24	85	7	68	17	27	21	33	1.96
18819213--18819244	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
18820729--18820798	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
18828590--18828659	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
18833702--18833796	37	2.6	37	93	0	154	28	32	16	22	1.96
18833781--18833810	14	2.1	14	93	0	51	26	40	13	20	1.89
18833744--18833847	51	2.0	51	96	0	190	25	35	17	22	1.95
18833795--18833898	37	2.8	37	97	0	190	24	33	19	23	1.97
18833707--18833884	88	2.0	88	94	0	311	25	33	17	22	1.96
18834044--18834228	48	3.8	48	87	4	273	32	25	6	35	1.82
18834044--18834227	98	1.9	97	88	4	282	32	26	6	35	1.82
18834221--18834345	47	2.7	47	91	0	205	28	28	11	32	1.91
18838377--18838546	40	4.2	40	93	0	268	24	28	22	24	1.99
18838531--18838563	17	1.9	17	100	0	66	21	30	24	24	1.99
18838491--18838603	57	2.0	57	98	0	217	23	27	23	24	2.00
18838451--18838646	97	2.0	98	96	1	367	25	26	22	25	2.00
18838548--18838865	40	7.9	40	92	0	519	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18838411--18838683	137	2.0	137	95	0	492	25	27	22	25	2.00
18840136--18840315	37	4.9	37	94	0	306	26	31	17	24	1.97
18840463--18840647	48	3.8	48	89	4	282	31	25	6	36	1.81
18840463--18840646	98	1.9	97	89	4	291	31	25	6	36	1.82
18840617--18840764	47	3.1	47	87	0	206	27	28	11	33	1.91
18843433--18843546	31	3.7	31	92	2	187	28	25	16	28	1.97
18843761--18843838	25	3.2	25	85	3	97	25	19	23	32	1.98
18843768--18843837	25	2.8	25	89	2	106	24	21	25	28	1.99
18844650--18844725	27	2.8	27	76	11	75	22	19	21	36	1.95
18844766--18844851	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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