genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6274985--6275100	60	1.9	60	86	6	164	36	15	28	19	1.93
6281415--6281467	15	3.5	15	92	0	88	11	13	15	60	1.59
6294554--6294668	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
6294554--6294668	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
6296275--6296384	26	4.2	26	91	4	161	38	23	4	33	1.75
6299965--6300026	25	2.5	25	94	0	106	19	22	14	43	1.87
6300317--6300345	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
6308641--6308826	40	4.7	40	88	5	234	26	27	21	24	1.99
6311559--6311624	32	2.1	32	100	0	132	37	15	0	46	1.46
6314397--6314474	13	5.9	14	76	11	58	42	1	19	37	1.59
6314397--6314476	40	2.0	40	90	0	124	41	1	21	36	1.61
6319747--6319789	7	5.9	7	91	2	59	16	0	0	83	0.64
6319747--6319781	8	4.4	8	96	0	61	14	0	0	85	0.59
6326681--6326723	10	4.9	8	94	5	50	37	0	0	62	0.95
6326680--6326717	18	2.0	18	90	10	58	39	0	0	60	0.97
6326680--6326717	10	4.0	10	90	10	62	39	0	0	60	0.97
6331441--6331514	15	4.9	15	93	0	121	59	14	13	12	1.61
6336306--6336345	10	4.0	10	81	12	55	67	2	7	22	1.28
6338014--6338091	40	2.0	39	82	12	97	35	19	2	42	1.65
6337990--6338155	13	12.7	13	70	14	110	35	19	3	41	1.67
6338014--6338201	65	2.9	65	86	7	240	32	21	2	43	1.67
6341702--6341781	37	2.2	37	86	4	108	27	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6341912--6342847	47	20.1	47	94	2	1584	25	30	10	32	1.90
6342333--6342398	21	3.1	21	65	26	57	27	28	7	36	1.84
6344445--6344469	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
6347020--6347074	27	2.0	27	96	0	101	27	21	9	41	1.83
6358334--6358383	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
6371168--6371275	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
6378260--6378367	26	4.2	26	95	0	180	36	23	7	33	1.83
6384760--6384930	81	2.1	82	95	1	308	40	7	11	39	1.70
6390926--6390985	24	2.5	24	94	2	104	35	10	15	40	1.80
6392773--6392820	16	3.3	16	67	27	52	16	29	25	29	1.97
6396438--6396486	22	2.3	23	80	16	61	51	0	2	46	1.12
6399108--6399178	9	7.8	9	71	14	56	63	1	1	33	1.12
6399091--6399174	18	4.5	19	77	15	61	61	2	1	34	1.16
6401585--6401646	32	1.9	32	90	6	99	50	6	3	40	1.44
6401835--6402006	95	1.8	95	80	12	210	48	1	3	45	1.29
6403309--6403511	108	1.9	109	87	3	302	32	20	24	22	1.98
6405288--6405371	6	14.2	6	78	14	86	79	0	15	4	0.89
6405289--6405370	17	4.6	17	77	12	85	81	0	13	4	0.84
6408025--6408070	17	2.6	19	74	22	55	28	0	4	67	1.10
6413911--6413954	15	2.7	16	82	13	54	2	0	22	75	0.92
6413912--6413954	16	2.6	17	82	10	54	2	0	23	74	0.93
6423376--6423417	22	2.0	22	90	4	68	42	4	4	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6429686--6429765	28	2.9	28	81	7	76	60	0	6	33	1.22
6430023--6430125	26	3.9	26	81	7	93	60	2	7	29	1.39
6430043--6430127	25	3.3	25	70	11	73	63	3	5	27	1.34
6434579--6434616	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
6436513--6436694	46	4.0	46	89	1	249	39	14	24	21	1.91
6437458--6437509	20	2.6	20	90	0	77	21	36	32	9	1.86
6437497--6437556	23	2.6	23	100	0	120	13	26	33	26	1.93
6441279--6441413	70	2.0	69	81	8	159	54	11	5	28	1.59
6441955--6441988	10	3.5	10	92	4	52	35	0	0	64	0.94
6451719--6451770	26	2.0	26	100	0	104	19	19	11	50	1.77
6452041--6452085	10	4.5	11	78	15	53	60	0	6	33	1.23
6453351--6453406	17	3.3	17	76	0	58	37	7	5	50	1.53
6454028--6454086	30	2.0	30	86	0	82	37	13	6	42	1.71
6454558--6454619	25	2.5	24	80	10	72	29	6	0	64	1.18
6458691--6458898	40	5.2	40	80	0	202	36	15	26	21	1.94
6458725--6458781	20	2.8	20	69	10	53	36	12	28	22	1.90
6458728--6458898	80	2.2	79	84	1	225	36	13	28	21	1.91
6465845--6466049	40	5.1	39	78	4	169	38	17	27	17	1.92
6465857--6466049	80	2.4	78	77	8	190	37	17	27	17	1.92
6465895--6465956	20	3.1	20	69	17	56	38	19	29	12	1.89
6468058--6468101	18	2.4	18	81	11	54	47	0	0	52	1.00
6472126--6472196	34	2.1	35	84	5	92	29	21	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6475760--6475788	15	2.0	15	93	6	51	62	0	3	34	1.12
6481639--6481681	19	2.3	18	84	8	50	30	2	0	67	1.03
6483995--6484032	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
6485202--6485269	24	2.8	23	77	16	66	58	4	2	33	1.33
6491610--6491649	19	2.1	19	95	0	71	42	25	2	30	1.68
6492907--6492938	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
6494277--6494352	38	2.0	38	97	0	143	32	7	1	57	1.36
6499310--6499370	25	2.4	26	86	5	88	59	0	0	40	0.98
6500715--6501139	104	4.1	104	88	2	586	36	17	19	26	1.94
6500709--6501139	206	2.1	208	87	0	623	35	17	19	26	1.94
6502975--6503047	31	2.4	30	76	19	78	19	6	15	58	1.58
6503181--6503209	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6509978--6510052	6	12.7	6	82	13	77	17	2	0	80	0.84
6509978--6510042	7	9.4	7	81	8	55	16	3	0	80	0.85
6509986--6510052	10	6.8	10	73	20	61	17	2	0	79	0.86
6510161--6510202	20	2.1	20	90	0	66	30	40	7	21	1.80
6510979--6511208	118	1.9	118	90	0	361	23	17	29	29	1.97
6511942--6511994	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40
6514631--6514760	45	2.9	45	81	0	134	44	13	19	23	1.85
6515785--6515828	17	2.6	17	85	0	61	29	20	22	27	1.99
6523609--6523937	130	2.6	126	84	4	385	34	19	17	28	1.95
6524344--6524392	20	2.2	20	86	13	62	65	4	4	26	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6526433--6526501	35	2.0	33	88	5	102	60	14	4	20	1.50
6531133--6531238	43	2.5	43	79	13	121	21	18	21	37	1.94
6530269--6531329	85	12.5	85	86	2	1443	21	27	21	29	1.99
6539104--6539148	21	2.1	21	91	0	72	15	24	22	37	1.93
6543995--6544065	35	2.0	35	94	0	124	59	15	4	21	1.53
6545030--6545163	3	44.7	3	70	16	91	62	1	6	29	1.29
6545030--6545247	21	10.0	21	69	18	108	61	3	8	26	1.41
6545060--6545157	20	4.9	20	77	12	85	61	2	6	30	1.32
6554985--6555031	21	2.1	21	84	11	58	14	29	0	55	1.40
6555447--6555471	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
6555450--6555523	29	2.5	30	80	10	73	63	4	0	32	1.13
6555468--6555513	16	3.1	15	78	12	51	58	4	0	36	1.18
6556835--6556863	14	2.0	15	93	6	51	13	10	0	75	1.04
6561215--6561301	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
6575819--6576328	89	5.5	92	75	11	335	32	17	20	28	1.96
6575819--6576359	44	11.6	44	72	14	281	32	17	21	28	1.96
6575871--6576268	145	2.8	140	78	9	439	32	18	20	29	1.96
6576153--6576359	89	2.3	88	85	2	272	31	19	21	27	1.97
6580027--6580054	9	3.1	9	100	0	56	78	10	10	0	0.96
6584363--6584405	18	2.6	16	81	7	50	11	13	4	69	1.33
6584550--6584689	3	46.7	3	73	16	103	29	6	1	62	1.28
6584556--6584675	43	2.8	42	79	11	118	29	6	1	62	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6584556--6584681	46	3.0	41	72	19	107	30	6	1	61	1.30
6585653--6585723	35	2.0	35	94	0	124	21	4	15	59	1.53
6587867--6587960	3	31.3	3	71	12	59	29	6	2	61	1.32
6587870--6587923	20	2.7	20	80	5	56	31	5	3	59	1.38
6587866--6587929	23	2.8	23	82	0	74	31	6	3	59	1.38
6588039--6588077	3	13.0	3	84	10	53	28	2	2	66	1.18
6588456--6588504	20	2.2	20	86	13	62	26	4	4	65	1.29
6588910--6589238	130	2.6	126	84	4	385	28	17	19	34	1.95
6597019--6597062	17	2.6	17	92	0	70	25	22	22	29	1.99
6598004--6598216	45	4.7	45	77	2	169	22	20	14	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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