genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  254  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79778805--79778835	14	2.2	14	100	0	62	51	19	12	16	1.76
79778951--79778995	4	11.2	4	100	0	90	24	0	24	51	1.49
79782280--79782313	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
79782778--79782820	18	2.3	19	88	4	61	30	4	0	65	1.13
79782890--79782946	24	2.5	23	78	13	55	22	15	5	56	1.60
79784634--79784700	33	2.0	33	97	0	125	41	16	11	29	1.84
79785262--79785323	25	2.5	25	94	2	108	43	12	6	37	1.69
79790396--79790457	29	2.1	30	87	6	90	32	3	12	51	1.56
79790405--79790464	29	2.1	29	87	0	84	31	3	13	51	1.57
79793506--79793550	24	1.9	24	82	13	58	35	8	4	51	1.54
79795708--79795883	46	3.8	46	75	10	178	21	19	28	30	1.97
79795705--79795875	93	1.8	93	89	0	270	21	19	28	29	1.98
79802384--79802529	73	2.0	73	100	0	292	27	15	27	30	1.96
79804791--79804838	20	2.3	20	82	3	60	52	4	12	31	1.58
79805044--79805089	23	2.0	23	86	0	65	60	2	2	34	1.21
79811819--79812219	44	9.1	45	69	10	166	28	25	17	29	1.97
79811815--79812224	132	3.1	132	91	0	613	28	25	16	29	1.97
79813051--79813079	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
79813489--79813553	26	2.6	25	73	22	64	49	3	10	36	1.53
79814568--79814607	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
79814868--79815181	44	7.1	44	82	3	353	30	26	15	27	1.96
79814868--79815181	132	2.4	133	87	2	436	30	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79831360--79831402	17	2.6	17	79	17	54	41	0	2	55	1.12
79836964--79837103	69	2.0	69	94	0	244	24	23	12	40	1.89
79842065--79842348	59	4.7	58	67	18	150	43	2	4	49	1.36
79842058--79842348	120	2.4	122	89	4	462	43	2	4	49	1.35
79842292--79842328	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
79842470--79842583	45	2.6	45	77	10	114	35	28	6	30	1.81
79842567--79842616	16	3.1	16	94	5	91	38	38	0	24	1.56
79843838--79843881	22	2.0	23	90	4	72	34	0	15	50	1.45
79848978--79849057	3	26.3	3	77	7	81	62	5	1	31	1.24
79849522--79849558	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
79849665--79849702	16	2.3	17	81	9	51	13	2	2	81	0.90
79855170--79855195	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79857098--79857159	16	3.9	16	72	12	56	53	1	1	43	1.20
79863027--79863068	22	1.9	22	100	0	84	21	16	4	57	1.58
79866857--79866885	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
79867957--79868021	30	2.2	29	89	8	96	60	0	6	33	1.22
79867955--79868020	15	4.4	15	81	12	82	60	0	6	33	1.21
79869612--79869640	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
79877740--79877934	3	63.0	3	67	23	77	34	2	1	61	1.16
79877740--79877898	36	4.3	38	73	15	111	34	2	1	61	1.17
79877724--79877934	104	2.0	103	82	8	250	34	2	0	61	1.17
79877809--79877934	35	3.6	34	76	20	118	34	2	0	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79877740--79877934	24	7.7	26	69	23	98	34	2	1	61	1.16
79877823--79877934	59	2.0	55	81	11	129	35	1	0	61	1.13
79877842--79877915	32	2.2	34	83	9	91	35	2	1	60	1.19
79877728--79877924	39	4.9	38	71	20	143	34	3	1	61	1.18
79878215--79878261	15	3.3	14	80	11	51	31	2	0	65	1.04
79878218--79878273	27	2.0	29	83	13	73	35	3	0	60	1.14
79882872--79882912	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
79893333--79893425	18	5.2	18	88	0	141	31	15	24	29	1.95
79893333--79893425	36	2.6	36	91	0	159	31	15	24	29	1.95
79896656--79897446	117	6.7	118	88	2	1050	16	26	20	37	1.93
79896656--79897449	237	3.3	237	89	1	1146	16	26	20	37	1.93
79896656--79897446	354	2.2	356	89	1	1163	16	26	20	37	1.93
79900174--79900349	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
79900312--79900435	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
79902019--79902087	30	2.3	30	92	0	120	26	50	5	17	1.68
79902644--79902813	76	2.2	81	80	6	197	31	5	4	58	1.41
79902571--79902793	25	8.9	25	70	12	136	31	6	4	57	1.43
79902749--79902799	26	2.0	26	85	11	70	29	7	1	60	1.36
79902840--79902895	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
79905002--79905079	40	2.0	40	84	0	102	38	16	10	34	1.83
79906046--79906073	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
79906085--79906245	36	4.4	36	76	8	112	38	14	10	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79906095--79906245	18	8.4	17	74	13	83	37	14	11	37	1.82
79906462--79906486	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
79908010--79908063	21	2.6	21	84	0	63	59	3	0	37	1.15
79908875--79908912	5	7.6	5	93	0	67	60	2	0	36	1.11
79914758--79914805	5	9.6	5	95	0	87	60	2	0	37	1.09
79916657--79916688	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
79918071--79918097	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
79923584--79923611	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
79928374--79928611	51	4.7	51	88	1	318	17	25	19	37	1.93
79929496--79929529	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
79934134--79934167	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
79935212--79935257	18	2.5	19	76	16	51	36	0	0	63	0.95
79937103--79937598	51	9.7	52	75	4	483	15	27	19	37	1.92
79937103--79937603	102	4.9	102	89	1	718	15	27	19	36	1.93
79939301--79939326	12	2.2	12	100	0	52	38	30	7	23	1.83
79942734--79943053	46	7.0	46	88	0	417	40	14	23	22	1.90
79943338--79943370	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
79952243--79952375	70	1.9	71	86	7	191	29	13	30	26	1.94
79956908--79956979	31	2.3	31	83	4	83	45	6	8	38	1.61
79962118--79962295	31	5.7	31	79	5	171	26	23	18	30	1.98
79969593--79969636	20	2.2	20	95	0	79	15	0	11	72	1.11
79969593--79969646	20	2.7	20	86	11	67	16	0	9	74	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79972149--79972194	24	2.0	24	83	8	60	26	2	10	60	1.41
79973988--79974065	31	2.6	28	73	16	75	47	8	5	38	1.57
79974977--79975171	57	3.4	55	84	6	203	22	32	10	34	1.88
79978732--79978756	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
79981553--79981604	27	1.9	27	84	7	70	32	3	0	63	1.12
79981553--79981616	9	6.8	9	78	18	51	32	3	1	62	1.20
79981581--79981615	10	3.4	10	88	7	52	25	0	2	71	1.00
79993629--79993666	3	12.7	3	100	0	76	34	31	34	0	1.58
80007036--80007064	4	7.2	4	100	0	58	27	0	24	48	1.51
80010196--80010572	189	2.0	185	87	4	542	31	17	12	37	1.88
80013858--80014125	104	2.6	105	93	1	450	18	20	30	29	1.97
80026483--80026530	15	3.0	16	81	9	62	58	0	0	41	0.98
80028783--80028959	50	3.5	50	91	0	282	35	15	22	26	1.94
80028935--80029052	31	3.8	31	93	0	200	26	17	27	27	1.98
80029070--80029233	47	3.6	46	84	6	167	28	15	26	29	1.96
80029164--80029261	42	2.3	42	91	3	153	31	13	27	27	1.94
80041900--80041950	6	8.5	6	77	0	57	21	58	3	15	1.53
80041889--80041950	30	2.1	30	93	0	106	24	58	4	12	1.54
80041919--80042005	24	3.4	24	76	17	93	26	56	5	11	1.57
80041901--80042005	30	3.5	29	82	7	106	24	57	5	12	1.57
80041959--80042016	24	2.4	23	77	8	62	25	58	8	6	1.53
80042045--80042352	30	10.5	30	76	8	294	21	49	6	23	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80042068--80042208	42	3.4	42	70	11	135	21	48	6	23	1.72
80042045--80042732	60	11.2	60	74	11	428	21	49	6	22	1.72
80042074--80042238	84	2.0	84	96	0	303	21	49	6	21	1.72
80042139--80042191	24	2.2	24	79	0	61	22	47	5	24	1.73
80042097--80042235	42	3.3	42	75	7	156	21	48	7	23	1.75
80042312--80042400	42	2.1	42	93	0	151	16	50	5	26	1.67
80042146--80042731	192	3.1	192	89	0	859	21	49	6	22	1.72
80042354--80042550	30	6.6	30	83	0	241	19	49	5	26	1.69
80042302--80042480	42	4.1	42	69	16	112	20	48	4	26	1.69
80042504--80042589	42	2.0	42	84	4	111	18	50	6	24	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259