genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29032379--29032596	49	4.4	50	82	2	260	26	18	26	28	1.98
29032566--29032622	26	2.2	26	93	0	96	24	14	28	33	1.94
29035413--29035447	18	1.9	18	100	0	70	45	22	2	28	1.67
29035956--29036089	6	22.7	6	82	10	102	82	9	4	2	0.90
29035951--29036071	1	121.0	1	69	0	71	84	8	3	4	0.86
29038091--29038157	30	2.2	30	86	0	98	19	46	23	10	1.81
29053070--29053156	19	4.7	19	91	5	151	36	16	10	36	1.82
29053079--29053150	36	2.0	36	97	0	135	36	15	9	38	1.80
29053070--29053166	36	2.6	35	74	20	99	37	15	10	37	1.82
29055353--29055395	21	2.0	21	86	0	59	34	9	34	20	1.85
29056711--29056768	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
29057108--29057376	47	5.7	47	72	10	158	27	20	30	21	1.98
29057108--29057366	94	2.8	91	76	7	236	27	20	30	22	1.98
29057108--29057323	47	4.7	45	76	10	177	26	19	31	22	1.98
29060070--29060164	43	2.2	43	98	0	181	21	41	22	15	1.90
29067815--29067928	44	2.6	43	83	9	133	59	0	6	34	1.22
29067836--29067930	44	2.2	44	96	0	172	62	0	5	32	1.18
29071129--29071380	40	6.3	40	81	5	305	23	21	26	28	1.99
29071129--29071380	80	3.2	80	92	2	402	23	21	26	28	1.99
29089230--29089678	223	2.0	224	98	0	864	32	14	22	31	1.94
29091711--29092126	48	9.0	48	85	10	593	34	7	27	30	1.84
29092038--29092117	39	2.1	39	97	0	151	35	7	26	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29092267--29092369	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
29100555--29100644	19	4.6	19	72	10	67	47	14	8	28	1.74
29104608--29104747	74	1.9	74	88	5	212	41	28	13	16	1.86
29107469--29107517	25	2.0	25	100	0	98	32	8	24	34	1.85
29107976--29108022	12	3.9	12	75	10	51	65	2	31	0	1.04
29107957--29108005	21	2.4	21	86	3	64	71	0	28	0	0.86
29107973--29108024	24	2.2	24	86	6	70	65	1	32	0	1.04
29110471--29110501	16	1.9	16	93	0	53	45	0	9	45	1.36
29112440--29112504	20	3.2	20	71	16	71	18	21	21	38	1.93
29112440--29112700	40	6.5	39	79	6	236	19	26	17	36	1.94
29112500--29112557	20	2.9	20	67	10	55	20	29	15	34	1.94
29112581--29112640	20	3.0	20	78	9	68	16	23	15	45	1.85
29112644--29112700	20	2.8	20	70	19	55	17	33	19	29	1.95
29119855--29119906	18	2.8	18	94	2	86	21	15	23	40	1.91
29122490--29122579	39	2.3	40	84	3	119	24	31	13	31	1.93
29122607--29122677	20	3.5	20	66	7	54	18	26	15	39	1.90
29122616--29122691	40	1.9	40	86	0	107	19	26	17	36	1.94
29125438--29125510	34	2.1	34	82	0	83	31	23	23	21	1.98
29136916--29136951	18	1.9	19	88	5	56	25	22	30	22	1.99
29145349--29145538	40	4.7	41	83	2	258	20	21	28	29	1.98
29145349--29145538	81	2.3	81	86	3	258	20	21	28	29	1.98
29156062--29156129	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29156236--29156303	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29156412--29156483	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
29155951--29156452	174	2.9	174	98	0	959	31	24	13	29	1.94
29165732--29165919	40	4.7	40	96	0	340	29	20	28	22	1.98
29174233--29174420	40	4.7	40	96	0	340	29	20	28	22	1.98
29177438--29178103	48	14.0	48	94	2	1159	35	6	28	30	1.82
29177671--29177751	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
29178244--29178346	37	2.8	37	92	0	170	24	19	31	25	1.98
29179358--29179405	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
29187698--29187857	43	3.8	42	77	11	164	28	14	24	32	1.94
29190645--29190700	20	2.8	20	91	2	85	33	32	17	16	1.92
29193015--29193044	10	3.1	10	95	4	53	33	0	20	46	1.51
29193379--29193442	32	2.0	33	81	9	78	39	17	20	23	1.92
29194574--29194637	32	2.0	33	81	9	78	23	20	17	39	1.92
29195654--29195798	50	2.9	50	75	8	141	33	15	18	32	1.92
29204958--29205042	26	3.4	25	87	9	111	27	22	22	28	1.99
29204971--29205066	26	3.8	26	90	2	126	26	22	23	27	2.00
29211506--29211578	34	2.1	34	82	0	83	23	23	23	30	1.99
29214301--29214343	21	2.0	21	86	8	61	32	4	44	18	1.71
29216006--29216227	40	5.6	40	87	5	308	27	26	22	23	1.99
29216006--29216227	80	2.8	80	91	0	347	27	26	22	23	1.99
29220101--29220258	43	3.7	43	83	2	176	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29225982--29226201	39	5.6	40	85	8	251	25	27	21	25	1.99
29225982--29226197	79	2.7	79	81	10	253	25	26	21	26	1.99
29233947--29234169	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
29233947--29234169	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
29247008--29247074	20	3.3	20	89	0	98	35	11	20	31	1.89
29247124--29247205	24	3.4	24	96	1	146	30	19	21	28	1.98
29250175--29250352	40	4.5	40	88	3	245	24	27	23	24	2.00
29265686--29265841	29	5.5	29	88	8	205	33	26	12	27	1.92
29281897--29282046	27	5.6	26	79	9	133	26	16	28	28	1.96
29281897--29282046	54	2.8	52	79	8	149	26	16	28	28	1.96
29284654--29284754	29	3.5	29	80	2	105	24	32	14	27	1.95
29287139--29287311	43	4.1	42	76	8	161	27	15	23	34	1.94
29289332--29289368	18	2.1	18	89	0	56	48	10	18	21	1.78
29289704--29289909	27	7.7	26	72	5	144	40	19	15	24	1.90
29289695--29289909	53	4.0	53	84	3	234	40	19	15	24	1.90
29291252--29291299	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
29293737--29293833	42	2.3	42	89	1	142	56	4	23	15	1.56
29293738--29293804	21	3.2	21	67	0	53	52	2	25	19	1.60
29293831--29293898	30	2.3	30	89	0	100	58	0	26	14	1.36
29293848--29293917	24	2.9	24	76	0	77	55	0	28	15	1.41
29293854--29293892	18	2.2	18	90	0	60	56	0	28	15	1.40
29293910--29293948	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29298027--29298214	40	4.7	40	96	0	340	29	20	28	22	1.98
29306532--29306719	40	4.7	40	96	0	340	29	20	28	22	1.98
29308844--29308911	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29309018--29309085	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29309194--29309265	29	2.5	29	83	0	90	31	29	11	27	1.91
29308733--29309234	174	2.9	174	97	0	941	31	24	13	29	1.94
29311477--29311502	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
29327312--29327429	46	2.6	44	78	9	123	28	18	27	24	1.98
29328433--29328468	13	2.8	13	95	0	63	25	25	44	5	1.75
29335724--29335990	47	5.7	47	94	0	453	33	12	28	26	1.92
29336193--29336305	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
29337571--29338000	40	10.8	40	92	1	668	23	22	28	25	2.00
29342077--29342335	47	5.5	47	94	0	455	32	12	28	26	1.93
29342168--29342242	22	3.3	22	68	23	64	32	12	29	26	1.92
29342107--29342391	47	6.0	47	86	7	198	32	10	28	28	1.90
29342077--29342375	141	2.1	137	90	4	395	32	12	28	26	1.92
29342541--29342645	37	2.8	37	97	0	192	24	18	31	25	1.97
29343999--29344082	38	2.2	38	93	0	141	23	20	23	32	1.98
29356960--29357071	43	2.6	43	98	0	215	9	26	33	30	1.89
29362380--29362550	43	4.0	43	91	0	261	13	23	32	29	1.93
29365260--29365296	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
29372436--29372513	42	1.9	40	84	10	104	20	20	42	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29377749--29377780	16	2.0	16	93	0	55	43	3	6	46	1.44
29380460--29380500	18	2.3	18	87	8	57	7	21	48	21	1.74
29381925--29382005	42	1.9	42	87	5	119	29	18	13	38	1.89
29386286--29386333	25	1.9	25	83	8	62	43	6	8	41	1.60
29390107--29390270	40	4.1	40	91	0	265	29	31	20	19	1.97
29391948--29392137	40	4.8	40	87	6	271	23	23	28	25	1.99
29391944--29392137	78	2.5	80	84	8	279	24	22	27	25	2.00
29399920--29400103	37	4.8	40	81	11	217	24	22	28	24	1.99
29399923--29400128	37	5.4	38	80	13	196	25	21	28	24	1.99
29406858--29406951	48	2.0	48	95	0	170	22	12	28	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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