genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71683868--71683916	10	5.3	9	78	11	55	24	4	0	71	1.03
71683859--71683954	28	3.4	28	81	8	108	33	4	0	62	1.14
71683904--71683985	28	2.9	29	78	7	89	36	6	0	57	1.24
71683859--71683994	56	2.5	55	80	7	141	36	4	0	59	1.17
71684865--71684955	45	2.0	45	93	0	155	24	10	17	47	1.80
71688850--71688920	23	3.1	22	71	20	56	59	2	0	38	1.12
71689020--71689067	20	2.3	21	92	3	80	62	8	0	29	1.24
71690226--71690263	19	2.0	19	100	0	76	57	0	26	15	1.38
71693409--71693461	27	1.9	28	85	11	74	35	1	3	58	1.27
71693396--71693481	28	3.1	27	75	6	75	41	1	3	53	1.25
71693475--71693519	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
71693598--71693632	18	1.9	18	94	0	61	48	0	2	48	1.16
71701251--71701287	18	2.1	18	90	5	58	35	8	5	51	1.55
71706887--71706934	23	2.0	24	88	8	71	0	22	14	62	1.32
71709069--71709094	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71712494--71712544	25	2.1	25	85	7	70	56	11	0	31	1.35
71713974--71714011	20	1.9	20	88	0	58	42	10	2	44	1.52
71713973--71714016	20	2.2	20	80	4	54	40	11	2	45	1.53
71714776--71714833	16	3.8	16	71	15	59	37	31	5	25	1.78
71717830--71717864	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
71719109--71719215	50	2.1	49	82	10	124	59	13	0	26	1.40
71727839--71727863	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71728107--71729219	555	2.0	554	93	0	1884	32	21	14	31	1.93
71733430--71733484	25	2.2	25	100	0	110	50	21	7	20	1.71
71734495--71734599	37	3.2	32	73	21	99	44	0	1	53	1.11
71734556--71734597	15	2.8	15	78	10	50	50	0	0	50	1.00
71736248--71736310	30	2.1	30	88	5	92	26	4	11	57	1.53
71739108--71739153	21	2.2	21	84	7	58	0	30	4	65	1.12
71741433--71741496	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
71741711--71741907	41	4.8	41	91	5	308	28	22	20	28	1.98
71743441--71743465	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
71743664--71743713	21	2.3	21	83	10	57	38	0	16	46	1.47
71743659--71743740	30	2.9	28	71	20	73	35	0	19	45	1.51
71744021--71744130	44	2.5	45	84	1	150	20	20	16	42	1.89
71744110--71744134	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
71744722--71744756	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
71744871--71744930	23	2.9	20	70	15	59	58	5	6	30	1.45
71744884--71745108	25	9.2	25	69	10	108	55	4	6	33	1.46
71744911--71744973	26	2.4	25	84	5	72	58	6	4	30	1.43
71744938--71744979	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
71744945--71745026	27	3.3	25	77	11	71	56	4	4	34	1.42
71745589--71745704	30	3.9	30	95	0	205	18	6	49	26	1.70
71745609--71745664	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
71746412--71746579	89	1.9	89	87	2	246	30	20	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71746671--71747060	73	5.3	74	85	7	517	35	20	15	29	1.93
71746677--71747060	146	2.6	146	92	0	633	35	20	15	29	1.93
71746985--71747144	86	1.8	87	86	2	232	35	20	16	28	1.94
71747153--71747525	75	5.0	75	82	6	436	32	20	16	30	1.95
71746713--71747976	560	2.2	561	84	7	1594	35	19	16	28	1.94
71747714--71747758	13	3.4	13	81	6	63	68	4	11	15	1.34
71747542--71747830	100	2.9	101	86	3	388	40	18	17	23	1.91
71747738--71747905	73	2.3	74	89	1	257	33	20	17	27	1.96
71754948--71754982	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
71755095--71755154	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
71755135--71755277	25	5.8	25	73	10	107	55	4	6	32	1.48
71755168--71755249	27	3.3	25	77	11	71	57	4	4	32	1.41
71755126--71755268	74	1.9	73	81	4	171	55	4	6	32	1.46
71755297--71755348	18	3.2	16	81	10	52	59	0	3	36	1.16
71755829--71755946	30	3.9	30	91	4	191	17	5	50	26	1.69
71755829--71755946	62	1.9	60	91	3	191	17	5	50	26	1.69
71756325--71756382	18	3.2	19	80	11	68	36	12	15	36	1.85
71756372--71756500	36	3.6	36	75	13	113	35	10	13	40	1.79
71756372--71756509	18	7.7	17	73	13	82	35	10	14	39	1.81
71758447--71758519	3	23.7	3	75	5	56	67	5	4	23	1.29
71758447--71758519	31	2.4	31	83	4	85	67	5	4	23	1.29
71758569--71758612	13	3.5	12	78	9	52	70	0	4	25	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71759277--71759338	14	3.9	14	74	25	61	72	1	12	12	1.19
71759254--71759360	35	3.0	36	97	2	207	71	2	11	14	1.24
71759326--71759370	22	2.0	22	100	0	90	73	4	8	13	1.23
71766431--71766490	28	2.1	28	84	0	75	53	5	1	40	1.33
71766450--71766497	9	5.2	9	76	14	53	47	2	0	50	1.12
71777132--71777183	24	2.2	24	79	3	61	61	11	1	25	1.40
71778720--71778795	8	9.5	8	88	5	82	64	5	1	28	1.23
71778731--71778788	16	3.8	16	93	4	93	63	6	0	29	1.20
71778945--71779008	24	2.8	24	86	9	89	54	6	4	34	1.46
71779023--71779072	15	3.3	15	76	15	50	56	2	8	34	1.40
71779035--71779085	24	2.2	22	79	6	57	58	1	7	31	1.37
71779041--71779086	24	1.9	24	82	8	58	56	2	8	32	1.42
71779656--71779820	30	5.5	30	86	1	208	23	3	47	26	1.68
71781391--71781509	37	3.1	39	77	20	140	14	21	15	48	1.80
71787469--71787503	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
71787651--71787796	25	6.0	25	77	7	131	54	4	6	33	1.48
71787651--71787796	48	3.0	47	77	14	136	54	4	6	33	1.48
71787816--71787867	18	3.2	16	81	10	52	59	0	3	36	1.16
71788349--71788466	30	3.9	30	91	4	191	17	5	50	26	1.69
71788349--71788466	62	1.9	60	91	3	191	17	5	50	26	1.69
71788845--71788902	18	3.2	19	80	11	68	36	12	15	36	1.85
71788892--71789020	36	3.6	36	75	13	113	35	10	13	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71788892--71789029	18	7.7	17	73	13	82	35	10	14	39	1.81
71790614--71790683	26	2.6	27	80	17	76	55	1	11	31	1.44
71790779--71790822	21	2.0	21	87	12	63	61	6	4	27	1.41
71790968--71791040	3	23.7	3	75	5	56	67	5	4	23	1.29
71790968--71791040	31	2.4	31	83	4	85	67	5	4	23	1.29
71791090--71791133	13	3.5	12	78	9	52	70	0	4	25	1.06
71791776--71791883	36	3.0	36	100	0	216	72	2	11	13	1.23
71791799--71791861	14	4.9	14	75	18	66	73	1	12	12	1.18
71791813--71791893	22	4.0	22	67	23	79	72	3	9	13	1.23
71791777--71791893	58	2.0	57	84	12	150	72	3	10	13	1.23
71799314--71799361	9	5.2	9	76	14	53	47	2	0	50	1.12
71800423--71800493	18	3.9	18	75	18	67	61	1	1	35	1.13
71800425--71800472	16	2.7	18	78	15	55	62	0	0	37	0.95
71802441--71802539	30	3.3	30	89	0	162	18	6	48	27	1.71
71803194--71803679	87	5.4	86	78	8	277	37	18	15	27	1.92
71803279--71803787	87	5.6	92	80	10	425	37	18	16	27	1.92
71803365--71803787	91	4.6	92	81	8	442	38	18	16	26	1.92
71803591--71803623	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
71803365--71803787	183	2.3	178	81	9	453	38	18	16	26	1.92
71803705--71804139	75	5.9	74	82	8	559	32	20	16	30	1.94
71803700--71804132	146	3.0	145	93	1	740	33	20	16	30	1.94
71804240--71804266	14	1.9	14	100	0	54	70	7	7	14	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71804322--71804366	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
71804150--71804438	100	2.9	101	86	4	390	40	18	16	24	1.90
71804249--71804705	177	2.6	174	87	5	645	37	19	17	26	1.93
71804671--71804705	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
71804597--71805166	87	6.9	81	71	18	322	34	20	16	28	1.95
71804564--71805091	248	2.2	236	85	6	679	34	20	16	28	1.95
71805079--71805113	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
71804688--71805180	161	3.1	157	79	9	557	35	20	16	27	1.94
71815230--71815265	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
71815238--71815269	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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