genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6018833--6018881	22	2.2	21	80	16	55	67	2	0	30	1.02
6020243--6020270	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
6020240--6020277	18	2.2	17	90	4	58	42	0	0	57	0.98
6021608--6021646	20	2.0	20	85	10	53	66	5	2	25	1.25
6034361--6034453	18	5.2	18	88	0	141	33	15	22	29	1.94
6036752--6036903	77	2.0	77	100	0	304	33	16	11	38	1.85
6039544--6039608	32	2.0	32	96	0	121	41	13	12	32	1.82
6039859--6039900	20	2.1	20	100	0	84	14	14	23	47	1.80
6040021--6040075	28	1.9	29	82	10	69	34	1	5	58	1.32
6040430--6040486	22	2.6	22	85	0	78	26	0	35	38	1.57
6040413--6040471	29	2.1	28	87	9	84	27	0	38	33	1.57
6041960--6042099	47	2.9	49	84	6	189	32	8	31	27	1.87
6043479--6043695	120	1.8	120	86	0	317	25	21	26	26	2.00
6043473--6043695	40	5.6	40	85	0	275	25	21	26	26	2.00
6046523--6046605	27	3.3	27	60	16	68	33	3	27	34	1.75
6046514--6047088	49	11.9	49	94	2	981	32	8	29	30	1.86
6046514--6047088	96	6.0	97	94	2	966	32	8	29	30	1.86
6048014--6048044	16	1.9	16	93	0	53	25	0	41	32	1.56
6048057--6048189	7	17.9	7	67	14	52	19	1	30	48	1.58
6048117--6048196	15	5.2	15	72	10	63	21	0	30	48	1.50
6049642--6049706	32	2.0	32	100	0	130	21	18	12	47	1.81
6051238--6051381	9	16.6	9	71	9	77	47	16	0	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6051248--6051315	33	2.1	33	91	0	109	52	13	1	32	1.49
6051222--6051381	85	1.9	88	86	4	236	47	15	0	36	1.51
6053027--6053134	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
6063593--6063621	14	2.0	15	93	6	51	68	6	13	10	1.37
6064480--6064530	20	2.5	20	83	0	57	19	39	21	19	1.93
6070057--6070105	23	2.1	23	85	7	64	18	6	30	44	1.74
6074405--6074445	21	1.9	22	90	5	66	39	19	9	31	1.84
6079815--6079874	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
6086781--6087010	76	3.0	75	84	3	282	34	18	20	26	1.96
6086728--6087010	152	1.9	152	81	3	354	35	18	19	25	1.95
6090814--6091238	144	3.0	144	90	1	629	30	15	24	28	1.96
6094277--6094389	40	2.8	41	83	6	149	35	24	22	17	1.95
6094277--6094409	40	3.3	41	81	5	110	34	24	22	18	1.96
6094751--6094800	18	2.7	18	84	9	66	46	4	2	48	1.32
6095219--6095250	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
6095222--6095289	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
6101663--6101719	18	3.2	18	89	0	87	33	17	22	26	1.96
6102315--6102354	20	2.0	20	95	0	71	17	20	17	45	1.86
6105597--6105724	9	13.6	9	75	9	112	45	22	0	31	1.58
6105615--6105691	39	2.0	39	97	0	145	44	23	0	32	1.54
6105610--6105722	57	2.0	57	85	0	154	44	24	0	30	1.60
6109615--6109652	14	2.7	14	84	8	51	31	7	7	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6111555--6111636	31	2.5	33	80	7	96	14	2	19	63	1.41
6111713--6111876	43	3.8	43	93	2	276	23	31	20	25	1.98
6112523--6112644	55	2.2	56	85	4	167	40	18	9	31	1.83
6120086--6120122	9	4.2	9	86	6	58	2	18	0	78	0.87
6120086--6120122	13	2.8	13	84	15	58	2	18	0	78	0.87
6120725--6120765	16	2.6	16	85	11	50	9	17	0	73	1.09
6121426--6121495	21	3.3	21	70	18	63	21	35	17	25	1.95
6121766--6121862	48	2.0	48	91	0	158	21	13	17	47	1.82
6128843--6128924	42	2.0	42	82	4	103	15	31	28	24	1.96
6130095--6130137	19	2.4	18	88	7	61	65	4	20	9	1.40
6131547--6131594	25	2.0	24	84	12	62	60	2	2	35	1.20
6142191--6142281	44	2.1	44	100	0	182	24	18	10	46	1.81
6150533--6150561	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
6150536--6150565	7	4.4	7	91	8	53	63	0	0	36	0.95
6154683--6154725	13	3.3	13	90	0	59	55	20	11	11	1.66
6154721--6154785	29	2.2	29	81	5	69	49	21	21	7	1.74
6154884--6154939	28	2.0	28	96	0	103	42	8	14	33	1.77
6156585--6156649	3	21.7	3	75	12	62	38	1	0	60	1.07
6156583--6156649	21	3.3	20	79	12	84	40	1	0	58	1.07
6156581--6156638	18	3.1	18	80	9	71	41	1	0	56	1.09
6156728--6156766	19	2.1	18	85	4	51	35	0	2	61	1.10
6156745--6156853	12	9.3	12	66	25	56	32	3	4	59	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6156825--6156864	21	1.9	21	85	10	55	27	5	2	65	1.27
6157027--6157098	25	2.8	26	72	4	74	34	9	6	48	1.63
6157075--6157135	20	2.9	21	80	9	79	34	4	4	55	1.43
6157091--6157212	26	5.0	24	72	15	99	34	2	6	56	1.38
6157148--6157227	24	3.7	22	75	12	69	36	2	6	55	1.39
6160375--6160469	45	2.1	44	84	1	118	33	5	26	34	1.79
6160631--6160665	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6160589--6160661	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
6160778--6160812	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6160550--6160824	147	1.9	149	95	1	500	46	3	2	47	1.33
6160880--6160932	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
6160806--6160992	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
6160758--6161052	119	2.5	120	93	2	495	50	4	2	43	1.35
6165379--6165535	72	2.2	72	82	2	190	32	12	25	29	1.93
6176712--6176946	94	2.4	98	83	6	275	25	17	25	31	1.97
6176769--6176975	47	4.4	46	84	3	227	27	16	23	31	1.96
6177097--6177182	42	2.0	42	95	0	154	40	9	23	26	1.84
6184407--6184574	41	3.9	43	73	12	123	29	26	16	26	1.97
6187604--6187665	18	3.4	18	76	12	65	64	3	3	29	1.25
6187596--6187665	36	2.0	34	83	10	88	64	2	2	30	1.22
6191469--6191637	72	2.3	71	78	7	180	31	11	24	31	1.91
6192442--6192472	15	2.1	15	93	0	53	35	3	6	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6193144--6193183	18	2.2	19	86	8	57	65	12	2	20	1.38
6193959--6194017	31	2.0	30	83	6	75	50	10	1	37	1.46
6201252--6201285	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
6201257--6201298	18	2.3	18	84	12	50	33	2	0	64	1.07
6209583--6209687	53	2.0	53	83	1	131	21	14	9	54	1.68
6210060--6210251	64	3.0	64	92	0	339	30	17	15	36	1.90
6210315--6210657	131	2.6	131	84	1	463	27	21	24	26	1.99
6210584--6210699	44	2.6	43	80	8	126	24	19	25	30	1.98
6211783--6211838	25	2.2	24	82	17	62	69	14	12	3	1.31
6211893--6211942	19	2.7	18	78	9	55	36	2	14	48	1.55
6211962--6212046	43	2.0	43	92	0	143	28	7	14	50	1.68
6215603--6215778	46	3.8	45	77	11	178	21	21	29	27	1.98
6215599--6215771	93	1.9	93	91	2	285	21	21	30	26	1.99
6219410--6219457	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
6222580--6222633	15	3.3	17	80	16	53	35	0	5	59	1.21
6222788--6222861	27	3.0	25	71	19	66	33	4	1	60	1.24
6222969--6223009	4	9.5	4	87	12	55	26	2	0	70	0.99
6226594--6226643	25	2.0	25	100	0	100	52	8	28	12	1.66
6232287--6232316	9	3.3	9	100	0	60	56	0	0	43	0.99
6232968--6232995	6	4.7	6	100	0	56	0	35	0	64	0.94
6233218--6233314	31	3.1	30	86	5	140	38	6	13	42	1.69
6233337--6233401	34	1.9	34	96	0	121	55	16	4	23	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6236820--6236872	2	26.5	2	96	0	97	50	47	1	0	1.12
6244049--6244098	10	5.0	10	81	13	59	72	2	8	18	1.19
6244858--6244967	41	2.8	40	70	12	93	29	27	17	26	1.97
6245299--6245329	14	2.2	14	100	0	62	16	29	6	48	1.70
6247094--6247148	27	2.0	27	92	0	92	14	10	21	52	1.72
6247496--6247545	15	3.5	15	69	20	52	60	20	4	16	1.52
6247496--6247555	28	2.1	28	100	0	120	58	20	3	18	1.53
6249159--6249207	19	2.5	20	87	9	66	55	6	0	38	1.25
6249218--6249272	19	2.9	19	78	2	67	65	3	1	29	1.20
6262653--6262746	47	2.0	48	95	2	172	37	19	10	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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