genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24632739--24632810	22	3.2	22	63	18	58	47	4	22	26	1.69
24635397--24635614	40	5.5	40	87	3	282	23	23	27	25	2.00
24638972--24639098	51	2.5	51	94	0	218	51	9	22	16	1.73
24640229--24640474	40	6.2	40	90	4	358	23	21	27	26	1.99
24640229--24640474	79	3.1	80	88	4	358	23	21	27	26	1.99
24642743--24642789	22	2.1	22	88	7	69	48	8	29	12	1.71
24646830--24646949	51	2.4	51	95	0	213	49	10	23	17	1.77
24648081--24648327	40	6.2	40	90	3	358	23	22	27	26	2.00
24660000--24660144	40	3.6	39	83	6	164	25	23	26	24	2.00
24661721--24661773	26	2.0	25	82	13	63	24	26	13	35	1.92
24662031--24662154	27	4.5	28	82	6	128	29	25	13	32	1.94
24668854--24668885	3	10.7	3	93	0	55	31	31	0	37	1.58
24672869--24672969	52	1.9	52	93	0	175	21	15	30	31	1.95
24677176--24677201	11	2.4	11	100	0	52	23	42	0	34	1.54
24683355--24683458	52	2.0	52	84	3	138	21	17	29	31	1.96
24685275--24685339	32	2.0	32	100	0	130	35	21	9	33	1.85
24686668--24686744	27	2.9	27	92	0	118	31	15	23	29	1.95
24686784--24686985	54	3.8	55	80	4	207	42	19	8	30	1.81
24686741--24687043	81	3.7	79	78	6	252	40	18	8	31	1.82
24686733--24687050	27	11.8	27	75	7	171	39	18	9	32	1.82
24687312--24687432	41	3.0	41	88	0	188	23	21	28	26	1.99
24687580--24687725	25	5.8	25	82	0	184	19	17	26	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24687593--24687725	50	2.7	50	95	0	239	18	17	27	36	1.94
24691644--24691835	40	4.8	40	90	1	296	23	23	28	23	2.00
24693792--24693865	26	2.8	27	85	4	105	36	18	12	32	1.88
24693845--24694135	27	10.8	27	77	5	239	41	18	9	29	1.83
24693846--24694057	107	2.0	108	83	2	266	39	19	10	30	1.85
24693794--24694135	27	12.7	27	80	5	235	40	18	10	30	1.84
24694399--24694519	41	3.0	41	82	0	161	24	19	27	28	1.98
24694667--24694810	25	5.8	25	79	0	162	19	16	26	37	1.93
24694673--24694810	50	2.8	50	90	0	222	18	16	27	36	1.93
24697645--24697718	26	2.8	27	83	4	96	36	17	12	33	1.87
24697698--24697989	27	10.8	27	77	5	207	41	18	9	30	1.83
24697697--24697989	54	5.4	53	78	7	232	41	19	9	30	1.83
24697693--24697930	81	2.9	81	82	9	272	40	20	9	29	1.83
24697854--24697984	55	2.4	54	79	6	147	44	13	10	31	1.78
24697654--24697989	27	12.5	26	79	8	185	39	18	10	30	1.85
24698254--24698373	41	2.9	41	82	6	145	24	20	28	26	1.99
24698521--24698661	25	5.8	25	74	8	130	19	17	25	37	1.93
24698527--24698661	50	2.9	45	78	10	162	18	17	26	37	1.93
24701475--24701573	27	3.7	27	86	0	108	36	17	17	29	1.92
24701478--24701580	54	1.9	53	86	2	143	37	17	16	28	1.91
24701591--24701854	27	9.8	27	78	4	187	39	17	10	32	1.84
24701586--24701823	80	2.9	81	78	4	212	40	17	9	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24701628--24701832	54	3.8	54	79	3	207	39	17	10	33	1.84
24701671--24701823	55	2.8	54	83	3	191	43	18	9	29	1.81
24701665--24701854	82	2.3	81	78	4	211	39	17	10	32	1.84
24702271--24702496	50	4.5	50	95	0	389	19	15	25	39	1.91
24702271--24702506	25	9.4	25	77	0	247	19	15	25	39	1.91
24708298--24708378	41	1.9	41	90	5	126	28	17	27	27	1.97
24708300--24708406	43	2.5	42	82	7	137	28	17	25	28	1.98
24708493--24708539	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
24719293--24719373	43	1.9	42	85	7	110	30	25	16	27	1.96
24724814--24725001	49	3.8	49	86	5	270	28	25	19	27	1.99
24724820--24725002	100	1.8	100	95	0	330	28	25	19	26	1.99
24725231--24725284	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
24728319--24728490	40	4.3	40	84	5	215	24	21	26	27	1.99
24745683--24745711	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
24750650--24750912	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
24757961--24758223	40	6.6	40	86	4	318	26	27	20	25	1.99
24772070--24772182	42	2.7	42	73	14	106	27	22	26	23	1.99
24774939--24775160	40	5.6	40	86	3	245	25	20	27	26	1.99
24774939--24775162	79	2.8	79	83	4	263	25	20	28	26	1.99
24775013--24775195	79	2.3	80	84	1	235	26	20	27	25	1.99
24782298--24782520	40	5.6	40	84	5	220	24	20	27	26	1.99
24787038--24787168	40	3.4	37	83	10	156	25	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24795258--24795502	40	6.2	40	89	2	343	24	21	27	26	1.99
24800826--24800898	25	3.0	24	78	13	69	28	21	21	27	1.99
24801089--24801174	31	2.8	31	84	8	122	31	19	26	22	1.98
24803244--24803274	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
24804307--24804333	14	1.9	14	100	0	54	0	29	0	70	0.88
24805878--24805961	31	2.7	31	78	7	100	33	15	26	25	1.95
24810251--24810300	25	2.0	25	84	7	66	34	22	12	32	1.90
24810413--24810481	25	2.8	25	93	0	120	26	24	21	27	1.99
24810705--24810841	31	4.4	31	82	0	166	32	18	24	24	1.97
24810699--24810846	62	2.4	62	96	1	271	33	16	25	24	1.96
24812214--24812320	37	2.9	37	91	0	169	27	30	18	23	1.98
24812469--24812652	47	3.8	48	90	5	300	30	26	7	35	1.83
24812469--24812651	97	1.9	97	92	5	309	30	26	7	36	1.83
24812485--24812780	94	3.1	94	83	8	318	27	27	10	34	1.90
24812622--24812815	47	4.1	47	88	0	271	27	28	10	33	1.90
24815748--24815794	22	2.1	22	88	0	67	34	51	4	10	1.56
24815760--24815794	11	3.2	11	83	0	52	34	54	2	8	1.46
24815760--24815809	22	2.3	22	89	6	75	32	54	2	12	1.49
24832027--24832351	40	7.8	40	84	10	409	23	29	23	24	1.99
24832236--24832260	12	2.1	12	100	0	50	0	32	40	28	1.57
24832196--24832300	52	2.0	52	100	0	210	19	30	26	23	1.98
24832160--24832337	92	1.9	92	98	0	347	22	29	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24840723--24840955	40	5.8	40	90	2	349	24	29	22	24	1.99
24840723--24840955	82	2.9	80	90	2	358	24	29	22	24	1.99
24840723--24840955	122	1.9	122	90	0	367	24	29	22	24	1.99
24851121--24851182	24	2.6	24	94	0	106	43	14	20	20	1.87
24851225--24851422	51	3.9	51	92	2	328	31	14	26	27	1.95
24855579--24855757	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
24855605--24855755	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
24856307--24856331	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
24863315--24863493	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
24863341--24863491	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
24864041--24864065	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
24878936--24879025	39	2.3	40	86	5	121	24	22	28	24	1.99
24883133--24883168	16	2.1	17	90	10	56	38	16	0	44	1.48
24886102--24886166	34	1.9	33	90	3	103	30	24	21	23	1.99
24887834--24887867	18	1.9	17	88	5	50	29	41	8	20	1.82
24893306--24893488	39	4.7	39	91	3	296	25	27	22	24	2.00
24893300--24893488	79	2.4	78	90	3	299	24	28	22	24	2.00
24913537--24913565	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
24918504--24918766	40	6.6	40	87	3	318	26	28	20	24	1.99
24925819--24926081	40	6.6	40	88	3	325	26	28	20	24	1.99
24933972--24934143	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	22	1.98
24933965--24934140	46	3.8	46	76	12	189	29	28	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24939542--24939716	46	3.8	46	76	13	187	29	28	20	21	1.98
24939549--24939720	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
24939593--24939736	46	3.1	44	74	15	132	29	28	19	22	1.98
24946632--24946801	40	4.3	40	91	0	234	27	28	20	23	1.99
24946668--24946854	80	2.3	79	81	6	207	26	28	20	24	1.99
24954789--24954817	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
24956475--24956512	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
24956474--24956511	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
24956475--24956535	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
24956485--24956531	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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