genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63257996--63258056	30	2.0	30	90	6	97	19	6	27	45	1.75
63268552--63268726	71	2.5	70	85	1	226	28	14	22	34	1.93
63268726--63268891	72	2.3	71	89	4	253	22	15	20	41	1.89
63268824--63269451	140	4.5	140	96	0	1148	25	17	19	37	1.93
63269289--63269322	13	2.5	13	95	4	59	23	8	8	58	1.56
63269371--63269594	72	3.0	72	87	8	315	30	16	18	33	1.93
63269548--63269643	49	2.0	49	95	0	174	30	15	20	33	1.94
63269476--63269715	121	2.0	121	94	0	426	30	16	18	34	1.93
63269597--63269951	79	4.7	75	86	5	439	30	17	19	32	1.94
63269873--63270044	93	1.8	93	83	4	231	27	21	19	31	1.97
63269945--63270449	79	6.2	76	74	16	374	27	17	19	36	1.93
63269724--63270329	244	2.5	241	85	5	756	29	17	19	33	1.95
63270124--63270285	88	1.8	88	86	2	236	25	17	20	35	1.95
63270309--63270369	30	2.0	30	90	6	97	21	9	27	40	1.85
63271105--63271139	18	1.9	18	100	0	70	65	28	0	5	1.15
63275370--63275622	28	9.0	28	79	3	231	37	13	21	27	1.90
63275370--63275641	56	4.9	56	79	1	260	36	13	22	27	1.91
63275370--63275622	84	3.0	83	83	5	305	37	13	21	27	1.90
63275601--63275693	27	3.4	27	82	2	107	20	18	27	33	1.96
63278331--63278448	21	5.6	21	66	4	67	16	24	17	40	1.90
63278331--63278453	42	2.9	42	84	2	149	16	24	17	41	1.89
63282629--63282655	4	6.8	4	100	0	54	51	0	22	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63283485--63283528	14	3.1	14	83	6	52	54	4	0	40	1.21
63284424--63285198	201	3.9	199	79	6	729	29	20	18	31	1.96
63285029--63285370	162	2.1	161	83	6	415	29	20	17	32	1.95
63286127--63286339	99	2.2	100	90	1	340	23	29	20	26	1.99
63286301--63286421	33	3.7	33	76	12	115	23	28	22	24	1.99
63286294--63286421	66	1.9	66	84	3	168	25	28	21	25	1.99
63293793--63293936	71	2.0	71	98	0	279	31	20	8	38	1.83
63294992--63295031	17	2.4	17	87	8	55	35	2	2	60	1.24
63296988--63297068	27	3.0	27	85	0	117	17	29	27	25	1.97
63299801--63299847	5	9.4	5	90	9	78	78	0	21	0	0.75
63300898--63300936	17	2.3	17	86	0	51	58	2	2	35	1.25
63300926--63300957	14	2.3	14	94	0	55	40	0	9	50	1.35
63306555--63306616	28	2.2	28	91	0	106	38	9	22	29	1.86
63309124--63309157	16	2.1	16	94	0	59	38	17	20	23	1.93
63313800--63313873	29	2.7	27	71	17	62	31	6	2	59	1.37
63317033--63317094	21	2.9	20	74	9	52	35	6	0	58	1.24
63320050--63320113	31	2.0	32	93	3	112	31	1	12	54	1.47
63340976--63341017	22	1.9	22	85	0	57	42	23	21	11	1.86
63343058--63343117	3	19.7	3	76	10	59	30	3	5	61	1.33
63343169--63343248	27	2.9	26	78	9	70	28	6	2	62	1.32
63343827--63343859	17	2.1	17	88	11	52	48	6	3	42	1.43
63348068--63348100	15	2.3	15	89	5	50	84	0	15	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63348960--63349108	73	2.0	73	90	0	235	24	16	23	36	1.94
63349192--63349624	88	4.9	89	87	3	561	25	16	18	39	1.91
63349279--63349671	177	2.2	176	87	4	560	24	16	19	39	1.92
63349733--63349835	44	2.3	44	94	0	188	26	22	24	27	2.00
63351412--63351466	3	18.0	3	78	10	58	29	1	5	63	1.27
63352175--63352207	17	2.1	17	88	11	52	48	6	3	42	1.43
63352993--63353019	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
63354641--63354691	23	2.3	23	86	10	70	37	0	3	58	1.16
63354731--63354798	23	3.2	21	78	12	68	30	1	1	66	1.10
63354731--63354925	21	9.2	19	66	27	60	31	5	0	62	1.22
63356268--63356300	12	2.8	12	90	9	50	66	3	0	30	1.06
63356272--63356312	14	3.0	14	80	16	50	68	2	0	29	1.03
63357537--63357607	20	3.6	21	74	16	71	59	1	5	33	1.30
63357534--63357709	12	13.9	12	69	21	58	61	2	3	31	1.29
63357598--63357652	15	3.9	15	79	15	73	61	1	3	32	1.24
63357605--63357664	26	2.6	22	73	17	59	61	1	5	31	1.27
63359031--63359100	3	24.0	3	73	16	58	65	2	2	28	1.21
63359046--63359107	20	3.3	19	78	10	56	66	4	3	25	1.27
63359113--63359159	20	2.4	20	82	13	62	78	0	8	12	0.95
63360944--63361021	41	1.9	41	84	5	104	24	19	20	35	1.95
63361134--63361804	68	9.9	68	90	0	1018	26	21	25	26	2.00
63361819--63361992	88	2.0	87	85	5	235	22	23	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63369014--63369040	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
63369654--63369699	22	2.0	23	87	8	67	69	2	6	21	1.22
63374903--63374955	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
63376440--63376547	26	4.2	26	87	0	162	36	24	6	33	1.81
63377262--63377312	25	2.0	25	84	0	66	37	9	13	39	1.78
63379277--63379561	138	2.1	138	89	0	435	45	6	8	39	1.60
63379626--63379667	20	2.1	20	100	0	84	42	9	0	47	1.36
63386133--63386179	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
63386150--63386209	17	3.2	19	83	13	79	36	16	8	38	1.79
63386613--63386988	87	4.3	86	68	17	245	27	21	17	32	1.96
63386535--63387020	261	1.9	261	89	1	769	27	21	17	33	1.96
63388137--63388187	8	6.6	8	82	6	52	7	5	0	86	0.71
63388137--63388190	15	3.7	15	81	13	60	7	5	0	87	0.68
63388137--63388190	23	2.5	22	88	8	83	7	5	0	87	0.68
63394916--63394994	19	4.2	19	85	9	108	35	16	10	37	1.82
63394918--63395004	36	2.4	34	78	12	102	35	16	10	37	1.82
63398080--63398129	20	2.5	20	80	9	57	54	12	8	26	1.64
63398195--63398267	36	2.0	36	100	0	146	41	10	5	42	1.63
63404395--63404421	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
63407716--63407741	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
63408734--63408823	47	1.9	47	95	0	162	35	23	18	22	1.96
63411337--63411450	27	4.3	26	84	6	138	36	23	21	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63411863--63411892	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
63413067--63413148	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
63417141--63417233	27	3.5	26	84	7	114	39	21	22	16	1.92
63417141--63417255	27	4.3	27	82	5	99	37	22	20	19	1.94
63418873--63418970	26	3.8	26	91	0	160	37	22	7	32	1.81
63419715--63419751	14	2.6	15	83	12	51	37	5	0	56	1.22
63419717--63419779	21	3.1	21	77	8	60	39	4	0	55	1.21
63421577--63421622	20	2.3	20	85	7	58	54	0	2	43	1.12
63421588--63421637	15	3.3	15	77	2	55	50	0	0	50	1.00
63421595--63421637	18	2.4	18	84	0	59	48	0	0	51	1.00
63421588--63421627	10	4.0	10	90	0	62	50	0	0	50	1.00
63427577--63427645	35	2.0	35	100	0	138	47	8	5	37	1.58
63429808--63429863	19	2.9	19	79	10	60	33	3	10	51	1.54
63429807--63429874	20	3.5	20	80	6	59	35	2	8	52	1.47
63440885--63440926	20	2.1	20	86	8	59	52	0	0	47	1.00
63446387--63446430	17	2.6	16	82	10	52	65	4	9	20	1.38
63447739--63447788	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
63452378--63452427	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
63455966--63456021	3	18.3	3	88	3	85	67	1	1	28	1.10
63456086--63456112	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
63456365--63456705	3	111.7	3	67	14	128	59	3	8	28	1.44
63460032--63460292	47	5.6	47	93	0	405	31	12	29	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63460001--63460312	94	3.3	94	88	0	446	30	10	30	28	1.91
63460049--63460122	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
63460214--63460289	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
63460001--63460312	47	6.6	47	89	0	374	30	10	30	28	1.91
63460306--63460396	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
63464174--63464223	24	2.1	24	88	0	73	50	4	0	46	1.20
63465212--63465311	22	4.4	22	68	15	69	61	6	3	30	1.35
63465284--63465336	26	2.1	25	86	10	72	64	3	1	30	1.22
63466886--63467005	46	2.6	46	75	8	120	31	15	20	32	1.93
63467770--63467905	46	3.0	46	85	0	182	28	22	16	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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