genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  43  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13182015--13182047	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
13182447--13182536	41	2.2	41	95	0	162	12	21	44	22	1.85
13184054--13184109	29	2.0	28	89	3	85	33	25	19	21	1.97
13191290--13191619	40	8.3	40	95	0	545	24	20	28	26	1.99
13191237--13191619	80	4.8	80	90	2	522	24	20	27	27	1.99
13191237--13191619	120	3.2	120	90	1	556	24	20	27	27	1.99
13194740--13194783	20	2.1	21	87	4	63	63	0	6	29	1.20
13197355--13197612	79	3.2	80	82	7	276	26	26	20	26	1.99
13197388--13197610	40	5.6	40	85	4	249	26	27	20	25	1.99
13197388--13197610	119	1.9	120	85	4	317	26	27	20	25	1.99
13205341--13205596	79	3.3	78	82	7	277	26	26	21	25	1.99
13205374--13205596	39	5.7	39	84	4	270	26	27	21	24	1.99
13218949--13219121	46	3.8	45	77	10	179	22	20	26	30	1.98
13218946--13219116	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.98
13219344--13219381	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13226526--13226651	46	2.7	46	91	0	198	21	19	26	32	1.97
13226876--13226913	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13229398--13229445	25	1.9	25	82	0	60	72	2	4	20	1.11
13234974--13235157	50	3.7	49	81	7	192	26	19	27	27	1.99
13238150--13238207	15	3.9	15	78	17	75	10	13	13	62	1.55
13260808--13260845	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13261075--13261196	46	2.7	46	92	0	190	31	27	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13261073--13261215	46	3.1	45	83	6	128	31	27	19	21	1.97
13261614--13261675	30	2.0	30	84	6	79	33	24	4	37	1.77
13264111--13264156	25	1.9	24	82	8	58	30	13	15	41	1.85
13268317--13268354	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13268584--13268754	93	1.8	93	89	0	270	29	27	20	22	1.98
13268579--13268751	46	3.7	46	76	10	181	30	26	20	22	1.98
13268629--13268770	46	3.1	45	73	18	123	29	28	19	23	1.98
13269173--13269234	30	2.0	30	87	3	88	33	24	4	37	1.77
13275633--13275805	46	3.7	46	74	14	176	22	20	26	30	1.98
13275630--13275800	93	1.8	93	89	2	272	22	21	26	29	1.99
13276030--13276067	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13282579--13282615	15	2.5	15	95	0	65	37	13	32	16	1.87
13282668--13282724	27	2.1	27	87	6	80	31	14	17	36	1.89
13289466--13289535	25	2.8	25	86	0	95	27	25	24	22	2.00
13294180--13294209	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
13295261--13295330	29	2.4	28	81	9	79	21	27	32	18	1.97
13307490--13307581	40	2.3	39	80	9	105	28	18	26	27	1.98
13311731--13311803	29	2.5	29	75	14	78	24	8	4	63	1.40
13313240--13313345	53	2.0	53	92	0	176	30	14	17	37	1.90
13320753--13320801	25	2.0	25	83	0	62	34	22	14	28	1.93
13325212--13325300	27	3.3	27	78	6	99	29	17	23	29	1.97
13327804--13327843	15	2.7	15	92	3	64	52	17	15	15	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13335652--13335743	46	2.0	45	97	2	175	43	19	10	26	1.84
13349741--13349884	46	3.1	44	73	15	123	29	27	19	22	1.98
13357228--13357400	46	3.7	46	77	13	201	30	27	20	21	1.98
13357233--13357403	93	1.8	93	93	0	297	29	28	21	21	1.98
13359587--13359734	43	3.5	43	73	9	124	27	26	18	27	1.98
13361831--13361876	22	2.1	22	100	0	92	21	13	17	47	1.81
13373924--13373978	17	3.2	17	94	2	92	21	30	32	14	1.93
13374188--13374440	27	9.4	28	85	5	251	28	24	9	38	1.85
13374194--13374440	54	4.6	54	86	4	318	28	23	9	38	1.86
13374195--13374437	81	3.0	82	87	3	339	28	23	9	39	1.85
13374446--13374586	27	5.3	27	84	0	140	34	16	21	27	1.94
13374785--13374867	27	3.1	26	84	5	94	20	21	20	37	1.95
13374955--13375013	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
13375392--13375535	6	23.8	6	78	14	154	20	17	13	48	1.81
13375398--13375524	67	1.9	67	95	3	229	20	17	14	48	1.81
13375367--13375530	73	2.2	73	89	4	242	20	17	14	48	1.81
13375393--13375556	24	6.8	24	78	15	144	20	17	14	48	1.81
13377551--13377800	27	9.3	27	85	3	315	27	22	9	40	1.85
13377805--13377945	27	5.2	27	85	0	174	35	18	19	26	1.95
13377805--13377946	54	2.6	54	87	0	203	35	19	19	26	1.95
13378145--13378227	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
13378546--13378611	27	2.5	27	85	7	82	16	22	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13378754--13378988	6	38.8	6	75	16	200	21	17	13	48	1.80
13378760--13378988	79	2.9	78	87	7	329	21	17	13	48	1.80
13378729--13378988	79	3.2	79	84	8	303	21	17	13	48	1.80
13383701--13383835	49	2.8	48	84	7	184	26	30	17	25	1.97
13383701--13383863	49	3.3	49	83	9	183	25	30	19	25	1.98
13390767--13390806	17	2.4	17	86	0	53	35	12	10	42	1.76
13395722--13395815	33	2.9	33	69	18	90	29	27	19	23	1.98
13395821--13395903	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
13396109--13396190	24	3.4	24	88	5	103	26	23	20	29	1.99
13397003--13397064	27	2.3	27	81	10	74	20	22	19	37	1.95
13397118--13397215	27	3.6	27	74	15	83	32	7	18	41	1.77
13397181--13397331	27	5.6	27	79	7	146	27	8	21	42	1.82
13397340--13397427	27	3.3	26	81	9	97	40	6	22	29	1.80
13409322--13409491	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
13421200--13421324	48	2.6	48	83	0	160	28	24	22	25	2.00
13427883--13428028	48	3.1	48	78	1	159	26	24	21	26	2.00
13430256--13430378	65	1.9	65	88	3	185	21	27	21	28	1.99
13430256--13430405	65	2.3	65	76	13	157	22	26	21	30	1.99
13431182--13431290	43	2.6	42	78	5	112	31	26	18	23	1.97
13449513--13449561	22	2.2	22	86	13	66	55	0	6	38	1.25
13456205--13456343	67	2.1	67	98	1	271	38	17	10	33	1.84
13463536--13463761	112	2.0	112	89	1	346	34	15	14	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13467098--13467231	48	2.8	48	88	1	187	29	19	19	32	1.96
13469503--13469611	27	4.0	26	77	8	110	19	23	20	36	1.95
13476218--13476258	20	2.0	21	85	4	57	7	31	0	60	1.24
13478603--13478839	39	6.1	39	89	0	339	24	27	25	22	2.00
13478595--13478839	78	3.1	78	91	1	384	24	26	24	24	2.00
13484405--13484648	39	6.3	39	89	1	357	24	27	24	24	2.00
13485213--13485268	28	2.0	28	100	0	112	32	25	25	17	1.97
13486983--13487094	27	4.2	26	84	7	134	16	24	22	36	1.94
13486983--13487094	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
13501579--13501618	12	3.2	12	82	3	53	7	42	0	50	1.30
13502759--13502823	20	3.2	20	86	0	94	30	13	21	33	1.92
13502876--13502971	47	2.1	47	94	2	167	28	19	20	31	1.97
13502875--13502992	23	5.0	24	89	5	170	27	20	22	29	1.98
13503184--13503243	31	1.9	31	89	0	93	36	13	23	26	1.92
13505178--13505238	30	2.0	30	83	0	77	34	24	3	37	1.72
13519944--13520121	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
13519945--13520095	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
13524866--13525018	45	3.4	45	88	0	227	29	27	18	24	1.98
13528836--13528896	30	2.0	30	83	0	77	34	21	8	36	1.83
13535481--13535518	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13535742--13535914	46	3.7	46	78	11	192	31	26	19	23	1.98
13535746--13535917	93	1.8	93	90	2	274	30	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13536340--13536399	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
13540027--13540211	94	2.0	94	87	0	271	26	25	28	19	1.99
13540026--13540236	94	2.2	94	83	0	269	27	27	26	19	1.99
13540614--13540640	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
13546683--13546765	29	2.8	29	81	15	98	26	24	19	30	1.98
13547095--13547143	20	2.4	21	89	3	73	38	18	8	34	1.80
13547095--13547143	11	4.7	11	75	14	50	38	18	8	34	1.80
13554972--13555019	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
13561765--13561874	12	9.1	12	73	16	77	36	3	0	60	1.15
13561767--13561874	26	4.3	26	71	13	91	36	3	0	60	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259