genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71468848--71468918	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
71468857--71468904	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
71473119--71473166	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
71474061--71474108	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
71474052--71474122	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
71477233--71477297	34	1.9	34	84	6	87	40	4	0	55	1.21
71482192--71482239	16	3.1	16	82	14	64	29	0	0	70	0.87
71483128--71483167	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
71487397--71487444	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
71488332--71488371	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
71492687--71492715	13	2.2	13	100	0	58	55	0	6	37	1.27
71495893--71495938	6	7.3	6	85	9	65	78	0	4	17	0.91
71503566--71503591	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
71505815--71505843	3	9.7	3	100	0	58	34	34	0	31	1.58
71509359--71509384	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
71510058--71510106	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
71510180--71510225	21	2.1	22	84	11	60	15	0	41	43	1.46
71510599--71510656	22	2.7	21	82	15	73	65	1	1	31	1.13
71510897--71510934	18	2.1	19	85	10	60	7	42	2	47	1.46
71513828--71513894	33	2.0	33	88	0	98	14	23	14	46	1.83
71513919--71514835	241	3.8	241	97	0	1735	34	17	14	32	1.91
71514955--71515127	9	18.6	9	74	13	136	47	20	0	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71515002--71515067	12	5.8	12	68	22	52	48	21	0	30	1.50
71514967--71515112	45	3.4	44	79	13	178	46	21	0	30	1.57
71520978--71521055	31	2.4	33	74	8	79	15	3	19	61	1.48
71520990--71521056	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
71521127--71521238	43	2.6	43	94	0	197	24	33	18	23	1.97
71521182--71521302	62	2.0	62	93	0	206	22	28	19	30	1.98
71521244--71521412	43	3.9	44	84	3	218	22	27	18	30	1.98
71521139--71521343	105	2.0	105	91	0	329	21	30	19	28	1.98
71521705--71521729	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
71525866--71525919	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
71525856--71525924	30	2.3	30	89	0	120	26	50	5	17	1.68
71526404--71526531	23	5.5	23	71	12	93	35	6	3	54	1.41
71526469--71526613	25	5.8	25	74	12	102	32	6	4	55	1.47
71526607--71526655	23	2.1	23	85	7	64	32	6	2	59	1.34
71526768--71526802	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
71527554--71527684	39	3.4	39	92	0	226	22	19	27	30	1.98
71527621--71527849	39	5.8	40	86	3	243	22	20	26	30	1.98
71534645--71534688	16	2.8	16	82	6	54	38	11	0	50	1.39
71538059--71538136	39	2.0	39	94	0	138	46	12	12	28	1.79
71543755--71544067	46	6.8	46	89	1	394	22	23	13	40	1.89
71549237--71549274	6	6.7	6	87	6	53	0	21	0	78	0.74
71560715--71560772	19	3.4	17	77	13	57	46	5	1	46	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71560717--71560773	18	3.3	17	83	13	64	49	5	1	43	1.35
71561013--71561037	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
71565714--71565746	17	1.9	17	93	0	57	54	3	9	33	1.47
71565974--71566020	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
71566537--71566675	39	3.6	38	89	2	181	29	15	4	51	1.62
71567816--71567901	45	1.9	45	90	0	136	25	31	13	29	1.94
71580342--71580417	3	25.0	3	77	15	68	68	0	31	0	0.90
71580346--71580421	24	3.1	24	77	21	86	67	0	32	0	0.91
71580342--71580411	27	2.6	27	80	12	83	68	0	31	0	0.90
71580345--71580417	16	4.4	17	79	19	82	68	0	31	0	0.90
71580342--71580422	27	3.0	27	73	19	80	66	0	33	0	0.92
71580454--71580516	14	4.4	14	75	13	58	68	0	31	0	0.90
71580459--71580516	19	3.4	17	76	17	50	65	0	34	0	0.93
71580972--71581973	145	6.9	132	73	18	372	56	6	8	28	1.55
71581106--71582168	145	7.1	144	81	11	1157	56	6	7	29	1.54
71581398--71581433	12	2.8	13	87	4	56	75	0	2	22	0.94
71581699--71581762	15	4.4	14	70	18	51	68	1	4	25	1.17
71588196--71588221	9	2.9	9	100	0	52	65	11	0	23	1.25
71588153--71588246	35	2.7	36	81	6	113	47	10	1	40	1.45
71588336--71588405	15	4.2	16	74	18	54	1	34	0	64	1.03
71588336--71588376	18	2.3	18	88	12	59	0	36	0	63	0.95
71588336--71588389	19	2.9	19	84	13	60	0	37	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71588547--71588589	18	2.4	18	88	0	59	9	11	9	69	1.36
71588546--71588580	18	1.9	18	94	0	61	8	14	8	68	1.38
71595387--71595444	30	1.9	30	82	6	73	51	3	17	27	1.61
71595644--71595719	30	2.5	30	80	4	82	39	0	2	57	1.12
71596397--71596425	14	2.1	14	100	0	58	34	6	24	34	1.82
71605004--71605042	19	2.1	19	85	9	53	2	15	0	82	0.79
71605592--71605641	11	4.5	11	82	2	55	8	8	2	82	0.93
71605594--71605652	21	2.7	22	81	2	66	8	10	1	79	1.00
71613111--71613135	7	3.6	7	100	0	50	64	12	0	24	1.27
71613750--71613785	17	2.1	17	90	10	56	52	0	0	47	1.00
71615295--71615333	17	2.2	18	86	4	53	28	2	5	64	1.28
71620570--71620669	51	2.0	50	82	7	121	41	0	14	45	1.44
71623010--71623081	19	3.9	19	85	10	114	38	11	13	36	1.81
71623060--71623104	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
71623373--71623408	18	2.1	17	89	5	54	30	0	0	69	0.89
71631667--71632259	286	2.1	287	87	3	847	34	18	21	25	1.96
71632070--71632338	78	3.4	78	89	2	423	34	18	22	24	1.96
71632361--71632551	45	4.3	46	84	6	248	32	13	28	24	1.93
71632278--71632551	89	3.0	90	81	8	290	31	14	27	25	1.95
71632879--71632932	17	3.3	15	80	19	56	37	11	14	37	1.82
71632877--71632948	19	3.9	19	87	10	114	38	11	13	36	1.81
71632885--71632948	17	3.6	17	85	8	83	39	12	12	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71632877--71632955	35	2.2	37	84	13	112	39	10	15	35	1.81
71635042--71635068	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
71635154--71635192	11	3.5	11	82	6	51	66	0	5	28	1.12
71636966--71637304	134	2.5	134	84	2	421	29	21	18	30	1.97
71636870--71637300	45	9.7	44	72	6	240	28	23	17	30	1.97
71641635--71641663	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
71653116--71653259	44	3.3	43	68	5	110	26	21	22	29	1.99
71653113--71653488	88	4.3	88	83	4	436	28	19	22	29	1.98
71653113--71653473	176	2.1	176	86	2	501	28	19	22	29	1.98
71653113--71653532	176	2.4	176	83	4	420	28	20	21	29	1.98
71653481--71653681	85	2.3	85	86	3	269	27	22	19	30	1.98
71653524--71653682	42	3.8	41	73	9	140	27	21	20	30	1.98
71654340--71654398	30	2.0	30	86	6	84	59	10	3	27	1.46
71661541--71661577	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
71663782--71663840	27	2.2	26	79	5	64	55	1	1	40	1.20
71664444--71664486	21	2.0	21	86	0	59	44	2	2	51	1.27
71665579--71665627	15	3.3	15	83	8	57	32	2	2	63	1.17
71672709--71673108	132	3.0	132	85	2	500	30	19	23	27	1.98
71673875--71673911	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
71674470--71674643	46	3.8	46	77	13	185	21	19	29	29	1.97
71674465--71674635	93	1.8	93	91	0	279	21	20	29	29	1.98
71677251--71677296	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71677258--71677302	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
71680755--71680818	5	13.0	5	70	9	51	29	0	1	68	0.99
71680750--71680805	29	1.9	29	85	0	76	30	1	0	67	1.01
71680761--71680803	19	2.4	18	81	11	52	32	0	0	67	0.91
71680750--71680818	15	4.7	15	82	7	70	30	1	1	66	1.09
71683512--71683659	9	15.6	9	65	13	55	61	0	3	35	1.13
71683519--71683569	19	2.7	20	76	11	63	60	0	3	35	1.15
71683601--71683650	20	2.5	20	70	3	57	62	0	4	34	1.14
71683859--71683936	19	4.2	19	72	18	65	33	3	0	62	1.13
71683867--71683915	17	2.9	16	82	11	53	26	4	0	69	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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