genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618557--21618776	79	2.8	80	79	9	236	26	20	26	26	1.99
21618647--21618809	79	2.1	79	80	6	179	27	19	27	25	1.98
21623880--21623930	25	2.0	25	92	0	84	43	7	27	21	1.80
21626004--21626195	40	4.8	40	79	7	178	26	22	26	24	2.00
21626004--21626188	79	2.3	81	81	7	209	25	22	26	24	2.00
21626057--21626221	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
21629175--21629277	28	3.7	28	88	0	143	23	18	33	25	1.97
21633741--21633795	28	2.0	28	85	0	74	30	12	30	25	1.93
21636290--21636382	48	1.9	48	85	8	127	30	19	25	24	1.98
21639852--21639887	14	2.7	14	91	8	58	25	8	8	58	1.55
21655732--21655783	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
21655764--21655858	45	2.1	44	84	1	118	34	5	25	34	1.78
21656020--21656054	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21655978--21656050	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
21656167--21656201	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21655939--21656213	147	1.9	149	95	1	500	46	3	2	47	1.35
21656269--21656321	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
21656195--21656381	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
21656147--21656441	119	2.5	120	93	2	495	50	4	2	43	1.35
21661152--21661266	27	4.3	26	82	7	122	38	20	21	20	1.94
21661188--21661265	28	2.9	27	86	7	104	37	20	21	20	1.95
21671386--21671498	27	4.2	26	75	7	91	35	17	24	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21682035--21682207	46	3.7	46	78	13	201	23	21	26	28	1.99
21682032--21682202	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
21682792--21682874	41	2.0	41	97	0	157	43	12	8	36	1.72
21693673--21693701	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
21698644--21699011	47	7.7	47	92	3	553	33	8	29	27	1.87
21701440--21701514	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
21701573--21701847	40	6.9	40	90	0	399	24	22	27	25	2.00
21705329--21705694	47	7.7	47	93	2	576	33	9	29	27	1.87
21708609--21708706	46	2.1	46	96	0	178	36	15	16	31	1.90
21715200--21715374	6	28.8	6	77	17	175	48	14	17	18	1.81
21715179--21715337	30	5.3	30	81	11	166	49	14	17	18	1.80
21715211--21715374	73	2.2	73	87	8	228	48	15	17	18	1.82
21715492--21715557	27	2.5	26	82	7	78	37	22	21	18	1.94
21715516--21715573	27	2.1	27	84	6	73	36	27	18	17	1.94
21715730--21715788	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
21715876--21715958	27	3.1	26	86	5	103	37	20	22	19	1.94
21716157--21716352	27	7.3	27	86	0	248	26	19	18	35	1.95
21716357--21716660	27	11.2	27	82	4	371	39	10	23	26	1.87
21718492--21718676	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
21718492--21718676	40	4.6	41	80	9	204	25	27	22	24	2.00
21725731--21725905	79	2.2	80	82	8	214	25	27	23	24	2.00
21725731--21725905	40	4.4	40	82	8	214	25	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21729956--21730071	40	2.9	40	96	0	205	19	24	30	25	1.98
21730278--21730376	28	3.5	28	72	5	101	20	19	30	30	1.97
21730276--21730403	56	2.3	56	95	0	238	19	18	32	28	1.96
21730306--21730403	28	3.5	28	71	15	94	18	19	34	27	1.95
21737864--21737920	25	2.3	25	96	3	107	49	15	10	24	1.76
21738223--21738331	43	2.6	41	78	11	114	29	20	21	29	1.98
21742073--21742164	28	3.3	27	84	3	103	23	34	15	26	1.94
21742389--21742419	16	1.9	16	93	0	53	9	22	19	48	1.78
21744804--21744875	27	2.7	27	82	0	81	18	27	20	33	1.96
21746608--21746792	48	3.9	48	81	7	196	34	30	15	20	1.93
21746621--21746797	96	1.8	97	83	1	239	33	29	15	21	1.94
21748643--21748669	13	2.1	13	100	0	54	7	7	14	70	1.32
21751216--21751252	15	2.4	16	86	9	58	67	0	16	16	1.23
21751225--21751255	15	2.1	15	100	0	62	61	0	19	19	1.35
21753450--21753738	47	6.1	47	89	3	389	32	10	29	26	1.90
21753548--21753622	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
21753712--21753848	46	3.0	46	87	0	193	35	9	29	25	1.88
21759283--21759333	23	2.4	22	84	12	70	21	0	1	76	0.88
21759465--21759523	23	2.6	23	81	5	57	22	5	0	72	1.03
21761956--21762047	45	2.0	45	95	0	166	46	6	15	31	1.71
21762435--21762588	35	4.4	35	76	0	137	34	18	20	27	1.95
21762435--21762599	70	2.4	70	80	2	161	34	19	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21777244--21777468	40	5.7	40	84	5	278	24	21	28	25	1.99
21777244--21777501	80	3.2	80	81	8	226	25	20	27	25	1.99
21780484--21780858	187	2.0	187	98	0	732	33	15	27	24	1.95
21785374--21785597	40	5.6	40	84	5	267	25	21	27	25	1.99
21785374--21785630	80	3.2	78	77	11	229	26	21	27	24	1.99
21785374--21785630	119	2.2	118	80	8	272	26	21	27	24	1.99
21795468--21795501	17	1.9	17	88	5	50	14	23	44	17	1.86
21796227--21796265	5	7.6	5	88	11	53	15	0	0	84	0.62
21796227--21796265	11	3.8	10	87	12	53	15	0	0	84	0.62
21802083--21803736	825	2.0	825	99	0	3254	33	23	17	25	1.96
21805939--21806151	108	2.0	108	95	0	381	30	25	16	27	1.97
21816911--21817066	40	3.9	40	94	0	267	30	27	20	21	1.98
21824808--21824971	40	4.1	40	89	3	235	28	28	20	23	1.99
21834472--21834516	20	2.2	21	84	11	58	31	0	22	46	1.52
21836204--21836243	21	1.9	21	84	0	53	42	10	15	32	1.79
21836289--21836408	25	4.8	25	94	0	204	26	26	22	24	2.00
21836289--21836435	25	6.0	23	87	6	123	27	25	22	24	2.00
21836289--21836433	75	1.9	75	83	5	186	27	25	22	24	2.00
21836629--21836712	31	2.7	31	87	1	125	32	16	26	25	1.96
21850261--21850428	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
21850284--21850428	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
21857423--21857527	19	5.4	20	88	4	137	53	0	24	21	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21857423--21857527	39	2.7	39	86	5	144	53	0	24	21	1.46
21873428--21873612	40	4.7	39	84	4	228	23	27	24	24	2.00
21873421--21873615	79	2.5	80	86	2	268	24	27	23	25	2.00
21876589--21876640	22	2.3	22	80	3	68	65	1	1	30	1.14
21877622--21877682	23	2.9	20	75	13	68	49	0	0	50	1.00
21880505--21880612	20	5.4	20	92	1	164	21	24	0	54	1.45
21887646--21887790	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
21908263--21908440	27	6.6	27	81	5	171	29	28	14	27	1.95
21908289--21908439	82	1.9	81	87	4	223	28	28	15	27	1.96
21912510--21912672	40	4.1	40	81	4	177	17	27	17	37	1.92
21912604--21912669	20	3.3	20	66	8	53	16	34	16	31	1.92
21930940--21931123	40	4.6	40	84	3	219	18	30	16	34	1.93
21930940--21931081	20	7.1	20	63	9	65	19	31	16	32	1.94
21932896--21933200	27	11.3	27	81	4	222	37	22	7	33	1.82
21932898--21933093	54	3.6	54	87	0	266	33	24	6	35	1.82
21932864--21933211	54	6.4	54	79	2	218	37	22	7	33	1.82
21932896--21933094	81	2.5	81	86	0	290	34	24	6	34	1.81
21932896--21933200	81	3.8	81	78	3	247	37	22	7	33	1.82
21933017--21933273	27	9.4	27	78	6	160	38	20	8	32	1.83
21933318--21933418	27	3.7	27	80	5	98	36	23	19	19	1.95
21934221--21934369	52	2.9	52	93	2	257	26	24	22	26	2.00
21934221--21934369	26	5.8	26	88	0	221	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21934513--21934604	42	2.2	42	86	3	123	29	14	22	33	1.93
21934628--21934702	31	2.4	31	95	0	132	30	18	24	26	1.98
21937037--21937167	27	4.9	27	88	3	183	29	23	7	38	1.83
21936992--21937368	27	13.9	27	77	9	140	37	20	7	33	1.82
21937145--21937368	54	4.1	54	75	11	172	41	20	7	30	1.80
21936992--21937203	81	2.6	81	72	0	199	34	22	7	35	1.82
21937145--21937374	27	8.4	27	80	7	151	40	20	8	31	1.81
21937427--21937488	27	2.3	27	82	0	79	37	17	25	19	1.94
21937427--21937495	27	2.6	27	77	6	70	37	17	26	18	1.93
21938291--21938414	26	4.8	26	88	1	187	27	22	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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