genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5542880--5542960	31	2.6	31	90	5	121	20	17	13	48	1.81
5544933--5545530	27	22.2	27	83	3	740	28	22	9	39	1.85
5544937--5545530	108	5.5	108	87	4	840	28	22	9	40	1.85
5545535--5545729	27	7.2	27	83	3	223	35	16	18	28	1.93
5545928--5546014	27	3.3	26	85	4	102	18	21	24	35	1.95
5546132--5546254	6	20.2	6	73	18	103	20	17	14	47	1.83
5546132--5546199	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
5546157--5546235	30	2.6	31	92	6	126	20	17	13	48	1.81
5548191--5548787	27	22.2	27	83	4	742	28	22	9	39	1.86
5548195--5548782	108	5.5	107	87	4	826	28	22	9	39	1.85
5548792--5548986	27	7.2	27	83	3	223	35	16	18	28	1.93
5549186--5549271	27	3.2	26	86	4	109	17	22	24	36	1.95
5549390--5549518	6	21.2	6	74	17	115	20	17	14	47	1.83
5549390--5549457	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
5551457--5552050	27	22.2	27	82	5	695	28	22	9	39	1.85
5552055--5552249	27	7.2	27	83	3	223	35	16	18	28	1.93
5552449--5552534	27	3.2	26	86	4	109	17	22	24	36	1.95
5552653--5552775	6	20.2	6	73	18	103	20	17	14	47	1.83
5552653--5552720	25	2.7	25	97	0	127	19	20	14	45	1.85
5552678--5552756	30	2.6	31	92	6	126	20	17	13	48	1.81
5554715--5555256	27	20.2	27	84	3	702	27	23	9	39	1.85
5554734--5555256	161	3.2	161	88	3	784	27	23	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5555261--5555428	81	2.1	81	88	2	248	36	16	17	28	1.92
5555261--5555455	27	7.2	27	83	3	214	35	16	18	29	1.93
5555655--5555741	27	3.3	26	83	4	102	17	20	25	36	1.94
5555884--5555944	25	2.5	24	91	2	95	18	19	14	47	1.82
5555869--5555938	19	3.4	19	73	17	68	18	20	15	45	1.85
5555884--5556017	6	22.2	6	78	15	143	19	16	14	49	1.80
5570980--5571212	72	3.2	72	82	1	261	30	24	13	30	1.94
5571387--5571665	144	1.9	144	81	5	332	32	17	14	35	1.90
5575876--5575920	21	2.1	21	87	0	63	20	17	22	40	1.92
5576085--5576139	18	2.8	18	77	17	65	27	20	20	32	1.97
5576085--5576140	22	2.8	22	82	15	68	26	21	19	32	1.97
5578248--5578289	20	2.2	20	87	12	61	28	21	0	50	1.49
5578413--5578504	38	2.5	37	80	5	96	26	29	22	21	1.99
5579496--5579579	26	3.2	26	89	0	123	34	7	23	34	1.82
5579764--5579826	28	2.2	28	100	0	126	14	14	25	46	1.82
5582796--5582822	12	2.2	12	100	0	54	7	29	48	14	1.71
5587647--5587704	26	2.2	26	93	0	98	32	6	25	34	1.83
5591262--5591386	26	4.9	23	72	21	74	61	0	4	34	1.15
5591259--5591373	7	17.1	7	71	25	81	59	0	4	36	1.18
5591259--5591374	20	5.8	19	79	14	119	59	0	4	36	1.17
5592092--5592319	43	5.4	43	92	1	363	24	31	21	22	1.98
5593512--5593548	17	2.2	16	95	4	65	21	0	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5593512--5593572	25	2.4	26	76	13	65	21	1	3	73	1.06
5593640--5593687	15	3.3	15	88	5	80	27	0	0	72	0.84
5593639--5593701	14	4.5	14	86	5	65	26	0	3	69	1.03
5593633--5593687	7	7.7	7	93	4	92	25	0	0	74	0.82
5594304--5594328	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
5595043--5595076	16	2.2	16	89	5	52	14	0	35	50	1.44
5595015--5595089	37	2.1	36	82	7	89	22	0	29	48	1.51
5595128--5595369	41	5.9	41	90	0	360	18	26	23	31	1.97
5598433--5598481	22	2.2	23	82	10	57	34	6	4	55	1.44
5600116--5600179	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
5600449--5600512	3	19.7	3	76	20	58	59	4	0	35	1.18
5600448--5600486	7	5.9	7	90	6	55	58	2	0	38	1.12
5602085--5602137	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
5604810--5604874	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
5604650--5604935	137	2.1	136	95	0	509	31	24	18	25	1.97
5606610--5606643	8	4.5	8	96	3	54	64	5	0	29	1.17
5606603--5606650	16	3.1	15	84	6	60	64	4	2	29	1.23
5606800--5606864	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
5606886--5607019	25	5.6	25	70	15	86	58	2	4	35	1.31
5606853--5606944	29	3.3	28	69	14	66	59	2	5	32	1.32
5607502--5607732	30	7.7	30	88	0	313	22	3	47	25	1.68
5607502--5607732	60	3.8	60	91	1	347	22	3	47	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5608483--5608532	14	3.6	14	84	7	66	64	2	14	20	1.39
5608486--5608518	15	2.2	15	100	0	66	69	0	12	18	1.18
5608512--5608736	75	3.0	74	82	4	274	33	21	16	28	1.95
5608759--5608995	74	3.2	74	83	4	298	35	20	15	28	1.93
5608982--5609009	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
5608834--5609139	163	1.9	163	87	2	454	34	21	16	28	1.94
5608991--5609213	74	3.0	74	86	4	299	34	21	16	27	1.95
5608507--5609450	238	4.0	240	93	1	1587	34	20	16	28	1.95
5609221--5609249	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
5609138--5609305	92	1.8	91	89	6	268	34	20	17	27	1.95
5609268--5609522	73	3.5	73	90	1	404	30	21	16	30	1.96
5609229--5609522	145	2.0	147	87	3	423	32	21	17	28	1.96
5617753--5617788	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
5619330--5619370	16	2.5	17	80	11	59	65	0	4	29	1.13
5619518--5619582	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
5619594--5619652	14	4.1	14	75	18	50	61	0	3	35	1.13
5619571--5619647	29	2.5	31	81	8	79	58	2	5	33	1.34
5619602--5619731	23	5.5	24	69	20	87	57	2	4	35	1.32
5619571--5619647	31	2.5	31	83	8	88	58	2	5	33	1.34
5619592--5619636	16	2.9	16	78	21	51	60	0	2	37	1.09
5620209--5620382	30	5.8	30	88	2	228	21	4	47	26	1.68
5620209--5620382	59	2.9	59	89	3	242	21	4	47	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5620209--5620382	89	1.9	90	86	3	244	21	4	47	26	1.68
5621075--5622054	73	12.8	72	75	16	646	33	21	16	28	1.95
5621284--5621311	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
5621055--5621983	232	4.0	236	91	5	1523	34	20	16	27	1.95
5621293--5621530	72	3.3	73	85	7	308	35	20	16	27	1.94
5621519--5621543	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
5621366--5621983	159	3.9	158	78	16	481	33	21	16	28	1.95
5621439--5621598	85	1.8	85	88	6	241	35	20	16	27	1.94
5621754--5621782	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
5621669--5621838	94	1.8	93	89	6	272	34	20	17	28	1.95
5621597--5622054	144	2.9	161	82	11	558	32	20	17	29	1.95
5630334--5630369	12	3.0	12	95	0	63	41	2	25	30	1.69
5632093--5632157	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
5632180--5632309	23	5.6	25	71	14	82	57	2	4	35	1.32
5632798--5633031	30	7.8	30	88	1	312	23	3	47	26	1.69
5632798--5633031	119	2.0	120	88	4	357	23	3	47	26	1.69
5635349--5635414	18	3.6	18	77	4	69	51	4	0	43	1.22
5635420--5635469	8	6.1	8	76	19	50	74	0	4	22	0.99
5636853--5636880	13	2.2	13	100	0	56	35	7	28	28	1.84
5638645--5638674	14	2.1	15	93	6	53	43	13	0	43	1.43
5638645--5638802	47	3.3	47	86	5	212	46	12	8	32	1.73
5638757--5638832	32	2.3	34	86	4	102	51	9	7	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5643368--5643401	16	2.1	16	100	0	68	38	20	0	41	1.53
5643325--5643448	65	1.9	63	96	3	230	31	25	6	36	1.81
5644898--5645017	56	2.1	56	96	0	222	22	22	9	45	1.80
5646285--5646641	40	8.9	40	89	0	464	26	28	21	24	1.99
5646298--5646720	80	5.3	80	86	2	487	26	27	21	24	1.99
5646298--5646720	120	3.5	120	85	2	494	26	27	21	24	1.99
5646298--5646720	40	10.6	40	87	2	442	26	27	21	24	1.99
5649004--5649506	47	10.6	47	89	3	701	27	29	9	33	1.88
5649025--5649506	143	3.4	143	91	3	733	27	29	9	33	1.89
5650952--5651071	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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