genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9276863--9276992	29	4.6	29	78	1	138	24	29	16	29	1.97
9276968--9277005	19	2.0	19	85	10	51	31	26	10	31	1.90
9277071--9277108	19	2.1	19	85	5	51	18	31	18	31	1.95
9283530--9283705	40	4.4	40	89	2	257	24	24	26	24	2.00
9290743--9290920	40	4.5	40	88	2	252	24	24	26	24	2.00
9293995--9294116	29	4.3	28	76	10	131	25	31	13	28	1.94
9294197--9294234	19	2.1	19	85	5	51	15	34	21	28	1.94
9296614--9296784	45	3.7	45	75	16	181	29	27	21	21	1.99
9296618--9296787	93	1.8	92	93	1	295	28	28	21	21	1.99
9301091--9301120	15	2.0	15	93	0	51	50	10	26	13	1.73
9302188--9302222	6	5.8	6	93	0	61	82	0	2	14	0.77
9308266--9308329	27	2.4	27	86	5	85	18	3	34	43	1.66
9315727--9315775	12	4.3	12	73	23	52	48	22	2	26	1.61
9316043--9316075	17	1.9	17	88	11	50	75	0	0	24	0.80
9322087--9322272	40	4.7	40	86	5	225	26	26	22	24	2.00
9331560--9331914	47	7.6	46	70	10	175	29	19	27	23	1.98
9331558--9331920	94	3.9	92	78	7	385	28	19	27	23	1.98
9351741--9351816	40	1.9	40	86	0	107	19	11	34	34	1.89
9356587--9356738	51	3.1	50	77	16	176	30	30	17	21	1.96
9356638--9356725	43	2.1	42	87	6	124	31	29	18	20	1.96
9359182--9359351	46	3.7	46	78	12	152	22	28	20	28	1.98
9359050--9359354	138	2.2	139	80	5	323	24	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9359092--9359351	94	2.8	92	77	13	234	25	28	19	27	1.98
9361976--9362082	51	2.1	52	87	1	153	31	28	16	22	1.96
9362037--9362118	43	1.9	43	85	5	112	34	28	15	21	1.95
9370298--9370375	40	2.0	40	89	0	120	30	14	24	30	1.94
9370311--9370411	40	2.5	40	80	4	96	30	17	21	29	1.97
9370636--9370715	41	1.9	41	82	7	99	32	21	18	27	1.97
9371418--9371469	25	2.1	24	82	3	59	38	3	3	53	1.37
9371483--9371527	14	3.3	13	79	11	54	20	0	26	53	1.46
9371684--9371713	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
9371888--9371946	7	8.4	7	75	0	55	15	1	42	40	1.57
9372210--9372243	14	2.4	14	95	0	59	8	0	47	44	1.34
9373153--9373198	24	1.9	24	100	0	92	17	15	8	58	1.61
9373926--9373985	24	2.5	23	81	10	66	40	3	6	50	1.45
9377465--9377493	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
9377686--9378531	421	2.0	420	95	1	1536	36	13	10	39	1.79
9378580--9378684	53	2.1	49	83	7	129	44	5	3	45	1.45
9383771--9383887	37	3.2	37	91	0	171	28	31	17	23	1.96
9384006--9384173	47	3.6	47	90	0	246	28	31	8	31	1.87
9384147--9384183	17	2.2	17	95	0	65	37	27	0	35	1.57
9388452--9388499	21	2.3	21	88	0	69	22	18	56	2	1.52
9388793--9388940	43	3.5	40	80	8	147	26	18	21	33	1.96
9391842--9391869	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9397863--9397896	15	2.3	15	90	5	52	32	0	2	64	1.08
9402812--9402891	35	2.3	35	86	0	115	32	26	22	18	1.97
9411229--9411309	35	2.3	35	80	4	92	35	24	17	22	1.95
9421984--9422023	9	3.9	10	81	18	55	50	0	0	50	1.00
9422012--9422066	15	3.6	16	80	7	69	56	0	0	43	0.99
9422765--9422814	21	2.2	22	82	10	66	58	0	0	42	0.98
9422761--9422815	23	2.3	25	76	20	64	58	0	0	41	0.98
9423425--9423458	11	3.1	11	100	0	68	64	0	0	35	0.94
9423619--9423666	22	2.1	23	85	11	64	29	2	0	68	1.01
9423895--9423954	25	2.5	23	86	7	84	31	1	3	63	1.20
9428566--9428740	46	3.8	46	77	10	185	29	28	20	21	1.98
9428573--9428744	93	1.8	93	91	0	281	29	27	20	22	1.99
9428617--9428760	46	3.1	44	73	15	123	30	27	19	22	1.98
9430353--9430400	20	2.4	20	100	0	96	35	29	14	20	1.93
9431852--9432024	42	4.1	42	80	7	181	29	13	26	31	1.94
9431863--9432024	84	1.9	83	82	3	200	30	13	26	29	1.94
9439456--9439608	42	3.6	42	78	6	166	29	16	24	29	1.96
9439455--9439608	84	1.8	83	81	4	193	29	16	25	29	1.96
9444333--9444377	20	2.1	22	84	12	58	31	8	15	44	1.77
9444504--9444529	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
9445379--9445454	31	2.4	32	91	2	127	15	36	26	21	1.93
9449017--9449045	11	2.5	12	94	5	51	58	0	3	37	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9449979--9450025	19	2.4	19	86	10	60	38	0	2	59	1.09
9457350--9457408	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
9468013--9468126	57	2.0	58	87	1	167	41	10	21	26	1.86
9471451--9471503	26	2.0	26	100	0	106	47	11	15	26	1.79
9480615--9480705	21	4.4	20	73	10	76	35	13	10	40	1.79
9488056--9488098	20	2.3	20	84	11	56	32	0	11	55	1.36
9502281--9502317	10	3.7	10	88	0	56	64	2	0	32	1.07
9502291--9502352	24	2.6	25	75	10	67	69	1	1	27	1.07
9503428--9503479	21	2.5	21	100	0	104	55	17	7	19	1.65
9503926--9504258	171	1.9	171	88	1	506	38	23	12	25	1.90
9506390--9506415	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
9507163--9507225	19	3.4	18	73	18	67	63	1	0	34	1.04
9507182--9507214	16	2.1	17	88	11	52	60	3	0	36	1.12
9510144--9510178	18	1.9	18	94	0	61	60	0	0	40	0.97
9511600--9511656	28	2.0	28	100	0	114	29	10	7	52	1.62
9512086--9512117	13	2.4	14	94	5	57	25	9	0	65	1.22
9515222--9515350	43	3.0	43	82	6	147	25	17	29	27	1.97
9516186--9516214	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
9521333--9521444	18	6.3	18	68	13	52	33	1	21	43	1.63
9521374--9521501	44	3.0	43	88	6	204	33	0	20	46	1.51
9521458--9521592	56	2.4	56	91	0	225	33	0	16	50	1.45
9521485--9521570	13	6.3	13	70	19	68	34	0	12	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9521576--9521601	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
9521485--9521616	65	2.0	69	83	8	175	34	0	13	51	1.41
9521746--9521774	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
9524854--9524975	59	2.0	60	84	4	158	37	4	37	20	1.72
9525053--9525457	116	3.6	105	76	13	325	36	22	15	24	1.94
9525063--9525576	114	4.6	112	80	9	494	37	22	14	24	1.92
9526031--9526083	22	2.4	23	82	17	69	47	33	0	18	1.49
9526102--9526146	14	3.2	14	87	0	63	51	28	0	20	1.48
9526037--9526146	7	15.4	7	66	14	55	48	29	0	21	1.57
9526449--9526515	7	9.6	7	83	0	71	44	46	0	8	1.35
9526449--9526515	21	3.2	21	82	0	80	44	46	0	8	1.35
9526974--9527528	278	2.0	278	98	0	1065	37	14	10	37	1.82
9527495--9527556	28	2.2	29	85	2	81	25	0	27	46	1.53
9527596--9527752	41	3.9	41	83	5	201	23	22	21	33	1.98
9527596--9527764	81	2.1	82	84	3	216	23	22	20	33	1.97
9528947--9528993	7	6.7	7	85	0	67	31	51	0	17	1.46
9528930--9528993	21	3.0	21	84	6	76	34	46	0	18	1.49
9528930--9528997	14	4.8	14	78	10	75	35	44	0	20	1.52
9528930--9529004	21	3.5	21	81	5	62	36	41	0	22	1.54
9533198--9533271	29	2.5	30	82	6	80	47	1	0	51	1.09
9533900--9533963	29	2.2	29	88	0	92	59	1	0	39	1.07
9533909--9533972	29	2.2	29	80	0	74	57	6	0	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9534575--9534616	20	2.0	21	90	4	68	71	0	7	21	1.09
9534575--9534613	11	3.7	11	80	13	55	71	0	7	20	1.10
9535777--9535813	18	2.1	18	89	0	56	37	2	2	56	1.28
9541716--9541897	48	3.8	48	83	2	222	31	21	21	24	1.98
9547334--9547371	18	2.1	19	90	5	60	34	15	0	50	1.45
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9547558--9547668	42	2.7	42	77	8	120	34	26	16	23	1.95
9548588--9548625	16	2.5	15	87	8	51	39	7	0	52	1.31
9552706--9552879	48	3.6	48	82	3	206	28	20	25	25	1.99
9564288--9564512	40	5.6	40	85	6	285	27	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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