genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  30  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8644576--8644699	30	4.1	30	91	1	185	25	22	6	45	1.76
8644586--8644693	15	7.2	15	63	12	60	25	20	7	46	1.77
8649255--8649378	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
8649265--8649372	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
8655304--8655352	18	2.8	18	78	3	55	40	4	10	44	1.57
8655849--8655882	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
8661932--8662013	25	3.3	25	79	8	96	36	6	4	52	1.48
8662048--8662089	21	1.9	23	85	9	61	35	2	4	57	1.33
8662006--8662095	33	2.8	31	76	20	87	36	3	5	54	1.40
8662143--8662205	24	2.6	24	80	11	67	38	6	4	50	1.49
8662169--8662283	13	8.9	13	67	16	60	32	4	4	59	1.37
8662406--8662458	26	2.0	27	88	3	81	39	9	1	49	1.46
8662499--8662610	12	9.3	12	67	23	51	33	3	3	58	1.32
8662554--8662612	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
8662806--8662866	28	2.1	29	84	6	79	29	9	4	55	1.53
8662866--8662906	15	2.8	15	92	3	66	24	4	12	58	1.53
8672500--8672540	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8680389--8680441	21	2.5	21	87	0	79	30	33	9	26	1.88
8680664--8680709	23	2.0	23	86	4	65	71	6	4	17	1.24
8692586--8692673	43	2.0	43	100	0	176	48	22	4	23	1.69
8692703--8692763	30	2.0	30	100	0	122	63	9	9	16	1.50
8695972--8696009	3	13.0	3	94	5	69	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8697956--8697986	16	1.9	16	93	0	53	41	9	3	45	1.53
8704930--8704959	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
8709767--8710132	96	3.8	95	76	5	326	25	28	17	28	1.98
8709764--8710135	144	2.6	142	78	7	340	25	28	18	28	1.98
8709764--8710145	48	8.0	48	74	7	283	25	28	17	28	1.98
8713136--8713300	46	3.6	46	77	6	172	21	19	29	29	1.98
8720170--8720213	15	2.9	15	77	12	54	11	15	15	56	1.66
8720176--8720228	15	3.6	14	75	7	52	9	15	16	58	1.62
8720170--8720227	30	2.0	30	93	3	100	10	15	15	58	1.62
8730981--8731031	24	2.2	22	83	13	59	19	1	1	76	0.98
8736952--8736980	14	2.1	14	100	0	58	65	20	0	13	1.26
8750852--8750991	42	3.3	42	81	0	172	29	15	27	27	1.96
8750837--8750991	84	1.8	84	87	5	233	30	16	24	28	1.96
8757052--8757124	26	2.8	26	85	0	83	41	12	17	28	1.86
8760835--8760922	11	7.9	11	71	16	56	63	2	0	34	1.07
8760819--8760903	39	2.2	39	80	4	91	60	2	2	35	1.23
8760882--8760937	18	2.9	19	82	17	71	66	1	0	32	1.03
8760913--8760961	19	2.6	19	90	0	71	57	4	2	36	1.30
8761350--8761456	8	12.0	8	73	19	54	31	1	0	65	1.10
8761350--8761383	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
8761356--8761456	17	5.6	17	69	23	55	30	1	0	66	1.09
8761359--8761457	28	3.6	28	75	18	84	30	2	1	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8761416--8761462	17	2.6	17	83	6	58	27	2	2	68	1.13
8763069--8763551	36	13.1	36	81	5	463	28	15	20	34	1.94
8763069--8763551	73	6.6	73	81	4	476	28	15	20	34	1.94
8763077--8763510	109	3.9	109	85	3	555	28	15	21	34	1.94
8765178--8765220	22	2.0	22	85	0	59	48	16	13	20	1.80
8765537--8765603	22	3.0	22	86	4	71	49	14	4	31	1.64
8765558--8765603	22	2.1	22	95	0	83	50	17	4	28	1.65
8773453--8773495	22	2.0	22	85	0	59	51	13	16	18	1.77
8779449--8779476	12	2.3	12	100	0	56	25	7	25	42	1.80
8784212--8784288	39	2.0	39	100	0	154	24	15	28	31	1.96
8786190--8786245	29	1.9	29	96	0	103	19	26	28	25	1.99
8790905--8790933	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
8795270--8795349	40	2.0	40	85	0	106	25	16	23	35	1.95
8795336--8795585	130	1.9	130	89	1	385	29	23	22	24	1.99
8795577--8795718	41	3.5	42	83	7	184	29	17	23	29	1.97
8796242--8796296	28	1.9	29	88	3	85	47	23	3	25	1.68
8796520--8796557	16	2.6	14	91	8	58	21	0	31	47	1.51
8796718--8796841	7	17.3	7	71	8	79	20	2	39	37	1.66
8796726--8796868	64	2.2	65	82	3	173	22	2	37	37	1.69
8796757--8796914	65	2.5	64	78	6	149	24	1	37	36	1.66
8797220--8797255	17	2.2	17	95	5	65	22	0	5	72	1.05
8800278--8800365	39	2.3	39	84	4	115	32	19	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8800360--8800653	39	7.5	39	93	0	480	20	23	28	28	1.99
8806088--8806215	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
8806105--8806182	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
8806101--8806213	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
8812076--8812158	31	2.6	33	76	7	89	16	4	19	59	1.55
8812228--8812347	43	2.8	43	85	3	152	28	23	21	26	1.99
8816131--8816191	30	2.0	32	84	12	83	19	44	0	36	1.51
8816296--8816354	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
8817585--8817649	30	2.2	30	97	0	121	35	4	30	29	1.78
8821810--8821847	18	2.1	18	100	0	76	15	5	21	57	1.57
8823013--8823089	37	2.1	36	83	11	95	22	11	2	63	1.39
8824533--8824584	20	2.5	22	75	12	63	32	3	11	51	1.56
8825500--8825581	31	2.7	30	74	17	80	41	10	10	36	1.76
8829875--8829913	13	3.0	13	84	0	51	43	5	0	51	1.24
8841001--8841360	44	8.3	44	76	6	306	38	19	18	23	1.93
8840989--8841360	131	2.9	129	81	7	403	38	18	18	24	1.93
8841039--8841360	88	3.7	88	82	4	377	39	18	18	24	1.92
8841421--8841520	38	2.6	37	88	3	137	38	22	11	29	1.88
8854613--8854649	17	2.2	17	100	0	74	5	32	16	45	1.70
8859891--8859946	12	4.7	12	73	8	51	26	3	8	60	1.43
8859892--8859946	18	3.1	17	79	10	56	25	3	9	61	1.42
8859891--8859944	24	2.3	23	84	9	72	25	3	7	62	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8859964--8860033	18	3.9	18	74	5	61	25	8	12	52	1.67
8860150--8860349	64	3.1	64	95	0	355	24	13	16	46	1.82
8860657--8860685	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
8862273--8862312	17	2.3	17	95	4	71	17	22	10	50	1.76
8862352--8862451	40	2.5	39	90	4	155	21	8	24	47	1.77
8864890--8864924	17	2.1	17	88	0	52	54	8	0	37	1.31
8872363--8872418	21	2.7	21	80	0	67	35	37	17	8	1.82
8873696--8873729	15	2.2	16	89	5	52	2	35	0	61	1.11
8877740--8877818	39	2.0	39	97	0	149	18	12	24	44	1.85
8884102--8884152	26	2.0	26	100	0	102	37	15	7	39	1.77
8886876--8886934	31	1.9	31	89	0	91	37	15	16	30	1.90
8886907--8887007	45	2.2	45	83	0	121	41	9	14	33	1.79
8886831--8886979	76	2.0	76	83	2	192	40	12	16	29	1.86
8893837--8894004	45	3.7	45	81	0	147	43	13	17	26	1.85
8901690--8901913	44	5.0	43	68	16	141	31	16	25	26	1.97
8901658--8902057	147	2.9	138	84	8	556	32	16	24	27	1.96
8901974--8902057	43	2.0	43	85	4	116	33	11	25	29	1.91
8901918--8902326	177	2.3	177	83	2	518	30	16	24	28	1.97
8903841--8903883	21	2.0	22	86	4	61	65	4	0	30	1.13
8913063--8913165	51	2.0	51	98	0	197	31	24	13	31	1.94
8913118--8913207	37	2.4	37	88	0	126	30	23	17	28	1.97
8916067--8916151	43	2.0	44	81	6	102	23	21	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8918175--8918200	12	2.2	12	100	0	52	53	7	15	23	1.67
8921849--8921995	46	3.2	46	97	0	267	40	12	23	23	1.88
8923362--8923407	20	2.3	20	75	17	51	26	21	23	28	1.99
8923400--8923536	60	2.3	59	81	8	143	29	21	24	24	1.99
8924269--8924388	46	2.6	46	84	2	143	43	16	21	18	1.88
8926374--8926401	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
8926820--8927525	47	15.2	46	92	3	1025	32	8	29	29	1.87
8926820--8927525	94	7.6	94	93	3	1151	32	8	29	29	1.87
8926820--8927525	141	5.0	141	92	3	1151	32	8	29	29	1.87
8927212--8927474	86	3.0	86	93	4	427	32	7	29	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259