genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5667829--5667938	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
5682902--5682933	16	2.0	16	100	0	64	56	6	0	37	1.25
5683805--5683903	49	2.0	49	100	0	198	22	14	18	45	1.85
5685877--5685969	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
5694218--5694261	20	2.1	21	91	4	72	56	20	9	13	1.64
5694472--5694614	72	2.0	72	83	2	180	32	16	14	35	1.90
5695479--5695625	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
5695588--5695804	52	4.2	52	84	8	284	28	23	13	35	1.93
5695587--5695810	98	2.3	98	93	0	385	28	23	13	34	1.93
5701270--5701328	20	2.8	22	80	12	61	16	10	6	66	1.43
5701290--5701338	22	2.2	23	78	7	57	18	4	6	71	1.23
5703432--5703484	27	2.1	26	86	10	74	9	30	13	47	1.74
5705586--5705635	23	2.1	23	88	3	73	40	2	8	50	1.43
5710315--5710371	20	2.9	19	80	10	62	66	1	5	26	1.22
5710635--5710798	20	8.1	20	74	13	122	63	3	3	30	1.25
5710693--5710805	10	11.3	9	69	20	50	64	3	2	29	1.24
5710723--5710805	10	8.1	10	74	8	51	62	2	3	31	1.25
5711231--5711286	9	6.0	9	73	22	53	30	3	0	66	1.09
5713610--5713679	34	2.0	35	94	2	124	28	18	8	44	1.79
5719595--5719620	13	2.0	13	100	0	52	7	23	7	61	1.49
5727232--5727298	31	2.2	31	89	5	100	38	14	16	29	1.89
5727937--5728128	96	2.0	96	98	0	375	25	18	15	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5729042--5729340	149	2.0	149	96	0	555	31	10	8	50	1.65
5729463--5729581	62	1.9	62	96	0	220	38	8	18	34	1.81
5730990--5731069	34	2.3	35	80	6	83	40	27	8	23	1.84
5731119--5731156	20	1.9	20	94	0	67	36	31	10	21	1.87
5731494--5731536	20	2.2	20	91	0	68	48	9	13	27	1.73
5735616--5735640	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
5735676--5735770	24	4.0	24	78	6	95	63	1	3	32	1.17
5735623--5735757	14	10.4	13	68	22	56	61	3	2	31	1.28
5735681--5735759	25	3.2	25	79	12	83	63	0	1	35	1.03
5747870--5747900	6	5.2	6	100	0	62	83	16	0	0	0.64
5748173--5748207	14	2.5	14	95	0	61	34	8	11	45	1.71
5752034--5752532	47	10.6	47	91	2	775	32	8	29	29	1.87
5765471--5765611	60	2.4	59	84	7	178	26	26	20	26	1.99
5766238--5766267	8	3.8	8	90	0	51	3	23	20	53	1.60
5773859--5773903	23	1.9	24	90	4	74	20	0	51	28	1.48
5786542--5786583	21	1.9	23	90	9	70	45	2	11	40	1.54
5786858--5786883	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
5787780--5787813	17	1.9	18	88	5	52	26	0	29	44	1.55
5791172--5791203	16	2.1	16	88	11	50	37	6	6	50	1.53
5795684--5795762	41	1.9	41	97	0	149	34	11	6	48	1.65
5795687--5795754	20	3.3	20	68	11	66	35	13	5	45	1.67
5797376--5797467	40	2.3	40	87	7	125	26	29	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5807523--5807673	43	3.5	43	82	2	196	34	23	13	28	1.93
5810059--5810195	48	2.9	48	90	2	186	37	17	16	28	1.91
5811306--5811399	49	1.9	49	88	0	143	21	28	29	20	1.98
5817799--5818128	161	2.0	162	94	0	581	44	19	10	26	1.82
5820281--5820339	29	2.0	29	90	0	91	22	6	33	37	1.80
5827606--5827632	10	2.7	10	100	0	54	70	0	11	18	1.16
5836133--5836282	48	3.1	48	86	0	192	27	20	24	28	1.99
5838465--5838615	81	1.9	82	84	6	209	32	25	14	27	1.95
5838460--5838636	40	4.4	40	74	13	130	33	25	15	25	1.95
5844336--5844387	24	2.0	27	85	14	74	34	5	13	46	1.67
5852188--5852249	33	1.9	31	81	15	72	77	8	0	14	0.98
5853629--5853664	16	2.2	16	90	0	54	72	2	2	22	1.11
5853777--5853840	15	4.1	15	72	18	51	65	3	1	29	1.17
5853778--5853834	24	2.3	25	90	6	89	63	3	1	31	1.22
5860589--5860664	38	2.0	39	86	2	109	39	21	13	26	1.89
5862986--5863018	14	2.4	14	94	0	57	39	9	6	45	1.61
5864453--5864497	19	2.3	20	80	3	56	22	44	0	33	1.53
5865262--5865351	19	4.9	19	70	28	79	35	10	17	36	1.84
5865262--5865319	30	1.9	31	96	3	109	34	10	18	36	1.85
5865290--5865351	23	3.0	21	84	15	76	35	9	17	37	1.83
5865317--5865361	23	2.0	23	86	4	65	33	8	15	42	1.78
5871527--5872226	44	15.8	44	79	9	658	29	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5871527--5872226	220	3.2	218	86	5	885	29	15	27	28	1.96
5872281--5872559	44	6.2	44	69	11	165	31	17	23	27	1.97
5872281--5872636	134	2.6	134	85	5	486	31	17	23	27	1.97
5872288--5872494	44	4.6	46	71	14	169	31	19	23	25	1.98
5872623--5872821	45	4.5	45	85	1	258	31	15	28	24	1.96
5872642--5872807	89	1.9	88	89	1	260	28	15	29	27	1.96
5873171--5873237	19	3.9	19	69	28	69	37	8	17	35	1.82
5873199--5873245	19	2.6	19	87	9	64	40	6	19	34	1.77
5873216--5873260	23	2.0	23	86	4	65	40	4	17	37	1.70
5874897--5874929	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
5875236--5875287	17	3.1	17	77	8	52	30	3	1	63	1.23
5878020--5878054	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
5880838--5880894	9	6.2	9	80	8	62	3	10	1	84	0.82
5889997--5890124	29	4.4	30	73	16	92	46	2	0	50	1.19
5890257--5890303	23	2.0	23	88	8	69	51	0	6	42	1.27
5890260--5890310	23	2.2	23	82	6	59	45	1	7	45	1.44
5895151--5895181	3	10.3	3	92	0	53	61	0	0	38	0.96
5895153--5895182	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
5896705--5896763	30	2.0	30	93	0	100	25	1	10	62	1.36
5903720--5903891	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
5903713--5903888	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
5903764--5903907	46	3.1	44	76	15	141	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5905253--5905329	18	4.1	18	74	12	73	41	15	22	20	1.90
5905842--5906066	114	2.0	114	90	0	360	29	27	14	28	1.95
5906656--5906708	8	6.6	8	78	22	58	39	0	0	60	0.97
5906668--5906712	17	2.7	17	96	3	83	40	0	0	60	0.97
5910652--5910708	28	2.0	28	93	0	96	36	10	24	28	1.88
5910660--5910721	28	2.2	28	88	0	97	38	9	20	30	1.85
5916304--5916374	31	2.3	31	78	4	81	39	11	8	40	1.71
5920262--5920305	18	2.4	18	96	3	79	31	6	22	38	1.81
5923672--5923700	12	2.4	12	100	0	58	24	10	17	48	1.78
5926720--5926758	18	2.2	18	95	0	69	35	20	15	28	1.93
5931267--5931319	20	2.8	18	83	13	63	66	1	3	28	1.20
5931982--5932010	13	2.2	13	100	0	58	37	0	6	55	1.27
5932085--5932141	29	2.0	29	82	6	71	49	8	0	42	1.34
5932999--5933122	62	2.0	62	100	0	248	38	3	12	45	1.59
5935492--5935551	33	1.9	32	86	10	88	50	5	20	25	1.68
5942553--5942626	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
5950917--5950990	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
5964710--5964741	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
5969834--5969865	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
5978083--5978119	18	2.1	18	94	0	65	43	21	8	27	1.80
5983175--5983217	11	4.0	11	84	6	61	27	6	46	18	1.75
5987259--5987333	18	4.2	18	78	0	78	33	16	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5987877--5987920	11	4.0	11	90	0	61	34	4	45	15	1.67
5993855--5994125	144	1.9	144	90	1	436	32	16	23	26	1.96
5995160--5995189	5	6.0	5	96	0	51	3	76	0	20	0.92
5996556--5996590	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
6001802--6001838	16	2.2	18	90	9	60	56	32	5	5	1.45
6002007--6002063	17	3.5	16	76	9	53	75	12	7	5	1.17
6009642--6009770	44	2.8	46	80	5	154	31	31	17	20	1.95
6009642--6009763	47	2.7	46	83	3	149	31	31	17	19	1.95
6017313--6017489	47	3.8	46	82	4	189	32	30	17	19	1.95
6018820--6018866	22	2.1	23	88	4	69	68	4	0	27	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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