genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72071098--72071169	29	2.6	28	78	10	76	50	0	1	48	1.09
72071125--72071208	18	5.1	15	71	23	55	54	1	1	42	1.15
72071782--72071826	6	7.5	6	100	0	90	17	51	15	15	1.77
72073769--72073817	26	1.9	25	83	4	62	28	0	8	63	1.23
72074042--72074084	15	2.7	16	82	7	52	48	4	0	46	1.22
72075344--72075371	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
72075653--72075681	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
72083750--72083813	32	2.0	32	100	0	128	37	15	12	34	1.85
72093758--72094040	90	3.1	90	87	1	388	38	18	7	36	1.79
72094472--72094497	10	2.6	10	100	0	52	11	0	0	88	0.52
72097539--72097592	27	2.0	27	88	0	81	46	0	0	53	1.00
72098020--72098050	7	4.4	7	100	0	62	32	0	0	67	0.91
72103424--72103450	13	2.1	13	100	0	54	18	0	0	81	0.69
72106759--72106843	42	2.0	42	100	0	170	24	16	9	49	1.75
72119553--72119585	16	2.1	16	100	0	66	48	18	15	18	1.81
72124322--72124362	18	2.2	19	86	4	57	63	2	0	34	1.08
72124322--72124365	19	2.3	19	80	7	54	61	4	0	34	1.16
72124381--72124412	10	3.4	10	83	16	50	75	0	0	25	0.81
72125585--72125616	5	6.4	5	100	0	64	37	62	0	0	0.95
72134212--72134245	15	2.3	15	89	0	50	52	0	47	0	1.00
72143492--72143560	18	4.1	17	72	10	61	39	2	2	55	1.30
72148186--72148255	21	3.1	21	63	21	52	41	10	24	24	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72148055--72148473	137	3.1	137	85	1	455	42	14	22	20	1.89
72148048--72148456	46	8.9	46	85	3	484	41	14	23	21	1.89
72150162--72150199	19	2.0	19	85	10	51	52	5	2	39	1.38
72150861--72150900	20	2.0	20	90	0	62	27	12	15	45	1.82
72153538--72153594	10	5.8	10	76	12	55	59	3	3	33	1.31
72161833--72161871	21	1.9	20	84	5	51	35	5	5	53	1.45
72163359--72163391	14	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
72164959--72165053	42	2.1	48	84	11	130	41	6	2	50	1.39
72166022--72166062	21	2.0	21	85	9	57	41	4	0	53	1.22
72167056--72167103	19	2.5	19	86	3	60	75	0	12	12	1.06
72168011--72168102	26	3.3	27	83	9	105	51	10	13	25	1.73
72183406--72183676	22	11.4	23	73	20	195	37	17	23	20	1.94
72183406--72183676	47	5.7	46	88	8	393	37	17	23	20	1.94
72183406--72183676	146	1.9	138	91	6	443	37	17	23	20	1.94
72185176--72185233	30	1.9	30	85	0	80	43	3	22	31	1.70
72185445--72185476	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
72185571--72185812	50	4.7	50	85	4	288	26	23	29	20	1.99
72185571--72185820	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	21	1.99
72189362--72189394	5	6.4	5	96	3	57	63	36	0	0	0.95
72190815--72190868	24	2.2	24	90	0	81	20	18	42	18	1.89
72192926--72192986	22	2.8	22	76	16	65	65	0	1	32	1.02
72192971--72193000	8	3.8	8	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72193211--72193447	9	25.2	9	64	19	74	33	3	2	60	1.28
72193213--72193360	28	5.2	27	70	10	89	29	5	2	62	1.31
72193466--72193653	92	2.1	92	84	5	247	29	6	19	43	1.77
72204896--72204920	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
72207752--72207787	17	2.1	18	90	10	58	44	11	0	44	1.39
72223716--72223768	25	2.1	25	96	0	97	11	13	11	64	1.51
72238106--72238220	57	2.0	57	98	0	221	37	25	9	27	1.87
72238407--72238436	15	2.0	15	93	0	51	30	16	6	46	1.73
72241571--72241631	27	2.2	29	82	11	74	65	3	4	26	1.28
72252363--72252441	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
72252560--72253023	47	9.7	47	93	2	741	29	29	8	32	1.87
72252560--72253023	96	4.9	96	92	3	744	29	29	8	32	1.87
72256881--72257072	40	4.8	40	88	0	294	24	27	22	25	2.00
72258287--72258365	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
72258490--72258624	43	3.0	43	88	5	171	27	31	9	31	1.89
72258484--72258981	49	10.3	49	89	8	736	29	29	8	32	1.87
72258484--72258981	145	3.4	145	91	4	751	29	29	8	32	1.87
72259968--72260288	46	7.0	46	90	0	417	21	24	14	39	1.91
72262446--72262482	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
72266295--72266547	68	3.9	64	77	10	228	29	16	29	24	1.97
72267418--72267463	22	2.1	22	100	0	92	34	0	23	41	1.55
72268541--72268634	20	4.6	20	76	10	66	36	4	1	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72268530--72268647	10	11.6	10	67	16	55	35	4	0	59	1.23
72269099--72269182	10	8.1	10	72	15	55	34	5	1	58	1.30
72269133--72269182	20	2.6	19	81	6	64	36	6	2	56	1.36
72269168--72269192	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
72273825--72273850	5	5.2	5	100	0	52	61	0	19	19	1.35
72279050--72279135	30	2.8	31	75	3	93	51	1	13	33	1.49
72286126--72286167	14	3.1	13	83	10	57	0	26	2	71	0.98
72287282--72287316	16	2.2	16	90	5	54	48	2	0	48	1.16
72298398--72298437	19	2.1	19	85	0	53	50	5	2	42	1.37
72298413--72298450	19	2.0	19	85	10	51	52	5	2	39	1.38
72299106--72299145	20	2.0	20	90	0	62	27	12	15	45	1.82
72311198--72311227	13	2.3	13	100	0	60	56	0	0	43	0.99
72312645--72312685	14	2.9	15	86	13	52	46	0	0	53	1.00
72312645--72312690	16	3.1	15	84	12	51	47	0	2	50	1.13
72314621--72314659	20	1.9	20	89	5	60	51	0	10	38	1.36
72314830--72314877	19	2.5	19	86	3	60	75	0	12	12	1.06
72315787--72315876	26	3.3	27	82	6	101	50	11	13	25	1.74
72336940--72336986	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
72337210--72337411	45	4.7	44	86	8	226	21	24	15	38	1.92
72337338--72337413	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
72341111--72341666	85	6.6	84	91	3	863	28	23	27	20	1.99
72341707--72341984	133	2.1	135	86	4	384	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72342748--72342797	26	1.9	26	91	0	82	24	30	16	30	1.96
72343254--72343482	126	1.8	126	92	0	386	36	17	17	28	1.93
72344078--72344265	3	63.7	3	73	13	133	63	2	2	31	1.22
72344501--72344590	45	2.0	45	93	0	153	42	12	8	36	1.74
72344671--72344740	29	2.4	30	87	2	97	21	0	45	32	1.52
72344694--72344751	13	4.2	13	77	16	62	17	0	44	37	1.49
72345055--72345096	13	3.1	14	80	13	52	61	4	0	33	1.17
72346862--72346913	27	2.0	27	84	3	70	46	1	5	46	1.38
72346862--72346915	26	2.1	26	82	6	65	44	1	5	48	1.37
72373802--72373840	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
72375160--72375204	5	9.0	5	80	9	56	55	2	0	42	1.12
72376492--72376550	31	2.0	30	83	6	75	44	13	8	33	1.74
72376487--72376553	31	2.3	27	78	14	71	41	11	8	37	1.73
72377326--72377378	19	2.7	19	72	13	54	35	7	0	56	1.28
72382827--72382940	7	16.3	7	94	0	201	14	0	39	45	1.46
72390499--72390530	7	4.4	7	96	4	55	0	12	0	87	0.54
72395364--72395470	32	3.4	32	77	1	108	34	9	11	44	1.72
72395743--72395790	21	2.3	21	78	7	53	43	25	2	29	1.66
72398919--72398943	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
72405028--72405062	14	2.4	15	85	9	54	5	31	0	62	1.18
72413912--72413961	24	2.0	25	85	11	68	34	16	20	30	1.94
72426793--72426869	38	2.0	38	100	0	154	49	12	14	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72428593--72428637	22	2.0	22	84	16	58	37	4	8	48	1.55
72433641--72433703	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
72433833--72433865	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
72436871--72436923	24	2.2	24	82	3	61	47	1	5	45	1.37
72438378--72438410	12	2.6	13	85	4	50	33	3	0	63	1.10
72438689--72438732	23	1.9	23	86	9	63	75	0	0	25	0.81
72439516--72439586	34	2.1	34	100	0	142	36	8	11	43	1.71
72440581--72440682	51	2.0	51	98	0	195	26	20	19	33	1.97
72448147--72448194	19	2.6	18	76	20	53	50	4	0	45	1.21
72448475--72449137	228	2.9	227	83	3	762	30	25	22	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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