genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65738564--65739099	146	3.6	145	81	3	554	36	15	22	25	1.93
65749108--65749202	37	2.6	37	86	6	131	49	33	0	16	1.46
65751202--65751426	47	4.7	47	89	3	317	32	8	30	28	1.87
65751202--65751426	96	2.4	94	88	3	308	32	8	30	28	1.87
65751545--65751623	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65753415--65753475	30	2.0	30	100	0	122	37	29	13	19	1.90
65753445--65754021	141	4.2	134	88	4	734	32	25	16	24	1.96
65753482--65754060	273	2.1	274	86	4	804	32	25	16	25	1.96
65753614--65754081	141	3.3	141	88	2	656	32	25	16	26	1.96
65758093--65758148	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
65758091--65758162	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
65758091--65758162	35	2.0	37	91	8	121	37	11	15	36	1.83
65758154--65758197	21	2.0	22	86	4	63	36	4	13	45	1.64
65760294--65760406	41	2.7	41	84	2	145	32	15	21	30	1.95
65760294--65760481	43	4.5	42	77	10	154	30	16	23	28	1.96
65760375--65760487	39	2.7	41	81	10	122	24	18	27	29	1.98
65760559--65760640	31	2.6	32	80	3	85	59	23	3	13	1.50
65761323--65761351	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
65762343--65762499	24	6.4	24	90	5	233	28	22	19	29	1.98
65762349--65762499	74	2.0	75	93	1	259	28	21	19	30	1.98
65762343--65762499	50	3.2	49	90	3	244	28	22	19	29	1.98
65762549--65762615	20	3.3	20	89	0	107	32	22	11	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65762652--65762699	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65769631--65769852	9	24.0	9	68	15	114	36	2	15	45	1.58
65769593--65769856	47	5.5	47	75	14	225	37	2	14	45	1.58
65769588--65769805	74	2.9	74	95	1	375	36	3	14	45	1.61
65769667--65769945	121	2.3	121	93	1	479	37	2	14	46	1.57
65769788--65769930	74	1.9	74	92	0	241	38	1	13	46	1.53
65770130--65770161	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
65770076--65770383	86	3.2	95	84	12	418	52	4	6	36	1.47
65771834--65771884	27	1.9	26	92	4	84	41	13	13	31	1.84
65773640--65773666	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
65774826--65774876	26	2.0	24	88	7	75	41	3	9	45	1.56
65774825--65774882	16	3.4	17	73	9	55	43	3	8	44	1.51
65775039--65775091	15	3.6	15	71	5	54	35	39	1	22	1.65
65775260--65775322	22	2.9	22	74	9	56	46	25	0	28	1.53
65775268--65775301	15	2.4	14	90	5	50	47	26	0	26	1.53
65775309--65775356	25	1.9	25	86	0	69	50	25	0	25	1.50
65775649--65775780	41	3.2	41	84	2	167	29	19	23	27	1.98
65777187--65777275	12	7.6	11	71	24	51	67	0	4	28	1.10
65777190--65777276	15	6.0	15	73	21	53	66	0	5	27	1.14
65777236--65777270	15	2.4	15	90	4	54	68	0	5	25	1.11
65778812--65779622	143	5.7	143	87	0	1077	27	22	19	30	1.98
65778969--65779334	44	7.8	45	66	11	153	28	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65786326--65786377	19	2.7	20	88	5	72	42	7	21	28	1.80
65789004--65789171	3	56.7	3	82	8	175	63	0	5	30	1.19
65789457--65789486	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
65791533--65791562	13	2.4	12	94	5	51	60	3	6	30	1.39
65791926--65791974	26	2.0	24	84	8	62	59	2	6	32	1.34
65794077--65794132	14	3.8	15	78	21	57	30	1	3	64	1.21
65794081--65794133	13	3.6	14	79	16	54	28	1	3	66	1.20
65794091--65794159	13	4.9	14	75	19	63	31	2	2	62	1.25
65801164--65801203	16	2.5	17	84	12	57	35	0	2	62	1.09
65801172--65801212	21	2.0	21	90	0	64	34	0	2	63	1.08
65801140--65801253	18	6.4	17	68	19	56	30	3	0	64	1.16
65801159--65801261	13	8.2	13	67	20	51	33	2	0	63	1.16
65801279--65801321	15	2.8	15	85	3	50	34	2	2	60	1.22
65801487--65801537	21	2.4	21	80	6	59	33	5	3	56	1.42
65801665--65801706	19	2.2	20	91	4	68	38	7	0	54	1.28
65805970--65806011	19	2.2	19	95	0	75	21	21	16	40	1.91
65809897--65810431	44	12.2	44	89	1	781	30	16	31	22	1.95
65815559--65815609	25	2.0	25	92	0	84	43	9	7	39	1.67
65815998--65816216	47	4.7	47	75	15	206	23	20	28	27	1.99
65815998--65816260	93	2.8	93	93	0	438	22	21	28	27	1.99
65816002--65816269	46	5.8	46	74	15	239	22	20	28	28	1.99
65823624--65823653	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65824601--65824630	12	2.5	12	88	0	51	16	6	6	70	1.31
65825052--65825090	20	2.0	20	90	10	62	15	0	10	74	1.07
65825357--65826179	133	6.2	133	90	1	1153	27	25	18	28	1.98
65832854--65832899	14	3.0	16	70	23	53	54	0	8	36	1.32
65834323--65834361	20	2.0	20	90	10	62	15	0	10	74	1.07
65836355--65836393	20	2.0	20	84	0	51	41	7	7	43	1.62
65838368--65838422	27	2.0	27	96	0	101	20	18	12	49	1.79
65839680--65839720	21	1.9	22	85	5	57	31	0	4	63	1.15
65851387--65851933	286	1.9	286	96	0	1015	45	16	13	24	1.83
65859838--65860022	55	3.4	53	77	5	183	35	16	24	23	1.95
65864560--65864601	15	2.9	15	96	3	77	40	0	11	47	1.40
65869326--65869371	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
65869333--65869377	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
65872925--65872967	18	2.4	18	80	0	50	27	6	16	48	1.71
65872908--65872966	27	2.2	27	87	0	82	28	6	16	47	1.72
65873043--65873103	29	2.1	29	84	3	79	42	8	13	36	1.74
65875524--65875569	23	2.0	23	82	4	56	58	4	4	32	1.37
65876571--65876646	37	2.1	37	97	0	143	32	18	11	36	1.87
65877330--65877392	12	5.1	13	90	9	89	49	0	49	1	1.10
65877340--65877397	6	9.7	6	92	7	100	51	0	48	0	1.00
65877340--65877397	25	2.4	24	91	8	100	51	0	48	0	1.00
65877340--65877397	31	1.9	31	96	3	109	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65885436--65885507	36	2.0	37	83	8	94	30	6	20	41	1.79
65892081--65892136	15	3.7	15	76	19	55	69	1	8	19	1.24
65895405--65895437	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
65895629--65895691	24	2.5	26	85	10	78	58	3	3	34	1.30
65895930--65896017	28	3.1	28	72	15	74	56	4	9	29	1.50
65896708--65896778	16	4.4	16	90	0	106	36	7	26	29	1.83
65896760--65896853	44	2.1	44	90	4	143	34	5	25	35	1.79
65897025--65897057	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
65897560--65897594	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
65897602--65897846	40	6.1	40	93	0	391	33	15	9	41	1.79
65897598--65897846	120	2.1	120	94	0	435	32	15	9	41	1.80
65901653--65901695	20	2.0	22	86	13	63	48	4	9	37	1.56
65903423--65903454	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
65923891--65923935	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
65926064--65926373	46	6.7	46	92	0	469	39	14	23	22	1.91
65932841--65932905	28	2.3	27	75	12	69	50	3	7	38	1.47
65936519--65936560	20	2.1	20	86	0	57	54	4	7	33	1.49
65937257--65937304	23	2.1	23	84	7	62	18	25	20	35	1.95
65937217--65937347	25	5.2	24	69	18	63	19	21	23	35	1.95
65937351--65937461	25	4.5	24	68	14	66	21	24	18	35	1.96
65941037--65941090	19	2.8	18	86	5	72	18	42	24	14	1.88
65947321--65947360	21	2.0	21	90	5	64	47	0	10	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65948819--65948880	31	2.0	31	100	0	124	19	6	54	19	1.65
65951874--65951928	18	3.1	18	80	17	69	41	0	32	25	1.56
65951874--65951926	9	5.9	9	76	8	54	43	0	32	24	1.55
65952817--65952858	21	2.0	21	100	0	84	61	9	4	23	1.45
65953130--65953178	25	2.0	25	84	8	64	42	2	0	55	1.11
65954402--65954440	18	2.2	18	85	0	51	17	5	7	69	1.32
65954389--65954437	19	2.6	19	77	9	55	20	4	6	69	1.27
65956089--65956140	18	2.8	18	85	2	68	44	7	5	42	1.57
65956299--65956348	25	2.0	25	92	0	82	48	2	0	50	1.12
65966528--65966575	15	3.0	16	79	17	55	0	52	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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