genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21229428--21229514	44	2.0	44	100	0	174	29	27	14	27	1.96
21229428--21229538	44	2.5	44	91	2	161	28	27	16	27	1.97
21231363--21231482	40	3.0	40	90	1	179	22	18	25	34	1.96
21236194--21236429	49	4.8	49	77	7	244	30	25	17	26	1.97
21236205--21236430	99	2.3	98	81	6	251	30	26	16	26	1.97
21246838--21247161	163	2.0	163	90	1	506	33	12	18	34	1.89
21247434--21247489	21	2.7	21	91	0	85	14	37	28	19	1.91
21253911--21254013	27	3.8	27	90	0	152	32	25	6	35	1.82
21253893--21254150	27	9.5	27	76	8	128	36	22	7	33	1.82
21253899--21254186	54	5.3	54	76	5	179	36	22	7	33	1.83
21253992--21254124	28	4.9	27	79	7	133	39	21	7	30	1.81
21253992--21254125	55	2.4	55	81	6	155	39	21	8	30	1.83
21253965--21254151	55	3.4	55	76	8	150	36	21	7	33	1.82
21254006--21254301	27	10.9	27	73	9	147	38	20	8	32	1.83
21254223--21254385	27	6.0	27	75	8	96	41	17	9	31	1.82
21254425--21254498	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
21255302--21255476	26	6.8	26	90	0	255	26	20	24	28	1.99
21255302--21255476	52	3.4	52	92	1	291	26	20	24	28	1.99
21257346--21257536	40	4.8	40	88	2	251	23	24	28	23	1.99
21258920--21259011	42	2.2	42	90	0	139	28	14	21	35	1.92
21259034--21259101	30	2.3	30	94	0	118	29	17	25	27	1.97
21259034--21259110	30	2.6	30	91	0	109	28	19	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21273929--21274104	46	3.8	45	80	7	192	21	20	28	28	1.98
21273925--21274096	93	1.8	93	89	0	272	21	20	29	27	1.98
21277543--21277724	48	3.8	48	90	0	265	28	26	18	27	1.98
21278291--21278331	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
21288167--21288281	29	4.0	29	83	6	137	29	28	14	26	1.95
21288167--21288279	57	2.0	57	85	3	156	29	29	15	26	1.96
21288588--21288658	34	2.1	34	100	0	142	40	28	8	22	1.83
21291449--21291530	34	2.5	31	80	11	83	29	19	24	26	1.98
21302370--21302578	41	5.2	40	85	3	116	26	26	23	23	2.00
21302393--21302578	41	4.6	41	87	3	243	25	25	24	24	2.00
21302423--21302576	81	1.9	82	90	4	249	26	25	24	24	2.00
21304938--21305146	41	5.2	40	86	3	116	25	27	23	23	2.00
21304961--21305146	41	4.6	41	89	3	252	24	26	24	24	2.00
21304991--21305144	81	1.9	82	90	4	249	25	25	24	24	2.00
21316976--21317184	41	5.2	40	87	3	125	25	27	23	23	2.00
21316999--21317184	41	4.6	41	89	3	261	24	26	24	24	2.00
21316999--21317182	81	2.3	82	84	5	257	23	26	25	24	2.00
21320608--21320710	46	2.2	48	89	3	156	35	14	23	26	1.93
21320608--21320727	48	2.6	46	86	2	150	35	15	21	27	1.93
21325504--21325681	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
21325505--21325660	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
21325501--21325681	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325586--21325692	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
21333537--21333714	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
21333538--21333693	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
21333534--21333714	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
21333619--21333725	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
21346589--21346806	40	5.5	40	87	2	280	25	28	23	22	1.99
21361635--21361714	42	1.9	42	84	5	108	33	23	11	31	1.90
21382944--21382970	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
21385479--21385506	12	2.3	12	100	0	56	50	0	42	7	1.30
21388785--21388838	27	1.9	29	85	14	78	68	5	3	22	1.26
21391079--21391147	31	2.2	31	84	5	95	43	14	2	39	1.60
21405450--21405482	16	2.0	17	94	5	59	45	0	6	48	1.27
21408834--21408859	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
21410433--21410459	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
21418662--21418688	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
21419704--21419868	43	3.8	43	77	8	147	30	24	17	26	1.97
21424231--21424263	16	2.0	17	88	5	50	51	18	0	30	1.46
21424505--21424624	50	2.4	50	95	0	213	43	20	10	25	1.83
21425357--21425421	29	2.2	30	81	13	73	23	16	6	53	1.65
21432312--21432386	38	2.0	38	97	0	141	40	24	9	26	1.85
21440034--21440143	50	2.2	50	96	0	202	40	21	11	25	1.87
21440107--21440181	38	2.0	38	97	0	141	38	21	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21442813--21442951	43	3.3	43	77	8	131	26	26	20	25	1.99
21453604--21453645	20	2.1	20	95	0	75	21	19	19	40	1.92
21458900--21459054	41	3.8	41	87	1	222	27	25	23	23	2.00
21459370--21459431	27	2.2	28	88	8	92	32	6	14	46	1.70
21459387--21459475	27	3.3	27	84	3	108	29	7	16	46	1.76
21459398--21459647	27	9.3	27	81	3	175	30	8	18	42	1.81
21459311--21459663	81	4.3	81	75	4	273	32	9	18	39	1.83
21459311--21459663	54	6.5	54	73	5	237	32	9	18	39	1.83
21459665--21459724	27	2.2	27	93	0	102	26	18	20	35	1.95
21467722--21467828	53	2.0	53	98	0	205	18	25	24	31	1.98
21483999--21484267	39	6.9	39	92	0	421	23	30	24	21	1.99
21487171--21487209	1	39.0	1	100	0	78	0	0	0	100	0.00
21488539--21488716	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
21488539--21488716	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
21496421--21496598	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
21496421--21496598	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
21499213--21499430	40	5.5	40	91	2	334	23	22	28	25	1.99
21503949--21504083	40	3.4	40	94	1	236	27	25	22	24	2.00
21505600--21505625	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
21512053--21512190	40	3.5	40	96	1	251	26	26	23	23	2.00
21513707--21513732	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
21515803--21515977	46	3.8	47	78	13	159	23	26	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21515856--21515978	47	2.6	46	83	8	151	23	30	18	27	1.98
21520144--21520189	20	2.3	19	82	10	56	73	4	0	21	1.00
21525930--21525999	25	2.8	25	93	0	122	24	24	25	25	2.00
21526045--21526079	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
21526033--21526092	21	2.9	21	82	2	77	35	15	15	35	1.88
21530892--21531081	104	1.8	104	97	0	362	18	36	7	36	1.81
21534478--21534502	12	2.1	12	100	0	50	24	48	20	8	1.76
21548571--21548628	25	2.3	25	82	11	66	18	10	1	68	1.26
21550903--21550935	16	2.0	17	88	5	50	9	6	15	69	1.34
21551646--21551799	75	2.0	76	97	1	292	35	15	13	35	1.87
21558082--21558115	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
21559361--21559508	28	5.2	28	88	0	197	25	33	14	26	1.94
21559726--21559756	16	1.9	16	93	0	53	16	16	19	48	1.81
21566613--21566651	20	2.0	20	100	0	78	28	10	15	46	1.78
21566888--21566912	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
21568028--21568145	43	2.8	42	80	6	148	27	17	23	31	1.97
21567976--21568141	86	1.9	86	84	10	225	27	15	24	33	1.95
21567981--21568141	85	1.9	86	85	11	215	26	15	24	33	1.95
21573324--21573496	46	3.8	46	91	3	258	20	21	27	31	1.98
21582957--21583020	33	2.0	33	84	9	87	31	26	17	25	1.97
21583337--21583393	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
21585484--21585527	19	2.4	18	88	7	63	38	11	0	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21595863--21596086	40	5.7	40	86	7	273	25	21	27	25	1.99
21595863--21596086	79	2.8	81	85	8	282	25	21	27	25	1.99
21595863--21596119	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
21603454--21603638	40	4.6	39	84	6	205	25	22	27	25	2.00
21603454--21603638	79	2.3	81	83	9	229	25	22	27	25	2.00
21603507--21603671	79	2.1	79	80	6	183	27	21	26	24	1.99
21610978--21611162	40	4.6	39	84	6	205	25	22	27	25	2.00
21610978--21611162	79	2.3	81	83	9	229	25	22	27	25	2.00
21611031--21611195	79	2.1	79	80	6	183	27	21	26	24	1.99
21618553--21618776	40	5.6	39	81	5	213	26	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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