genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13561768--13561873	47	2.3	47	78	15	112	36	3	0	59	1.16
13561767--13561871	8	13.0	8	72	21	69	36	3	0	60	1.15
13574083--13574310	44	5.2	44	92	0	366	30	14	26	28	1.95
13574083--13574345	88	3.0	89	83	10	346	30	14	26	28	1.95
13575843--13575915	12	5.8	12	80	12	83	31	2	0	65	1.06
13575843--13575915	26	2.8	26	83	6	94	31	2	0	65	1.06
13575824--13575915	40	2.3	41	82	10	104	29	3	1	66	1.14
13575844--13575925	26	3.2	26	76	10	78	36	2	0	60	1.10
13579040--13579088	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
13590927--13591003	38	2.0	38	100	0	154	28	5	18	48	1.69
13592414--13592468	27	2.0	29	82	13	71	67	5	3	23	1.28
13596503--13596548	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
13596510--13596554	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
13600246--13600285	20	2.0	20	85	0	53	72	7	5	15	1.24
13621938--13622158	40	5.6	40	83	4	279	26	28	22	22	1.99
13633858--13633976	28	4.3	28	89	2	168	21	15	34	28	1.94
13634292--13634499	27	7.7	27	83	0	236	37	22	10	29	1.88
13634478--13634539	27	2.3	27	91	0	97	38	9	14	37	1.79
13634489--13634551	27	2.3	27	83	0	81	38	17	15	28	1.91
13638029--13638058	16	1.9	16	93	6	53	43	16	0	40	1.48
13639167--13639256	41	2.2	41	84	5	121	22	30	14	33	1.93
13648159--13648295	56	2.4	57	88	2	222	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13650342--13650422	24	3.4	24	91	5	128	29	20	19	29	1.97
13650349--13650421	23	3.1	23	94	2	119	31	19	20	28	1.97
13650472--13650535	20	3.2	20	86	4	94	32	20	12	34	1.90
13655050--13655113	31	2.1	31	90	0	101	23	23	17	35	1.95
13655307--13655423	23	5.0	24	87	7	161	28	22	20	29	1.98
13655473--13655537	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
13655473--13655526	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
13655573--13655621	25	2.0	25	91	0	80	26	14	24	34	1.94
13657996--13658039	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
13666073--13666147	25	3.0	25	88	1	89	26	21	24	28	1.99
13666082--13666147	25	2.6	25	92	0	105	25	24	25	24	2.00
13666198--13666245	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
13673616--13673699	29	2.8	30	84	13	111	27	25	19	28	1.98
13673919--13673983	25	2.6	25	90	2	96	26	23	26	24	2.00
13686604--13686717	33	3.7	30	75	19	92	62	3	5	28	1.34
13686634--13686725	13	7.8	12	69	21	54	61	2	4	31	1.27
13686631--13686727	16	6.1	16	73	20	62	61	2	4	31	1.26
13686766--13686810	16	2.8	16	83	10	56	68	0	2	28	1.01
13688251--13688433	80	2.3	80	83	3	228	30	22	15	31	1.95
13688454--13688578	44	2.9	44	80	7	150	26	27	17	28	1.98
13688580--13688807	44	5.3	43	76	11	191	28	25	17	29	1.97
13688511--13688653	73	2.0	73	92	0	241	25	26	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13688595--13688719	41	3.0	40	76	11	133	28	24	18	29	1.98
13688580--13688818	85	2.8	84	83	9	286	27	25	17	30	1.97
13700699--13700795	16	5.9	16	75	16	83	62	2	3	31	1.22
13700672--13700791	33	4.0	29	74	21	95	64	3	4	28	1.28
13700702--13700793	13	7.8	12	71	21	63	63	2	3	31	1.23
13700667--13700791	65	2.0	62	81	10	146	64	3	4	28	1.27
13700832--13700893	23	2.6	22	87	10	79	66	0	1	32	1.02
13702172--13702204	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
13702627--13702669	17	2.4	17	84	7	50	6	25	46	20	1.76
13703298--13703365	28	2.4	28	76	9	75	26	22	22	29	1.99
13718729--13719188	47	9.7	47	96	0	812	31	8	29	30	1.88
13719306--13719384	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
13721404--13721451	1	48.0	1	78	0	51	2	2	6	89	0.62
13721396--13721457	13	4.8	12	77	20	54	4	1	8	85	0.79
13721404--13721444	11	3.7	11	90	0	64	2	0	7	90	0.54
13721396--13721451	21	2.7	21	86	5	69	3	1	7	87	0.72
13721404--13721444	14	3.2	13	86	10	57	2	0	7	90	0.54
13731063--13731153	28	3.2	28	87	4	130	30	23	24	21	1.99
13731259--13731319	28	2.2	28	96	0	113	31	8	27	32	1.86
13742270--13742397	64	2.0	64	100	0	256	26	25	10	37	1.89
13744965--13745037	32	2.3	32	85	0	101	24	23	28	23	1.99
13752240--13752274	18	2.0	18	94	5	63	11	25	45	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13757898--13758019	43	2.8	43	87	2	165	26	27	21	25	1.99
13765853--13765935	43	1.9	43	87	0	121	31	26	19	22	1.98
13784976--13785272	48	6.1	48	86	2	335	28	27	15	28	1.96
13792434--13792741	27	11.6	27	80	6	299	40	20	8	30	1.83
13792434--13792741	81	3.8	79	79	9	331	40	20	8	30	1.83
13792755--13792922	27	6.2	27	87	0	237	30	22	7	39	1.82
13792753--13792922	81	2.1	81	91	0	277	31	21	7	39	1.82
13792472--13792951	54	8.9	54	77	7	183	36	21	8	34	1.84
13792904--13793009	54	2.0	53	81	1	122	42	20	7	29	1.80
13792793--13792978	81	2.3	81	81	3	196	34	21	7	36	1.82
13792942--13793039	27	3.7	27	83	5	110	42	23	8	25	1.81
13792970--13793039	26	2.7	26	88	2	104	40	24	10	25	1.86
13793024--13793378	27	13.3	27	90	0	464	32	19	23	25	1.98
13793316--13793367	26	2.1	24	92	7	86	23	15	34	26	1.94
13793787--13793897	31	3.5	31	88	1	150	20	16	13	49	1.79
13793787--13793906	6	19.3	6	67	19	59	20	15	14	49	1.80
13801945--13801972	12	2.3	12	100	0	56	71	0	14	14	1.15
13810673--13810711	21	1.9	21	89	5	62	20	28	38	12	1.89
13812722--13812762	18	2.2	19	91	4	66	46	4	7	41	1.53
13813557--13813598	21	2.0	21	90	0	66	33	4	11	50	1.60
13823272--13823310	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
13823774--13823863	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13823970--13824033	28	2.3	28	86	5	85	31	9	25	34	1.87
13832234--13832265	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
13833433--13833474	22	1.9	22	85	0	57	35	0	7	57	1.26
13844027--13844074	25	1.9	25	84	16	64	39	25	18	16	1.91
13846733--13846781	14	3.5	15	70	13	50	69	0	28	2	1.00
13858848--13858891	15	2.9	15	82	0	61	54	13	13	18	1.71
13868180--13868405	40	5.7	40	87	4	262	26	26	21	25	1.99
13868180--13868405	120	1.9	120	82	7	289	26	26	21	25	1.99
13868147--13868405	80	3.3	79	82	6	292	26	26	20	26	1.99
13875435--13875640	80	2.6	80	83	6	233	27	25	18	27	1.98
13875468--13875693	40	5.6	39	85	5	240	27	26	20	25	1.99
13882959--13883056	50	2.0	50	97	0	187	39	13	23	23	1.90
13892332--13892367	18	1.9	18	88	5	54	52	0	25	22	1.47
13896798--13896856	30	2.0	30	82	0	73	35	13	25	25	1.93
13898558--13898597	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
13907714--13907816	51	2.0	52	94	1	181	30	27	7	34	1.85
13910183--13910220	20	1.9	20	89	10	60	52	23	2	21	1.59
13913335--13913405	25	2.8	25	80	4	81	29	18	26	25	1.98
13916767--13916982	40	5.4	40	91	2	305	25	27	22	24	2.00
13920187--13920270	43	2.0	43	90	0	132	28	30	17	22	1.97
13925631--13925675	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
13925617--13925675	30	2.0	30	82	0	73	54	11	18	15	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13929618--13929703	43	2.0	43	83	0	109	27	27	18	25	1.98
13930826--13930884	30	2.0	30	82	0	73	30	16	25	27	1.97
13931228--13931445	46	4.7	45	82	10	235	27	20	29	22	1.98
13931270--13931442	93	1.8	93	82	10	219	27	20	28	23	1.99
13935679--13935767	30	3.0	30	76	12	83	39	1	25	33	1.64
13938961--13939025	26	2.5	26	94	0	112	26	16	32	24	1.96
13950874--13950904	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
13951130--13951159	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
13951198--13951224	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
13951762--13951825	27	2.4	27	97	0	119	40	4	28	26	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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