genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28378782--28378937	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
28396357--28396549	6	31.3	6	71	16	110	50	12	15	20	1.77
28396383--28396453	19	3.8	19	72	10	74	49	14	18	18	1.80
28396378--28396549	31	5.6	30	68	14	91	50	12	16	20	1.77
28396366--28396520	37	4.4	37	72	12	117	51	12	15	20	1.75
28396433--28396546	25	4.8	25	66	18	82	49	13	17	20	1.80
28396378--28396545	68	2.6	62	82	10	210	50	13	16	20	1.77
28396402--28396549	68	2.2	68	92	0	242	50	12	15	20	1.77
28396676--28396752	27	2.9	26	84	3	73	37	20	18	23	1.94
28396691--28396774	27	3.1	27	76	6	80	39	23	15	21	1.92
28398953--28399033	18	4.4	18	68	9	56	53	9	16	20	1.71
28399151--28399251	27	3.8	26	81	6	94	39	18	21	19	1.92
28399871--28400009	27	5.2	27	84	0	154	27	19	15	37	1.92
28399873--28400009	54	2.6	54	84	2	170	27	19	16	37	1.93
28402070--28402169	6	16.3	6	72	17	64	48	13	18	21	1.81
28402102--28402169	25	2.7	25	82	8	84	45	13	19	22	1.84
28402311--28402394	27	3.1	27	84	6	91	41	22	17	17	1.90
28403007--28403146	27	5.2	26	85	3	163	27	20	15	36	1.93
28403131--28403234	27	3.9	27	70	5	84	32	8	23	35	1.85
28408542--28408761	47	4.8	46	79	8	205	26	20	29	23	1.99
28408545--28408758	94	2.3	91	83	7	245	27	20	28	23	1.99
28408542--28408856	141	2.2	140	80	7	334	27	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28409512--28409573	29	2.1	29	84	0	79	19	32	27	20	1.97
28409644--28409769	55	2.3	55	90	1	191	20	19	30	30	1.97
28416040--28416252	47	4.6	45	79	11	218	26	18	30	24	1.98
28416040--28416252	94	2.3	91	83	7	252	26	18	30	24	1.98
28417215--28417240	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
28418571--28418690	24	5.0	24	86	10	165	28	21	20	30	1.98
28418592--28418689	47	2.1	47	92	5	162	29	20	19	30	1.97
28418744--28418806	20	3.2	20	93	0	108	30	19	12	38	1.89
28418843--28418890	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28421166--28421278	40	2.8	40	94	2	192	24	21	26	27	1.99
28439111--28439188	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
28446167--28446208	23	1.9	23	85	9	61	23	9	11	54	1.66
28451602--28451644	16	2.7	16	92	0	68	46	16	23	13	1.83
28451859--28451999	28	5.0	29	83	1	162	26	13	29	30	1.94
28451859--28451994	57	2.4	58	86	3	188	25	13	30	29	1.94
28455932--28455961	10	3.0	10	95	0	51	30	36	10	23	1.87
28456755--28456958	42	4.8	42	86	1	264	30	22	14	32	1.94
28462362--28462391	10	3.0	10	95	0	51	26	40	13	20	1.89
28463188--28463345	42	3.7	42	83	1	181	29	22	16	32	1.95
28465294--28465377	42	2.0	42	95	0	150	23	19	30	26	1.98
28465649--28465730	28	2.9	29	85	5	114	25	15	31	26	1.96
28466853--28466886	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28468644--28468673	15	2.1	14	93	6	51	50	6	10	33	1.62
28473186--28473219	16	2.1	16	88	0	50	47	20	20	11	1.81
28476808--28476857	14	3.7	14	75	15	52	50	10	4	36	1.55
28477117--28477240	39	3.2	39	95	0	221	29	24	17	28	1.97
28477074--28477240	78	2.1	79	84	4	214	29	25	19	25	1.98
28483564--28483608	22	2.0	22	83	8	56	40	24	6	28	1.80
28486840--28486980	40	3.5	40	86	2	196	26	25	21	25	2.00
28488857--28488978	43	2.9	42	82	2	163	28	25	16	29	1.97
28491542--28491573	16	2.0	16	93	0	55	28	6	15	50	1.68
28493572--28493732	38	4.0	38	72	13	133	30	25	14	29	1.95
28495977--28496018	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
28499223--28499314	47	2.0	47	88	0	139	34	23	14	27	1.93
28501250--28501369	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
28502496--28502720	40	5.7	40	84	5	278	25	21	27	26	1.99
28502503--28502753	119	2.1	119	81	7	278	27	20	26	26	1.99
28511555--28511720	46	3.6	47	77	16	175	31	29	18	20	1.96
28511559--28511730	93	1.8	93	88	2	265	30	30	18	20	1.97
28511602--28511745	46	3.1	44	70	21	107	29	28	19	22	1.98
28516128--28516263	44	3.1	44	100	0	272	34	16	0	49	1.46
28522279--28522336	29	2.0	29	96	0	107	31	18	13	36	1.90
28522283--28522351	29	2.4	28	88	9	95	28	17	13	40	1.87
28526626--28526853	40	5.7	40	96	0	411	21	27	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28531508--28531679	93	1.8	93	89	0	272	27	29	22	20	1.98
28531500--28531675	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	20	1.98
28531551--28531694	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98
28534066--28534154	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
28534066--28534145	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
28534077--28534154	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
28537095--28537223	46	2.8	46	85	2	179	31	27	20	20	1.97
28537099--28537242	46	3.1	44	71	18	114	32	26	20	20	1.97
28540672--28540708	19	1.9	19	88	0	56	45	0	2	51	1.15
28540681--28540720	19	2.1	19	85	4	53	42	0	5	52	1.23
28541769--28541808	7	5.7	7	90	0	62	30	35	0	35	1.58
28541765--28541815	21	2.4	21	80	0	66	29	29	0	41	1.57
28541768--28541815	14	3.4	14	77	11	53	29	31	0	39	1.57
28541837--28541875	20	2.0	20	85	10	53	17	12	2	66	1.35
28544532--28544586	27	2.0	27	100	0	110	29	23	18	29	1.98
28547521--28547620	27	3.6	27	86	8	112	32	29	12	27	1.92
28547523--28547620	28	3.5	28	91	2	144	32	28	12	26	1.92
28575940--28576092	47	3.3	47	91	1	263	28	30	7	33	1.84
28577944--28577968	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28582957--28583112	68	2.2	69	78	13	160	20	27	16	35	1.94
28589971--28590010	13	3.1	13	88	0	62	15	30	32	22	1.94
28593142--28593184	16	2.7	16	77	0	50	37	0	6	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28600355--28600532	27	6.6	27	81	5	171	29	28	14	27	1.95
28600381--28600531	82	1.9	81	87	4	223	28	28	15	27	1.96
28608634--28608759	27	4.6	27	81	9	148	27	27	15	29	1.96
28613829--28614170	50	6.7	50	87	4	434	19	29	24	26	1.98
28613821--28614170	150	2.3	155	86	4	496	20	29	24	26	1.99
28614265--28614296	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
28630554--28630995	220	2.0	220	99	0	875	33	6	21	38	1.78
28635143--28635173	12	2.6	12	100	0	62	32	9	6	51	1.60
28641699--28641794	28	3.1	28	66	18	66	60	9	0	30	1.28
28641709--28641766	20	3.1	20	76	19	61	65	5	0	29	1.14
28641709--28641761	17	3.0	17	76	17	54	66	5	0	28	1.15
28655170--28655239	35	2.0	35	97	0	131	25	30	11	32	1.91
28656386--28656502	27	4.3	27	84	4	146	27	25	9	37	1.87
28656386--28656502	54	2.2	54	87	3	164	27	25	9	37	1.87
28656506--28656628	53	2.3	53	80	6	140	42	20	8	28	1.82
28656534--28656685	27	5.7	27	80	8	177	41	21	7	28	1.81
28656534--28656689	80	2.0	80	83	7	201	41	21	7	30	1.81
28656560--28656708	80	1.9	80	84	5	203	44	20	6	28	1.76
28656717--28656772	27	2.1	26	83	9	69	39	10	10	39	1.75
28656813--28656890	27	2.9	27	74	11	79	37	19	20	23	1.95
28657698--28657769	25	2.9	25	91	0	117	27	26	22	23	1.99
28657700--28657782	25	3.4	25	83	11	93	30	22	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28658021--28658098	29	2.6	29	81	8	84	32	21	24	21	1.98
28660314--28660396	27	3.1	27	75	0	85	34	16	26	21	1.95
28663721--28664286	270	2.1	270	87	0	810	23	31	21	23	1.98
28664950--28665267	47	6.8	46	76	12	256	23	29	19	26	1.98
28664953--28665287	93	3.5	91	77	11	320	23	29	19	27	1.98
28665287--28665486	47	4.3	46	78	12	203	24	30	19	26	1.98
28665186--28665411	124	1.8	124	83	5	305	22	30	21	26	1.99
28667951--28667977	10	2.7	10	100	0	54	0	11	0	88	0.50
28675365--28675418	23	2.3	23	81	6	65	38	20	9	31	1.84
28680037--28680072	15	2.4	15	90	9	56	52	0	16	30	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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