genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64282056--64282190	35	3.7	37	79	10	152	34	22	11	31	1.89
64283804--64283892	27	3.3	27	87	6	126	23	24	13	38	1.91
64283958--64284128	31	5.5	31	82	6	206	26	28	16	28	1.97
64283984--64284128	59	2.4	60	89	3	220	26	27	17	27	1.98
64284133--64284233	33	3.1	33	85	4	134	27	21	12	37	1.90
64284219--64284402	91	2.0	91	98	0	359	25	18	14	42	1.87
64290288--64290315	14	2.0	14	100	0	56	21	7	28	42	1.79
64291322--64291517	99	2.0	99	97	0	374	29	17	17	35	1.93
64301101--64301125	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
64301098--64301166	29	2.3	31	80	9	81	60	5	0	33	1.20
64307173--64307197	10	2.5	10	100	0	50	48	0	16	36	1.46
64308692--64308867	47	3.7	47	86	1	244	34	25	14	25	1.94
64308692--64308867	95	1.9	94	85	3	246	34	25	14	25	1.94
64313847--64313926	30	2.6	30	74	14	83	56	1	0	42	1.07
64313847--64313927	31	2.6	31	75	9	87	56	1	0	41	1.07
64316044--64316069	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
64316823--64316901	37	2.3	33	80	17	83	16	22	7	53	1.68
64316834--64316908	37	2.0	37	97	0	141	17	21	6	54	1.65
64317077--64317116	18	2.2	18	86	0	53	25	5	2	67	1.23
64317636--64317694	26	2.3	25	80	11	66	33	5	3	57	1.37
64318700--64318755	27	2.1	27	96	0	103	19	8	7	64	1.45
64319557--64319686	11	11.7	11	68	16	63	35	3	5	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64319558--64319713	21	6.8	23	76	17	139	34	3	3	58	1.32
64319558--64319780	44	5.1	44	73	16	155	33	3	4	58	1.36
64319597--64319633	18	1.9	18	89	10	56	35	0	2	62	1.10
64319558--64319737	22	8.5	21	72	16	124	35	3	3	57	1.33
64319571--64319714	66	2.1	66	87	6	200	34	3	3	58	1.32
64319703--64319783	22	3.5	23	75	12	69	30	3	4	60	1.35
64319666--64319746	36	2.2	38	82	10	96	34	3	3	58	1.34
64322892--64322941	20	2.5	20	83	3	64	58	2	4	36	1.29
64325940--64326026	18	4.8	18	84	5	104	29	24	13	32	1.94
64325934--64326026	36	2.6	36	91	0	150	30	23	13	32	1.94
64339097--64339135	15	2.5	16	83	8	53	38	0	0	61	0.96
64342065--64342117	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40
64342061--64342123	27	2.3	26	73	10	63	41	0	9	49	1.35
64342119--64342150	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
64344961--64345076	38	3.0	38	83	2	124	32	25	21	20	1.97
64348309--64348377	31	2.2	31	82	5	77	52	13	13	21	1.73
64350360--64350386	5	5.4	5	100	0	54	0	0	22	77	0.76
64355092--64355135	7	6.4	7	86	5	54	36	9	2	52	1.46
64356685--64356859	87	2.0	87	97	0	332	41	13	13	32	1.83
64358701--64358734	7	4.9	7	100	0	68	14	0	0	85	0.60
64359490--64359546	7	8.0	7	74	3	51	42	35	1	21	1.63
64359491--64359610	14	8.4	14	72	6	71	39	40	2	18	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64359537--64359577	21	2.0	21	85	0	55	26	51	7	14	1.69
64359846--64360050	96	2.2	94	94	3	360	31	17	21	29	1.96
64360041--64360369	156	2.2	147	83	7	403	34	18	16	29	1.93
64360342--64360394	27	2.0	27	88	0	79	33	22	13	30	1.92
64366519--64366544	8	3.2	8	100	0	52	11	15	11	61	1.57
64369089--64369150	33	1.9	32	86	3	88	54	4	0	40	1.22
64370521--64370545	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
64373086--64373145	29	2.1	29	100	0	120	41	20	10	28	1.84
64389620--64389837	46	4.8	45	80	7	192	26	20	30	22	1.98
64389620--64389831	92	2.3	90	83	6	239	26	20	30	22	1.98
64389668--64389874	46	4.6	44	81	10	134	25	20	29	23	1.99
64394954--64394991	18	2.1	18	100	0	76	31	15	23	28	1.96
64395318--64395364	23	2.0	23	100	0	94	61	0	21	17	1.34
64408467--64408644	89	2.0	89	98	0	347	29	9	19	41	1.83
64412101--64412148	24	2.0	24	100	0	96	37	4	20	37	1.72
64414493--64414527	18	2.0	18	94	5	63	48	0	51	0	1.00
64415528--64415562	18	1.9	18	88	0	52	17	2	8	71	1.23
64415932--64416018	27	3.1	27	78	6	68	56	2	2	39	1.25
64416610--64416748	63	2.2	63	96	2	253	56	2	4	36	1.34
64422480--64423013	85	6.2	86	87	1	653	26	25	20	27	1.99
64424061--64424107	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
64425108--64425137	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64427705--64427753	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
64430258--64430287	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
64432414--64432453	14	3.1	13	89	10	64	70	0	30	0	0.88
64434966--64435016	22	2.3	23	89	3	77	17	25	3	52	1.61
64439209--64439266	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
64440626--64440685	10	6.0	10	86	7	77	68	1	6	23	1.22
64441333--64441514	96	1.9	97	85	5	253	31	26	15	26	1.96
64442659--64442736	15	5.4	15	71	22	69	73	1	2	23	1.03
64442659--64442724	5	12.8	5	75	12	62	72	1	3	22	1.06
64442661--64442761	10	9.8	10	69	10	51	74	0	3	20	1.04
64448094--64448183	43	2.1	43	85	0	117	28	13	22	35	1.92
64448107--64448197	43	2.1	43	81	4	103	30	16	19	32	1.94
64450831--64450878	6	7.7	6	81	9	60	66	0	18	14	1.25
64450849--64450978	57	2.3	57	88	5	183	50	5	18	25	1.68
64470558--64470595	16	2.4	16	100	0	76	23	0	39	36	1.55
64470576--64470666	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
64470811--64470865	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
64470817--64470865	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
64470824--64471103	117	2.4	118	92	3	465	50	5	1	42	1.34
64471062--64471102	16	2.5	17	85	14	52	53	0	2	43	1.13
64476983--64477047	17	3.6	17	69	25	53	63	1	6	29	1.28
64476986--64477061	37	2.1	37	97	0	143	61	2	5	30	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64478045--64478077	10	3.3	10	95	0	57	9	12	0	78	0.95
64478129--64478181	22	2.5	22	84	3	72	11	13	1	73	1.18
64478130--64478190	21	3.0	20	81	11	61	13	11	1	73	1.16
64481101--64481143	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
64482816--64483347	228	2.3	226	82	6	684	29	21	17	31	1.96
64491685--64491714	14	2.1	14	93	0	51	46	10	13	30	1.75
64497528--64497553	11	2.4	11	100	0	52	73	7	7	11	1.26
64499305--64499360	16	3.1	19	75	19	66	64	0	1	33	1.04
64499305--64499360	17	3.1	18	76	23	64	64	0	1	33	1.04
64499315--64499385	17	4.2	16	74	16	63	63	1	1	33	1.12
64502548--64502701	77	2.0	75	97	2	290	34	18	9	38	1.82
64508422--64508457	15	2.4	15	90	0	54	30	11	0	58	1.33
64510238--64510401	81	2.0	81	98	0	319	36	31	4	27	1.76
64514446--64514771	95	3.4	95	87	0	447	29	16	28	25	1.97
64514407--64514721	45	6.7	45	74	9	209	29	17	27	25	1.97
64514502--64514769	50	5.6	49	75	8	201	30	16	28	24	1.97
64514700--64514821	50	2.4	50	82	5	140	28	20	28	22	1.98
64514457--64514809	190	1.8	187	82	4	436	29	16	28	25	1.97
64519703--64519976	39	7.0	39	96	0	485	20	23	31	24	1.98
64535557--64535674	39	3.0	39	96	0	218	19	24	32	23	1.98
64548629--64548690	32	1.9	32	93	0	106	35	3	9	51	1.51
64548923--64549011	6	14.8	6	95	0	151	47	17	0	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64552537--64552561	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
64553813--64553864	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
64556265--64556427	76	2.1	76	96	0	299	24	27	12	34	1.92
64556313--64556427	37	3.1	37	72	5	131	24	27	13	33	1.93
64558412--64558458	16	2.8	17	78	12	53	42	0	2	55	1.12
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64571102--64571132	12	2.5	12	94	5	53	80	0	19	0	0.71
64574691--64574733	23	1.9	22	85	4	59	25	9	13	51	1.71
64577082--64577118	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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