genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70541189--70541238	15	3.5	15	76	15	52	44	2	0	54	1.11
70541750--70541865	10	12.3	9	67	17	58	38	3	0	56	1.22
70541792--70541862	18	4.0	17	73	8	61	43	2	0	53	1.15
70541775--70541864	36	2.4	38	78	16	107	41	3	0	55	1.16
70541792--70541862	17	4.0	18	70	15	58	43	2	0	53	1.15
70553104--70553133	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
70555854--70555907	22	2.5	22	100	0	108	25	38	20	14	1.91
70557526--70557635	26	4.2	26	95	0	166	37	23	5	33	1.78
70559420--70559467	18	2.7	17	73	20	53	37	6	0	56	1.25
70559467--70559524	21	2.7	21	76	12	57	34	6	6	51	1.55
70559458--70559899	149	3.0	142	76	13	423	30	5	5	58	1.44
70559879--70559945	19	3.2	21	77	16	68	35	0	5	58	1.23
70559899--70559939	17	2.4	17	88	8	57	34	0	4	60	1.18
70559883--70560128	22	11.5	21	65	22	70	34	2	6	56	1.36
70560057--70560087	16	1.9	16	93	0	53	32	0	0	67	0.91
70560135--70560177	23	2.0	22	86	13	63	30	9	9	51	1.65
70560380--70560443	24	2.5	26	80	7	78	39	7	3	50	1.47
70560513--70560570	18	3.4	17	80	15	57	36	3	1	58	1.25
70563828--70563936	34	2.9	39	76	13	120	23	20	28	27	1.99
70576684--70576939	56	4.8	56	84	6	293	23	27	23	26	2.00
70577034--70577065	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
70577277--70577333	30	1.9	29	89	3	87	31	24	3	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70592224--70592461	126	1.9	126	90	1	379	38	15	15	30	1.89
70592914--70592944	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
70592916--70592952	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
70592920--70593058	60	2.3	60	82	8	158	62	5	2	29	1.31
70592920--70593013	10	9.4	10	71	18	54	63	3	1	31	1.17
70593575--70593844	133	2.0	134	86	1	380	30	21	19	29	1.97
70593624--70593869	133	1.8	133	86	0	357	28	23	19	27	1.98
70595152--70595218	26	2.6	27	79	11	86	1	20	0	77	0.85
70595175--70595212	14	2.8	13	88	11	58	0	23	0	76	0.79
70595152--70595218	13	5.2	13	73	12	57	1	20	0	77	0.85
70597133--70597256	47	2.7	45	84	5	149	30	25	14	29	1.95
70597261--70597310	7	7.1	7	100	0	100	14	28	14	44	1.83
70597316--70597517	31	6.5	31	90	0	305	26	25	18	29	1.98
70597495--70597671	50	3.5	50	87	2	248	26	20	16	36	1.94
70604643--70604886	126	1.9	126	90	0	389	39	15	16	29	1.89
70605009--70605033	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
70605097--70605147	21	2.4	21	83	0	57	56	7	9	25	1.58
70605345--70605376	14	2.3	14	94	0	55	68	0	0	31	0.90
70605935--70605972	4	9.5	4	100	0	76	26	0	0	73	0.83
70609325--70609362	19	2.0	19	89	0	58	60	2	2	34	1.24
70611799--70611903	43	2.4	43	76	6	106	35	31	13	20	1.91
70613358--70613407	26	1.9	26	95	0	91	14	16	14	56	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70613550--70613574	13	1.9	13	100	0	50	0	0	28	72	0.86
70625161--70625194	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
70626561--70626604	20	2.3	18	84	7	52	47	18	6	27	1.73
70637509--70637623	44	2.6	44	87	2	158	27	23	13	34	1.93
70637941--70637968	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
70638028--70638061	9	3.9	9	84	7	52	2	17	0	79	0.86
70638028--70638061	17	2.0	17	94	0	59	2	17	0	79	0.86
70638070--70638141	5	14.4	5	75	20	62	55	4	1	38	1.28
70638071--70638113	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
70638077--70638142	24	2.7	24	81	9	71	57	4	1	36	1.28
70643513--70643578	10	6.4	10	78	13	71	33	25	0	40	1.56
70643514--70643578	32	2.0	32	88	5	96	33	24	0	41	1.55
70643746--70643822	22	3.2	25	72	20	81	33	6	1	58	1.32
70643730--70643827	48	2.0	48	90	0	151	34	6	2	57	1.35
70644773--70644832	7	8.6	7	84	0	84	28	3	13	55	1.54
70645450--70645484	18	1.9	18	100	0	70	31	28	0	40	1.57
70645922--70646019	27	3.6	27	70	22	87	33	4	5	57	1.40
70645904--70646041	56	2.5	56	96	0	258	39	2	7	50	1.45
70649124--70649511	125	3.1	124	81	4	413	30	17	15	36	1.92
70649711--70649765	6	9.8	6	81	15	64	32	49	0	18	1.48
70649731--70649756	10	2.6	10	100	0	52	30	57	0	11	1.34
70663438--70663496	22	2.7	21	78	17	66	1	23	3	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70663460--70663504	15	3.1	15	82	14	51	2	20	6	71	1.20
70663676--70663707	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
70663917--70663962	22	2.1	22	100	0	92	60	8	4	26	1.44
70668564--70668599	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
70668612--70668691	40	2.0	40	100	0	160	15	20	12	52	1.74
70669371--70669405	11	3.2	11	91	0	61	65	2	0	31	1.07
70675064--70675109	22	2.1	22	100	0	92	30	4	17	47	1.67
70675312--70675385	34	2.1	37	82	14	93	55	1	6	36	1.35
70682270--70682303	17	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
70689118--70689183	32	2.1	32	100	0	132	34	15	6	43	1.71
70691244--70691303	28	2.4	25	75	21	63	23	1	11	63	1.37
70691906--70691934	14	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
70699140--70699173	6	5.7	6	92	0	59	14	17	0	67	1.23
70700419--70700483	25	2.7	24	76	4	67	18	27	15	38	1.91
70700414--70700484	24	2.9	25	77	4	74	18	26	18	36	1.94
70700542--70700608	25	2.6	26	79	9	66	22	22	23	31	1.98
70701289--70701516	46	5.0	47	90	2	313	21	23	14	39	1.91
70709954--70710033	25	3.2	24	77	10	74	20	23	20	36	1.95
70709954--70710073	50	2.4	49	80	5	134	21	22	20	35	1.96
70715164--70715200	17	2.2	17	100	0	74	48	5	29	16	1.68
70716382--70716410	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
70716433--70716463	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70717561--70717762	101	2.0	103	92	3	338	32	11	5	50	1.63
70722522--70722556	18	1.9	18	94	0	61	42	11	14	31	1.81
70722925--70722957	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
70724218--70724276	30	2.0	29	83	3	73	33	3	1	61	1.23
70724739--70724769	15	2.1	15	93	0	53	64	35	0	0	0.94
70732475--70732513	19	2.0	20	85	5	53	33	0	7	58	1.26
70732616--70732646	13	2.4	13	94	0	53	90	9	0	0	0.46
70733130--70733177	14	3.4	14	85	5	62	12	2	2	83	0.83
70740734--70740793	30	2.0	29	90	3	93	16	31	26	25	1.96
70742197--70742249	27	2.0	27	96	0	97	15	22	33	28	1.94
70742015--70742280	103	2.6	105	90	2	421	19	20	30	29	1.97
70744170--70744220	11	5.0	10	76	9	50	45	1	5	47	1.38
70745368--70745481	43	2.7	42	86	8	142	28	27	16	27	1.97
70745368--70745522	43	3.6	43	81	5	134	30	27	15	26	1.96
70745543--70745585	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
70750492--70750594	53	1.9	52	90	4	152	27	8	40	23	1.84
70751012--70751062	13	3.8	13	73	14	50	47	29	0	23	1.52
70751012--70751062	20	2.5	20	83	0	75	47	29	0	23	1.52
70751230--70751268	14	2.8	14	88	0	51	53	30	2	12	1.52
70751968--70752117	41	3.6	41	90	1	237	28	30	18	23	1.98
70752103--70752221	40	2.9	41	86	2	159	21	22	22	33	1.97
70753167--70753204	17	2.2	17	100	0	76	26	13	10	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70753669--70753712	19	2.2	20	84	11	56	45	13	20	20	1.85
70762696--70762739	22	2.0	22	86	0	61	45	4	0	50	1.22
70762817--70762907	39	2.3	38	83	9	101	36	2	6	54	1.39
70763170--70763208	19	2.1	19	85	9	53	30	5	0	64	1.15
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70769621--70769702	26	3.2	26	91	0	128	32	7	21	37	1.81
70773018--70773185	61	2.9	58	79	11	164	51	5	2	40	1.37
70773112--70773180	25	2.7	24	82	14	77	55	4	0	40	1.20
70774043--70774317	139	2.0	139	86	2	383	30	17	12	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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