Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  256  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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28
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2.1
22
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0
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80620976--80621266
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0
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1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
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Size
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Percent
Indels
Score
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1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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42
0
1
56
1.08
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1.89
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1.71
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14
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0
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32
9
19
38
1.84
80702519--80702583
19
3.4
19
93
2
112
26
9
16
47
1.77
80707172--80707240
31
2.1
32
89
7
104
47
5
33
13
1.66
80708360--80708389
12
2.5
12
94
0
51
16
13
50
20
1.78
80711214--80711244
15
2.1
15
93
0
53
41
16
12
29
1.85
80711773--80711834
31
2.0
30
84
12
81
51
4
4
38
1.45
80715995--80716028
17
1.9
17
88
5
50
11
8
8
70
1.34
80738214--80738242
4
7.2
4
100
0
58
24
24
0
51
1.48
80741443--80741617
46
3.8
46
78
13
205
29
29
21
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80741451--80741621
93
1.8
93
93
0
297
28
29
21
20
1.98
80742565--80743201
320
2.0
320
96
0
1184
34
21
10
33
1.88
80755249--80755349
40
2.5
40
87
4
152
11
16
28
42
1.84
80757566--80757596
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
80757676--80757706
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
80760566--80760629
33
2.0
32
90
3
101
39
25
9
26
1.86
80760846--80760960
41
2.8
41
97
0
212
26
21
20
30
1.98
80768150--80768213
33
2.0
32
90
3
101
39
25
9
26
1.86
80768430--80768585
41
3.8
41
97
0
285
26
22
21
29
1.99
80771485--80771532
15
3.2
15
77
11
53
45
0
16
37
1.48
80771751--80771818
31
2.2
31
97
2
127
39
5
14
39
1.71
80781155--80781208
23
2.3
23
78
6
56
38
22
22
16
1.93
80781178--80781286
46
2.3
49
76
13
120
39
21
22
17
1.92
80795420--80795483
33
2.0
32
90
3
101
39
25
9
26
1.86
80795700--80795896
41
4.8
41
98
0
367
26
22
21
29
1.99
80802862--80802892
12
2.6
12
94
0
53
0
25
0
74
0.82
80802934--80802964
8
3.9
8
95
0
53
12
12
0
74
1.08
80802928--80802967
16
2.4
17
83
8
55
12
12
2
72
1.22
80802980--80803010
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
80806821--80806845
12
2.1
12
100
0
50
36
0
16
48
1.46
80807658--80807717
29
2.1
29
96
0
111
51
25
10
13
1.71
80808817--80808847
15
2.1
15
100
0
62
38
6
32
22
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80809004--80809042
18
2.3
17
86
8
53
38
5
12
43
1.65
80809784--80809813
15
2.0
15
93
0
51
23
6
46
23
1.75
80813152--80813182
15
2.1
15
100
0
62
38
6
32
22
1.80
80824471--80824568
18
5.5
17
85
7
133
39
12
12
35
1.80
80824471--80824566
35
2.7
35
93
3
156
39
12
11
36
1.79
80824871--80824904
16
2.1
16
89
10
52
32
0
0
67
0.91
80824922--80825028
7
15.7
7
69
18
50
38
4
0
57
1.20
80824930--80825064
21
6.7
21
67
17
65
36
5
0
57
1.23
80828377--80828411
2
17.5
2
100
0
70
51
0
48
0
1.00
80830917--80830971
13
4.5
12
84
11
76
81
0
14
3
0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259