genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27235940--27235970	8	3.9	8	91	0	53	12	38	0	48	1.42
27238185--27238332	48	3.1	48	87	1	190	21	16	25	35	1.95
27244295--27244334	21	1.9	21	84	0	53	40	27	10	22	1.86
27246839--27246883	22	2.0	22	87	8	65	46	20	2	31	1.62
27249955--27250039	43	2.0	43	92	0	143	28	28	17	25	1.98
27261410--27261459	24	2.0	25	96	3	93	34	4	46	16	1.65
27263325--27263426	43	2.4	42	85	6	134	25	16	26	31	1.97
27270229--27270374	40	3.6	41	82	9	176	23	22	28	25	2.00
27270230--27270393	40	4.1	40	80	9	120	25	22	28	23	1.99
27270229--27270407	80	2.2	80	79	6	177	25	21	27	24	1.99
27278122--27278305	40	4.7	40	85	6	216	25	21	27	26	1.99
27285795--27285961	43	3.9	42	75	9	151	26	14	25	32	1.94
27287796--27287916	50	2.4	50	79	9	131	38	19	14	28	1.91
27287923--27287970	25	1.9	25	86	0	69	37	18	12	31	1.88
27291986--27292104	42	2.9	42	84	2	134	25	15	23	35	1.95
27293018--27293074	30	1.9	30	85	7	80	22	26	26	24	2.00
27294434--27294527	28	3.3	28	83	2	125	29	29	14	25	1.95
27294788--27294962	93	1.9	93	100	0	350	24	17	16	41	1.90
27301348--27301388	20	2.0	20	95	0	73	36	12	19	31	1.89
27310099--27310283	79	2.3	81	84	7	236	25	22	27	24	2.00
27310100--27310283	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	23	2.00
27310100--27310316	79	2.7	79	81	7	201	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27323807--27323919	27	4.2	27	85	3	131	19	27	21	31	1.97
27325298--27325473	46	3.8	46	75	12	189	21	21	28	28	1.99
27325295--27325466	93	1.8	93	93	0	299	22	22	28	27	1.99
27328392--27328460	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
27328383--27328470	30	3.0	30	78	8	90	11	17	14	56	1.66
27328392--27328471	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
27330842--27331015	46	3.8	45	76	12	185	20	21	28	29	1.98
27333917--27333995	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
27333908--27333994	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
27336374--27336549	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
27336371--27336542	93	1.8	93	93	0	299	22	21	29	27	1.99
27340696--27341002	40	7.7	40	95	0	542	22	28	20	29	1.98
27349172--27349273	42	2.4	43	80	6	109	29	22	18	29	1.97
27353480--27353587	43	2.5	42	80	1	126	30	22	13	33	1.93
27362933--27362967	17	2.0	18	94	5	63	34	11	5	48	1.63
27366569--27366629	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27377710--27377812	44	2.4	42	82	7	127	22	18	25	33	1.96
27381019--27381238	40	5.6	40	84	6	270	25	27	23	24	2.00
27386046--27386085	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
27399669--27399739	20	3.8	20	80	14	71	53	2	0	43	1.15
27399672--27399731	25	2.3	26	81	16	72	53	3	0	43	1.17
27427653--27427683	6	5.2	6	96	0	53	19	29	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27430248--27430416	43	4.0	42	74	5	151	32	23	14	28	1.94
27436537--27436665	46	2.8	46	93	0	213	20	21	28	29	1.98
27439356--27439430	23	3.2	23	62	23	57	32	5	32	30	1.80
27439340--27439765	47	9.1	47	92	1	631	32	9	29	27	1.88
27439884--27439962	37	2.1	37	85	0	104	24	20	30	25	1.98
27451605--27451635	6	5.2	6	96	0	53	19	29	16	35	1.93
27456092--27456155	34	1.9	33	90	3	101	28	18	25	28	1.98
27455999--27456267	145	1.9	144	82	3	344	36	15	21	26	1.93
27456033--27456210	38	4.9	35	75	16	105	37	16	21	24	1.94
27455999--27456282	73	3.9	73	78	7	299	36	14	22	25	1.93
27456011--27456323	73	4.3	74	78	6	298	38	14	21	25	1.91
27456436--27456474	6	6.2	6	85	8	51	64	2	0	33	1.08
27459232--27459353	47	2.6	47	94	0	217	31	14	17	36	1.90
27459973--27460022	22	2.3	22	82	6	57	54	28	0	18	1.44
27459984--27460061	37	2.1	37	80	4	86	53	30	0	15	1.42
27460356--27460988	132	4.8	132	91	1	1002	33	25	16	24	1.95
27461331--27461398	20	3.4	18	80	15	64	70	2	0	26	1.01
27461350--27461404	20	2.8	20	88	2	76	69	3	0	27	1.05
27462124--27462177	17	3.1	17	72	15	56	27	3	1	66	1.19
27462742--27462823	42	2.0	42	81	11	98	43	1	6	48	1.35
27463256--27463297	21	2.0	22	85	4	59	52	0	2	45	1.13
27467111--27467170	27	2.2	27	87	0	93	28	25	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27468503--27468529	12	2.2	12	100	0	54	37	0	7	55	1.28
27472859--27472938	42	1.9	42	84	0	106	18	22	31	27	1.97
27477545--27477722	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
27477546--27477701	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
27477542--27477722	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
27485719--27485896	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27485720--27485875	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27485716--27485896	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27489369--27489562	42	4.6	43	88	3	272	25	29	18	26	1.98
27503140--27503309	40	4.3	40	90	0	225	27	28	20	24	1.99
27503176--27503362	80	2.3	79	81	6	207	27	28	19	24	1.99
27503294--27503371	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
27507110--27507248	40	3.5	40	93	3	226	20	23	30	25	1.98
27508834--27508864	15	2.1	15	100	0	62	41	0	0	58	0.98
27510418--27510548	65	2.0	65	95	0	235	26	13	16	42	1.86
27514392--27514479	45	2.0	45	95	0	158	38	26	12	22	1.90
27514408--27514483	21	3.5	21	70	16	64	38	26	13	22	1.91
27524352--27524439	27	3.3	27	87	4	115	19	20	22	37	1.94
27529671--27529841	93	1.8	93	88	2	263	29	28	19	22	1.98
27529667--27529836	46	3.7	47	74	13	163	30	27	19	22	1.98
27529667--27529857	46	4.1	47	68	19	116	30	27	19	22	1.98
27542450--27542616	47	3.6	44	79	9	174	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27545902--27546124	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
27545902--27546124	118	1.9	119	82	11	289	25	27	21	25	2.00
27552652--27552939	48	6.0	48	94	0	486	32	27	6	33	1.82
27552652--27552939	144	2.0	144	97	0	540	32	27	6	33	1.82
27555984--27556284	40	7.6	40	89	0	451	25	29	21	23	1.99
27555984--27556284	119	2.5	120	90	0	469	25	29	21	23	1.99
27558342--27558629	48	6.0	48	93	0	486	32	27	5	34	1.81
27558342--27558629	144	2.0	144	97	0	540	32	27	5	34	1.81
27575050--27575083	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
27579652--27579865	46	4.6	47	78	4	209	29	18	26	25	1.98
27579652--27579865	94	2.3	94	86	4	281	29	18	26	25	1.98
27597968--27598121	81	1.9	82	90	1	247	43	16	11	29	1.82
27597966--27598144	27	6.6	27	79	6	193	43	16	12	27	1.83
27604682--27604813	49	2.6	51	81	9	173	29	15	26	28	1.96
27606629--27606801	46	3.7	46	76	13	183	21	19	28	30	1.98
27606623--27606794	93	1.8	93	91	0	281	22	20	28	29	1.98
27614196--27614371	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
27614193--27614362	93	1.8	93	96	0	313	21	21	29	28	1.98
27619175--27619392	46	4.7	46	79	10	230	30	28	18	21	1.97
27619175--27619392	92	2.4	94	80	9	261	30	28	18	21	1.97
27625159--27625379	46	4.8	46	77	12	211	30	27	19	22	1.98
27629746--27629819	18	4.1	16	75	21	67	75	4	2	17	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27629746--27629819	6	13.6	5	74	23	53	75	4	2	17	1.07
27629747--27629815	12	5.7	12	80	12	70	75	4	2	17	1.09
27629744--27629815	37	1.9	37	86	5	101	75	4	4	16	1.12
27630801--27630920	23	5.0	24	71	10	84	33	19	21	25	1.97
27630865--27630945	24	3.3	23	82	5	90	34	19	23	22	1.96
27636452--27636605	28	5.5	28	96	0	265	26	11	27	33	1.91
27640706--27640831	66	1.9	65	82	4	155	29	25	23	21	1.99
27641852--27641928	25	3.2	24	76	8	75	28	20	20	29	1.98
27641894--27642009	23	4.9	23	79	9	110	37	20	18	23	1.95
27647564--27647609	18	2.6	18	82	0	56	13	17	2	67	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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