genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15711793--15712169	84	4.4	85	81	2	382	20	15	22	41	1.90
15711787--15712240	127	3.6	126	77	7	422	20	15	23	40	1.90
15711801--15712240	84	5.2	84	78	7	358	20	15	23	40	1.90
15717073--15717299	26	8.7	26	81	2	231	30	24	7	37	1.84
15719079--15719237	46	3.4	46	75	11	121	24	29	20	25	1.99
15722028--15722062	18	1.9	18	88	0	52	31	14	5	48	1.67
15725908--15726165	47	5.5	47	81	6	233	25	28	18	27	1.98
15725901--15726165	94	2.8	93	77	10	263	24	28	18	27	1.98
15731882--15732104	47	4.7	47	74	13	158	22	29	18	29	1.97
15734343--15734562	46	4.7	46	75	12	153	27	17	30	24	1.97
15734341--15734562	47	4.7	47	75	12	163	27	18	29	24	1.98
15736780--15736804	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
15740022--15740060	7	5.6	7	100	0	78	15	43	0	41	1.46
15740078--15740123	22	2.0	23	84	12	60	17	6	6	69	1.32
15744647--15744711	34	1.9	34	96	0	121	20	23	12	44	1.84
15755983--15756052	32	2.2	32	84	5	88	61	7	4	27	1.41
15758895--15759156	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
15766909--15767133	40	5.7	40	89	5	298	25	20	27	26	1.99
15795649--15795689	21	2.0	21	85	4	57	46	26	2	24	1.65
15796593--15796807	39	5.5	39	90	2	335	45	20	2	30	1.66
15796590--15796645	17	2.8	22	66	25	59	44	17	3	33	1.66
15796593--15796807	77	2.8	78	89	2	335	45	20	2	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15796596--15796807	116	1.8	117	90	3	347	45	21	2	31	1.64
15799131--15799289	27	5.9	27	80	11	175	34	22	23	19	1.96
15799149--15799289	54	2.6	54	90	2	221	34	23	23	18	1.96
15799395--15799457	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
15800893--15800974	26	3.2	26	92	0	146	36	25	7	30	1.83
15804354--15804458	51	2.1	51	94	0	183	28	23	16	31	1.96
15817613--15817769	43	3.7	41	79	10	181	28	27	19	24	1.98
15817613--15817772	86	1.9	86	86	2	232	28	27	19	24	1.98
15823184--15823219	16	2.3	15	86	9	54	77	8	5	8	1.11
15845281--15845340	26	2.3	26	91	0	93	28	15	15	41	1.86
15845486--15845526	12	3.4	12	86	0	55	19	21	0	58	1.39
15850396--15850426	6	5.2	6	100	0	62	0	16	0	83	0.64
15861766--15861804	5	8.0	5	83	16	55	82	0	17	0	0.68
15861758--15861804	21	2.2	21	85	7	60	80	0	19	0	0.70
15861773--15861804	11	3.0	11	95	4	57	81	0	18	0	0.70
15865088--15865136	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
15867471--15867527	11	5.2	10	76	17	51	52	1	22	22	1.56
15867471--15867527	5	10.4	5	76	16	51	52	1	22	22	1.56
15869219--15869243	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15870121--15870257	57	2.4	58	85	3	179	29	18	18	34	1.94
15878392--15878485	21	4.5	21	85	4	109	35	18	29	17	1.93
15878392--15878485	42	2.2	42	88	3	136	35	18	29	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15880213--15880301	46	2.0	45	88	4	135	33	13	24	28	1.93
15880215--15880320	44	2.4	45	83	3	124	35	14	21	28	1.92
15884374--15884536	55	3.0	55	86	0	191	28	8	13	49	1.71
15894718--15894769	17	2.9	17	83	10	68	42	9	19	28	1.82
15897430--15897632	40	5.1	40	90	2	295	26	27	23	23	2.00
15906855--15907005	40	3.8	40	91	1	241	25	28	23	23	1.99
15909898--15909951	26	2.1	27	93	6	94	62	0	0	37	0.95
15909902--15909958	27	2.1	27	90	6	89	61	0	0	38	0.96
15910302--15910341	8	4.9	8	81	6	53	57	2	0	40	1.12
15927476--15927510	17	2.1	17	89	5	54	57	0	0	42	0.99
15927481--15927530	22	2.3	23	86	6	68	48	0	0	52	1.00
15930509--15930732	40	5.6	40	79	10	219	25	27	21	25	1.99
15930509--15930732	79	2.8	78	80	8	254	25	27	21	25	1.99
15938469--15938692	40	5.6	40	81	10	237	25	27	21	25	2.00
15938469--15938692	79	2.8	79	82	8	274	25	27	21	25	2.00
15938469--15938690	119	1.9	120	83	8	292	25	27	21	26	1.99
15941829--15942017	40	4.7	40	90	2	306	22	27	19	30	1.98
15941829--15942017	82	2.3	80	91	1	306	22	27	19	30	1.98
15950484--15950671	40	4.7	40	90	3	306	21	27	19	30	1.98
15950484--15950671	82	2.3	79	91	2	304	21	27	19	30	1.98
15955864--15955964	37	2.8	36	83	3	114	44	15	12	26	1.83
15956823--15956874	25	2.1	25	81	0	59	25	15	44	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15956915--15956939	3	8.3	3	100	0	50	0	0	68	32	0.90
15958933--15958971	20	2.0	20	90	10	62	23	17	12	46	1.83
15959058--15959279	40	5.5	40	78	5	205	28	17	23	30	1.97
15962001--15962042	21	2.0	21	95	0	75	28	16	33	21	1.95
15969381--15969419	14	2.8	14	88	0	51	41	10	17	30	1.83
15969964--15970024	22	2.8	22	82	7	63	49	0	0	50	1.00
15972280--15972331	18	3.1	17	79	20	56	26	1	5	65	1.26
15972281--15972336	17	3.2	18	80	17	64	25	1	5	67	1.21
15972290--15972330	16	2.5	15	88	11	55	24	0	4	70	1.06
15972519--15972563	16	2.9	16	78	15	58	62	0	0	37	0.96
15986638--15986686	25	2.0	25	91	0	80	32	16	26	24	1.96
15986744--15986789	23	2.0	23	91	0	74	34	21	26	17	1.95
15990077--15990114	17	2.2	17	95	0	67	10	21	44	23	1.83
15998389--15998419	10	3.2	10	90	9	55	48	0	0	51	1.00
15998390--15998420	9	3.3	9	95	4	53	51	0	0	48	1.00
16004469--16004580	52	2.2	49	84	4	134	44	12	2	40	1.56
16004589--16004665	38	2.0	39	85	7	104	5	16	2	75	1.10
16012447--16012571	63	2.0	63	98	0	241	36	14	13	35	1.86
16013875--16013924	23	2.2	22	79	10	57	68	10	0	22	1.19
16014547--16014606	29	2.0	31	87	6	88	41	1	0	56	1.09
16014698--16014863	86	1.9	85	85	6	228	36	15	9	37	1.81
16015023--16015064	18	2.2	18	87	8	57	66	7	2	23	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16015007--16015142	50	2.8	48	75	19	120	63	3	4	28	1.31
16015033--16015143	10	11.4	10	66	10	52	63	2	4	28	1.27
16015033--16015065	9	3.7	9	91	0	57	66	3	0	30	1.06
16015262--16015304	21	2.0	21	100	0	86	23	13	25	37	1.92
16017352--16017422	35	2.0	35	100	0	142	25	16	16	40	1.90
16017791--16017816	13	2.0	13	100	0	52	23	23	0	53	1.46
16022604--16022652	21	2.3	20	83	13	55	75	2	14	8	1.12
16022686--16022710	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
16032772--16033029	40	6.5	40	90	2	369	25	27	24	22	2.00
16038401--16038656	40	6.4	40	89	3	320	25	19	27	27	1.99
16038433--16038691	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
16044072--16044289	40	5.5	40	84	3	253	26	27	22	22	1.99
16052238--16052495	40	6.5	40	92	2	387	24	28	24	22	1.99
16063536--16063720	40	4.6	39	81	5	185	24	21	29	25	1.99
16063589--16063753	79	2.1	79	79	6	174	26	20	27	25	1.99
16082164--16082348	40	4.7	40	81	6	198	24	22	28	25	1.99
16082217--16082381	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
16085608--16085785	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
16085629--16085784	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
16088624--16088801	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
16088645--16088800	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
16104461--16104501	22	2.0	21	86	13	59	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16105551--16105670	39	3.1	39	90	0	177	25	30	20	25	1.99
16112156--16112273	39	3.0	39	87	0	155	24	26	21	27	1.99
16117717--16117750	13	2.6	13	90	9	52	23	2	17	55	1.55
16117721--16117750	13	2.2	14	94	5	53	23	3	16	56	1.55
16118910--16118987	27	2.9	26	84	7	93	12	21	21	43	1.86
16118940--16118999	27	2.2	27	81	0	66	18	30	16	35	1.93
16119004--16119132	45	2.9	45	80	0	150	27	17	12	41	1.86
16125946--16126117	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
16125948--16126170	40	5.6	39	82	5	207	26	27	21	25	1.99
16125946--16126170	80	2.8	79	80	7	231	26	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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