genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59464416--59464514	23	4.3	24	73	19	70	64	3	2	30	1.20
59468184--59468517	97	3.5	95	78	8	361	37	20	10	31	1.87
59475436--59475569	64	2.1	64	84	0	169	37	25	20	17	1.93
59475729--59476887	577	2.0	577	97	0	2185	29	11	19	39	1.87
59478871--59478934	26	2.4	27	84	5	85	32	9	3	54	1.48
59478973--59479022	19	2.4	21	77	16	59	32	10	0	58	1.31
59479235--59479386	52	2.9	52	100	0	304	20	13	11	54	1.69
59480096--59480129	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
59481310--59481422	24	4.7	24	78	4	113	23	12	30	33	1.92
59481310--59481422	48	2.4	48	83	0	127	23	12	30	33	1.92
59487566--59487599	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
59488440--59488616	46	3.8	46	77	14	193	21	20	28	28	1.98
59488436--59488608	93	1.9	93	92	2	294	21	21	29	27	1.98
59493490--59493618	46	2.8	46	91	0	204	20	22	27	28	1.99
59493789--59493831	15	2.9	15	86	13	70	53	0	20	25	1.46
59495851--59495933	24	3.5	24	89	0	121	21	12	31	34	1.90
59499759--59500084	131	2.5	130	88	2	480	35	20	17	26	1.95
59501889--59501956	30	2.3	28	79	18	75	38	1	0	60	1.06
59501913--59501957	10	4.5	10	79	20	58	33	2	0	64	1.06
59501883--59501957	23	3.3	23	75	14	75	36	1	0	62	1.04
59501930--59502055	20	5.8	20	67	24	60	34	5	1	58	1.31
59502280--59502324	22	2.1	21	83	4	54	37	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59505520--59505637	45	2.6	46	81	10	138	27	22	21	27	1.99
59505608--59505992	87	4.4	87	81	2	389	22	24	21	31	1.98
59505822--59505956	43	3.1	42	65	14	112	20	25	20	34	1.96
59505608--59505969	176	2.1	175	83	4	462	22	24	20	32	1.98
59505805--59505938	44	3.1	43	64	14	112	23	23	21	31	1.98
59517365--59517697	131	2.6	129	84	4	458	35	18	18	27	1.94
59527311--59527388	32	2.5	32	89	6	126	42	3	6	47	1.47
59530067--59530111	21	2.2	21	84	7	58	11	13	4	71	1.29
59531345--59531448	55	1.9	55	86	4	147	25	25	28	20	1.99
59532447--59532500	24	2.2	24	96	0	99	14	20	7	57	1.61
59537729--59537994	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
59541706--59541737	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
59541898--59541983	43	2.0	43	100	0	172	20	9	18	51	1.74
59546167--59546230	30	2.1	30	100	0	128	31	31	6	31	1.82
59558074--59558107	18	1.9	17	88	5	50	64	0	2	32	1.08
59558210--59558260	21	2.7	18	82	11	57	64	1	3	29	1.22
59560000--59560745	206	3.6	206	91	0	1163	28	21	18	30	1.97
59570935--59571068	57	2.4	57	97	0	250	29	22	8	39	1.84
59572430--59572470	18	2.3	19	79	12	50	48	0	2	48	1.14
59573318--59573358	5	8.4	5	94	5	75	21	0	0	78	0.76
59573318--59573358	14	2.8	15	92	7	75	21	0	0	78	0.76
59573318--59573356	19	2.1	19	100	0	78	20	0	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59573919--59573950	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
59575347--59575381	16	2.2	16	89	0	52	22	8	2	65	1.34
59578282--59578325	19	2.2	20	92	4	72	43	31	9	15	1.79
59578816--59578864	11	4.3	11	82	10	62	34	0	6	59	1.22
59580094--59580336	24	10.0	24	95	2	398	28	20	20	30	1.98
59580388--59580451	20	3.2	20	93	0	110	32	20	12	34	1.90
59580388--59580440	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
59583314--59583376	31	2.1	31	90	3	101	26	3	12	57	1.51
59584632--59584925	27	11.0	27	83	5	312	38	21	9	30	1.86
59584952--59585138	27	7.0	26	84	3	203	35	19	19	25	1.95
59584953--59585166	27	8.0	26	80	6	171	35	19	19	26	1.95
59585593--59585657	22	3.0	22	75	8	69	20	23	23	33	1.97
59585839--59585898	26	2.3	27	88	2	86	20	18	21	40	1.92
59585841--59585923	27	3.1	27	84	3	89	21	20	19	38	1.93
59586044--59586143	6	16.2	6	75	13	78	21	19	13	47	1.82
59586044--59586107	25	2.6	25	89	0	92	20	20	14	45	1.85
59586044--59586143	31	3.2	30	72	16	96	21	19	13	47	1.82
59586062--59586143	37	2.2	37	84	0	101	21	19	12	46	1.82
59587777--59587933	27	5.9	26	85	5	181	24	21	17	35	1.95
59587774--59587943	54	3.1	54	81	5	209	25	20	17	37	1.94
59587777--59587933	81	2.0	80	88	3	235	24	21	17	35	1.95
59587980--59588210	27	8.6	26	76	7	180	30	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59587990--59588210	54	4.1	53	77	2	201	31	9	20	38	1.84
59587989--59588210	80	2.8	80	81	3	259	31	9	20	38	1.85
59589501--59589618	52	2.3	51	85	1	155	34	15	22	27	1.94
59590008--59590127	45	2.7	45	86	3	170	35	18	23	22	1.95
59590099--59590257	46	3.5	45	92	3	246	45	13	22	18	1.84
59590383--59590425	13	3.3	13	76	0	50	34	2	25	37	1.69
59590383--59590477	26	3.6	26	75	13	79	38	4	21	35	1.73
59598597--59598694	28	3.5	28	92	2	153	33	26	13	26	1.93
59605291--59605890	44	13.4	43	72	9	336	31	17	20	30	1.96
59605291--59605890	89	6.7	89	74	8	418	31	17	20	30	1.96
59605294--59605761	133	3.5	133	86	2	604	31	17	20	29	1.96
59607138--59607199	31	2.0	31	100	0	124	41	32	9	16	1.80
59607306--59607402	40	2.5	38	72	6	95	34	35	12	18	1.88
59609727--59609756	15	2.0	15	93	0	51	70	6	23	0	1.11
59610240--59610290	22	2.2	24	83	13	63	60	29	1	7	1.36
59611397--59611593	3	66.3	3	71	14	124	29	8	1	60	1.34
59611728--59611761	15	2.3	15	89	0	50	35	11	0	52	1.38
59615575--59615751	50	3.5	50	83	2	230	35	15	20	28	1.93
59615729--59615898	31	5.5	31	91	0	268	28	20	27	24	1.99
59615729--59615898	62	2.7	62	94	0	295	28	20	27	24	1.99
59615905--59615933	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
59615941--59616062	47	2.6	47	84	2	147	31	14	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59624182--59624233	16	3.3	15	76	10	50	63	0	32	3	1.12
59624178--59624237	21	2.9	20	71	22	52	63	0	33	3	1.11
59631547--59631598	15	3.5	15	75	15	54	32	1	0	65	1.04
59631697--59631739	22	2.0	23	82	17	56	55	2	4	37	1.33
59631749--59631785	19	1.9	19	100	0	74	56	0	0	43	0.99
59632191--59632228	19	2.0	20	89	5	60	55	2	0	42	1.14
59633102--59633180	38	2.1	38	97	0	149	37	16	21	24	1.93
59637006--59637113	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
59641631--59641699	31	2.2	32	82	10	88	27	14	17	40	1.88
59643964--59643993	15	2.1	14	93	6	51	30	0	0	70	0.88
59643964--59643993	10	2.9	10	95	5	51	30	0	0	70	0.88
59644044--59644118	34	2.2	36	88	11	113	37	2	0	60	1.11
59644044--59644134	5	18.8	5	71	18	68	38	2	1	58	1.18
59645664--59645729	26	2.5	26	92	2	105	59	6	0	34	1.22
59646175--59646207	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
59646175--59646211	15	2.6	14	88	12	58	18	0	0	81	0.70
59650610--59650636	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
59656891--59656925	5	6.8	5	87	6	52	74	0	5	20	1.02
59662383--59662428	23	2.0	23	100	0	92	26	17	21	34	1.95
59671217--59671243	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
59674973--59675011	20	2.0	20	85	10	53	33	5	15	46	1.68
59684110--59684161	3	17.3	3	95	0	95	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59688797--59688853	30	1.9	30	85	0	78	15	28	31	24	1.96
59690620--59690644	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
59691802--59691907	42	2.5	42	81	4	133	27	20	27	24	1.99
59700202--59700600	44	8.9	44	77	6	345	32	17	21	29	1.96
59700220--59700532	89	3.6	84	78	7	302	31	16	22	29	1.96
59700220--59700468	86	2.9	85	79	5	284	30	17	22	29	1.97
59702237--59702281	4	11.2	4	81	9	56	22	0	4	73	1.01
59702240--59702278	21	1.9	20	89	5	60	20	0	5	74	1.01
59706738--59706772	14	2.5	14	90	0	52	25	22	31	20	1.98
59716642--59716692	10	5.2	9	78	21	50	35	0	1	62	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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