genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60201404--60201576	93	1.9	93	91	2	285	28	28	21	21	1.99
60205025--60205077	26	2.0	26	100	0	106	35	22	7	33	1.83
60207593--60207657	21	3.1	21	75	0	67	24	23	18	33	1.96
60207943--60207992	24	2.1	24	100	0	100	54	16	12	18	1.72
60209265--60209308	15	2.9	15	75	0	52	65	2	0	31	1.05
60215770--60215820	25	2.0	25	85	7	68	37	1	13	47	1.55
60218523--60218755	118	2.0	118	95	0	421	42	9	12	36	1.74
60231232--60231290	26	2.3	25	82	11	66	37	0	1	61	1.07
60237008--60237054	24	2.0	24	91	0	76	10	19	6	63	1.47
60243085--60243156	35	2.1	35	100	0	144	37	8	25	29	1.85
60252436--60252460	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
60258348--60258407	23	2.6	23	97	0	111	50	31	3	15	1.60
60258563--60258612	24	2.1	23	82	14	57	28	26	0	46	1.53
60259408--60259440	16	2.1	16	94	0	57	0	15	9	75	1.03
60266990--60267042	27	2.0	27	85	3	72	50	0	0	49	1.00
60267002--60267058	18	3.1	19	82	10	64	42	0	1	56	1.10
60267002--60267057	19	3.1	18	84	7	60	42	0	1	55	1.10
60267014--60267075	19	3.2	19	86	6	81	40	0	4	54	1.22
60270842--60270891	20	2.5	20	83	6	66	50	20	26	4	1.66
60273603--60273721	29	4.2	29	73	8	93	28	27	12	31	1.93
60277847--60278011	89	1.9	89	88	0	249	30	20	15	33	1.93
60277951--60278130	100	1.8	100	91	4	301	26	16	18	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60277955--60278166	100	2.2	99	82	7	245	28	16	16	39	1.90
60279448--60279498	25	2.0	27	84	7	70	62	9	9	17	1.52
60282881--60282933	25	2.0	25	82	7	61	43	5	3	47	1.45
60282895--60282984	29	3.1	28	76	10	83	46	5	3	44	1.43
60284998--60285049	22	2.3	23	86	3	70	25	34	15	25	1.95
60292300--60292333	16	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
60305854--60305914	17	3.6	17	68	4	52	6	16	3	73	1.17
60323452--60323530	28	2.8	28	84	7	106	34	11	25	29	1.91
60325038--60325087	6	8.5	6	91	6	68	18	0	0	82	0.68
60325038--60325088	10	4.2	12	76	16	52	17	0	0	82	0.67
60326257--60326282	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
60328376--60328424	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
60334538--60334574	16	2.3	16	95	0	65	29	29	8	32	1.86
60348948--60349052	52	2.0	52	100	0	210	38	27	11	22	1.89
60350976--60351022	20	2.4	19	86	10	67	63	2	2	31	1.18
60351151--60351195	23	1.9	24	81	4	56	53	8	0	37	1.32
60351305--60351330	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
60351598--60351623	10	2.6	10	100	0	52	42	0	7	50	1.31
60356345--60356569	43	5.3	43	86	2	301	28	29	16	25	1.97
60356349--60356569	85	2.6	86	89	2	320	27	29	17	25	1.97
60360096--60360158	21	3.0	21	79	4	63	69	7	1	20	1.22
60360324--60360380	5	11.4	5	100	0	114	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60362607--60362663	27	2.1	27	100	0	114	21	17	3	57	1.54
60363277--60363330	28	1.9	28	84	0	72	40	50	0	9	1.35
60363271--60363335	7	9.3	7	78	6	60	41	50	0	7	1.31
60363276--60363352	35	2.2	34	79	6	82	42	46	0	10	1.38
60363394--60363439	7	6.7	7	78	14	51	39	43	0	17	1.49
60363874--60364066	41	4.7	41	85	5	232	28	26	22	21	1.99
60363874--60364064	82	2.3	83	87	4	273	28	26	22	21	1.99
60364826--60365008	3	59.3	3	67	10	84	60	2	8	28	1.37
60364831--60365045	13	15.7	13	69	20	70	60	1	8	28	1.36
60365000--60365038	21	1.9	20	89	5	60	64	2	7	25	1.33
60365015--60365043	15	1.9	15	100	0	58	62	3	6	27	1.37
60366577--60366870	45	6.5	44	72	11	166	28	20	20	30	1.97
60366694--60366921	95	2.4	96	83	4	266	29	21	17	31	1.96
60366838--60366933	50	1.9	50	83	8	124	33	18	14	33	1.91
60376167--60376274	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
60378330--60378382	26	2.0	26	96	0	97	54	3	5	35	1.42
60381987--60382039	25	2.1	25	82	0	61	35	18	24	20	1.95
60382044--60382126	25	3.3	24	70	12	69	44	19	19	16	1.87
60382637--60382691	16	3.4	16	92	0	92	34	7	29	29	1.84
60382673--60382766	44	2.1	46	88	4	138	31	6	26	35	1.82
60382938--60382972	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
60387139--60387165	14	1.9	14	100	0	54	25	14	0	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60387656--60387701	22	2.1	21	88	11	67	15	13	36	34	1.86
60388018--60388043	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
60395226--60395260	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
60395705--60395743	20	1.9	19	85	10	51	10	2	12	74	1.17
60395936--60396209	45	6.1	45	77	8	288	25	27	16	31	1.96
60395950--60396115	89	1.9	89	93	0	287	26	28	14	30	1.95
60396149--60396521	78	4.8	77	88	3	550	25	23	19	31	1.98
60396149--60396521	156	2.4	156	92	0	613	25	23	19	31	1.98
60396641--60397041	78	5.1	78	88	0	595	24	22	19	32	1.98
60396641--60397041	156	2.6	156	93	0	658	24	22	19	32	1.98
60396149--60397182	520	2.0	520	93	0	1793	25	22	19	32	1.97
60405567--60405600	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
60405854--60405911	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
60405890--60405926	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
60405893--60405934	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
60406565--60406610	22	2.1	22	84	11	60	63	8	0	28	1.24
60407077--60407121	19	2.4	19	96	3	83	40	8	4	46	1.55
60407624--60407666	12	3.6	12	77	0	50	4	9	60	25	1.47
60407797--60407865	27	2.6	27	90	0	111	17	43	20	18	1.88
60415435--60415499	24	2.9	22	82	8	76	29	4	3	63	1.30
60415431--60415500	23	2.8	24	75	12	63	30	4	2	62	1.28
60417405--60417618	107	2.0	107	100	0	428	44	17	15	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60417992--60418028	18	2.1	18	100	0	74	56	27	5	10	1.55
60420961--60421069	10	11.8	10	69	17	58	66	2	1	28	1.15
60420947--60421070	27	4.6	27	72	14	94	67	2	2	27	1.15
60421029--60421069	17	2.3	18	87	4	57	75	2	2	19	1.03
60421003--60421076	9	8.1	9	73	13	53	70	2	2	24	1.14
60421167--60421287	19	6.4	19	68	21	67	31	5	0	61	1.25
60421167--60421287	10	12.7	10	71	12	60	31	5	0	61	1.25
60424437--60424482	24	2.0	23	86	4	65	56	4	4	34	1.39
60426350--60426397	23	2.1	23	88	0	69	20	14	10	54	1.70
60427654--60427775	61	2.0	61	81	0	145	44	9	4	42	1.55
60429302--60429339	14	2.7	14	91	0	58	47	5	10	36	1.61
60429491--60429533	15	3.1	14	83	9	52	55	9	2	32	1.44
60431030--60431116	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
60436009--60436041	16	2.0	17	88	5	50	42	0	21	36	1.53
60436454--60436493	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
60437447--60437487	21	2.0	21	100	0	82	48	0	9	41	1.36
60437767--60437848	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
60444343--60444379	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
60444486--60444519	16	2.1	16	88	0	50	11	2	2	82	0.89
60445323--60445470	40	3.7	40	83	7	199	26	20	22	30	1.98
60445318--60445471	82	1.9	82	91	0	254	25	20	22	31	1.98
60445596--60447090	134	11.1	134	95	0	2625	29	24	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60445596--60447090	538	2.8	536	96	0	2697	29	24	19	26	1.99
60445596--60447090	672	2.2	672	95	0	2679	29	24	19	26	1.99
60447085--60447869	176	4.5	175	82	6	758	29	25	16	28	1.97
60447605--60447866	44	6.0	44	74	7	212	29	25	16	28	1.96
60447378--60447839	255	1.8	255	90	0	746	29	25	16	28	1.97
60447040--60447869	132	6.3	132	82	5	794	29	25	16	28	1.97
60448876--60448923	14	3.7	14	79	20	52	4	12	0	83	0.79
60448875--60448923	6	7.8	6	84	13	64	4	14	0	81	0.83
60448876--60448931	17	2.9	21	85	12	68	3	12	1	82	0.88
60449374--60449432	10	5.8	10	76	9	57	5	8	1	84	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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