genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20078149--20078173	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
20078679--20078716	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
20078656--20078716	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
20078680--20078717	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
20080740--20080779	10	4.1	10	87	6	64	77	2	0	20	0.88
20080742--20080787	10	4.7	10	86	5	58	80	4	2	13	0.95
20080740--20080777	19	2.0	19	94	0	67	78	2	0	18	0.86
20086287--20086319	12	2.8	12	100	0	66	81	6	0	12	0.85
20086891--20086944	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
20086891--20086964	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
20086891--20086955	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
20093886--20093932	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
20095422--20095480	12	4.5	13	76	17	59	71	3	8	16	1.25
20096639--20096744	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
20098415--20098461	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
20104133--20104229	30	3.2	30	72	2	97	29	15	25	28	1.96
20105058--20105123	33	2.0	33	93	0	114	48	15	21	15	1.81
20107708--20107770	21	3.0	21	88	2	81	33	34	1	30	1.67
20107708--20107770	10	5.9	11	76	10	60	33	34	1	30	1.67
20108881--20108914	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
20113967--20114010	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
20116449--20116538	26	3.3	26	73	15	67	47	3	2	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20116449--20116573	55	2.2	56	83	5	146	49	4	1	44	1.30
20116463--20116539	28	2.8	27	73	11	84	50	3	0	45	1.20
20121175--20121209	17	2.0	18	88	5	54	54	0	28	17	1.43
20131413--20131452	16	2.5	16	88	8	55	30	0	0	70	0.88
20139664--20139689	3	8.7	3	100	0	52	0	0	34	65	0.93
20142814--20142872	29	2.0	29	93	0	100	15	28	20	35	1.93
20142814--20142895	29	2.9	29	85	1	85	14	26	21	36	1.93
20142905--20142978	28	2.6	29	89	4	114	13	27	18	40	1.88
20142818--20143002	79	2.3	79	83	1	228	14	27	19	38	1.90
20145503--20145527	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
20148549--20148577	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
20154417--20154881	251	1.9	251	88	2	702	29	17	20	32	1.96
20169020--20169110	27	3.4	27	76	8	96	28	15	19	36	1.92
20169013--20169245	26	8.9	26	78	4	200	23	15	19	41	1.90
20169013--20169256	53	4.6	52	77	5	206	23	16	19	40	1.91
20169050--20169254	79	2.6	78	81	6	234	23	16	18	40	1.90
20174895--20175078	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
20174895--20175075	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
20178608--20178877	45	6.0	45	89	1	355	28	28	20	23	1.99
20184923--20184975	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
20188086--20188159	29	2.6	29	82	4	87	25	32	16	25	1.96
20191911--20192025	40	2.9	40	78	7	99	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20192038--20192508	40	12.1	40	87	5	653	24	19	28	28	1.98
20198199--20198236	20	1.9	20	84	10	51	52	7	7	31	1.59
20199722--20200022	42	7.2	42	93	0	494	23	20	24	32	1.98
20202451--20202633	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
20202452--20202635	40	4.6	40	82	9	207	23	22	27	25	2.00
20202504--20202668	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	26	1.99
20216252--20216294	22	2.0	22	85	0	59	41	27	20	9	1.83
20216935--20216981	25	1.9	24	82	4	58	17	36	31	14	1.90
20219298--20219336	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
20221661--20221685	9	2.8	9	100	0	50	24	36	0	40	1.55
20246270--20246295	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
20264247--20264428	40	4.7	40	81	9	191	23	21	28	25	1.99
20264300--20264428	39	3.3	39	87	8	176	23	21	29	25	1.99
20276651--20276723	30	2.4	31	81	9	96	41	4	4	50	1.40
20278109--20278174	34	1.9	34	100	0	132	45	15	6	33	1.70
20278688--20278724	16	2.2	17	95	4	67	72	0	5	21	1.04
20283668--20283786	58	2.1	58	93	0	202	27	10	26	35	1.89
20288442--20288475	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
20292180--20292208	14	2.1	14	100	0	58	44	20	20	13	1.85
20297863--20298007	43	3.4	42	77	12	127	24	18	26	30	1.98
20304512--20304558	21	2.2	21	88	0	67	19	21	23	36	1.95
20310820--20310973	42	3.6	42	76	1	164	29	13	24	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20312136--20312189	20	2.7	20	88	0	81	22	37	27	12	1.91
20328161--20328308	42	3.5	42	76	2	145	29	15	24	30	1.96
20334797--20334929	39	3.4	39	90	2	205	29	20	25	24	1.99
20334797--20334956	78	2.1	78	82	7	191	27	21	26	24	1.99
20334968--20334998	14	2.2	14	100	0	62	25	22	32	19	1.97
20334929--20335037	53	2.1	53	92	0	182	21	22	30	26	1.98
20334982--20335151	39	4.3	39	90	1	250	20	21	28	29	1.98
20341526--20341563	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
20342781--20342834	20	2.7	20	79	0	72	22	33	27	16	1.95
20345446--20345507	32	1.9	33	84	12	85	29	0	17	53	1.44
20347974--20348235	40	6.6	40	90	1	366	30	25	20	23	1.99
20356498--20356680	79	2.3	81	83	9	225	24	27	23	24	2.00
20356477--20356680	40	5.1	40	81	8	229	24	27	23	24	2.00
20369637--20369687	26	2.0	26	100	0	102	25	23	27	23	2.00
20369663--20369789	48	2.7	47	86	4	168	23	25	21	29	1.99
20369663--20369800	46	3.0	46	82	2	159	25	26	20	28	1.99
20370500--20370526	13	2.1	13	100	0	54	70	14	0	14	1.17
20372442--20372504	31	2.0	31	100	0	126	46	15	9	28	1.78
20377827--20377872	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
20377834--20377878	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
20380262--20380520	131	2.0	131	97	0	491	37	17	3	40	1.68
20381995--20382088	33	2.8	34	76	9	86	27	23	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20386617--20386730	27	4.2	26	83	5	111	35	21	23	19	1.95
20386617--20386730	55	2.1	55	83	6	144	35	21	23	19	1.95
20386826--20386879	26	2.2	25	80	9	65	33	11	22	33	1.89
20411878--20411956	27	2.9	28	86	5	99	40	20	21	17	1.91
20412057--20412122	26	2.5	28	80	9	84	27	12	24	36	1.91
20416600--20416629	15	2.0	15	100	0	60	40	26	0	33	1.57
20424640--20424705	34	1.9	35	84	9	91	21	25	9	43	1.81
20432443--20432475	17	2.1	16	88	11	50	45	12	0	42	1.41
20433874--20434017	28	5.4	27	81	13	183	36	14	25	23	1.93
20433874--20434005	52	2.5	52	95	0	228	37	15	24	23	1.93
20434041--20434240	51	3.9	51	86	2	278	32	14	23	30	1.94
20436706--20436751	24	1.9	24	100	0	92	43	17	4	34	1.69
20441798--20441955	66	2.5	63	76	9	167	28	16	31	23	1.96
20441798--20441977	63	2.8	62	76	11	184	28	17	30	23	1.97
20455659--20455780	22	5.3	22	62	18	59	24	29	11	34	1.91
20455631--20456092	47	9.7	47	91	2	646	27	29	9	33	1.88
20466607--20466770	43	3.8	43	76	6	154	31	25	17	25	1.97
20466607--20466774	85	2.0	86	80	7	189	33	25	17	24	1.96
20468067--20468107	19	2.2	19	86	0	55	70	7	4	17	1.28
20468567--20468657	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
20468763--20468883	28	4.3	28	93	0	197	33	7	25	33	1.84
20469130--20469161	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20477480--20477566	28	3.1	28	83	6	104	27	29	14	27	1.96
20477810--20477845	16	2.2	16	90	0	54	8	13	19	58	1.61
20486930--20486958	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20488834--20489016	40	4.6	40	93	1	287	20	22	28	27	1.99
20488834--20489051	80	2.7	79	83	8	273	22	22	28	27	1.99
20505470--20505499	16	1.9	15	93	6	51	26	13	23	36	1.92
20514805--20514993	38	4.9	38	95	0	297	31	26	21	19	1.97
20518987--20519048	31	2.0	31	96	0	115	32	22	1	43	1.63
20519906--20520010	51	2.1	51	98	0	201	36	10	13	40	1.79
20529828--20529946	27	4.4	27	83	0	139	36	18	20	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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