genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16373780--16373839	27	2.3	26	85	2	75	35	21	21	21	1.96
16373801--16373864	33	2.0	33	87	3	94	35	21	23	18	1.95
16374583--16374715	27	4.9	27	86	1	178	27	20	18	34	1.95
16381312--16381371	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
16381339--16381480	67	2.1	67	84	5	176	30	21	28	19	1.97
16381411--16381461	27	1.9	26	84	4	66	33	17	29	19	1.95
16382139--16382243	27	3.9	27	87	0	165	24	20	18	37	1.94
16382122--16382255	54	2.5	54	87	2	191	24	20	18	35	1.95
16382138--16382255	27	4.4	26	83	7	155	25	19	17	37	1.94
16384367--16384498	52	2.6	50	80	7	142	34	26	13	25	1.93
16391577--16391879	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
16399563--16399865	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
16408159--16408190	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
16409782--16409858	27	2.9	27	86	0	109	45	16	12	24	1.83
16415426--16415645	47	4.7	48	78	10	215	24	28	18	28	1.98
16415426--16415691	140	1.9	141	81	8	328	24	28	18	28	1.98
16425398--16425529	50	2.6	51	82	3	185	34	13	12	39	1.83
16427046--16427120	28	2.6	28	85	2	96	28	34	13	24	1.93
16427046--16427120	29	2.6	29	82	2	80	28	34	13	24	1.93
16430854--16430945	29	3.2	29	80	6	91	30	32	11	25	1.92
16433384--16433608	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
16433386--16433608	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16441597--16441821	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
16441599--16441821	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
16456550--16456743	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
16456579--16456650	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
16456714--16456897	98	1.9	96	91	4	298	35	7	26	30	1.83
16456713--16456897	48	3.8	48	89	5	291	35	7	25	31	1.83
16457046--16457224	37	4.8	37	91	0	286	26	18	29	25	1.98
16457046--16457309	74	3.4	74	87	6	314	25	19	28	26	1.99
16457046--16457310	37	6.9	37	80	9	278	24	19	28	27	1.99
16457213--16457342	37	2.9	48	64	23	129	22	23	26	28	1.99
16457171--16457342	85	2.0	85	100	0	344	22	22	26	29	1.99
16461217--16461316	29	3.5	29	86	6	141	30	28	14	28	1.95
16462818--16462856	16	2.4	16	86	4	51	12	5	33	48	1.63
16463693--16463729	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
16467342--16467604	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
16473965--16474227	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
16479493--16479531	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
16493038--16495777	369	7.4	370	97	1	5122	36	14	10	39	1.80
16493038--16495777	735	3.7	740	97	1	5138	36	14	10	39	1.80
16495867--16495931	24	2.8	23	86	4	94	27	20	7	44	1.78
16496109--16496164	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
16496269--16496494	9	24.6	9	75	8	134	47	12	1	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16496269--16496494	18	12.3	18	74	9	152	47	12	1	38	1.50
16496297--16496518	114	1.9	114	85	3	304	47	12	1	38	1.50
16501653--16501681	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
16502498--16502688	42	4.6	43	89	5	302	23	28	21	26	1.99
16502498--16502688	85	2.3	83	91	4	305	23	28	21	26	1.99
16502693--16502805	39	3.0	38	79	14	119	25	24	18	30	1.98
16503326--16503468	60	2.3	62	79	14	172	30	25	18	26	1.98
16503501--16503544	19	2.2	20	84	4	54	36	25	15	22	1.94
16505213--16505390	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16505234--16505389	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16513111--16513287	27	6.6	27	79	7	171	29	28	15	26	1.96
16513131--16513283	55	2.8	54	80	3	173	29	29	15	26	1.96
16513136--16513286	82	1.9	81	87	4	223	28	29	15	26	1.96
16522296--16522328	16	2.1	16	100	0	66	21	6	18	54	1.64
16523263--16523312	17	3.0	17	72	16	50	30	4	12	54	1.55
16523500--16523541	20	2.0	21	90	4	68	66	2	0	30	1.04
16532245--16532288	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
16534695--16534737	23	1.9	23	85	4	61	62	2	0	34	1.08
16536461--16536557	45	2.2	45	87	7	135	27	23	18	29	1.98
16536208--16536937	176	4.1	176	90	1	1113	29	22	19	28	1.98
16536274--16536979	353	2.0	353	89	2	1096	29	22	19	28	1.98
16549402--16549470	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16555713--16555896	40	4.6	40	92	2	228	24	21	27	26	1.99
16555712--16555923	80	2.7	80	83	5	250	24	20	27	27	1.99
16558669--16558763	28	3.4	28	89	2	129	32	27	12	27	1.93
16566543--16566612	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
16566543--16566640	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
16568819--16568964	42	3.3	42	81	10	168	29	26	13	30	1.94
16568872--16569129	47	5.2	49	77	10	206	30	25	15	28	1.96
16568962--16568993	16	2.0	16	93	0	55	31	31	15	21	1.95
16576426--16576619	47	4.1	47	86	0	262	32	11	28	26	1.92
16576590--16576773	48	3.8	48	87	5	280	36	7	26	29	1.84
16576590--16576771	98	1.9	96	90	4	294	36	7	26	29	1.84
16576919--16577000	37	2.2	37	95	0	146	21	18	32	26	1.97
16578191--16578323	69	1.9	70	89	1	205	32	13	16	37	1.88
16580090--16580377	48	6.0	48	93	1	477	34	6	28	30	1.82
16580091--16580377	146	2.0	144	93	1	484	34	6	28	31	1.82
16580513--16580627	37	3.1	37	91	2	169	26	17	28	26	1.98
16581906--16582175	40	6.8	40	91	1	413	21	21	31	26	1.98
16584465--16584597	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
16586350--16586587	48	5.0	48	89	4	354	34	5	28	31	1.81
16601168--16601261	43	2.2	43	84	3	118	32	21	14	30	1.94
16602374--16602399	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
16604383--16604430	24	2.0	24	83	0	60	12	14	2	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16613083--16613137	23	2.3	24	84	6	67	40	25	0	34	1.56
16615166--16615244	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
16615363--16615801	47	9.1	47	88	5	608	28	30	9	32	1.89
16615636--16615753	59	2.0	59	100	0	236	27	28	10	33	1.89
16615589--16615805	106	2.0	107	97	0	409	28	29	9	33	1.88
16618814--16618851	19	2.0	19	100	0	76	26	5	26	42	1.76
16624925--16625002	32	2.4	33	78	8	88	37	14	28	20	1.91
16626386--16626724	163	2.1	163	86	1	473	22	26	25	25	2.00
16640084--16640190	29	3.8	29	78	13	105	27	28	16	28	1.97
16646405--16646452	21	2.2	22	82	14	64	47	2	16	33	1.58
16647102--16647233	33	4.1	33	84	4	171	30	10	21	37	1.87
16647102--16647233	65	2.0	65	85	2	176	30	10	21	37	1.87
16649346--16649487	58	2.5	56	78	7	133	28	14	7	50	1.70
16651353--16651939	301	1.9	301	80	5	682	30	15	20	33	1.94
16655406--16655446	21	2.0	21	90	4	66	51	14	0	34	1.43
16656112--16656150	20	1.9	21	94	5	71	64	17	0	17	1.30
16659744--16659800	30	1.9	30	100	0	114	38	0	21	40	1.53
16660164--16660259	43	2.2	43	96	0	174	22	23	34	18	1.96
16663374--16663398	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
16664117--16664425	47	6.6	45	71	13	162	29	19	27	23	1.99
16664111--16664328	94	2.4	91	84	6	262	29	19	27	23	1.98
16665250--16665351	37	2.8	37	93	0	168	27	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16665470--16665645	47	3.7	47	89	1	246	28	30	8	32	1.87
16670810--16670954	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
16678018--16678042	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
16678472--16678586	56	2.1	56	98	0	221	45	8	22	23	1.80
16678543--16678626	40	2.1	40	100	0	168	46	5	22	25	1.74
16678487--16678681	96	2.0	95	98	1	372	45	7	22	24	1.78
16679820--16680044	40	5.7	40	85	5	287	25	21	27	25	1.99
16679820--16680077	119	2.2	119	81	6	283	26	21	27	25	1.99
16681606--16681663	30	1.9	30	89	0	89	31	10	27	31	1.90
16682007--16682317	47	6.6	47	72	14	205	28	18	28	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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