genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71318044--71318839	363	2.2	363	94	0	1396	27	20	22	29	1.99
71318273--71318639	134	2.7	134	94	0	644	28	20	22	28	1.99
71318407--71318839	229	1.9	229	92	0	724	28	20	22	29	1.98
71318847--71319132	44	6.5	44	80	5	294	29	15	25	29	1.96
71318847--71319167	175	1.8	176	84	4	443	28	15	25	29	1.96
71320274--71320344	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
71320286--71320347	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
71320310--71320355	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
71320372--71320419	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
71322927--71323110	62	3.0	62	94	0	314	40	20	4	33	1.74
71324335--71324385	10	4.7	10	80	17	57	84	1	7	5	0.85
71324335--71324386	23	2.4	22	87	12	72	82	3	7	5	0.93
71324815--71324868	28	1.9	29	88	7	85	81	1	12	3	0.91
71325194--71325400	108	1.9	108	86	2	290	24	16	11	47	1.79
71325828--71326262	86	5.1	86	92	1	658	26	22	23	27	1.99
71325882--71326015	42	3.1	42	62	19	105	26	26	23	23	2.00
71326211--71326485	134	2.1	133	95	2	489	27	19	23	29	1.98
71326367--71326587	95	2.4	88	83	11	300	28	19	23	28	1.99
71326387--71326580	95	2.0	95	96	0	361	29	19	22	28	1.98
71326253--71326943	229	3.0	229	98	0	1310	27	20	23	28	1.99
71326616--71326806	95	2.0	95	96	0	355	28	20	23	27	1.99
71326482--71327276	363	2.2	362	94	0	1394	27	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71326711--71327077	134	2.7	134	94	0	644	28	20	22	28	1.99
71326979--71327171	94	2.0	95	92	3	318	30	20	21	27	1.98
71326845--71327276	228	1.9	229	91	1	715	28	20	22	28	1.98
71327284--71327563	83	3.3	84	76	9	289	30	15	25	29	1.95
71327327--71327602	83	3.2	84	72	12	217	30	14	26	29	1.95
71328684--71328752	3	23.3	3	71	14	54	31	1	5	60	1.29
71328779--71328826	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
71329190--71329236	20	2.3	20	79	17	53	25	8	0	65	1.20
71331280--71331462	62	3.0	62	93	0	305	40	20	4	33	1.74
71332681--71332731	10	4.7	10	80	17	57	84	1	7	5	0.85
71332681--71332732	23	2.4	22	87	12	72	82	3	7	5	0.93
71332720--71332748	14	2.0	15	93	6	51	75	13	3	6	1.13
71333158--71333211	28	1.9	29	88	7	85	81	1	12	3	0.91
71333536--71333742	108	1.9	108	86	2	290	24	16	11	47	1.79
71334170--71334605	86	5.1	86	92	0	658	26	22	23	27	1.99
71334224--71334357	42	3.1	42	62	19	105	26	26	23	23	2.00
71334553--71334828	134	2.1	134	95	1	491	27	19	23	29	1.98
71334710--71334930	95	2.4	88	83	11	300	28	19	23	28	1.99
71334730--71334923	95	2.0	95	96	0	361	29	19	22	28	1.98
71334596--71335286	229	3.0	229	98	0	1310	27	20	23	28	1.99
71334959--71335515	95	6.0	95	70	12	358	28	20	22	28	1.99
71334825--71335620	363	2.2	363	94	0	1405	27	20	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71335054--71335420	134	2.7	134	94	0	644	28	20	22	28	1.99
71335188--71335620	229	1.9	229	92	0	724	28	20	22	29	1.98
71335628--71335913	44	6.5	44	80	5	294	29	15	25	29	1.96
71335628--71335948	175	1.8	176	84	4	443	28	15	25	29	1.96
71337054--71337124	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
71337066--71337127	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
71337090--71337135	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
71337152--71337199	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
71340210--71340242	6	5.5	6	96	0	57	69	27	0	3	1.03
71344282--71344457	46	3.8	46	78	12	198	20	19	30	29	1.97
71344281--71344450	93	1.8	93	93	0	295	21	20	30	28	1.98
71346114--71346147	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
71347297--71347400	41	2.5	41	92	0	172	26	30	19	23	1.98
71347386--71347464	41	1.9	41	94	0	140	20	24	24	31	1.98
71347511--71347535	12	2.1	12	100	0	50	52	32	8	8	1.60
71347732--71347779	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
71347828--71347862	5	6.8	5	96	3	61	77	0	0	22	0.78
71353148--71353233	43	2.0	43	100	0	172	37	20	13	27	1.91
71361375--71361412	12	3.0	13	84	7	60	68	0	10	21	1.19
71362563--71362601	3	12.7	3	83	5	51	25	2	5	66	1.25
71369655--71369760	26	4.0	25	72	9	68	50	2	14	32	1.57
71369865--71369949	25	3.4	25	74	17	79	58	3	8	29	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71370249--71370302	21	2.5	20	80	11	54	59	0	3	37	1.15
71371820--71371868	5	10.0	5	75	20	50	77	2	0	20	0.87
71371814--71371868	19	2.8	19	76	13	58	74	1	0	23	0.91
71371824--71371864	9	4.3	10	84	9	59	78	2	0	19	0.87
71371814--71371870	24	2.4	23	83	11	71	73	1	0	24	0.92
71372136--71372160	13	1.9	13	100	0	50	44	32	0	24	1.54
71372977--71373002	10	2.6	10	100	0	52	61	19	7	11	1.53
71375585--71375643	30	1.9	30	86	3	82	49	3	18	28	1.64
71375900--71375940	11	3.7	11	90	6	57	29	2	2	65	1.18
71377256--71377288	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71377874--71377970	35	2.7	37	85	10	148	37	10	16	36	1.83
71377894--71377949	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
71377874--71377963	19	4.9	19	90	9	152	36	11	15	36	1.83
71377874--71377986	19	5.8	22	86	11	87	36	9	15	38	1.81
71378255--71378288	18	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
71386794--71387082	78	3.7	78	87	1	418	31	17	24	26	1.97
71387099--71387298	45	4.5	45	82	3	233	33	15	26	24	1.95
71387099--71387298	89	2.2	90	83	3	260	33	15	26	24	1.95
71387648--71387737	19	4.9	19	81	9	116	37	12	14	35	1.83
71387647--71387744	36	2.8	36	74	13	105	38	11	15	34	1.83
71388027--71388062	18	2.1	18	89	5	56	27	0	0	72	0.85
71390403--71390472	22	3.2	22	87	0	95	50	34	8	7	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71390439--71390486	11	4.5	11	86	2	62	54	35	8	2	1.42
71398441--71398542	9	10.4	9	71	24	66	18	2	0	77	0.95
71398441--71398544	19	5.6	19	77	17	85	19	2	0	76	0.96
71398441--71398523	6	13.7	6	78	12	80	16	2	1	79	0.90
71398451--71398543	12	8.2	11	79	14	84	18	3	1	77	0.96
71398441--71398544	5	20.2	5	76	21	92	19	2	0	76	0.96
71398441--71398543	30	3.2	31	81	15	111	18	2	0	77	0.95
71398442--71398518	36	2.2	35	86	9	111	15	1	1	81	0.82
71402717--71402741	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
71404057--71404121	22	3.0	22	81	0	85	46	15	21	16	1.84
71404530--71404611	41	2.0	41	100	0	164	39	21	12	26	1.89
71404701--71404773	5	14.8	5	97	2	139	58	0	0	41	0.98
71406114--71406149	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
71406101--71406141	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
71406264--71406398	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
71406638--71406676	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
71407975--71408014	5	7.6	5	83	10	53	57	2	0	40	1.12
71407974--71408026	12	4.5	12	79	13	65	54	1	0	43	1.11
71411429--71411503	35	2.1	35	97	0	141	30	10	13	45	1.77
71411909--71411967	29	2.0	29	100	0	118	54	8	10	27	1.63
71412377--71412490	21	5.4	21	78	2	104	17	22	16	42	1.88
71412736--71412762	8	3.4	8	100	0	54	37	0	14	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71416835--71416892	24	2.4	23	83	13	64	62	0	5	32	1.18
71417163--71417271	49	2.2	49	93	4	186	31	7	31	30	1.85
71417389--71417467	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
71421139--71421199	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
71423915--71423992	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67
71423892--71424024	51	2.6	51	82	0	176	42	12	6	38	1.68
71443947--71444041	41	2.3	41	81	0	109	24	14	15	45	1.84
71458369--71458431	32	2.0	32	84	6	83	39	4	9	46	1.58
71458574--71458616	16	2.7	16	82	10	52	41	2	0	55	1.12
71464085--71464129	22	2.0	24	83	16	60	60	6	13	20	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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