genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53072416--53072459	6	7.3	6	84	0	61	22	2	0	75	0.92
53077993--53078021	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
53079233--53079283	22	2.2	22	86	10	66	41	1	0	56	1.10
53081888--53081918	14	2.2	14	94	0	53	35	6	16	41	1.74
53081902--53081943	19	2.2	20	95	4	77	28	9	11	50	1.70
53082028--53082067	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
53082022--53082067	20	2.4	18	83	13	65	47	2	0	50	1.13
53084492--53084547	6	9.3	6	92	0	85	37	0	62	0	0.95
53084492--53084547	18	3.1	18	92	0	94	37	0	62	0	0.95
53087717--53087756	14	2.9	14	92	7	64	35	20	12	32	1.90
53092671--53092696	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
53094387--53094444	29	1.9	30	89	6	91	22	12	13	51	1.74
53103222--53103269	24	2.0	26	88	12	75	27	4	6	62	1.38
53112717--53112870	52	2.9	51	81	4	173	25	15	25	32	1.96
53116966--53117030	18	3.8	17	77	18	73	53	0	1	44	1.09
53117328--53117364	3	12.3	3	94	0	65	35	0	0	64	0.94
53122728--53122972	71	3.6	70	79	4	232	27	17	14	40	1.89
53128418--53128459	20	2.1	20	100	0	84	50	23	4	21	1.68
53135184--53135211	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
53140872--53140903	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
53143637--53143794	42	3.6	42	75	12	138	28	18	26	26	1.98
53143496--53143794	90	3.2	90	75	7	244	29	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53143483--53143756	48	5.8	48	73	12	183	29	18	25	26	1.98
53146535--53146568	10	3.5	10	84	8	52	67	5	0	26	1.13
53148041--53148110	20	3.5	20	71	11	63	28	22	21	27	1.99
53150481--53150551	36	2.0	36	100	0	142	46	8	8	36	1.65
53151780--53151865	44	2.0	44	86	2	120	41	10	15	32	1.81
53155701--53155752	23	2.3	23	93	0	86	21	25	21	32	1.98
53155722--53155824	24	4.4	24	78	14	99	27	22	16	33	1.95
53156029--53156108	20	4.0	20	83	0	106	36	7	22	33	1.82
53156034--53156124	40	2.3	40	88	0	137	36	7	21	34	1.82
53156090--53156192	40	2.6	39	75	14	102	35	8	19	35	1.83
53156092--53156178	20	4.3	20	72	8	52	36	9	19	34	1.84
53157654--53157694	20	2.0	21	90	4	66	73	0	26	0	0.84
53159864--53160137	46	6.0	46	87	2	345	41	14	24	20	1.89
53159874--53160137	138	1.9	138	87	0	384	41	14	23	19	1.89
53160397--53160428	17	1.9	17	93	6	57	46	0	15	37	1.46
53162644--53162778	42	3.2	42	77	8	116	43	17	22	16	1.87
53163608--53163725	57	2.1	57	90	6	186	38	10	21	30	1.86
53174695--53174738	22	2.0	22	86	8	63	50	0	4	45	1.22
53179941--53179989	6	8.2	6	93	0	80	46	16	4	32	1.65
53180552--53180584	16	2.1	16	94	0	57	75	0	24	0	0.80
53180665--53180702	13	2.8	13	92	4	58	23	5	5	65	1.34
53182801--53182841	21	2.0	21	95	0	73	29	9	7	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53184287--53184427	55	2.5	55	82	8	144	34	15	21	27	1.94
53185316--53185341	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
53185450--53185512	31	2.0	30	85	11	83	39	0	7	52	1.31
53186609--53186652	18	2.6	18	80	20	58	50	0	18	31	1.47
53186783--53186915	38	3.4	38	75	7	108	22	21	27	28	1.99
53187985--53188218	90	2.6	89	79	7	269	29	6	13	51	1.65
53188257--53188290	16	2.1	17	88	5	52	29	5	5	58	1.45
53191343--53191377	16	2.2	16	94	0	61	37	8	11	42	1.72
53203412--53203476	29	2.2	29	83	5	76	38	3	13	44	1.60
53205435--53205497	28	2.3	28	81	5	76	33	3	0	63	1.10
53209144--53209183	20	2.0	20	85	0	53	45	2	10	42	1.51
53211836--53211863	11	2.5	11	100	0	56	17	0	21	60	1.36
53212028--53212057	15	1.9	16	93	6	53	23	0	23	53	1.46
53215552--53215603	18	2.8	18	83	11	61	80	3	1	13	0.93
53217240--53217363	24	5.2	23	86	11	146	65	0	1	33	1.03
53217282--53217363	3	27.3	3	100	0	164	67	0	0	32	0.91
53219353--53219469	43	2.7	43	84	6	166	29	23	14	31	1.94
53223651--53223682	7	4.6	7	96	0	55	15	50	0	34	1.45
53229558--53229628	29	2.6	29	91	6	112	22	1	25	50	1.57
53229799--53230097	125	2.4	127	81	4	338	25	18	27	28	1.98
53229799--53230098	63	4.8	63	79	5	304	25	18	27	28	1.98
53236496--53236526	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53237986--53238031	24	1.9	24	86	8	67	10	15	43	30	1.81
53240133--53240182	19	2.6	19	96	0	91	48	16	4	32	1.64
53241981--53242033	26	2.0	26	100	0	106	18	22	7	50	1.72
53247113--53247193	42	1.9	42	85	5	110	25	32	19	22	1.98
53250620--53250652	16	2.1	16	94	0	57	51	0	0	48	1.00
53250842--53250873	5	6.4	5	100	0	64	62	0	0	37	0.95
53251339--53251427	44	2.0	44	85	8	119	20	21	24	33	1.97
53254719--53254760	22	1.9	22	85	0	57	40	26	4	28	1.76
53255669--53256075	206	2.0	206	92	0	672	16	16	36	30	1.92
53259225--53259298	17	4.8	15	78	14	71	24	2	1	71	1.07
53262507--53262546	8	4.9	8	84	6	53	80	5	15	0	0.88
53262516--53262561	17	2.7	17	86	10	67	76	4	17	2	1.06
53264401--53264443	17	2.5	18	81	7	54	53	13	2	30	1.53
53265157--53265185	13	2.1	14	93	6	51	13	13	10	62	1.55
53266487--53266571	31	2.8	31	82	8	95	52	7	3	36	1.46
53266553--53266609	26	2.1	28	80	6	64	49	10	5	35	1.60
53277752--53278165	138	3.0	138	87	4	649	20	24	14	40	1.90
53282245--53282448	73	2.7	73	78	13	239	51	11	5	30	1.61
53282286--53282478	82	2.4	82	89	3	291	52	11	5	30	1.60
53285169--53285222	21	2.6	20	82	8	72	44	0	1	53	1.11
53285156--53285215	21	3.0	20	80	7	70	46	0	5	48	1.24
53285245--53285283	20	2.0	20	85	9	55	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53288385--53288466	43	1.9	43	80	14	98	28	29	19	23	1.98
53288490--53288549	30	2.0	30	100	0	120	30	26	13	30	1.94
53294572--53294686	30	3.9	30	81	5	128	29	23	3	43	1.70
53294572--53294687	29	3.9	30	80	5	130	29	23	3	43	1.70
53294569--53294700	29	4.5	29	72	12	90	32	21	3	43	1.68
53294569--53294694	59	2.1	59	79	5	148	32	21	3	42	1.69
53295195--53295265	23	3.0	24	84	13	94	70	9	19	0	1.15
53295851--53295898	17	2.8	17	76	23	55	31	16	10	41	1.82
53295952--53296000	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
53295999--53296036	19	2.0	20	94	5	69	42	13	10	34	1.78
53296028--53296060	15	2.3	14	94	5	57	90	0	0	9	0.44
53296124--53296548	18	25.0	18	71	15	228	29	13	11	44	1.79
53296124--53296549	34	12.5	35	69	15	184	29	13	11	44	1.79
53296124--53296548	51	8.3	51	69	13	234	29	13	11	44	1.79
53308299--53309031	123	5.9	123	90	4	981	27	14	20	36	1.92
53308850--53309201	191	1.8	192	96	0	661	30	14	21	34	1.93
53309220--53309253	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
53309159--53309402	91	2.8	88	84	9	311	27	18	18	35	1.94
53309512--53309729	54	4.1	54	82	7	273	29	15	16	38	1.90
53309999--53310113	30	3.9	30	81	5	128	29	23	3	43	1.70
53309999--53310114	29	3.9	30	80	5	130	29	23	3	43	1.70
53309996--53310127	29	4.5	29	72	12	90	32	21	3	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53309996--53310121	59	2.1	59	79	5	148	32	21	3	42	1.69
53310639--53310693	24	2.3	24	93	0	101	65	9	25	0	1.22
53311279--53311326	17	2.8	17	76	23	55	31	16	10	41	1.82
53311375--53311428	17	3.2	16	80	17	65	29	14	11	44	1.80
53311457--53311495	1	39.0	1	84	0	51	92	0	0	7	0.39
53311457--53311493	8	4.9	8	87	12	60	91	0	0	8	0.41
53311457--53311492	14	2.5	14	95	4	63	91	0	0	8	0.41
53311563--53311986	18	24.9	17	69	18	111	30	13	11	44	1.79
53311560--53311986	17	25.0	18	70	15	212	29	13	11	44	1.79
53311564--53311727	88	1.9	88	83	5	215	28	15	12	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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