genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8927644--8927722	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
8929331--8929363	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
8938292--8938326	15	2.3	15	100	0	70	34	0	8	57	1.29
8940018--8940090	21	3.4	22	83	7	87	38	26	21	13	1.91
8940018--8940104	21	4.0	23	79	10	83	37	24	21	16	1.93
8946480--8946520	20	2.0	21	86	13	59	68	2	0	29	1.03
8947897--8947948	27	1.9	27	84	0	68	42	5	13	38	1.68
8948197--8948342	51	2.9	51	79	6	172	25	19	26	28	1.98
8953268--8953314	21	2.3	21	78	10	53	46	14	12	25	1.80
8954162--8954228	19	3.5	19	91	4	107	35	1	5	56	1.33
8954310--8954349	18	2.2	18	91	8	64	35	10	5	50	1.58
8958832--8958898	14	4.7	14	88	3	89	37	16	7	38	1.77
8961333--8961370	4	9.2	4	88	5	58	78	0	21	0	0.74
8961652--8961694	21	2.0	21	86	8	61	76	0	9	13	1.01
8963550--8963663	56	2.0	56	96	0	210	51	10	7	30	1.63
8964836--8964909	28	2.6	29	79	14	82	60	1	1	36	1.13
8964827--8964916	28	3.1	28	77	16	78	60	1	1	37	1.12
8965966--8966026	20	3.2	17	82	13	59	55	9	1	32	1.42
8965965--8966035	19	3.7	19	80	12	74	54	11	1	32	1.44
8966714--8966809	29	3.4	28	73	20	76	38	1	3	57	1.22
8966714--8966816	9	11.1	9	70	18	52	36	0	2	59	1.19
8966781--8966805	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8966760--8966816	18	3.2	18	73	9	62	33	0	1	64	1.04
8977684--8977722	13	3.1	13	88	7	62	12	0	2	84	0.72
8977688--8977765	12	6.4	11	73	15	57	11	3	5	79	1.02
8977684--8977722	20	2.0	20	90	10	62	12	0	2	84	0.72
8982798--8982841	5	8.6	5	92	7	63	18	4	0	77	0.94
8982810--8982840	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
8983536--8983591	2	28.5	2	94	3	96	53	0	46	0	1.00
8984541--8984743	44	4.7	44	80	12	215	22	18	27	32	1.97
8988396--8988439	20	2.2	20	91	0	70	45	22	20	11	1.83
8990436--8990479	22	2.0	22	90	0	70	56	6	18	18	1.62
9001991--9002096	25	4.3	25	75	7	81	32	18	21	27	1.97
9001991--9002072	25	3.3	24	81	3	83	31	19	23	25	1.98
9010992--9011062	35	2.0	35	94	0	124	50	18	21	9	1.75
9029202--9029231	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
9029666--9029695	11	2.7	11	100	0	60	40	0	0	60	0.97
9030368--9030400	17	1.9	17	100	0	66	48	6	6	39	1.53
9033576--9033612	16	2.2	17	90	4	58	54	5	0	40	1.24
9036480--9036556	29	2.7	28	75	13	77	50	1	3	44	1.28
9037460--9037496	18	2.1	18	89	0	56	70	0	0	29	0.88
9037478--9037573	31	3.3	30	79	15	96	54	0	1	44	1.07
9037509--9037586	31	2.5	32	83	6	106	56	0	1	42	1.07
9037715--9037793	33	2.5	31	84	9	106	27	1	2	68	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9038022--9038062	7	5.9	7	97	0	73	29	0	2	68	1.03
9044154--9044195	9	4.7	9	87	0	57	52	16	4	26	1.63
9049065--9049092	13	2.2	13	100	0	56	46	25	0	28	1.53
9049607--9049650	21	2.1	21	100	0	88	13	0	13	72	1.12
9049762--9049833	30	2.4	30	88	9	103	58	0	2	38	1.13
9050046--9050090	19	2.3	19	82	14	56	51	17	15	15	1.77
9050249--9050322	28	2.6	29	85	4	98	36	5	13	44	1.67
9050653--9050687	16	2.1	16	89	5	52	34	0	2	62	1.10
9051619--9051672	26	2.0	28	82	13	69	68	0	0	31	0.90
9060786--9060849	19	3.1	21	88	8	73	39	14	12	34	1.83
9060801--9060849	19	2.6	19	100	0	98	42	14	12	30	1.82
9061379--9061421	20	2.3	18	84	8	50	74	0	23	2	0.93
9062744--9062785	19	2.3	18	84	12	50	35	2	0	61	1.09
9063698--9063730	16	2.1	16	100	0	66	57	18	6	18	1.60
9064405--9064507	49	2.1	50	96	1	190	42	4	5	46	1.49
9068452--9068487	17	2.2	16	90	5	54	33	0	33	33	1.58
9068631--9068726	50	1.9	50	97	0	183	21	25	6	46	1.74
9072408--9072446	14	2.7	14	84	4	51	35	0	0	64	0.94
9076087--9076239	78	2.0	78	96	0	279	32	18	14	34	1.91
9079987--9080019	9	3.7	9	92	8	50	21	0	0	78	0.75
9079987--9080016	14	2.1	14	100	0	60	20	0	0	80	0.72
9080007--9080113	47	2.2	47	85	9	137	39	0	2	57	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9080033--9080114	13	6.6	13	73	23	54	40	0	3	56	1.17
9080024--9080109	24	3.7	23	79	13	95	40	0	3	55	1.17
9080040--9080113	25	3.1	25	77	15	93	40	0	2	56	1.13
9080094--9080148	22	2.6	21	85	8	67	38	0	1	60	1.08
9080070--9080131	33	1.9	32	90	9	99	38	0	1	59	1.07
9080451--9080498	18	2.9	16	77	17	53	56	0	2	41	1.11
9080588--9081190	212	2.9	210	91	2	960	42	6	10	40	1.65
9086266--9086307	3	14.0	3	89	0	66	0	28	0	71	0.86
9087681--9087987	47	6.6	45	76	11	266	22	29	21	27	1.99
9087624--9087984	94	3.9	93	79	10	362	22	29	20	27	1.98
9087629--9087987	141	2.6	140	77	8	345	22	29	21	27	1.99
9089231--9089299	31	2.3	31	82	7	79	20	10	21	47	1.79
9091048--9091103	25	2.2	25	100	0	112	14	26	28	30	1.95
9097558--9097614	21	2.7	22	71	12	57	19	29	38	12	1.88
9102895--9102956	21	3.0	21	83	4	74	17	24	14	43	1.86
9104073--9104102	5	5.8	5	96	4	51	20	0	3	76	0.92
9113248--9113273	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
9118817--9118859	22	1.9	22	90	4	68	25	0	2	72	0.97
9118829--9118861	17	1.9	17	93	0	57	27	0	0	72	0.85
9122638--9122683	23	2.0	23	100	0	92	17	8	21	52	1.71
9122721--9122771	23	2.3	23	86	6	70	39	0	5	54	1.24
9124806--9124857	26	2.0	26	100	0	104	42	23	15	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9127897--9127950	25	2.2	25	89	0	81	70	1	11	16	1.25
9128796--9128873	29	2.7	29	87	2	102	19	26	1	52	1.54
9142877--9142936	16	3.7	16	71	10	50	51	1	3	43	1.28
9142880--9142995	59	2.0	58	86	10	164	51	2	4	41	1.35
9142972--9143006	5	6.6	5	87	12	52	60	0	2	37	1.12
9142967--9143030	20	3.7	17	79	12	60	56	3	3	37	1.31
9144629--9144667	15	2.6	14	88	8	51	58	0	20	20	1.39
9147419--9147479	30	2.0	30	93	0	104	32	21	18	27	1.96
9174266--9174299	15	2.2	16	89	5	52	38	5	14	41	1.70
9174281--9174338	20	2.9	20	84	5	64	36	6	18	37	1.78
9176352--9176378	6	4.5	6	100	0	54	33	18	0	48	1.49
9178401--9178810	49	8.6	49	74	13	220	27	16	30	25	1.97
9193884--9193910	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
9195692--9195749	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
9195946--9196021	36	2.1	36	95	0	134	42	30	3	23	1.72
9200109--9200269	43	3.8	42	81	15	188	22	19	25	32	1.97
9201007--9201050	22	2.0	22	82	8	54	25	0	25	50	1.50
9210540--9210694	42	3.6	41	77	10	132	28	18	23	29	1.98
9237288--9237484	40	4.9	41	90	2	258	21	21	30	26	1.98
9239247--9239394	43	3.4	44	77	5	160	22	15	27	34	1.94
9247178--9247288	42	2.6	42	82	5	116	27	25	19	27	1.99
9247178--9247338	86	1.9	87	80	6	193	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9247471--9247495	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
9254408--9254554	42	3.4	42	78	11	129	27	27	18	27	1.98
9257446--9257492	11	4.6	10	80	12	51	17	0	27	55	1.42
9259719--9259777	26	2.2	26	88	8	84	37	23	8	30	1.85
9259886--9259971	27	3.2	28	90	4	124	20	22	22	34	1.96
9262211--9262265	28	2.0	28	100	0	110	43	7	9	40	1.64
9262639--9262679	22	1.9	22	85	5	57	53	7	0	39	1.29
9271566--9271681	5	22.6	5	72	18	80	22	3	1	72	1.09
9271759--9271830	26	2.7	27	76	8	76	15	4	2	77	1.03
9276869--9276992	28	4.4	28	75	11	135	24	29	16	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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