Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  178  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
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24
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
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Score
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2.0
20
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0
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61
5
12
20
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58028388--58028423
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0
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33
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10
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1
43
1.18
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17
1.9
18
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52
41
0
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1.55
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2.2
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51
31
10
2
55
1.48
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113
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9
15
36
1.80
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20
2.7
19
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15
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4
0.84
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2.3
24
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2.1
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1
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2.0
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26
17
22
34
1.96
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234
2.2
231
85
4
678
26
17
23
32
1.97
58047501--58047875
73
4.9
73
79
10
387
26
16
24
32
1.96
58047574--58048232
159
4.0
162
81
8
694
27
16
21
35
1.94
58047628--58047802
86
2.0
87
87
3
255
25
16
21
36
1.94
58047874--58048029
74
2.1
74
90
4
244
30
13
18
37
1.89
58048039--58048202
79
2.1
78
87
1
229
28
17
20
33
1.95
58048222--58048392
89
1.9
90
85
1
236
29
16
19
34
1.94
58061009--58061041
13
2.6
13
90
4
50
33
0
0
66
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58067858--58067949
26
3.5
26
98
0
166
32
6
26
34
1.82
58070858--58070903
22
2.2
22
84
7
60
32
6
8
52
1.58
58072477--58072541
29
2.2
28
81
7
76
38
7
13
40
1.74
58074661--58074705
2
22.5
2
81
0
54
44
4
4
46
1.43
58076332--58076356
10
2.5
10
100
0
50
60
0
0
40
0.97
58077850--58077892
12
3.5
12
79
17
52
48
0
0
51
1.00
58079274--58079307
17
2.0
17
100
0
68
11
0
0
88
0.52
58089753--58089808
19
2.6
21
70
18
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46
1
5
46
1.36
58103005--58103043
15
2.7
16
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18
50
46
0
0
53
1.00
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18
2.6
18
80
16
53
47
0
0
52
1.00
58106382--58106407
6
4.3
6
100
0
52
46
15
19
19
1.85
58107328--58107365
8
4.8
8
83
9
51
39
0
2
57
1.12
58107303--58107341
20
2.0
19
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5
51
20
7
0
71
1.10
58111022--58111094
27
2.7
27
84
0
92
30
31
16
21
1.95
58112579--58112622
15
3.0
15
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6
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52
0
0
47
1.00
58112602--58112646
19
2.3
20
78
21
51
60
0
0
40
0.97
58112579--58112630
13
3.8
13
74
16
52
53
0
0
46
1.00
58112838--58112899
29
2.1
29
85
5
81
20
24
4
50
1.68
58113833--58113873
17
2.4
17
80
12
57
65
0
0
34
0.93
58114330--58114368
18
2.1
18
86
13
53
61
7
0
30
1.24
58114484--58114527
17
2.4
18
85
7
54
36
20
2
40
1.65
58115564--58115609
4
11.2
4
86
4
56
0
19
2
78
0.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58116298--58116526
104
2.2
104
80
2
280
38
10
22
27
1.88
58124591--58124625
16
2.3
15
90
5
52
62
2
2
31
1.24
58124740--58124799
23
2.9
20
70
15
59
56
5
6
31
1.47
58124806--58124893
25
3.6
24
80
7
81
57
5
4
31
1.42
58124776--58124986
23
8.9
25
75
10
140
55
4
6
34
1.44
58124776--58124984
48
4.4
49
74
12
152
55
4
6
33
1.45
58124941--58124986
25
1.9
25
86
8
69
60
0
4
34
1.16
58125464--58125562
30
3.3
30
91
0
171
18
6
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26
1.70
58126189--58126413
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2.6
87
79
4
249
34
18
16
30
1.93
58126339--58126969
71
8.3
74
80
9
587
34
20
16
29
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259