Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  240  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75298441--75298470
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0
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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T
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Indices
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Score
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40
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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14
3
3
1.02
75479448--75479502
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4.9
11
80
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80
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3
3
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10
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12
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1
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1.98
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2.4
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18
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28
1.98
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4.5
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1.99
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20
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33
1.74
75488438--75488487
11
4.5
11
80
14
50
80
12
4
4
1.00
75489920--75490495
95
6.0
95
97
1
1073
30
19
22
27
1.98
75489920--75490495
189
3.0
190
96
1
1073
30
19
22
27
1.98
75490300--75490861
231
2.4
231
97
0
1052
29
19
22
28
1.98
75490565--75490724
45
3.4
45
65
17
117
30
18
23
28
1.97
75490511--75490733
97
2.4
89
81
12
279
29
18
23
28
1.98
75490531--75490726
97
2.0
96
95
1
349
30
18
22
28
1.97
75490626--75491233
134
4.5
134
94
1
1011
27
20
23
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75490828--75491158
46
7.4
46
63
17
149
25
21
23
29
1.99
75491241--75492017
132
5.9
132
97
0
1392
27
16
26
29
1.97
75497197--75497221
13
1.9
13
100
0
50
32
0
4
64
1.12
75497498--75497537
20
1.9
22
85
10
57
65
5
0
30
1.14
75497958--75497998
21
2.0
21
85
9
57
60
0
4
34
1.18
75500005--75500055
25
2.0
26
96
3
95
27
5
15
50
1.67
75501197--75501251
26
2.1
26
100
0
110
32
3
20
43
1.69
75504598--75504655
29
2.0
30
86
6
84
50
8
5
36
1.56
75505313--75505346
17
2.1
17
88
5
52
29
0
0
70
0.87
75505652--75505749
37
2.6
37
75
0
106
44
17
15
22
1.86
75505756--75505805
25
2.0
25
100
0
100
40
12
16
32
1.84
75507193--75507243
17
3.0
17
71
8
50
25
0
3
70
1.04
75511374--75511414
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
75515191--75515218
2
14.0
2
100
0
56
50
50
0
0
1.00
75522883--75522938
21
2.7
21
94
0
94
28
8
33
28
1.87
75525925--75525968
6
7.2
6
89
5
70
38
0
61
0
0.96
75529957--75530039
2
41.5
2
87
0
121
3
1
45
49
1.27
75532160--75532196
20
1.9
18
89
10
56
45
0
18
35
1.50
75532754--75532927
46
3.8
46
75
13
167
20
17
29
31
1.96
75532749--75532919
93
1.8
93
89
2
272
20
19
29
30
1.97
75535503--75535667
46
3.6
45
82
4
181
26
21
29
23
1.99
75538476--75538512
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
75539068--75539243
46
3.8
46
75
15
191
20
19
30
30
1.97
75539065--75539235
93
1.8
93
91
2
281
20
19
30
29
1.97
75541076--75541208
35
3.8
35
78
7
135
29
12
23
34
1.92
75542109--75542144
13
2.8
13
95
0
63
11
22
33
33
1.89
75551792--75551843
16
3.2
16
86
0
77
38
1
28
30
1.68
75551792--75551859
32
2.1
32
91
0
109
41
2
27
27
1.70
75551806--75551861
16
3.5
16
85
0
67
42
3
26
26
1.71
75552031--75552183
58
2.5
60
77
12
150
51
4
1
42
1.30
75552099--75552138
21
2.0
20
90
5
62
55
2
0
42
1.13
75552162--75552207
22
2.1
21
88
11
67
65
2
0
32
1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259