genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73114235--73114271	19	1.9	19	88	0	56	62	0	13	24	1.31
73120730--73120783	20	2.8	21	78	16	62	38	0	0	61	0.96
73120654--73120763	58	1.9	58	83	5	134	32	4	0	61	1.22
73120978--73121006	12	2.5	12	94	5	51	10	6	6	75	1.17
73121139--73121165	14	1.9	14	100	0	54	66	0	3	29	1.09
73127951--73127991	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
73139780--73139854	29	2.5	30	77	18	77	60	4	4	32	1.34
73146270--73146301	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
73147107--73147138	3	10.7	3	93	0	55	65	0	0	34	0.93
73147215--73147249	3	11.7	3	87	0	52	62	0	0	37	0.95
73147099--73147317	111	2.0	108	96	2	402	42	20	5	31	1.75
73147607--73147663	10	5.5	10	80	14	62	33	1	1	63	1.15
73147603--73147653	22	2.3	22	80	10	59	31	0	1	66	1.03
73153336--73153394	23	2.5	23	91	8	93	49	10	3	37	1.54
73159491--73159526	12	3.0	12	95	0	63	0	55	16	27	1.42
73159490--73159525	18	2.0	18	94	0	63	0	58	16	25	1.38
73159491--73159526	6	6.0	6	90	0	54	0	55	16	27	1.42
73161865--73161897	15	2.2	15	94	0	57	51	0	15	33	1.43
73166026--73166055	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
73172155--73172235	10	8.0	10	73	16	51	53	0	3	43	1.18
73172188--73172238	21	2.4	21	71	12	50	54	0	5	39	1.24
73172260--73172310	19	2.6	19	84	9	59	54	1	1	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73172260--73172313	20	2.7	21	80	11	60	51	1	3	42	1.30
73172540--73172602	20	3.3	19	84	8	74	42	4	1	50	1.32
73172540--73172617	38	2.0	40	82	9	99	42	3	1	52	1.27
73172550--73172617	19	3.5	19	78	9	66	42	1	1	54	1.18
73172639--73172684	19	2.4	20	80	16	53	34	4	4	56	1.39
73174528--73174569	14	2.9	14	82	10	50	64	0	0	35	0.94
73180897--73180941	22	2.0	22	95	0	81	42	17	15	24	1.88
73182902--73182982	31	2.7	30	79	7	83	53	7	6	33	1.54
73184647--73184684	20	1.9	20	88	0	58	28	0	21	50	1.49
73189409--73189519	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
73190283--73190358	4	17.8	4	71	12	53	6	26	3	63	1.37
73191114--73191327	106	2.0	106	99	0	419	35	20	10	33	1.87
73196038--73196146	39	2.8	39	91	1	175	22	22	21	33	1.97
73199905--73200015	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
73200779--73200858	4	18.8	4	72	12	61	6	26	3	63	1.35
73203463--73203496	15	2.1	15	89	10	50	0	26	2	70	1.01
73204280--73204308	14	2.0	15	93	6	51	6	17	6	68	1.34
73207363--73207391	14	2.1	14	100	0	58	34	13	13	37	1.85
73213448--73213480	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
73225897--73226036	39	3.6	39	91	0	217	37	24	25	12	1.90
73225895--73226036	18	7.4	18	71	18	99	37	24	25	12	1.91
73229077--73229130	26	2.1	26	96	0	99	35	14	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73230051--73230221	46	3.6	46	89	4	227	19	22	15	42	1.88
73230099--73230236	46	3.0	46	94	0	231	21	23	15	40	1.90
73232315--73232348	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
73238793--73238838	18	2.6	18	83	10	58	36	2	6	54	1.39
73239058--73239117	28	2.1	28	87	3	84	56	5	0	38	1.21
73239472--73239502	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
73252049--73252095	23	2.0	24	83	4	60	36	6	4	53	1.46
73252169--73252235	34	2.0	34	100	0	134	44	14	2	37	1.61
73258320--73258416	6	16.2	6	96	0	176	49	17	0	32	1.47
73264392--73264711	46	7.0	46	92	0	453	39	14	24	21	1.91
73264997--73265029	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
73270636--73270664	12	2.4	12	100	0	58	65	6	0	27	1.18
73276783--73276812	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
73278362--73278396	17	2.0	18	88	5	54	54	5	0	40	1.24
73280035--73280079	22	2.0	23	83	12	58	40	2	13	44	1.56
73280098--73280144	19	2.4	19	80	13	51	34	2	2	61	1.20
73281982--73282122	70	2.0	70	88	0	210	34	19	12	34	1.88
73282098--73282164	33	2.0	33	100	0	134	40	20	14	23	1.90
73291168--73291234	23	3.0	23	73	4	57	29	11	7	50	1.66
73300424--73300510	27	3.2	25	79	15	84	55	1	0	43	1.07
73300435--73300510	27	2.8	26	83	15	91	55	1	0	43	1.08
73300441--73300510	29	2.5	27	90	4	104	55	1	0	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73305666--73305706	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
73305658--73305701	20	2.1	21	91	4	72	70	2	0	27	0.99
73305669--73305708	20	2.0	20	90	0	62	75	5	0	20	0.99
73305726--73305783	9	6.6	9	80	4	55	27	5	22	44	1.74
73306596--73306631	11	3.3	11	88	0	54	66	0	5	27	1.13
73306596--73306643	22	2.2	22	84	0	60	62	2	10	25	1.38
73311618--73311650	17	1.9	17	100	0	66	45	6	18	30	1.73
73310064--73313075	630	4.8	615	84	6	3367	35	16	14	33	1.90
73322940--73323022	18	4.6	18	70	5	62	40	0	2	56	1.12
73322940--73322973	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
73322969--73323005	19	2.0	18	89	5	56	40	0	5	54	1.24
73323146--73323197	23	2.3	23	80	6	61	34	17	7	40	1.78
73324678--73324702	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
73337376--73337477	24	4.0	24	75	14	80	37	21	21	19	1.95
73337437--73337525	27	3.3	27	96	0	151	33	19	22	24	1.97
73337485--73337658	50	3.5	50	75	9	147	32	17	28	21	1.96
73337542--73337656	25	4.7	24	76	7	88	33	16	31	18	1.93
73337528--73337683	50	3.1	51	79	8	144	32	16	28	22	1.95
73337590--73337658	25	2.8	25	81	0	93	30	18	33	17	1.94
73340754--73340782	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
73353039--73353065	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
73359125--73359160	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73359112--73359152	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
73359316--73359400	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
73359314--73359388	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
73359771--73359828	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
73359774--73359832	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
73359984--73360033	2	25.0	2	100	0	100	50	50	0	0	1.00
73360033--73360070	2	19.5	2	83	5	51	50	2	0	47	1.15
73360853--73360880	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
73377611--73377651	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
73381973--73382103	68	1.9	68	93	0	226	43	6	20	29	1.78
73384113--73384143	15	2.0	16	93	6	55	25	0	0	74	0.82
73385128--73385227	50	2.0	50	100	0	200	36	14	18	32	1.90
73387099--73387238	72	2.0	71	94	1	244	45	6	15	32	1.71
73387224--73387927	370	1.9	375	85	5	971	40	10	12	37	1.77
73388124--73388208	43	2.0	43	100	0	170	28	5	21	44	1.75
73388167--73391846	812	4.6	805	82	5	4022	38	12	13	35	1.83
73389172--73391846	406	6.6	405	83	4	3263	38	12	13	35	1.83
73393055--73393266	103	2.1	101	84	3	273	43	9	9	37	1.69
73397880--73397909	3	10.0	3	92	0	51	36	33	30	0	1.58
73401146--73401208	31	2.0	31	93	0	108	46	14	6	33	1.70
73401664--73401707	19	2.2	20	88	4	63	34	0	9	56	1.31
73401675--73401716	19	2.2	19	83	8	50	33	0	11	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73401665--73401809	51	3.0	47	71	12	109	31	3	6	57	1.42
73401791--73401838	23	2.0	24	84	11	64	39	0	2	58	1.10
73402889--73402988	44	2.2	46	89	8	152	30	12	20	38	1.88
73403338--73403397	29	2.0	30	87	3	86	50	15	8	26	1.72
73403435--73403459	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
73414198--73414259	28	2.2	28	88	0	88	30	29	8	32	1.86
73415760--73415816	30	1.9	29	85	3	78	40	1	24	33	1.66
73416028--73416059	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
73416154--73416395	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
73416154--73416403	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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