genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737915--737980	32	2.1	32	97	0	123	43	13	6	36	1.69
748421--748457	18	2.1	18	100	0	74	16	35	0	48	1.46
751372--751422	15	3.4	14	82	17	50	31	1	0	66	1.03
751376--751427	16	3.3	16	76	13	54	30	1	0	67	1.02
756596--756775	74	2.4	74	80	1	191	24	22	20	32	1.97
756747--756848	35	2.9	36	79	5	111	20	20	22	36	1.95
759428--759468	16	2.7	15	81	7	55	41	14	4	39	1.67
764793--764834	17	2.5	17	88	0	66	50	2	2	45	1.27
767049--767127	39	2.0	39	97	0	149	26	15	24	34	1.94
767541--767578	20	1.9	20	89	10	60	63	15	0	21	1.31
768378--768503	61	2.0	63	82	7	152	42	2	10	44	1.51
768833--768860	6	4.7	6	100	0	56	0	17	14	67	1.22
779554--779632	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
779751--780139	47	8.1	49	92	3	627	28	30	8	31	1.87
779751--780139	96	4.1	95	93	2	629	28	30	8	31	1.87
783438--783750	40	7.8	41	81	6	279	24	27	22	25	2.00
784059--784137	29	2.7	29	82	5	97	27	31	15	25	1.95
784119--784221	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
786078--786156	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
786275--786781	47	10.1	47	81	13	559	28	30	8	31	1.87
786465--786504	16	2.5	17	92	8	66	37	25	0	37	1.56
786415--786551	63	2.2	63	97	2	258	31	30	5	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786368--786693	110	3.0	110	89	7	474	30	30	7	31	1.86
786478--786781	106	3.1	96	88	10	477	29	30	8	31	1.87
796466--796535	29	2.3	29	82	4	77	27	12	10	50	1.72
797294--797341	24	2.0	24	100	0	96	45	0	4	50	1.21
797297--797350	24	2.4	22	87	12	74	46	1	1	50	1.23
798742--798791	21	2.4	21	93	0	82	62	0	0	38	0.96
803873--803922	25	2.0	25	100	0	100	32	20	12	36	1.89
804583--804866	138	2.1	138	89	2	446	45	4	8	41	1.56
804841--804989	76	2.0	75	91	1	244	29	14	9	46	1.75
805708--805766	24	2.5	24	84	13	86	44	0	0	55	0.99
805709--805769	22	2.6	24	87	10	83	44	0	0	55	0.99
805958--805994	16	2.3	16	90	0	56	59	8	8	24	1.53
809423--809462	19	2.1	19	85	0	53	17	12	10	60	1.59
809628--809652	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
819785--819829	14	3.3	14	81	6	56	42	0	0	57	0.98
846562--846664	20	4.9	20	71	9	80	43	22	15	18	1.87
847785--848058	46	6.0	46	90	2	390	22	24	14	38	1.91
850196--850232	3	12.7	3	83	16	51	67	0	0	32	0.91
850192--850232	15	2.8	15	96	3	75	68	0	0	31	0.90
853221--853277	15	3.9	15	86	2	80	33	0	14	52	1.41
853217--853275	30	2.0	28	90	6	91	30	0	13	55	1.38
853662--853720	21	2.7	23	85	15	90	13	25	27	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853648--853730	21	3.9	21	77	4	67	14	22	24	38	1.92
853896--853936	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
855130--855162	17	2.0	17	88	5	50	54	0	3	42	1.15
857031--857168	62	2.2	62	83	6	165	50	2	2	44	1.29
857507--857570	28	2.3	28	94	0	110	60	17	15	6	1.54
862875--862949	23	3.4	23	66	17	68	37	14	10	37	1.81
862872--862958	43	2.0	43	100	0	174	37	16	9	36	1.80
863651--863709	11	5.2	11	74	20	50	69	0	0	30	0.89
863641--863695	25	2.2	26	90	9	87	63	0	0	36	0.95
870250--870440	96	2.0	95	98	1	373	27	13	32	26	1.94
872062--872259	100	2.0	100	100	0	396	27	14	21	37	1.92
877052--877144	43	2.2	44	92	3	154	50	13	6	29	1.67
877166--877205	19	2.2	18	86	13	55	42	15	0	42	1.46
881789--881924	43	3.2	43	95	2	238	51	14	5	27	1.65
881946--881985	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
891281--891319	13	2.9	13	92	3	60	28	20	25	25	1.99
891349--891470	24	5.1	24	72	12	72	37	18	18	25	1.93
891424--891527	24	4.4	24	72	11	81	37	14	16	31	1.89
892139--892393	127	2.0	127	94	0	447	33	17	21	27	1.96
893255--893309	17	3.1	17	77	20	51	52	9	1	36	1.44
893416--893649	11	23.1	11	68	23	56	56	5	1	36	1.31
893416--893658	57	4.4	54	75	16	187	56	4	2	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893557--893643	26	3.5	26	73	14	78	58	2	1	37	1.18
893530--893649	49	2.5	50	74	17	128	58	4	0	36	1.23
893579--893658	27	3.0	27	81	13	71	57	2	2	37	1.26
893690--893738	14	3.6	14	86	5	64	57	4	0	38	1.18
893886--893917	9	3.6	9	91	0	55	65	3	0	31	1.08
895602--895806	89	2.4	85	82	8	238	34	20	15	29	1.93
895767--896112	74	4.6	74	91	2	557	29	22	16	31	1.96
896962--897076	43	2.7	43	85	6	128	14	25	13	46	1.82
898336--898443	26	4.2	26	95	0	189	30	7	25	36	1.84
900064--900204	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
900064--900204	27	5.2	27	86	6	189	17	23	24	35	1.95
900064--900222	27	5.9	28	82	12	167	18	23	22	35	1.96
911990--912108	17	6.8	16	67	24	53	57	6	1	34	1.35
911990--912109	54	2.2	52	80	14	120	57	6	1	34	1.35
912086--912132	22	2.1	22	88	7	69	59	2	2	36	1.21
912043--912175	26	5.2	24	72	19	76	57	4	2	35	1.31
912397--912459	9	6.7	9	74	16	56	63	1	3	31	1.19
912446--912499	20	2.7	21	83	8	60	64	3	7	24	1.35
927083--927208	61	2.1	61	100	0	252	41	3	15	40	1.62
928030--928071	10	4.4	9	80	19	50	71	0	0	28	0.86
939316--939356	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
942803--942863	17	3.8	16	78	14	63	34	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942803--942862	31	1.9	32	83	10	79	33	0	1	65	1.03
944017--944070	27	2.0	27	88	0	81	46	0	0	53	1.00
952009--952073	25	2.6	25	95	0	112	27	18	26	27	1.98
952060--952114	25	2.2	25	86	0	74	41	20	21	16	1.90
952071--952125	25	2.2	25	90	6	85	43	16	23	16	1.87
962719--962879	73	2.2	73	75	3	162	37	22	22	16	1.94
962767--962915	25	6.0	25	74	16	105	34	22	24	18	1.96
966332--966387	27	2.1	24	84	15	67	39	14	5	41	1.68
966360--966420	19	3.3	19	88	6	90	37	16	8	37	1.78
966705--967217	261	2.0	256	85	4	683	27	22	17	33	1.96
967049--967988	206	4.6	205	93	1	1498	28	22	18	30	1.97
967049--967988	411	2.3	405	91	2	1508	28	22	18	30	1.97
967935--968253	44	7.2	44	73	7	252	27	24	17	31	1.97
967950--968253	132	2.3	132	94	0	527	27	24	17	31	1.97
969107--969167	7	8.7	7	79	13	56	4	11	0	83	0.79
969107--969167	26	2.5	23	84	10	77	4	11	0	83	0.79
969107--969167	15	4.4	14	78	12	56	4	11	0	83	0.79
969107--969168	9	7.6	8	81	12	65	4	11	0	83	0.78
969129--969168	17	2.4	17	91	0	62	5	7	0	87	0.66
970654--970708	7	8.0	7	80	11	51	7	5	1	85	0.80
970656--970708	11	4.8	11	79	6	54	5	5	1	86	0.75
975832--975884	17	2.9	18	94	5	90	41	13	5	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
975830--975891	19	3.4	18	91	6	99	38	16	6	38	1.74
976274--976301	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
980719--980758	6	6.7	6	100	0	80	15	0	0	85	0.61
993194--993261	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
993242--993332	45	2.0	44	83	6	112	31	4	27	36	1.77
993477--993518	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
993486--993527	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
993512--993699	61	3.1	61	71	11	215	49	7	1	41	1.40
993480--993709	120	1.9	120	99	0	451	50	6	1	41	1.40
993515--993698	59	3.1	59	67	17	180	49	7	1	41	1.41

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