genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26867239--26867419	40	4.5	40	94	1	301	23	21	26	28	1.99
26873645--26873742	42	2.3	43	85	1	144	27	17	21	33	1.96
26873592--26873762	43	4.0	43	74	10	143	25	16	25	32	1.96
26878931--26879085	27	5.7	27	91	3	229	31	29	12	26	1.93
26878931--26879107	55	3.2	55	88	0	246	32	29	12	25	1.92
26882380--26882537	43	3.7	43	80	8	178	27	16	24	31	1.96
26884915--26885017	40	2.6	40	93	0	170	33	27	15	23	1.95
26894522--26894568	21	2.2	22	81	7	53	21	10	6	61	1.50
26900175--26900204	14	2.1	15	93	6	53	33	0	16	50	1.46
26903493--26903614	65	1.9	65	89	0	190	24	18	21	35	1.96
26903676--26903740	26	2.6	25	88	9	96	23	16	18	41	1.90
26921214--26921390	27	6.5	27	81	5	160	29	28	15	25	1.96
26921235--26921390	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26929526--26929550	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
26929966--26930070	42	2.5	42	76	4	113	27	19	21	31	1.97
26929927--26930083	43	3.7	43	71	15	128	26	18	24	30	1.98
26931193--26931306	43	2.7	43	88	2	158	22	21	27	28	1.99
26935283--26935343	30	2.0	30	93	0	104	11	18	27	42	1.84
26937599--26937755	43	3.7	42	76	7	147	25	18	24	31	1.98
26946057--26946127	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
26946057--26946150	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
26947543--26947657	54	2.1	54	85	3	151	16	23	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26947543--26947657	27	4.3	27	81	7	135	16	23	21	38	1.93
26955309--26955420	27	4.1	27	80	7	120	16	24	21	37	1.94
26955309--26955420	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
26961553--26961604	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
26961652--26961697	21	2.2	21	84	7	67	36	19	10	32	1.87
26967987--26968051	34	1.9	33	84	3	85	27	20	21	30	1.98
26968073--26968116	22	2.0	23	90	4	72	22	54	2	20	1.56
26977589--26977658	34	2.1	33	83	2	86	28	21	21	28	1.99
26980825--26980947	29	4.3	29	91	1	203	29	31	13	25	1.94
27004590--27004641	26	2.0	26	88	7	79	36	1	15	46	1.57
27010989--27011058	25	2.8	25	88	0	104	24	21	27	27	1.99
27011866--27011930	27	2.4	27	79	5	69	24	24	15	35	1.94
27011961--27012201	27	8.9	27	78	3	169	30	9	19	39	1.84
27012048--27012198	81	1.9	81	86	5	216	27	7	21	42	1.81
27012047--27012230	27	6.8	26	82	6	181	28	9	21	41	1.83
27012047--27012230	81	2.3	81	81	5	203	28	9	21	41	1.83
27012229--27012426	27	7.3	27	83	2	236	39	7	24	28	1.82
27012229--27012426	81	2.4	81	88	1	299	39	7	24	28	1.82
27021110--27021263	47	3.3	47	91	0	263	29	30	7	33	1.84
27021160--27021237	25	3.2	25	63	17	65	32	30	3	33	1.76
27023114--27023138	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27027268--27027390	61	2.0	61	93	0	210	28	14	19	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27027545--27027589	21	2.1	21	95	0	81	24	8	28	37	1.86
27032645--27032728	41	2.0	41	86	4	116	33	15	7	44	1.74
27035080--27035156	31	2.5	31	78	17	81	35	7	9	48	1.64
27036419--27036640	46	4.8	45	73	15	148	27	19	30	22	1.98
27036881--27038765	942	2.0	942	99	0	3689	25	18	24	31	1.97
27044497--27044703	53	3.8	54	78	1	209	19	24	19	37	1.94
27045086--27045321	117	2.0	117	100	0	472	30	22	10	36	1.87
27047656--27047831	46	3.8	46	75	10	153	27	19	30	22	1.98
27048176--27048229	15	3.5	15	70	9	54	29	22	9	38	1.85
27048177--27048246	32	2.2	32	100	0	140	27	22	11	38	1.89
27048192--27048246	17	3.4	17	70	10	60	25	23	12	38	1.90
27057390--27057492	35	2.9	35	86	0	143	17	18	27	36	1.93
27058167--27058201	18	1.9	18	100	0	70	34	22	11	31	1.90
27061260--27061445	20	9.3	20	70	11	121	13	32	16	38	1.87
27061362--27061461	20	5.0	20	73	9	87	16	31	14	39	1.87
27061262--27061461	40	5.0	40	88	0	256	14	33	15	37	1.87
27063282--27063351	27	2.6	26	90	2	86	30	28	12	28	1.93
27063282--27063379	28	3.5	28	87	2	126	30	28	13	27	1.94
27067338--27067484	40	3.7	40	85	0	186	25	14	22	36	1.93
27073391--27073566	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
27073388--27073559	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
27077227--27077317	46	2.0	46	88	0	137	25	30	8	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27077334--27077409	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
27077331--27077734	47	8.6	47	97	0	736	24	28	13	33	1.93
27081145--27081220	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
27081341--27081507	47	3.6	47	89	0	217	28	32	8	31	1.87
27084714--27084829	40	2.9	40	83	2	117	25	30	20	24	1.99
27084819--27084991	40	4.3	40	84	7	210	23	27	20	28	1.99
27084778--27084991	80	2.7	78	80	8	234	23	27	20	28	1.99
27085279--27085357	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27085339--27085484	43	3.4	43	97	0	265	26	33	15	24	1.95
27087336--27087411	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
27087532--27087747	47	4.6	47	89	1	297	29	31	7	31	1.86
27092333--27092372	21	1.9	21	90	10	64	22	5	10	62	1.46
27101525--27101674	43	3.5	42	75	11	112	28	20	25	26	1.99
27103169--27103248	26	3.1	26	96	0	151	31	6	26	36	1.81
27104833--27104973	27	5.2	27	86	6	189	17	23	24	35	1.95
27104833--27104973	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
27108198--27108271	37	2.0	37	97	0	139	37	10	14	36	1.82
27114163--27114255	28	3.0	33	73	15	97	26	23	23	25	2.00
27114602--27115243	27	23.5	27	83	3	746	23	21	21	33	1.97
27114975--27115238	144	1.8	143	90	2	422	23	21	21	32	1.98
27115031--27115200	89	1.9	90	86	3	245	23	22	21	32	1.98
27117233--27117292	25	2.4	26	76	15	63	60	1	3	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27117663--27117707	22	2.0	22	86	0	63	20	13	42	24	1.87
27126213--27126404	56	3.4	56	87	0	258	29	14	23	32	1.94
27126213--27126435	112	2.0	112	83	1	277	28	14	24	33	1.94
27126213--27126435	56	4.0	54	79	8	205	28	14	24	33	1.94
27128140--27128169	12	2.5	12	88	0	51	30	0	50	20	1.49
27130056--27130093	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
27130318--27130443	46	2.7	46	98	0	243	31	25	19	23	1.98
27137567--27137604	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
27137829--27138000	46	3.7	46	94	0	290	30	26	20	22	1.98
27137826--27138019	46	4.2	46	80	13	170	29	27	19	22	1.98
27137826--27138019	92	2.1	93	81	8	252	29	27	19	22	1.98
27138423--27138482	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
27139785--27139857	34	2.1	34	87	5	103	27	19	24	28	1.98
27144413--27144442	12	2.5	12	100	0	60	40	23	0	36	1.55
27146489--27146534	23	2.0	23	83	8	58	26	47	4	21	1.69
27147046--27147079	13	2.6	13	90	0	59	5	20	35	38	1.77
27150275--27150328	27	2.0	28	88	3	83	42	11	14	31	1.81
27161206--27161306	29	3.5	29	91	1	159	32	24	12	29	1.93
27161205--27161334	58	2.3	57	84	6	165	31	26	13	28	1.93
27177010--27177048	6	6.5	6	100	0	78	17	33	0	48	1.48
27188921--27188966	7	6.1	7	85	10	56	30	17	0	52	1.45
27189475--27189501	7	3.9	7	100	0	54	25	14	0	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27193649--27193673	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
27194208--27194266	19	3.2	19	73	26	63	35	0	6	57	1.25
27204082--27204136	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
27204274--27204368	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
27204349--27204416	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
27209818--27209938	27	4.5	27	91	0	188	39	23	14	23	1.90
27213191--27213230	18	2.1	19	86	13	55	50	0	5	45	1.23
27220122--27220209	40	2.3	38	80	7	104	38	35	10	15	1.82
27230373--27230467	40	2.4	38	81	6	118	38	35	10	14	1.81
27234678--27234718	15	2.7	16	74	11	50	43	2	0	53	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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