genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39074756--39074803	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
39075809--39075911	50	2.1	50	85	3	136	50	5	12	31	1.64
39078864--39079210	47	7.4	47	94	0	559	33	8	29	28	1.86
39078919--39079041	22	5.3	22	62	21	63	32	9	30	27	1.89
39081069--39081387	40	8.0	40	93	0	548	21	21	31	26	1.98
39082752--39083008	40	6.5	40	89	2	351	25	28	23	22	1.99
39083956--39084060	39	2.7	40	91	2	169	20	24	30	23	1.99
39085852--39085915	31	2.1	31	100	0	128	29	10	21	37	1.88
39088038--39088384	47	7.4	47	93	0	550	33	8	30	27	1.86
39104799--39104971	94	1.8	94	83	0	229	30	28	16	24	1.97
39104799--39104931	47	2.8	47	91	0	212	30	28	18	23	1.97
39109403--39109564	49	3.3	49	82	3	225	25	16	26	30	1.97
39111978--39112032	25	2.2	25	83	6	67	10	18	12	58	1.63
39112537--39112586	16	3.1	16	85	0	73	34	6	30	30	1.81
39123386--39123563	27	6.6	27	83	3	196	28	14	27	29	1.95
39123387--39123542	82	1.9	81	86	3	224	28	14	27	29	1.95
39123383--39123563	82	2.2	81	82	2	220	28	14	27	29	1.96
39127056--39127084	13	2.2	13	100	0	58	13	6	58	20	1.58
39141430--39141601	93	1.8	93	92	2	292	29	27	20	23	1.99
39141425--39141597	46	3.8	45	77	10	188	30	26	20	23	1.98
39142021--39142080	30	2.0	30	86	0	84	28	26	8	36	1.85
39149020--39149190	93	1.8	93	89	2	272	28	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39149015--39149187	46	3.7	46	74	14	167	28	26	20	23	1.99
39149612--39149671	30	2.0	30	86	0	84	28	26	8	36	1.85
39160160--39161242	541	2.0	541	97	0	2069	34	12	24	28	1.92
39162422--39162638	40	5.5	40	84	5	255	23	23	27	24	2.00
39168695--39168917	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
39168695--39168919	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
39168770--39168952	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
39168695--39168952	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
39191761--39191800	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
39201421--39201501	25	3.2	25	96	3	153	22	30	24	22	1.99
39202476--39202541	32	2.1	32	94	0	114	42	25	10	21	1.85
39206134--39206958	40	20.6	40	94	0	1391	25	27	18	27	1.98
39211492--39211694	42	4.7	42	75	8	165	27	24	17	30	1.97
39211492--39211659	90	1.9	90	84	2	230	25	25	19	29	1.98
39211492--39211738	132	1.9	132	80	6	295	27	24	17	30	1.97
39211710--39211834	48	2.6	48	88	0	196	30	30	15	24	1.95
39225377--39225487	38	2.8	38	77	8	98	32	23	21	22	1.98
39229772--39229881	58	1.9	58	87	7	163	28	29	19	23	1.98
39231626--39231775	38	3.9	39	75	10	139	36	26	18	18	1.94
39231640--39231793	78	2.0	78	83	7	197	33	25	20	20	1.97
39241066--39241148	43	1.9	44	82	2	105	33	24	18	24	1.96
39241341--39241400	28	2.1	29	81	6	70	51	10	8	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39247852--39247921	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
39247852--39247949	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
39251421--39251727	95	3.3	94	81	4	336	30	15	26	27	1.96
39254148--39254174	13	2.1	13	100	0	54	29	7	25	37	1.83
39255745--39255791	24	2.0	24	91	0	76	25	23	14	36	1.93
39259032--39259057	7	3.7	7	100	0	52	57	42	0	0	0.98
39259277--39259323	9	5.2	9	76	7	51	55	0	0	44	0.99
39261050--39261133	39	2.2	39	88	0	123	35	25	11	27	1.91
39264806--39264939	40	3.3	40	92	6	227	23	20	23	31	1.98
39264808--39264935	42	3.1	42	95	2	224	24	20	23	32	1.98
39264808--39264959	82	1.9	82	88	5	236	23	21	24	30	1.99
39268172--39268389	46	4.7	46	74	9	160	24	29	19	26	1.98
39268265--39268389	47	2.7	46	78	13	139	24	27	19	28	1.98
39272506--39272683	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
39272507--39272662	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
39272503--39272683	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	30	1.95
39272914--39273722	405	2.0	405	100	0	1618	25	14	23	36	1.92
39279765--39280031	40	6.7	40	95	0	471	29	20	28	22	1.98
39288255--39288641	40	9.7	40	96	0	711	29	20	27	21	1.98
39293290--39293467	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
39293291--39293446	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39293287--39293467	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39305237--39305491	55	4.8	53	76	10	184	36	16	24	22	1.95
39305247--39305444	108	1.8	110	85	4	285	34	17	24	23	1.96
39305683--39305713	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
39309655--39309849	55	3.6	53	76	4	149	20	23	18	38	1.93
39319045--39319250	53	3.8	54	76	4	202	20	23	18	37	1.94
39324675--39324912	95	2.4	99	80	6	254	25	29	16	28	1.97
39324675--39324912	50	4.9	50	80	5	245	25	29	16	28	1.97
39330246--39330343	27	3.6	27	87	0	133	40	19	8	31	1.81
39330246--39330359	54	2.1	54	82	6	133	41	19	7	31	1.80
39330246--39330398	27	5.7	27	75	9	107	39	20	9	30	1.83
39330296--39330398	54	1.9	54	80	7	120	39	19	9	31	1.84
39330246--39330454	27	7.7	26	73	12	73	38	19	9	33	1.83
39330436--39330685	27	9.3	27	88	0	329	36	20	20	23	1.95
39330439--39330669	81	2.9	81	92	0	363	35	20	20	22	1.96
39331135--39331285	57	2.6	57	78	12	166	31	19	19	29	1.96
39332605--39332780	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
39332602--39332773	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
39340182--39340353	46	3.7	46	76	13	190	20	19	29	30	1.97
39340175--39340346	93	1.8	93	92	0	290	21	20	28	29	1.98
39342484--39342709	125	1.8	124	82	8	289	22	24	30	23	1.99
39346462--39346636	93	1.9	93	90	0	278	28	29	21	21	1.98
39346455--39346630	46	3.8	45	77	7	174	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39346506--39346649	46	3.1	44	72	21	125	29	29	20	21	1.98
39355010--39355155	37	3.9	37	95	0	247	26	31	18	23	1.97
39355302--39355547	52	4.9	49	88	4	336	32	25	5	36	1.80
39358977--39359375	40	10.0	40	88	1	575	27	29	21	22	1.99
39359305--39359372	23	3.2	23	60	23	58	23	29	23	23	1.99
39360630--39360700	37	1.9	37	100	0	142	23	32	19	23	1.98
39360846--39361089	48	4.9	49	88	4	339	31	25	6	36	1.82
39362657--39362891	28	8.5	28	95	2	397	25	14	28	31	1.94
39362657--39362891	55	4.3	55	96	1	409	25	14	28	31	1.94
39362657--39362891	83	2.8	83	94	1	402	25	14	28	31	1.94
39380867--39380906	21	1.9	21	89	0	62	37	17	2	42	1.63
39383801--39383839	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
39389120--39389254	46	3.1	44	82	12	161	28	19	28	23	1.98
39393029--39393070	15	2.8	16	75	24	54	16	7	14	61	1.53
39393014--39393070	30	1.9	30	85	7	80	15	7	15	61	1.54
39395686--39395862	46	3.9	44	76	10	171	26	20	30	22	1.98
39410212--39410785	27	21.3	27	85	0	745	35	19	20	25	1.96
39411068--39411114	20	2.3	20	96	0	85	4	23	36	36	1.75
39411133--39411190	22	2.6	22	88	0	80	17	24	22	36	1.95
39411276--39411336	32	1.9	32	83	6	79	24	19	21	34	1.96
39413281--39413488	40	5.2	40	82	7	253	26	27	21	24	1.99
39413277--39413488	79	2.7	78	80	10	241	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39415926--39415950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
39417827--39417905	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
39417805--39417955	47	3.2	47	93	0	266	33	7	30	28	1.84
39425009--39425200	40	4.8	39	79	9	190	26	29	20	23	1.99
39425021--39425201	79	2.3	82	81	7	219	26	28	21	23	1.99
39437638--39437672	18	1.9	18	88	11	54	34	0	17	48	1.47
39445226--39445290	25	2.7	24	78	4	69	40	15	16	27	1.89
39461754--39461899	39	3.7	39	87	0	229	19	19	30	30	1.96
39468879--39469029	42	3.6	42	81	3	169	29	23	15	30	1.96
39475471--39475535	32	2.0	32	96	0	121	26	21	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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