genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11748955--11748984	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57
11753966--11754010	13	3.3	14	85	11	58	77	0	22	0	0.76
11753966--11753999	15	2.3	15	85	5	52	82	0	17	0	0.67
11753968--11754000	14	2.3	15	90	10	52	78	0	21	0	0.75
11753965--11754009	24	1.9	24	82	13	58	75	0	24	0	0.80
11777606--11777666	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
11777786--11777824	21	1.9	21	84	5	53	15	2	15	66	1.36
11778053--11778222	87	2.0	87	81	4	200	28	22	17	32	1.96
11778296--11779044	205	3.7	205	92	1	1204	29	22	18	30	1.97
11782137--11782164	14	2.0	14	100	0	56	0	21	0	78	0.75
11783994--11784039	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
11784652--11784689	8	4.8	8	86	0	58	2	21	21	55	1.56
11786428--11786456	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
11796468--11796609	40	3.5	40	76	9	130	28	15	23	33	1.95
11796662--11796798	40	3.4	40	80	5	152	28	21	21	27	1.99
11796493--11796932	196	2.2	196	82	2	535	30	19	21	28	1.98
11796858--11796965	40	2.7	40	79	0	117	30	22	22	25	1.99
11796702--11797068	156	2.4	156	85	2	497	30	20	20	28	1.98
11797897--11797930	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
11798268--11798351	40	2.1	40	84	0	105	47	16	16	19	1.83
11798953--11799030	34	2.3	35	91	4	124	38	10	6	44	1.64
11801234--11801309	29	2.6	29	89	2	116	47	0	10	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11801347--11801392	18	2.5	18	89	3	65	43	0	4	52	1.21
11803017--11803096	25	3.3	24	69	19	67	25	5	2	67	1.23
11803347--11803580	85	2.8	85	86	5	296	23	15	29	32	1.95
11803348--11803581	42	5.5	43	85	3	280	23	15	29	31	1.95
11803804--11803937	38	3.3	38	71	21	117	32	16	20	31	1.94
11803777--11803932	85	1.8	85	91	0	258	32	16	19	32	1.93
11811083--11811225	6	23.3	6	70	14	96	48	13	16	20	1.80
11811115--11811225	31	3.6	31	87	0	150	48	12	17	21	1.80
11811357--11811458	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
11811357--11811459	54	1.9	53	86	2	143	35	20	23	20	1.96
11811375--11811476	54	1.9	54	84	4	127	37	21	22	18	1.94
11811617--11811681	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
11813431--11813600	46	3.7	46	75	10	184	29	30	20	20	1.97
11815990--11816078	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
11815990--11816069	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
11816001--11816078	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
11816752--11816954	54	3.8	53	82	5	212	26	14	20	38	1.91
11816762--11816955	81	2.4	80	82	5	221	27	14	19	39	1.90
11816760--11816954	27	7.3	27	84	2	180	27	14	20	38	1.91
11816959--11817129	27	6.3	27	86	0	216	38	7	24	30	1.82
11816959--11817129	81	2.1	81	88	0	252	38	7	24	30	1.82
11816976--11817149	81	2.1	81	83	0	213	37	7	21	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11817111--11817362	54	4.6	54	77	5	159	32	9	18	39	1.83
11817169--11817388	27	8.1	27	85	4	246	30	9	20	40	1.83
11818870--11818958	12	7.2	12	71	20	60	34	5	2	57	1.35
11818923--11818979	21	2.8	18	73	21	51	33	5	1	59	1.30
11837036--11837565	48	11.0	48	94	0	898	35	6	26	32	1.81
11842956--11843485	44	12.0	44	89	0	792	27	14	28	29	1.95
11845026--11845114	28	3.0	27	73	18	72	35	4	1	58	1.26
11845026--11845133	12	9.1	12	71	24	70	35	3	1	59	1.26
11845503--11845539	16	2.1	19	85	14	53	16	5	10	67	1.38
11847338--11847600	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
11854654--11854916	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
11879449--11879626	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
11879470--11879625	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
11887426--11887603	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
11887447--11887602	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
11898051--11898116	32	2.0	33	91	2	107	27	13	27	31	1.94
11902871--11903023	44	3.6	42	78	8	123	23	18	26	32	1.97
11908745--11908803	24	2.4	24	80	2	64	30	11	23	33	1.91
11910570--11910594	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
11913400--11913539	38	3.7	38	83	2	165	34	27	19	18	1.95
11913400--11913569	38	4.4	38	82	5	164	34	27	18	20	1.95
11924448--11924625	27	6.6	27	79	3	151	28	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11924469--11924624	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
11932430--11932607	27	6.6	27	79	3	151	28	29	16	25	1.97
11932451--11932606	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
11934715--11934898	67	2.8	64	77	10	196	28	16	30	24	1.96
11937570--11937707	40	3.5	40	87	3	181	24	23	28	23	2.00
11952640--11952817	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
11952641--11952796	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
11952637--11952817	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
11960663--11960838	27	6.5	26	81	5	165	26	16	28	28	1.97
11960663--11960817	81	1.9	81	88	2	231	26	16	28	28	1.97
11960659--11960838	81	2.2	81	83	2	227	26	16	27	28	1.97
11964383--11964522	19	7.4	19	68	18	78	62	2	1	33	1.19
11964382--11964493	20	5.8	20	73	12	65	64	1	0	33	1.10
11964318--11964437	29	4.2	29	70	16	81	65	2	0	31	1.12
11964386--11964484	20	5.2	19	74	14	71	63	2	1	33	1.12
11964383--11964490	10	11.1	11	68	24	57	62	1	0	34	1.12
11965106--11965327	10	22.9	10	66	21	73	35	1	3	59	1.21
11965116--11965162	18	2.5	19	83	13	62	38	2	0	59	1.09
11965106--11965177	28	2.5	28	80	17	85	34	1	1	62	1.13
11965229--11965279	18	2.8	18	74	11	50	29	0	3	66	1.09
11965234--11965305	28	2.5	28	81	6	72	30	0	4	65	1.12
11965547--11965597	18	2.7	19	84	3	59	23	3	5	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11966260--11966306	24	2.0	24	83	8	60	2	25	2	70	1.10
11966274--11966306	17	1.9	17	88	11	50	0	27	0	72	0.85
11969046--11969246	40	5.0	40	83	4	246	22	24	27	24	2.00
11969042--11969246	80	2.6	80	90	3	306	23	23	27	24	2.00
11970803--11970980	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
11970824--11970979	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
11978789--11978966	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
11978810--11978965	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
11987191--11987219	15	1.9	15	100	0	58	27	20	0	51	1.47
12001157--12001191	5	7.2	5	90	6	54	17	2	0	80	0.84
12001414--12001453	20	2.0	20	90	0	62	55	2	2	40	1.27
12003328--12003688	48	7.7	48	76	11	236	27	18	29	24	1.98
12006110--12006208	35	2.8	35	76	8	103	42	18	9	30	1.81
12014257--12014384	47	2.7	46	81	7	150	28	19	30	21	1.98
12014260--12014566	46	6.5	46	73	10	178	28	18	28	23	1.98
12014260--12014469	46	4.5	46	79	7	196	27	19	30	22	1.98
12016705--12016778	26	2.8	26	83	2	76	36	18	8	36	1.81
12016732--12016860	27	4.8	27	80	4	100	32	18	8	40	1.81
12016812--12017070	27	9.6	27	77	9	154	40	20	8	29	1.83
12016826--12017142	54	5.8	55	76	9	247	41	19	8	30	1.80
12016826--12017060	81	2.9	81	86	5	316	41	20	8	29	1.82
12017202--12017293	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12018093--12018189	26	3.8	26	90	1	153	24	24	24	25	2.00
12018408--12018486	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
12021723--12022447	362	2.0	362	98	0	1387	27	15	24	32	1.95
12025221--12025405	79	2.3	82	83	7	229	26	27	21	24	1.99
12025221--12025405	40	4.6	41	80	10	197	26	27	21	24	1.99
12029388--12029569	48	3.7	49	75	10	151	26	18	29	25	1.98
12029256--12029573	46	6.7	50	75	12	205	27	18	29	24	1.98
12037749--12037788	13	3.1	13	85	0	62	15	27	37	20	1.92
12041930--12042072	40	3.6	40	86	6	193	24	28	22	24	1.99
12058427--12058555	46	2.8	46	92	0	213	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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