genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77482693--77482831	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
77487422--77487489	35	1.9	35	96	0	127	20	17	20	41	1.91
77489515--77489551	11	3.1	12	92	7	58	0	51	0	48	1.00
77490032--77490077	23	2.0	23	82	0	56	30	2	13	54	1.50
77490309--77490345	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
77492510--77492553	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
77496583--77496846	86	3.1	86	92	0	420	26	22	24	26	2.00
77496637--77496770	42	3.1	42	62	19	105	26	26	23	23	2.00
77496902--77497134	46	5.2	46	67	13	142	25	21	23	29	1.99
77496794--77497203	134	3.1	134	94	0	696	27	19	22	29	1.98
77497105--77497298	95	2.0	95	94	2	336	31	19	20	28	1.97
77497370--77498231	132	6.5	132	96	0	1499	27	16	26	30	1.97
77498407--77498558	40	3.8	40	82	8	191	29	22	21	26	1.99
77498402--77498559	82	1.9	81	89	1	244	30	22	20	26	1.98
77501065--77501093	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
77501758--77501862	53	2.1	49	83	7	129	44	5	3	45	1.45
77506184--77506433	42	5.7	44	84	8	257	26	22	20	31	1.98
77506246--77506433	86	2.1	89	85	6	251	26	23	20	29	1.99
77514950--77514993	21	2.1	21	91	0	70	29	13	18	38	1.89
77516756--77516806	22	2.3	22	81	15	61	15	1	5	76	1.07
77516995--77517035	19	2.1	19	86	9	55	73	0	2	24	0.96
77518171--77518206	9	4.0	9	85	0	54	33	0	13	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77535294--77535579	129	2.2	130	82	7	323	26	22	21	29	1.99
77535379--77535748	44	8.7	42	71	11	220	27	22	21	29	1.99
77535503--77535665	86	1.9	87	83	6	213	26	22	22	28	1.99
77549323--77549362	13	3.1	14	82	13	50	80	20	0	0	0.72
77549323--77549361	12	3.1	12	85	10	51	79	20	0	0	0.73
77549696--77549799	53	2.0	52	84	1	136	21	14	10	53	1.70
77550697--77551182	205	2.4	205	89	0	747	30	18	20	30	1.97
77551193--77552174	132	7.4	132	94	0	1662	30	18	25	25	1.98
77552432--77552544	13	9.6	13	77	18	99	37	46	0	15	1.51
77552441--77552465	9	2.8	9	100	0	50	36	52	0	12	1.39
77552932--77553019	12	6.6	13	71	17	56	28	3	1	67	1.14
77552945--77553019	3	24.3	3	72	20	50	30	4	1	64	1.20
77553094--77553144	3	16.0	3	84	11	50	31	0	5	62	1.19
77553219--77553443	127	1.8	121	82	8	290	30	4	5	60	1.37
77555632--77555681	14	3.4	14	77	5	55	18	2	10	70	1.25
77555632--77555688	29	2.0	29	89	6	89	15	1	10	71	1.21
77555642--77555689	22	2.2	21	85	3	60	12	2	10	75	1.14
77559595--77559949	173	2.1	173	98	0	694	31	12	24	31	1.93
77565644--77565711	12	5.8	12	70	16	54	13	30	4	51	1.60
77565622--77565720	46	2.2	46	96	0	189	13	27	6	53	1.62
77566259--77566295	19	1.9	19	94	0	65	37	2	5	54	1.38
77567241--77567334	47	2.0	47	100	0	188	42	10	8	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77568046--77568076	6	5.2	6	92	0	53	0	12	16	70	1.16
77572335--77572404	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
77572373--77572440	35	2.0	33	86	13	95	27	2	19	50	1.62
77573749--77573815	34	1.9	35	87	3	100	41	11	11	34	1.79
77574793--77574836	22	2.0	22	86	8	63	61	0	2	36	1.09
77590179--77590216	14	2.7	14	83	0	58	42	5	7	44	1.56
77591013--77591050	4	9.5	4	83	11	51	47	23	2	26	1.65
77593232--77593278	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
77600095--77600156	31	2.0	31	83	0	79	46	6	4	41	1.51
77600261--77600320	30	2.0	29	83	6	75	55	1	3	40	1.27
77600276--77600338	15	4.2	15	74	11	58	55	0	1	42	1.09
77601168--77601197	10	3.0	10	90	0	51	86	0	13	0	0.57
77601520--77601581	31	2.0	32	81	9	76	43	3	1	51	1.27
77605253--77605283	16	1.9	16	100	0	62	58	0	0	41	0.98
77605248--77605295	16	2.9	16	76	17	53	58	0	0	41	0.98
77605631--77605891	133	2.0	133	84	7	352	35	11	11	41	1.77
77610031--77610072	18	2.3	19	84	8	61	71	4	9	14	1.28
77616519--77616568	26	1.9	26	91	0	82	48	8	10	34	1.66
77617536--77617588	28	1.9	28	92	3	90	47	11	20	20	1.81
77621309--77621411	53	1.9	53	86	0	143	51	8	7	32	1.61
77631890--77631915	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
77632389--77632420	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77632390--77632420	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
77636828--77636859	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
77636829--77636859	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
77642024--77642080	28	2.0	28	83	6	71	42	1	7	49	1.40
77642365--77642394	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
77648200--77648254	26	2.1	26	100	0	110	56	7	7	29	1.53
77655069--77655094	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
77656107--77656176	31	2.3	30	87	4	97	40	1	11	47	1.49
77656167--77656232	31	2.2	30	81	5	80	37	10	7	43	1.68
77657851--77657888	18	2.1	18	85	9	51	55	18	2	23	1.55
77660596--77660638	18	2.3	19	80	4	52	79	9	2	9	1.03
77661653--77661738	43	2.0	42	90	2	136	32	16	12	38	1.86
77662734--77662945	106	2.0	106	100	0	424	21	25	18	33	1.96
77663964--77663992	11	2.6	11	100	0	58	24	10	10	55	1.65
77664177--77664241	32	2.0	32	100	0	130	30	15	24	29	1.96
77664831--77664915	30	2.8	30	92	0	143	24	49	3	22	1.65
77665496--77665639	25	5.6	25	69	15	78	34	6	4	55	1.44
77665484--77665587	27	3.7	28	74	12	79	32	5	3	57	1.40
77665617--77665672	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
77665758--77665838	16	4.8	16	73	23	60	29	2	2	65	1.18
77665794--77665827	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
77674131--77674304	70	2.5	69	83	3	199	28	14	21	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77674322--77674729	76	5.4	76	85	6	503	31	15	21	31	1.94
77674308--77675485	148	7.9	148	72	15	629	28	15	21	34	1.94
77674759--77674900	72	2.0	73	91	1	232	21	15	23	38	1.92
77674896--77675120	73	3.1	72	81	4	254	30	15	21	32	1.94
77674892--77675091	73	2.8	71	83	2	256	31	14	21	33	1.93
77675111--77675141	14	2.3	14	94	5	55	12	12	9	64	1.50
77674737--77675485	232	3.2	231	79	11	689	27	15	21	35	1.94
77674964--77675450	158	3.0	160	83	6	596	26	16	21	35	1.94
77675268--77675295	13	2.2	13	100	0	56	14	14	7	64	1.48
77675286--77675485	76	2.7	73	86	4	267	31	15	21	32	1.94
77674733--77675488	394	1.9	391	84	6	1021	27	15	21	35	1.94
77688741--77688915	70	2.5	70	83	4	194	28	14	21	34	1.93
77688933--77689342	77	5.4	76	85	7	514	31	15	21	31	1.94
77688919--77690108	149	7.9	149	71	17	603	28	15	21	34	1.94
77689373--77689514	72	2.0	73	91	1	232	21	15	23	38	1.92
77689510--77689734	73	3.1	72	81	4	254	30	15	21	32	1.94
77689506--77689705	73	2.8	71	83	2	256	31	14	21	33	1.93
77689725--77689755	14	2.3	14	94	5	55	12	12	9	64	1.50
77689578--77690073	162	3.0	162	84	4	597	27	15	21	34	1.94
77689365--77690108	235	3.2	232	79	11	668	27	15	22	34	1.95
77689889--77689916	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
77689903--77690108	75	2.7	77	88	5	289	31	15	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77690822--77690936	30	3.8	30	90	0	185	25	48	3	22	1.66
77691438--77691496	22	2.5	22	82	15	66	32	3	3	61	1.29
77691515--77691656	25	5.6	25	72	12	83	33	6	4	54	1.47
77691503--77691604	27	3.7	28	73	12	77	32	5	3	57	1.41
77691810--77691843	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
77691810--77691843	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
77691810--77691850	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
77704727--77705048	162	2.0	160	84	3	421	34	21	22	22	1.97
77718464--77718515	25	2.1	25	100	0	104	42	3	11	42	1.59
77727648--77727832	99	1.9	100	87	5	277	30	8	6	54	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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