genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30110537--30110588	22	2.4	21	78	18	54	23	7	9	59	1.54
30112863--30112977	45	2.6	45	83	8	144	46	19	18	16	1.85
30130544--30130925	47	8.1	47	91	2	532	31	12	30	26	1.92
30130544--30130925	187	2.0	190	86	2	536	31	12	30	26	1.92
30130899--30130989	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
30130544--30130925	140	2.7	140	89	2	568	31	12	30	26	1.92
30130617--30130974	187	1.9	186	84	4	479	31	12	30	25	1.93
30131171--30131281	37	3.0	37	95	0	195	21	18	31	28	1.97
30135144--30135177	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
30140678--30140854	46	3.8	44	78	14	144	25	19	32	22	1.97
30147874--30147918	23	2.0	23	82	4	56	22	20	20	37	1.94
30151270--30151346	40	1.9	40	92	5	129	45	19	7	27	1.77
30153944--30154340	202	2.0	202	94	0	695	26	11	21	40	1.88
30158322--30158385	27	2.4	27	89	0	101	26	7	25	40	1.82
30158709--30158810	29	3.6	29	85	1	143	30	31	13	24	1.94
30163099--30163145	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
30173564--30173647	40	2.1	40	80	12	93	27	17	23	30	1.97
30176938--30177005	25	2.7	25	82	8	84	25	26	17	30	1.97
30186851--30186912	31	2.1	30	82	17	76	45	8	16	30	1.76
30191494--30191555	27	2.3	27	86	5	81	27	4	24	43	1.74
30191416--30191680	143	1.9	141	82	6	340	34	6	19	38	1.78
30191721--30191758	20	1.9	20	94	0	67	50	2	7	39	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30191882--30191942	21	2.9	21	76	9	79	55	1	0	42	1.09
30194589--30194636	26	1.9	26	83	8	64	54	0	25	20	1.45
30195925--30195994	36	1.9	36	88	5	106	32	21	22	22	1.98
30197766--30197844	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
30197963--30198529	47	12.1	47	93	0	893	28	30	8	32	1.87
30198366--30198440	22	3.3	22	64	10	60	26	30	10	32	1.90
30198366--30198488	22	5.3	22	62	14	59	27	30	8	32	1.87
30201399--30201460	24	2.6	24	82	5	81	33	17	25	22	1.96
30210912--30210959	7	6.9	7	90	9	80	56	0	0	43	0.99
30210912--30210970	29	2.0	29	84	12	77	55	1	0	42	1.09
30213045--30213089	19	2.3	20	85	7	58	20	15	28	35	1.93
30213055--30213123	19	3.6	19	74	3	59	18	20	26	34	1.96
30225878--30225912	16	2.3	16	90	9	56	42	2	5	48	1.41
30228112--30228374	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
30228151--30228409	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
30234141--30234362	40	5.6	40	85	4	236	24	20	27	27	1.99
30234216--30234397	78	2.3	80	80	3	217	25	20	28	25	1.99
30243162--30243523	47	7.7	46	72	18	205	25	28	17	27	1.98
30243354--30243528	46	3.8	47	83	10	179	25	29	17	28	1.98
30249748--30249787	21	2.0	20	90	5	62	17	27	40	15	1.89
30256557--30256629	24	3.2	24	63	28	59	46	4	10	38	1.58
30256555--30256640	44	2.0	44	92	0	145	48	3	9	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30257261--30257349	44	2.0	44	82	8	110	47	5	7	39	1.56
30257581--30257618	13	3.0	13	80	3	51	42	0	2	55	1.14
30258265--30258374	55	2.0	55	98	0	211	39	9	11	40	1.74
30264926--30264952	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
30277767--30277857	40	2.4	39	83	7	114	37	34	15	13	1.86
30277777--30277853	40	1.9	40	89	0	118	37	35	14	12	1.84
30278375--30278414	12	3.3	12	92	0	62	17	52	17	12	1.74
30278420--30278487	21	3.4	21	82	11	81	19	42	19	19	1.89
30281529--30281586	25	2.3	26	79	8	66	48	12	10	29	1.73
30281572--30281668	38	2.5	38	84	3	113	45	13	9	31	1.75
30283848--30283945	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
30289235--30289400	40	4.2	40	82	8	144	27	27	20	24	1.99
30289268--30289453	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
30289270--30289453	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
30295008--30295105	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
30298403--30298442	21	2.0	20	90	5	62	37	5	0	57	1.21
30300295--30300397	20	5.2	20	89	0	143	40	25	20	13	1.89
30300892--30300965	36	2.1	36	100	0	148	29	24	8	37	1.84
30303738--30303790	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
30308026--30308122	38	2.5	38	86	3	122	44	12	9	34	1.74
30310469--30310573	55	1.9	55	90	0	165	43	7	7	40	1.62
30312742--30312815	29	2.5	30	84	8	80	39	0	5	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30312757--30312815	30	2.0	29	87	9	84	38	0	5	55	1.22
30312992--30313024	14	2.4	14	90	5	50	51	3	15	30	1.58
30318355--30318581	46	5.0	46	83	2	260	41	15	22	20	1.90
30318365--30318537	91	1.9	91	89	0	265	40	16	23	19	1.91
30318411--30318576	91	1.8	90	84	1	206	42	16	22	18	1.89
30320594--30320684	29	3.2	28	65	14	69	32	13	23	30	1.92
30320601--30320758	57	2.8	57	78	3	165	34	15	22	27	1.95
30323111--30323471	46	8.2	46	80	8	360	19	22	14	42	1.88
30323178--30323332	79	2.0	80	93	1	267	17	24	17	40	1.90
30323317--30323388	21	3.2	21	64	21	56	19	22	11	47	1.80
30325579--30325626	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
30329389--30329448	30	2.0	30	90	0	93	31	25	6	36	1.82
30332256--30332329	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
30339577--30339748	46	3.7	46	77	13	190	28	27	21	22	1.99
30339582--30339752	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
30340171--30340230	30	2.0	30	90	0	93	33	25	5	36	1.78
30347475--30347564	36	2.5	35	79	12	94	45	1	3	50	1.25
30348159--30348210	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
30348562--30348608	20	2.3	20	85	0	58	21	12	17	48	1.79
30349660--30349696	17	2.2	17	100	0	74	48	10	16	24	1.77
30355334--30355636	68	4.5	67	78	3	302	37	17	22	22	1.94
30355363--30355617	136	1.9	136	83	3	334	38	18	21	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30366805--30366854	25	2.0	25	96	0	91	58	12	14	16	1.64
30368710--30368887	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
30368711--30368866	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
30368707--30368887	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
30376787--30376964	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
30376788--30376943	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
30376784--30376964	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
30379247--30379307	24	2.6	23	78	2	68	21	26	16	36	1.94
30379211--30379350	48	2.9	47	79	11	140	19	22	16	42	1.89
30382032--30382056	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
30382554--30382675	43	2.9	41	77	7	127	36	24	12	27	1.91
30390018--30390175	40	4.0	40	96	0	280	27	29	19	22	1.98
30396711--30397203	67	7.3	68	78	4	449	38	18	18	24	1.93
30396711--30397204	135	3.7	135	84	4	575	38	18	18	24	1.93
30402415--30402453	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
30404966--30405112	46	3.2	45	72	14	120	29	19	29	21	1.97
30413669--30413702	16	2.1	17	89	10	54	47	14	17	20	1.83
30420150--30420191	21	2.0	21	100	0	84	42	0	4	52	1.22
30431917--30432093	47	3.8	47	77	12	202	22	19	28	29	1.98
30436081--30436156	6	14.6	5	84	15	77	18	3	0	77	0.92
30436068--30436155	25	3.5	25	75	17	76	19	3	1	76	1.00
30436068--30436156	37	2.4	37	83	9	110	19	3	1	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30440565--30440687	46	2.7	44	81	7	131	22	29	21	26	1.99
30451405--30451642	28	8.5	28	96	0	397	34	26	11	27	1.91
30454725--30454941	46	4.7	46	74	12	160	23	28	19	28	1.98
30454674--30454944	94	2.9	93	78	13	256	23	27	20	28	1.99
30458762--30458794	16	1.9	18	88	11	52	36	3	0	60	1.12
30459435--30459475	21	2.0	21	85	0	55	26	0	60	12	1.31
30465897--30465963	33	2.0	33	94	0	116	26	26	11	34	1.91
30468727--30468776	20	2.5	20	83	3	64	50	10	12	28	1.71
30469062--30469104	22	2.0	22	81	9	52	32	13	6	46	1.71
30472559--30472610	19	2.7	19	85	14	63	59	5	0	34	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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